src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.ColorUtils;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Image;
  34 import java.awt.Panel;
  35
  36 public class SeqCanvas extends Panel
  37 {
  38   FeatureRenderer fr;
  39
  40   SequenceRenderer sr;
  41
  42   Image img;
  43
  44   Graphics gg;
  45
  46   int imgWidth;
  47
  48   int imgHeight;
  49
  50   AlignViewport av;
  51
  52   SearchResults searchResults = null;
  53
  54   boolean fastPaint = false;
  55
  56   int cursorX = 0;
  57
  58   int cursorY = 0;
  59
  60   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  61   {
  62     this.av = av;
  63     fr = new FeatureRenderer(av);
  64     sr = new SequenceRenderer(av);
  65     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  66     updateViewport();
  67   }
  68
  69   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  70
  71   private void updateViewport()
  72   {
  73     avcharHeight = av.getCharHeight();
  74     avcharWidth = av.getCharWidth();
  75   }
  76
  77   public AlignmentViewport getViewport()
  78   {
  79     return av;
  80   }
  81
  82   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  83   {
  84     return fr;
  85   }
  86
  87   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  88   {
  89     return sr;
  90   }
  91
  92   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  93   {
  94     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  95
  96     g.setColor(Color.black);
  97
  98     // NORTH SCALE
  99     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 100     {
 101       int value = i;
 102       if (av.hasHiddenColumns())
 103       {
 104         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 105       }
 106
 107       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 108               ypos - (avcharHeight / 2));
 109
 110       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 111               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 112               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 113               ypos - 2);
 114     }
 115   }
 116
 117   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 118   {
 119     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 120     ypos += avcharHeight;
 121     if (av.hasHiddenColumns())
 122     {
 123       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 124       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 125     }
 126
 127     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 128     if (av.hasHiddenColumns())
 129     {
 130       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 131     }
 132
 133     // WEST SCALE
 134     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 135     {
 136       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 137       int index = startx;
 138       int value = -1;
 139
 140       while (index < endx)
 141       {
 142         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 143         {
 144           index++;
 145
 146           continue;
 147         }
 148
 149         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 150
 151         break;
 152       }
 153
 154       if (value != -1)
 155       {
 156         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 157                 - avcharWidth / 2;
 158         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 159                 - (avcharHeight / 5));
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 165   {
 166     ypos += avcharHeight;
 167
 168     if (av.hasHiddenColumns())
 169     {
 170       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 171     }
 172
 173     SequenceI seq;
 174     // EAST SCALE
 175     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 176     {
 177       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 178       int index = endx;
 179       int value = -1;
 180
 181       while (index > startx)
 182       {
 183         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 184         {
 185           index--;
 186
 187           continue;
 188         }
 189
 190         value = seq.findPosition(index);
 191
 192         break;
 193       }
 194
 195       if (value != -1)
 196       {
 197         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 198                 - (avcharHeight / 5));
 199       }
 200     }
 201   }
 202
 203   int lastsr = 0;
 204
 205   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 206   {
 207     if (fastPaint || gg == null)
 208     {
 209       return;
 210     }
 211
 212     updateViewport();
 213
 214     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 215     // is faster than it can paint, so this check here catches
 216     // this possibility
 217     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 218     {
 219       horizontal = av.startRes - lastsr;
 220     }
 221
 222     lastsr = av.startRes;
 223
 224     fastPaint = true;
 225     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 226             - horizontal * avcharWidth,
 227             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 228             -vertical * avcharHeight);
 229
 230     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 231
 232     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 233     {
 234       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 235       sr = er - horizontal;
 236     }
 237     else if (horizontal < 0)
 238     {
 239       er = sr - horizontal;
 240     }
 241
 242     else if (vertical > 0) // scroll down
 243     {
 244       ss = es - vertical;
 245       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 246       {
 247         ss = av.startSeq;
 248       }
 249       else
 250       {
 251         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 252       }
 253     }
 254     else if (vertical < 0)
 255     {
 256       es = ss - vertical;
 257       if (es > av.endSeq)
 258       {
 259         es = av.endSeq;
 260       }
 261     }
 262
 263     gg.translate(transX, transY);
 264
 265     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 266     gg.translate(-transX, -transY);
 267
 268     repaint();
 269
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 274    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 275    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 276    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 277    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 278    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 279    */
 280   @Override
 281   public void update(Graphics g)
 282   {
 283     paint(g);
 284   }
 285
 286   @Override
 287   public void paint(Graphics g)
 288   {
 289
 290     if (img != null
 291             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 292                     .getClipBounds().height)))
 293     {
 294       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 295       fastPaint = false;
 296       return;
 297     }
 298
 299     if (fastPaint)
 300     {
 301       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 302       fastPaint = false;
 303       return;
 304     }
 305
 306     updateViewport();
 307     // this draws the whole of the alignment
 308     imgWidth = this.getSize().width;
 309     imgHeight = this.getSize().height;
 310
 311     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 312     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 313
 314     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 315     {
 316       return;
 317     }
 318
 319     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 320             || imgHeight != img.getHeight(this))
 321     {
 322       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 323       gg = img.getGraphics();
 324       gg.setFont(av.getFont());
 325     }
 326
 327     gg.setColor(Color.white);
 328     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 329
 330     if (av.getWrapAlignment())
 331     {
 332       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 333     }
 334     else
 335     {
 336       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 337     }
 338
 339     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 340
 341   }
 342
 343   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 344
 345   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 346   {
 347     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 348
 349     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 350
 351     LABEL_EAST = 0;
 352     LABEL_WEST = 0;
 353
 354     if (av.getScaleRightWrapped())
 355     {
 356       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 357     }
 358
 359     if (av.getScaleLeftWrapped())
 360     {
 361       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 362     }
 363
 364     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 365   }
 366
 367   /**
 368    * Generates a string of zeroes.
