src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.FontMetrics;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Image;
  32 import java.awt.Panel;
  33
  34 public class SeqCanvas extends Panel
  35 {
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   SequenceRenderer sr;
  39
  40   Image img;
  41
  42   Graphics gg;
  43
  44   int imgWidth;
  45
  46   int imgHeight;
  47
  48   AlignViewport av;
  49
  50   SearchResults searchResults = null;
  51
  52   boolean fastPaint = false;
  53
  54   int cursorX = 0;
  55
  56   int cursorY = 0;
  57
  58   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  59   {
  60     this.av = av;
  61     fr = new FeatureRenderer(av);
  62     sr = new SequenceRenderer(av);
  63     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  64     updateViewport();
  65   }
  66
  67   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  68
  69   private void updateViewport()
  70   {
  71     avcharHeight = av.getCharHeight();
  72     avcharWidth = av.getCharWidth();
  73   }
  74
  75   public AlignViewport getViewport()
  76   {
  77     return av;
  78   }
  79
  80   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  81   {
  82     return fr;
  83   }
  84
  85   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  86   {
  87     return sr;
  88   }
  89
  90   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  91   {
  92     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  93
  94     g.setColor(Color.black);
  95
  96     // NORTH SCALE
  97     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
  98     {
  99       int value = i;
 100       if (av.hasHiddenColumns())
 101       {
 102         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 103       }
 104
 105       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 106               ypos - (avcharHeight / 2));
 107
 108       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 109               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 110               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 111               ypos - 2);
 112     }
 113   }
 114
 115   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 116   {
 117     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 118     ypos += avcharHeight;
 119     if (av.hasHiddenColumns())
 120     {
 121       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 122       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 123     }
 124
 125     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 126     if (av.hasHiddenColumns())
 127     {
 128       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 129     }
 130
 131     // WEST SCALE
 132     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 133     {
 134       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 135       int index = startx;
 136       int value = -1;
 137
 138       while (index < endx)
 139       {
 140         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 141         {
 142           index++;
 143
 144           continue;
 145         }
 146
 147         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 148
 149         break;
 150       }
 151
 152       if (value != -1)
 153       {
 154         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 155                 - avcharWidth / 2;
 156         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 157                 - (avcharHeight / 5));
 158       }
 159     }
 160   }
 161
 162   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 163   {
 164     ypos += avcharHeight;
 165
 166     if (av.hasHiddenColumns())
 167     {
 168       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 169     }
 170
 171     SequenceI seq;
 172     // EAST SCALE
 173     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 174     {
 175       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 176       int index = endx;
 177       int value = -1;
 178
 179       while (index > startx)
 180       {
 181         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 182         {
 183           index--;
 184
 185           continue;
 186         }
 187
 188         value = seq.findPosition(index);
 189
 190         break;
 191       }
 192
 193       if (value != -1)
 194       {
 195         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 196                 - (avcharHeight / 5));
 197       }
 198     }
 199   }
 200
 201   int lastsr = 0;
 202
 203   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 204   {
 205     if (fastPaint || gg == null)
 206     {
 207       return;
 208     }
 209
 210     updateViewport();
 211
 212     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 213     // is faster than it can paint, so this check here catches
 214     // this possibility
 215     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 216     {
 217       horizontal = av.startRes - lastsr;
 218     }
 219
 220     lastsr = av.startRes;
 221
 222     fastPaint = true;
 223     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 224             - horizontal * avcharWidth,
 225             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 226             -vertical * avcharHeight);
 227
 228     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 229
 230     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 231     {
 232       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 233       sr = er - horizontal;
 234     }
 235     else if (horizontal < 0)
 236     {
 237       er = sr - horizontal;
 238     }
 239
 240     else if (vertical > 0) // scroll down
 241     {
 242       ss = es - vertical;
 243       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 244       {
 245         ss = av.startSeq;
 246       }
 247       else
 248       {
 249         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 250       }
 251     }
 252     else if (vertical < 0)
 253     {
 254       es = ss - vertical;
 255       if (es > av.endSeq)
 256       {
 257         es = av.endSeq;
 258       }
 259     }
 260
 261     gg.translate(transX, transY);
 262
 263     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 264     gg.translate(-transX, -transY);
 265
 266     repaint();
 267
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 272    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 273    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 274    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 275    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 276    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 277    */
 278   public void update(Graphics g)
 279   {
 280     paint(g);
 281   }
 282
 283   public void paint(Graphics g)
 284   {
 285
 286     if (img != null
 287             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 288                     .getClipBounds().height)))
 289     {
 290       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 291       fastPaint = false;
 292       return;
 293     }
 294
 295     if (fastPaint)
 296     {
 297       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 298       fastPaint = false;
 299       return;
 300     }
 301
 302     updateViewport();
 303     // this draws the whole of the alignment
 304     imgWidth = this.getSize().width;
 305     imgHeight = this.getSize().height;
 306
 307     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 308     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 309
 310     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 311     {
 312       return;
 313     }
 314
 315     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 316             || imgHeight != img.getHeight(this))
 317     {
 318       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 319       gg = img.getGraphics();
 320       gg.setFont(av.getFont());
 321     }
 322
 323     gg.setColor(Color.white);
 324     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 325
 326     if (av.getWrapAlignment())
 327     {
 328       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 329     }
 330     else
 331     {
 332       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 333     }
 334
 335     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 336
 337   }
 338
 339   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 340
 341   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 342   {
 343     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 344
 345     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 346
 347     LABEL_EAST = 0;
 348     LABEL_WEST = 0;
 349
 350     if (av.getScaleRightWrapped())
 351     {
 352       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 353     }
 354
 355     if (av.getScaleLeftWrapped())
 356     {
 357       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 358     }
 359
 360     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Generates a string of zeroes.
