src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.structure.SelectionSource;
  33 import jalview.structure.SequenceListener;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.structure.VamsasSource;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.FontMetrics;
  41 import java.awt.Panel;
  42 import java.awt.Point;
  43 import java.awt.event.InputEvent;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.awt.event.MouseListener;
  46 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  47 import java.util.Vector;
  48
  49 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  50         MouseListener, SequenceListener
  51 {
  52
  53   public SeqCanvas seqCanvas;
  54
  55   public AlignmentPanel ap;
  56
  57   protected int lastres;
  58
  59   protected int startseq;
  60
  61   protected AlignViewport av;
  62
  63   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  64   // conservation
  65   boolean seqEditOccurred = false;
  66
  67   ScrollThread scrollThread = null;
  68
  69   boolean mouseDragging = false;
  70
  71   boolean editingSeqs = false;
  72
  73   boolean groupEditing = false;
  74
  75   int oldSeq = -1;
  76
  77   boolean changeEndSeq = false;
  78
  79   boolean changeStartSeq = false;
  80
  81   boolean changeEndRes = false;
  82
  83   boolean changeStartRes = false;
  84
  85   SequenceGroup stretchGroup = null;
  86
  87   StringBuffer keyboardNo1;
  88
  89   StringBuffer keyboardNo2;
  90
  91   boolean mouseWheelPressed = false;
  92
  93   Point lastMousePress;
  94
  95   EditCommand editCommand;
  96
  97   StructureSelectionManager ssm;
  98
  99   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 100   {
 101     this.av = avp;
 102
 103     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 104     setLayout(new BorderLayout());
 105     add(seqCanvas);
 106
 107     ap = p;
 108
 109     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 110     seqCanvas.addMouseListener(this);
 111     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 112     ssm.addStructureViewerListener(this);
 113
 114     seqCanvas.repaint();
 115   }
 116
 117   void endEditing()
 118   {
 119     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 120     {
 121       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 122       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 123               .getSequences());
 124     }
 125
 126     startseq = -1;
 127     lastres = -1;
 128     editingSeqs = false;
 129     groupEditing = false;
 130     keyboardNo1 = null;
 131     keyboardNo2 = null;
 132     editCommand = null;
 133   }
 134
 135   void setCursorRow()
 136   {
 137     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 138     scrollToVisible();
 139   }
 140
 141   void setCursorColumn()
 142   {
 143     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 144     scrollToVisible();
 145   }
 146
 147   void setCursorRowAndColumn()
 148   {
 149     if (keyboardNo2 == null)
 150     {
 151       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 152     }
 153     else
 154     {
 155       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 156       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 157       scrollToVisible();
 158     }
 159   }
 160
 161   void setCursorPosition()
 162   {
 163     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 164
 165     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 166     scrollToVisible();
 167   }
 168
 169   void moveCursor(int dx, int dy)
 170   {
 171     seqCanvas.cursorX += dx;
 172     seqCanvas.cursorY += dy;
 173     if (av.hasHiddenColumns()
 174             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175     {
 176       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 177       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 178
 179       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 180               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 181       {
 182         seqCanvas.cursorX += dx;
 183       }
 184
 185       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 186               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187       {
 188         seqCanvas.cursorX = original;
 189       }
 190     }
 191     scrollToVisible();
 192   }
 193
 194   void scrollToVisible()
 195   {
 196     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 197     {
 198       seqCanvas.cursorX = 0;
 199     }
 200     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 201     {
 202       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 203     }
 204
 205     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorY = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 212     }
 213
 214     endEditing();
 215     if (av.wrapAlignment)
 216     {
 217       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 222       {
 223         ap.scrollUp(true);
 224       }
 225       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 226       {
 227         ap.scrollUp(false);
 228       }
 229       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 230               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 231       {
 232
 233         if (!ap.scrollRight(false))
 234         {
 235           break;
 236         }
 237       }
 238       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 239               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 240       {
 241         if (!ap.scrollRight(true))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246     }
 247     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 248             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 249
 250     seqCanvas.repaint();
 251   }
 252
 253   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 254   {
 255     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 256
 257     if (av.getSelectionGroup() != null)
 258     {
 259       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 260       // Find the top and bottom of this group
 261       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 262       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 263       {
 264         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 265         if (index > max)
 266         {
 267           max = index;
 268         }
 269         if (index < min)
 270         {
 271           min = index;
 272         }
 273       }
 274
 275       max++;
 276
 277       if (topLeft)
 278       {
 279         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 280         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 281         {
 282           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 283         }
 284
 285         min = seqCanvas.cursorY;
 286       }
 287       else
 288       {
 289         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 291         {
