src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Image;
  38 import java.awt.Panel;
  39 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  40 import java.util.Iterator;
  41
  42 public class SeqCanvas extends Panel implements ViewportListenerI
  43 {
  44   FeatureRenderer fr;
  45
  46   SequenceRenderer sr;
  47
  48   Image img;
  49
  50   Graphics gg;
  51
  52   int imgWidth;
  53
  54   int imgHeight;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   boolean fastPaint = false;
  59
  60   int cursorX = 0;
  61
  62   int cursorY = 0;
  63
  64   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  65   {
  66     this.av = av;
  67     fr = new FeatureRenderer(av);
  68     sr = new SequenceRenderer(av);
  69     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  70     updateViewport();
  71
  72     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  73   }
  74
  75   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  76
  77   private void updateViewport()
  78   {
  79     avcharHeight = av.getCharHeight();
  80     avcharWidth = av.getCharWidth();
  81   }
  82
  83   public AlignmentViewport getViewport()
  84   {
  85     return av;
  86   }
  87
  88   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  89   {
  90     return fr;
  91   }
  92
  93   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  94   {
  95     return sr;
  96   }
  97
  98   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  99   {
 100     updateViewport();
 101     g.setColor(Color.black);
 102     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 103             endx))
 104     {
 105       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 106       if (mpos < 0)
 107       {
 108         continue;
 109       }
 110       String mstring = mark.text;
 111
 112       if (mark.major)
 113       {
 114         if (mstring != null)
 115         {
 116           g.drawString(mstring, mpos * avcharWidth,
 117                   ypos - (avcharHeight / 2));
 118         }
 119         g.drawLine((mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 120                 (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 121                 (mpos * avcharWidth) + (avcharWidth / 2), ypos - 2);
 122       }
 123     }
 124   }
 125
 126   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 127   {
 128     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 129     ypos += avcharHeight;
 130     if (av.hasHiddenColumns())
 131     {
 132       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 133               .adjustForHiddenColumns(startx);
 134       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 135               .adjustForHiddenColumns(endx);
 136     }
 137
 138     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 139     if (av.hasHiddenColumns())
 140     {
 141       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 142               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 143     }
 144
 145     // WEST SCALE
 146     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 147     {
 148       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 149       int index = startx;
 150       int value = -1;
 151
 152       while (index < endx)
 153       {
 154         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 155         {
 156           index++;
 157
 158           continue;
 159         }
 160
 161         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 162
 163         break;
 164       }
 165
 166       if (value != -1)
 167       {
 168         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 169                 - avcharWidth / 2;
 170         g.drawString(value + "", x,
 171                 (ypos + (i * avcharHeight)) - (avcharHeight / 5));
 172       }
 173     }
 174   }
 175
 176   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 177   {
 178     ypos += avcharHeight;
 179
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .adjustForHiddenColumns(endx);
 184     }
 185
 186     SequenceI seq;
 187     // EAST SCALE
 188     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 189     {
 190       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 191       int index = endx;
 192       int value = -1;
 193
 194       while (index > startx)
 195       {
 196         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 197         {
 198           index--;
 199
 200           continue;
 201         }
 202
 203         value = seq.findPosition(index);
 204
 205         break;
 206       }
 207
 208       if (value != -1)
 209       {
 210         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 211                 (ypos + (i * avcharHeight)) - (avcharHeight / 5));
 212       }
 213     }
 214   }
 215
 216   int lastsr = 0;
 217
 218   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 219   {
 220     if (fastPaint || gg == null)
 221     {
 222       return;
 223     }
 224
 225     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 226
 227     updateViewport();
 228
 229     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 230     // is faster than it can paint, so this check here catches
 231     // this possibility
 232     if (lastsr + horizontal != ranges.getStartRes())
 233     {
 234       horizontal = ranges.getStartRes() - lastsr;
 235     }
 236
 237     lastsr = ranges.getStartRes();
 238
 239     fastPaint = true;
 240     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight,
 241             imgWidth - horizontal * avcharWidth,
 242             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 243             -vertical * avcharHeight);
 244
 245     int sr = ranges.getStartRes(), er = ranges.getEndRes(),
 246             ss = ranges.getStartSeq(), es = ranges.getEndSeq(), transX = 0,
 247             transY = 0;
 248
 249     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 250     {
 251       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 252       sr = er - horizontal;
 253     }
 254     else if (horizontal < 0)
 255     {
 256       er = sr - horizontal;
 257     }
 258
 259     else if (vertical > 0) // scroll down
 260     {
 261       ss = es - vertical;
 262       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 263                                      // at a
 264       // time
 265       {
 266         ss = ranges.getStartSeq();
 267       }
 268       else
 269       {
 270         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * avcharHeight);
 271       }
 272     }
 273     else if (vertical < 0)
 274     {