 369    *
 370    * @return String
 371    */
 372   String getMask()
 373   {
 374     String mask = "0";
 375     int maxWidth = 0;
 376     int tmp;
 377     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 378     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 379     {
 380       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 381       if (tmp > maxWidth)
 382       {
 383         maxWidth = tmp;
 384       }
 385     }
 386
 387     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 388     {
 389       mask += "0";
 390     }
 391     return mask;
 392   }
 393
 394   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 395           int canvasHeight, int startRes)
 396   {
 397     AlignmentI al = av.getAlignment();
 398
 399     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 400
 401     if (av.getScaleRightWrapped())
 402     {
 403       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 404     }
 405
 406     if (av.getScaleLeftWrapped())
 407     {
 408       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 409     }
 410
 411     int hgap = avcharHeight;
 412     if (av.getScaleAboveWrapped())
 413     {
 414       hgap += avcharHeight;
 415     }
 416
 417     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 418     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 419
 420     av.setWrappedWidth(cWidth);
 421
 422     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 423
 424     int endx;
 425     int ypos = hgap;
 426
 427     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 428
 429     if (av.hasHiddenColumns())
 430     {
 431       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 432     }
 433
 434     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 435     {
 436       endx = startRes + cWidth - 1;
 437
 438       if (endx > maxwidth)
 439       {
 440         endx = maxwidth;
 441       }
 442
 443       g.setColor(Color.black);
 444
 445       if (av.getScaleLeftWrapped())
 446       {
 447         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 448       }
 449
 450       if (av.getScaleRightWrapped())
 451       {
 452         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 453         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 454         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 455       }
 456
 457       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 458
 459       if (av.getScaleAboveWrapped())
 460       {
 461         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 462       }
 463       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 464       {
 465         g.setColor(Color.blue);
 466         int res;
 467         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 468                 .size(); i++)
 469         {
 470           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 471                   - startRes;
 472
 473           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 474           {
 475             continue;
 476           }
 477
 478           gg.fillPolygon(new int[] { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 479               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 480                   new int[] { ypos - (avcharHeight / 2),
 481                       ypos - (avcharHeight / 2),
 482                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 483
 484         }
 485       }
 486
 487       if (g.getClip() == null)
 488       {
 489         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 490       }
 491
 492       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 493       g.setClip(null);
 494
 495       if (av.isShowAnnotation())
 496       {
 497         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 498         if (annotations == null)
 499         {
 500           annotations = new AnnotationPanel(av);
 501         }
 502
 503         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 504         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 505       }
 506       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 507
 508       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 509
 510       startRes += cWidth;
 511     }
 512
 513   }
 514
 515   AnnotationPanel annotations;
 516
 517   int getAnnotationHeight()
 518   {
 519     if (!av.isShowAnnotation())
 520     {
 521       return 0;
 522     }
 523
 524     if (annotations == null)
 525     {
 526       annotations = new AnnotationPanel(av);
 527     }
 528
 529     return annotations.adjustPanelHeight();
 530   }
 531
 532   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 533           int startSeq, int endSeq, int offset)
 534   {
 535
 536     if (!av.hasHiddenColumns())
 537     {
 538       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 539     }
 540     else
 541     {
 542
 543       int screenY = 0;
 544       int blockStart = startRes;
 545       int blockEnd = endRes;
 546
 547       if (av.hasHiddenColumns())
 548       {
 549         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 550         {
 551           int hideStart = region[0];
 552           int hideEnd = region[1];
 553
 554           if (hideStart <= blockStart)
 555           {
 556             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 557             continue;
 558           }
 559
 560           blockEnd = hideStart - 1;
 561
 562           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 563
 564           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 565
 566           if (av.getShowHiddenMarkers())
 567           {
 568             g1.setColor(Color.blue);
 569             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 570                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 571                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 572                             + offset);
 573           }
 574
 575           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 576           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 577           blockStart = hideEnd + 1;
 578
 579           if (screenY > (endRes - startRes))
 580           {
 581             // already rendered last block
 582             return;
 583           }
 584         }
 585       }
 586       if (screenY <= (endRes - startRes))
 587       {
 588         // remaining visible region to render
 589         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 590         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 591         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 592
 593         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 594       }
 595     }
 596
 597   }
 598
 599   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 600   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 601   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 602           int offset)
 603   {
 604     g.setFont(av.getFont());
 605     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 606     updateViewport();
 607     SequenceI nextSeq;
 608
 609     // / First draw the sequences
 610     // ///////////////////////////
 611     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 612     {
 613       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 614