 292           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 293         }
 294
 295         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 296       }
 297
 298       if (min > max)
 299       {
 300         // Only the user can do this
 301         av.setSelectionGroup(null);
 302       }
 303       else
 304       {
 305         // Now add any sequences between min and max
 306         sg.clear();
 307         for (int i = min; i < max; i++)
 308         {
 309           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 310         }
 311       }
 312     }
 313
 314     if (av.getSelectionGroup() == null)
 315     {
 316       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 317       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 318       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 319       sg.addSequence(sequence, false);
 320       av.setSelectionGroup(sg);
 321     }
 322     ap.paintAlignment(false);
 323     av.sendSelection();
 324   }
 325
 326   void insertGapAtCursor(boolean group)
 327   {
 328     groupEditing = group;
 329     startseq = seqCanvas.cursorY;
 330     lastres = seqCanvas.cursorX;
 331     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 332     endEditing();
 333   }
 334
 335   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 336   {
 337     groupEditing = group;
 338     startseq = seqCanvas.cursorY;
 339     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 340     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 341     endEditing();
 342   }
 343
 344   void numberPressed(char value)
 345   {
 346     if (keyboardNo1 == null)
 347     {
 348       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 349     }
 350
 351     if (keyboardNo2 != null)
 352     {
 353       keyboardNo2.append(value);
 354     }
 355     else
 356     {
 357       keyboardNo1.append(value);
 358     }
 359   }
 360
 361   int getKeyboardNo1()
 362   {
 363     try
 364     {
 365       if (keyboardNo1 != null)
 366       {
 367         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 368         keyboardNo1 = null;
 369         return value;
 370       }
 371     } catch (Exception x)
 372     {
 373     }
 374     keyboardNo1 = null;
 375     return 1;
 376   }
 377
 378   int getKeyboardNo2()
 379   {
 380     try
 381     {
 382       if (keyboardNo2 != null)
 383       {
 384         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 385         keyboardNo2 = null;
 386         return value;
 387       }
 388     } catch (Exception x)
 389     {
 390     }
 391     keyboardNo2 = null;
 392     return 1;
 393   }
 394
 395   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 396   {
 397     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 398             + sequence.getName());
 399
 400     Object obj = null;
 401     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 402     {
 403       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 404               + "");
 405       if (obj != null)
 406       {
 407         text.append(" Nucleotide: ");
 408       }
 409     }
 410     else
 411     {
 412       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 413       if (obj != null)
 414       {
 415         text.append("  Residue: ");
 416       }
 417     }
 418
 419     if (obj != null)
 420     {
 421
 422       if (obj != "")
 423       {
 424         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 425       }
 426     }
 427
 428     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 429
 430   }
 431
 432   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 433   {
 434     lastMousePress = evt.getPoint();
 435
 436     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 437     // As the Button2_mask always seems to be true
 438     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 439             && !av.MAC)
 440     {
 441       mouseWheelPressed = true;
 442       return;
 443     }
 444
 445     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 446     {
 447       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 448       {
 449         groupEditing = true;
 450       }
 451       editingSeqs = true;
 452     }
 453     else
 454     {
 455       doMousePressedDefineMode(evt);
 456       return;
 457     }
 458
 459     int seq = findSeq(evt);
 460     int res = findRes(evt);
 461
 462     if (seq < 0 || res < 0)
 463     {
 464       return;
 465     }
 466
 467     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 468             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 469     {
 470       startseq = seq;
 471       lastres = res;
 472     }
 473     else
 474     {
 475       startseq = -1;
 476       lastres = -1;
 477     }
 478
 479     return;
 480   }
 481
 482   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 483   {
 484     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 485     if (evt.getClickCount() > 1)
 486     {
 487       if (av.getSelectionGroup() != null
 488               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 489               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 490                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 491       {
 492         av.setSelectionGroup(null);
 493       }
 494
 495       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 496               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 497
 498       if (features != null && features.length > 0)
 499       {
 500         SearchResults highlight = new SearchResults();
 501         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 502                 features[0].getEnd());
 503         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 504       }
 505       if (features != null && features.length > 0)
 506       {
 507         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 508         { sequence }, features, false, ap);
 509
 510         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 511       }
 512     }
 513   }
 514
 515   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 516   {
 517     mouseDragging = false;
 518     mouseWheelPressed = false;
 519     ap.paintAlignment(true);
 520
 521     if (!editingSeqs)
 522     {
 523       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 524       return;
 525     }
 526
 527     endEditing();
 528
 529   }
 530
 531   int startWrapBlock = -1;
 532
 533   int wrappedBlock = -1;
 534
 535   int findRes(MouseEvent evt)
 536   {
 537     int res = 0;
 538     int x = evt.getX();
 539
 540     if (av.wrapAlignment)
 541     {
 542
 543       int hgap = av.charHeight;
 544       if (av.scaleAboveWrapped)
 545       {
 546         hgap += av.charHeight;
 547       }
 548
 549       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 550               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 551