 275       es = ss - vertical;
 276       if (es > ranges.getEndSeq())
 277       {
 278         es = ranges.getEndSeq();
 279       }
 280     }
 281
 282     gg.translate(transX, transY);
 283
 284     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 285     gg.translate(-transX, -transY);
 286
 287     repaint();
 288
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 293    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 294    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 295    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 296    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 297    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 298    */
 299   @Override
 300   public void update(Graphics g)
 301   {
 302     paint(g);
 303   }
 304
 305   @Override
 306   public void paint(Graphics g)
 307   {
 308
 309     if (img != null
 310             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width)
 311                     || (getSize().height != g.getClipBounds().height)))
 312     {
 313       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 314       fastPaint = false;
 315       return;
 316     }
 317
 318     if (fastPaint)
 319     {
 320       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 321       fastPaint = false;
 322       return;
 323     }
 324
 325     updateViewport();
 326     // this draws the whole of the alignment
 327     imgWidth = this.getSize().width;
 328     imgHeight = this.getSize().height;
 329
 330     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 331     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 332
 333     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 334     {
 335       return;
 336     }
 337
 338     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 339             || imgHeight != img.getHeight(this))
 340     {
 341       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 342       gg = img.getGraphics();
 343       gg.setFont(av.getFont());
 344     }
 345
 346     gg.setColor(Color.white);
 347     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 348
 349     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 350
 351     if (av.getWrapAlignment())
 352     {
 353       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, ranges.getStartRes());
 354     }
 355     else
 356     {
 357       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 358               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 359     }
 360
 361     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 362
 363   }
 364
 365   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 366
 367   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 368   {
 369     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 370
 371     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 372
 373     LABEL_EAST = 0;
 374     LABEL_WEST = 0;
 375
 376     if (av.getScaleRightWrapped())
 377     {
 378       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 379     }
 380
 381     if (av.getScaleLeftWrapped())
 382     {
 383       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 384     }
 385
 386     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Generates a string of zeroes.
 391    *
 392    * @return String
 393    */
 394   String getMask()
 395   {
 396     String mask = "0";
 397     int maxWidth = 0;
 398     int tmp;
 399     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 400     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 401     {
 402       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 403       if (tmp > maxWidth)
 404       {
 405         maxWidth = tmp;
 406       }
 407     }
 408
 409     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 410     {
 411       mask += "0";
 412     }
 413     return mask;
 414   }
 415
 416   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 417           int canvasHeight, int startRes)
 418   {
 419     AlignmentI al = av.getAlignment();
 420
 421     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 422
 423     LABEL_EAST = 0;
 424     LABEL_WEST = 0;
 425
 426     if (av.getScaleRightWrapped())
 427     {
 428       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 429     }
 430
 431     if (av.getScaleLeftWrapped())
 432     {
 433       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 434     }
 435
 436     int hgap = avcharHeight;
 437     if (av.getScaleAboveWrapped())
 438     {
 439       hgap += avcharHeight;
 440     }
 441
 442     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 443     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 444
 445     av.setWrappedWidth(cWidth);
 446
 447     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 448
 449     int endx;
 450     int ypos = hgap;
 451
 452     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 453
 454     if (av.hasHiddenColumns())
 455     {
 456       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 457               .findColumnPosition(maxwidth);
 458     }
 459
 460     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 461     {
 462       endx = startRes + cWidth - 1;
 463
 464       if (endx > maxwidth)
 465       {
 466         endx = maxwidth;
 467       }
 468
 469       g.setColor(Color.black);
 470
 471       if (av.getScaleLeftWrapped())
 472       {
 473         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 474       }
 475
 476       if (av.getScaleRightWrapped())
 477       {
 478         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 479         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 480         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 481       }
 482
 483       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 484
 485       if (av.getScaleAboveWrapped())
 486       {
 487         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 488       }
 489       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 490       {
 491         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 492         g.setColor(Color.blue);
 493         int res;
 494         Iterator<Integer> it = hidden.getBoundedStartIterator(startRes,
 495                 endx + 1);
 496         while (it.hasNext())
 497         {
 498           res = it.next() - startRes;
 499           gg.fillPolygon(
 500                   new int[]
 501                   { res * avcharWidth - avcharHeight / 4, res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 502                   new int[]
 503                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 504         }