 615       if (nextSeq == null)
 616       {
 617         continue;
 618       }
 619
 620       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 621               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 622
 623       if (av.isShowSequenceFeatures())
 624       {
 625         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 626                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 627       }
 628
 629       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 630       // ////////////////////////////////////////////////////////
 631       if (searchResults != null)
 632       {
 633         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 634                 endRes);
 635         if (visibleResults != null)
 636         {
 637           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 638           {
 639             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 640                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 641                             * avcharWidth, offset
 642                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 643           }
 644         }
 645       }
 646
 647       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 648               && cursorX <= endRes)
 649       {
 650         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 651                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 652       }
 653     }
 654
 655     if (av.getSelectionGroup() != null
 656             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 657     {
 658       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 659     }
 660
 661   }
 662
 663   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 664           int startSeq, int endSeq, int offset)
 665   {
 666     //
 667     // ///////////////////////////////////
 668     // Now outline any areas if necessary
 669     // ///////////////////////////////////
 670     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 671
 672     int sx = -1;
 673     int sy = -1;
 674     int ex = -1;
 675     int groupIndex = -1;
 676
 677     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 678     {
 679       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 680       groupIndex = 0;
 681     }
 682
 683     if (group != null)
 684     {
 685       do
 686       {
 687         int oldY = -1;
 688         int i = 0;
 689         boolean inGroup = false;
 690         int top = -1;
 691         int bottom = -1;
 692         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 693
 694         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 695         {
 696           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 697           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 698           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 699
 700           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 701           {
 702             continue;
 703           }
 704
 705           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 706                   && group.getSequences(null).contains(
 707                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 708           {
 709             if ((bottom == -1)
 710                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 711                             .contains(
 712                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 713             {
 714               bottom = sy + avcharHeight;
 715             }
 716
 717             if (!inGroup)
 718             {
 719               if (((top == -1) && (i == 0))
 720                       || !group.getSequences(null).contains(
 721                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 722               {
 723                 top = sy;
 724               }
 725
 726               oldY = sy;
 727               inGroup = true;
 728
 729               if (group == av.getSelectionGroup())
 730               {
 731                 g.setColor(Color.red);
 732               }
 733               else
 734               {
 735                 g.setColor(ColorUtils.getColor(group.getOutlineColour()));
 736               }
 737             }
 738           }
 739           else
 740           {
 741             if (inGroup)
 742             {
 743               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 744               {
 745                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 746               }
 747
 748               if (sx + ex < imgWidth)
 749               {
 750                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 751               }
 752
 753               if (sx < 0)
 754               {
 755                 ex += sx;
 756                 sx = 0;
 757               }
 758
 759               if (sx + ex > imgWidth)
 760               {
 761                 ex = imgWidth;
 762               }
 763
 764               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 765               {
 766                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 767               }
 768
 769               if (top != -1)
 770               {
 771                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 772                 top = -1;
 773               }
 774
 775               if (bottom != -1)
 776               {
 777                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 778                 bottom = -1;
 779               }
 780
 781               inGroup = false;
 782             }
 783           }
 784         }
 785
 786         if (inGroup)
 787         {
 788           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 789           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 790           {
 791             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 792           }
 793
 794           if (sx + ex < imgWidth)
 795           {
 796             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 797           }
 798
 799           if (sx < 0)
 800           {
 801             ex += sx;
 802             sx = 0;
 803           }
 804
 805           if (sx + ex > imgWidth)
 806           {
 807             ex = imgWidth;
 808           }
 809           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 810           {
 811             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 812           }
 813
 814           if (top != -1)
 815           {
 816             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 817             top = -1;
 818           }
 819
 820           if (bottom != -1)
 821           {
 822             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 823             bottom = -1;
 824           }
 825
 826           inGroup = false;
 827         }
 828
 829         groupIndex++;
 830
 831         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 832         {
 833           break;
 834         }
 835
 836         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 837       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 838
 839     }
 840   }
 841
 842   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 843   {
 844     searchResults = results;
 845
 846     repaint();
 847   }
 848
 849 }