 365    *
 366    * @return String
 367    */
 368   String getMask()
 369   {
 370     String mask = "0";
 371     int maxWidth = 0;
 372     int tmp;
 373     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 374     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 375     {
 376       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 377       if (tmp > maxWidth)
 378       {
 379         maxWidth = tmp;
 380       }
 381     }
 382
 383     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 384     {
 385       mask += "0";
 386     }
 387     return mask;
 388   }
 389
 390   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 391           int canvasHeight, int startRes)
 392   {
 393     AlignmentI al = av.getAlignment();
 394
 395     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 396
 397     if (av.getScaleRightWrapped())
 398     {
 399       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 400     }
 401
 402     if (av.getScaleLeftWrapped())
 403     {
 404       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 405     }
 406
 407     int hgap = avcharHeight;
 408     if (av.getScaleAboveWrapped())
 409     {
 410       hgap += avcharHeight;
 411     }
 412
 413     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 414     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 415
 416     av.setWrappedWidth(cWidth);
 417
 418     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 419
 420     int endx;
 421     int ypos = hgap;
 422
 423     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 424
 425     if (av.hasHiddenColumns())
 426     {
 427       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 428     }
 429
 430     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 431     {
 432       endx = startRes + cWidth - 1;
 433
 434       if (endx > maxwidth)
 435       {
 436         endx = maxwidth;
 437       }
 438
 439       g.setColor(Color.black);
 440
 441       if (av.getScaleLeftWrapped())
 442       {
 443         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 444       }
 445
 446       if (av.getScaleRightWrapped())
 447       {
 448         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 449         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 450         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 451       }
 452
 453       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 454
 455       if (av.getScaleAboveWrapped())
 456       {
 457         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 458       }
 459       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 460       {
 461         g.setColor(Color.blue);
 462         int res;
 463         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 464                 .size(); i++)
 465         {
 466           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 467                   - startRes;
 468
 469           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 470           {
 471             continue;
 472           }
 473
 474           gg.fillPolygon(new int[]
 475           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 476               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 477                   new int[]
 478                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2),
 479                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 480
 481         }
 482       }
 483
 484       if (g.getClip() == null)
 485       {
 486         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 487       }
 488
 489       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 490       g.setClip(null);
 491
 492       if (av.isShowAnnotation())
 493       {
 494         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 495         if (annotations == null)
 496         {
 497           annotations = new AnnotationPanel(av);
 498         }
 499
 500         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 501         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 502       }
 503       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 504
 505       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 506
 507       startRes += cWidth;
 508     }
 509
 510   }
 511
 512   AnnotationPanel annotations;
 513
 514   int getAnnotationHeight()
 515   {
 516     if (!av.isShowAnnotation())
 517     {
 518       return 0;
 519     }
 520
 521     if (annotations == null)
 522     {
 523       annotations = new AnnotationPanel(av);
 524     }
 525
 526     return annotations.adjustPanelHeight();
 527   }
 528
 529   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 530           int startSeq,
 531           int endSeq, int offset)
 532   {
 533
 534
 535     if (!av.hasHiddenColumns())
 536     {
 537       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 538     }
 539     else
 540     {
 541
 542       int screenY = 0;
 543       int blockStart = startRes;
 544       int blockEnd = endRes;
 545
 546       if (av.hasHiddenColumns())
 547       {
 548         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 549         {
 550           int hideStart = region[0];
 551           int hideEnd = region[1];
 552
 553           if (hideStart <= blockStart)
 554           {
 555             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 556             continue;
 557           }
 558
 559           blockEnd = hideStart - 1;
 560
 561           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 562
 563           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 564
 565           if (av.getShowHiddenMarkers())
 566           {
 567             g1.setColor(Color.blue);
 568             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 569                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 570                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 571                             + offset);
 572           }
 573
 574           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 575           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 576           blockStart = hideEnd + 1;
 577         }
 578       }
 579       if (screenY <= (endRes - startRes))
 580       {
 581         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 582         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 583         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 584
 585         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 586       }
 587     }
 588
 589   }
 590
 591   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 592   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 593   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 594           int offset)
 595   {
 596     g.setFont(av.getFont());
 597     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 598     updateViewport();
 599     SequenceI nextSeq;
 600
 601     // / First draw the sequences
 602     // ///////////////////////////
 603     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 604     {
 605       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 606
 607       if (nextSeq == null)
 608       {
 609         continue;
 610       }