 505       }
 506
 507       if (g.getClip() == null)
 508       {
 509         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 510       }
 511
 512       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 513       g.setClip(null);
 514
 515       if (av.isShowAnnotation())
 516       {
 517         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 518         if (annotations == null)
 519         {
 520           annotations = new AnnotationPanel(av);
 521         }
 522
 523         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 524         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 525       }
 526       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 527
 528       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 529
 530       startRes += cWidth;
 531     }
 532
 533   }
 534
 535   AnnotationPanel annotations;
 536
 537   int getAnnotationHeight()
 538   {
 539     if (!av.isShowAnnotation())
 540     {
 541       return 0;
 542     }
 543
 544     if (annotations == null)
 545     {
 546       annotations = new AnnotationPanel(av);
 547     }
 548
 549     return annotations.adjustPanelHeight();
 550   }
 551
 552   private void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 553           final int startSeq, final int endSeq, final int offset)
 554   {
 555
 556     if (!av.hasHiddenColumns())
 557     {
 558       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 559     }
 560     else
 561     {
 562       int screenY = 0;
 563       final int screenYMax = endRes - startRes;
 564       int blockStart = startRes;
 565       int blockEnd = endRes; // equals blockStart + screenYMax - screenY;
 566
 567       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 568       Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 569       while (regions.hasNext())
 570       {
 571         int[] region = regions.next();
 572         int hideStart = region[0];
 573         int hideEnd = region[1];
 574
 575         if (hideStart <= blockStart)
 576         {
 577           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 578           blockEnd += (hideEnd - hideStart) + 1;
 579           continue;
 580         }
 581
 582         /*
 583          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 584          * the visible region, whichever comes first
 585          */
 586         blockEnd = Math.min(blockEnd, hideStart - 1);
 587         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 588
 589         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 590
 591         /*
 592          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 593          * triangle on top) if we reached it
 594          */
 595         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 596         {
 597           g1.setColor(Color.blue);
 598           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 599                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 600                   (endSeq - startSeq + 1) * avcharHeight + offset);
 601         }
 602
 603         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 604         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 605         blockStart = hideEnd + 1;
 606         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 607
 608         if (screenY > screenYMax)
 609         {
 610           // already rendered last block
 611           return;
 612         }
 613       }
 614
 615       if (screenY <= screenYMax)
 616       {
 617         // remaining visible region to render
 618         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 619         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 620         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 621       }
 622     }
 623   }
 624
 625   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 626   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 627   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 628           int offset)
 629   {
 630     g.setFont(av.getFont());
 631     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 632     updateViewport();
 633     SequenceI nextSeq;
 634
 635     // / First draw the sequences
 636     // ///////////////////////////
 637     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 638     {
 639       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 640
 641       if (nextSeq == null)
 642       {
 643         continue;
 644       }
 645
 646       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 647               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 648
 649       if (av.isShowSequenceFeatures())
 650       {
 651         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 652                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight), false);
 653       }
 654
 655       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 656       // ////////////////////////////////////////////////////////
 657       if (av.hasSearchResults())
 658       {
 659         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 660                 startRes, endRes);
 661         if (visibleResults != null)
 662         {
 663           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 664           {
 665             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 666                     visibleResults[r + 1],
 667                     (visibleResults[r] - startRes) * avcharWidth,
 668                     offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 669           }
 670         }
 671       }
 672
 673       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 674               && cursorX <= endRes)
 675       {
 676         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 677                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 678       }
 679     }
 680
 681     if (av.getSelectionGroup() != null
 682             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 683     {
 684       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 685     }
 686
 687   }
 688
 689   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 690           int startSeq, int endSeq, int offset)
 691   {
 692     //
 693     // ///////////////////////////////////
 694     // Now outline any areas if necessary
 695     // ///////////////////////////////////
 696     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 697
 698     int sx = -1;
 699     int sy = -1;
 700     int ex = -1;
 701     int groupIndex = -1;
 702
 703     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 704     {
 705       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 706       groupIndex = 0;
 707     }
 708
 709     if (group != null)
 710     {
 711       do
 712       {
 713         int oldY = -1;
 714         int i = 0;
 715         boolean inGroup = false;
 716         int top = -1;
 717         int bottom = -1;
 718         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 719
 720         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 721         {
 722           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 723           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 724           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes())
 725                   * avcharWidth) - 1;
 726
 727           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 728           {
 729             continue;
 730           }
 731
 732           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 733                   && group.getSequences(null)
 734                           .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 735           {
 736             if ((bottom == -1)
 737                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null).contains(
 738                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 739             {
 740               bottom = sy + avcharHeight;
 741             }
 742
 743             if (!inGroup)
 744             {
 745               if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
 746                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 747               {
 748                 top = sy;
 749               }
 750
 751               oldY = sy;
 752               inGroup = true;
 753
 754               if (group == av.getSelectionGroup())
 755               {
 756                 g.setColor(Color.red);
 757               }
 758               else
 759               {
 760                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 761               }
 762             }
 763           }
 764           else
 765           {
 766             if (inGroup)
 767             {
 768               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 769               {
 770                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 771               }
 772
 773               if (sx + ex < imgWidth)
 774               {
 775                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 776               }
 777
 778               if (sx < 0)
 779               {
 780                 ex += sx;
 781                 sx = 0;
 782               }
 783
 784               if (sx + ex > imgWidth)
 785               {
 786                 ex = imgWidth;
 787               }
 788
 789               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 790               {
 791                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 792               }
 793
 794               if (top != -1)
 795               {
 796                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 797                 top = -1;
 798               }
 799
 800               if (bottom != -1)
 801               {
 802                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 803                 bottom = -1;
 804               }
 805
 806               inGroup = false;
 807             }
 808           }
 809         }
 810
 811         if (inGroup)
 812         {
 813           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 814           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 815           {
 816             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 817           }
 818
 819           if (sx + ex < imgWidth)
 820           {
 821             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 822           }
 823
 824           if (sx < 0)
 825           {
 826             ex += sx;
 827             sx = 0;
 828           }
 829
 830           if (sx + ex > imgWidth)
 831           {
 832             ex = imgWidth;
 833           }
 834           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 835           {
 836             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 837           }
 838
 839           if (top != -1)
 840           {
 841             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 842             top = -1;
 843           }
 844
 845           if (bottom != -1)
 846           {
 847             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 848             bottom = -1;
 849           }
 850
 851           inGroup = false;
 852         }
 853
 854         groupIndex++;
 855
 856         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 857         {
 858           break;
 859         }
 860
 861         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 862       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 863
 864     }
 865   }
 866
 867   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 868   {
 869     av.setSearchResults(results);
 870     repaint();
 871   }
 872
 873   @Override
 874   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 875   {
 876     String eventName = evt.getPropertyName();
 877
 878     if (!av.getWrapAlignment())
 879     {
 880       int scrollX = 0;
 881       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 882       {
 883         // Make sure we're not trying to draw a panel
 884         // larger than the visible window
 885         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 886         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 887         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 888         if (scrollX > range)
 889         {
 890           scrollX = range;
 891         }
 892         else if (scrollX < -range)
 893         {
 894           scrollX = -range;
 895         }
 896       }
 897
 898       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 899       // both start and end points, but resize only changes end values.
 900       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 901       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 902       // vertical start value.
 903       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 904       {
 905         // scroll - startres and endres both change
 906         fastPaint(scrollX, 0);
 907       }
 908       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
 909       {
 910         // scroll
 911         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 912       }
 913     }
 914   }
 915
 916 }