 611
 612       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 613               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 614
 615       if (av.isShowSequenceFeatures())
 616       {
 617         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 618                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 619       }
 620
 621       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 622       // ////////////////////////////////////////////////////////
 623       if (searchResults != null)
 624       {
 625         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 626                 endRes);
 627         if (visibleResults != null)
 628         {
 629           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 630           {
 631             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 632                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 633                             * avcharWidth, offset
 634                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 635           }
 636         }
 637       }
 638
 639       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 640               && cursorX <= endRes)
 641       {
 642         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 643                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 644       }
 645     }
 646
 647     if (av.getSelectionGroup() != null
 648             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 649     {
 650       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 651     }
 652
 653   }
 654
 655   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 656           int startSeq, int endSeq, int offset)
 657   {
 658     //
 659     // ///////////////////////////////////
 660     // Now outline any areas if necessary
 661     // ///////////////////////////////////
 662     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 663
 664     int sx = -1;
 665     int sy = -1;
 666     int ex = -1;
 667     int groupIndex = -1;
 668
 669     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 670     {
 671       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 672       groupIndex = 0;
 673     }
 674
 675     if (group != null)
 676     {
 677       do
 678       {
 679         int oldY = -1;
 680         int i = 0;
 681         boolean inGroup = false;
 682         int top = -1;
 683         int bottom = -1;
 684         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 685
 686         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 687         {
 688           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 689           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 690           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 691
 692           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 693           {
 694             continue;
 695           }
 696
 697           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 698                   && group.getSequences(null).contains(
 699                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 700           {
 701             if ((bottom == -1)
 702                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 703                             .contains(
 704                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 705             {
 706               bottom = sy + avcharHeight;
 707             }
 708
 709             if (!inGroup)
 710             {
 711               if (((top == -1) && (i == 0))
 712                       || !group.getSequences(null).contains(
 713                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 714               {
 715                 top = sy;
 716               }
 717
 718               oldY = sy;
 719               inGroup = true;
 720
 721               if (group == av.getSelectionGroup())
 722               {
 723                 g.setColor(Color.red);
 724               }
 725               else
 726               {
 727                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 728               }
 729             }
 730           }
 731           else
 732           {
 733             if (inGroup)
 734             {
 735               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 736               {
 737                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 738               }
 739
 740               if (sx + ex < imgWidth)
 741               {
 742                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 743               }
 744
 745               if (sx < 0)
 746               {
 747                 ex += sx;
 748                 sx = 0;
 749               }
 750
 751               if (sx + ex > imgWidth)
 752               {
 753                 ex = imgWidth;
 754               }
 755
 756               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 757               {
 758                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 759               }
 760
 761               if (top != -1)
 762               {
 763                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 764                 top = -1;
 765               }
 766
 767               if (bottom != -1)
 768               {
 769                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 770                 bottom = -1;
 771               }
 772
 773               inGroup = false;
 774             }
 775           }
 776         }
 777
 778         if (inGroup)
 779         {
 780           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 781           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 782           {
 783             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 784           }
 785
 786           if (sx + ex < imgWidth)
 787           {
 788             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 789           }
 790
 791           if (sx < 0)
 792           {
 793             ex += sx;
 794             sx = 0;
 795           }
 796
 797           if (sx + ex > imgWidth)
 798           {
 799             ex = imgWidth;
 800           }
 801           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 802           {
 803             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 804           }
 805
 806           if (top != -1)
 807           {
 808             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 809             top = -1;
 810           }
 811
 812           if (bottom != -1)
 813           {
 814             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 815             bottom = -1;
 816           }
 817
 818           inGroup = false;
 819         }
 820
 821         groupIndex++;
 822
 823         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 824         {
 825           break;
 826         }
 827
 828         group = av.getAlignment().getGroups()
 829                 .get(groupIndex);
 830       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 831
 832     }
 833   }
 834
 835   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 836   {
 837     searchResults = results;
 838
 839     repaint();
 840   }
 841
 842 }