 552       int y = evt.getY();
 553       y -= hgap;
 554       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 555
 556       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 557       if (cwidth < 1)
 558       {
 559         return 0;
 560       }
 561
 562       wrappedBlock = y / cHeight;
 563       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 564
 565       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 566
 567     }
 568     else
 569     {
 570       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 571     }
 572
 573     if (av.hasHiddenColumns())
 574     {
 575       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 576     }
 577
 578     return res;
 579
 580   }
 581
 582   int findSeq(MouseEvent evt)
 583   {
 584     final int sqnum = findAlRow(evt);
 585     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 586   }
 587
 588   /**
 589    *
 590    * @param evt
 591    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 592    */
 593   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 594   {
 595     int seq = 0;
 596     int y = evt.getY();
 597
 598     if (av.wrapAlignment)
 599     {
 600       int hgap = av.charHeight;
 601       if (av.scaleAboveWrapped)
 602       {
 603         hgap += av.charHeight;
 604       }
 605
 606       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 607               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 608
 609       y -= hgap;
 610
 611       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 612               .getHeight() - 1);
 613       if (seq < 0)
 614       {
 615         seq = -1;
 616       }
 617     }
 618     else
 619     {
 620       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 621               .getAlignment().getHeight() - 1);
 622       if (seq < 0)
 623       {
 624         seq = -1;
 625       }
 626     }
 627
 628     return seq;
 629   }
 630
 631   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 632   {
 633
 634     int seq = findSeq(evt);
 635     int res = findRes(evt);
 636
 637     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 638             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 639     {
 640       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 641       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 642       // in the alignment
 643
 644       startseq = seq;
 645       lastres = res;
 646     }
 647     else
 648     {
 649       startseq = -1;
 650       lastres = -1;
 651     }
 652
 653     return;
 654   }
 655
 656   String lastMessage;
 657
 658   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 659   {
 660     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 661     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 662     {
 663       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 664     }
 665
 666     lastMessage = tmp;
 667   }
 668
 669   public void highlightSequence(SearchResults results)
 670   {
 671     if (av.followHighlight)
 672     {
 673       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 674       {
 675         ap.alignFrame.repaint();
 676       }
 677     }
 678     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 679
 680   }
 681
 682   @Override
 683   public VamsasSource getVamsasSource()
 684   {
 685     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 686   }
 687
 688   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 689   {
 690     System.out.println("update the seqPanel colours");
 691     // repaint();
 692   }
 693
 694   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 695   {
 696     int res = findRes(evt);
 697     int seq = findSeq(evt);
 698
 699     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 700     {
 701       if (tooltip != null)
 702       {
 703         tooltip.setTip("");
 704       }
 705       return;
 706     }
 707
 708     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 709     if (res > sequence.getLength())
 710     {
 711       if (tooltip != null)
 712       {
 713         tooltip.setTip("");
 714       }
 715       return;
 716     }
 717
 718     int respos = sequence.findPosition(res);
 719     if (ssm != null)
 720     {
 721       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 722     }
 723
 724     StringBuilder text = new StringBuilder();
 725     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 726             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 727
 728     String obj = null;
 729     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 730     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 731     {
 732       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 733       if (obj != null)
 734       {
 735         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 736       }
 737     }
 738     else
 739     {
 740       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "STOP"
 741               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 742       if (obj != null)
 743       {
 744         text.append(" Residue: ").append(obj);
 745       }
 746     }
 747
 748     if (obj != null)
 749     {
 750       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 751     }
 752
 753     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 754
 755     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 756     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 757     if (groups != null)
 758     {
 759       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 760       {
 761         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 762         {
 763           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 764                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 765           {
 766             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 767           }
 768           if (groups[g].getDescription() != null)
 769           {
 770             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 771           }
 772           tooltipText.append("\n");
 773         }
 774       }
 775     }
 776
 777     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 778     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 779             sequence.findPosition(res));
 780
 781     int index = 0;
 782     while (index < allFeatures.length)
 783     {
 784       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 785
 786       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 787
 788       if (sf.getDescription() != null)
 789       {
 790         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 791       }
 792
 793       if (sf.getValue("status") != null)
 794       {
 795         String status = sf.getValue("status").toString();
 796         if (status.length() > 0)
 797         {
 798           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 799         }
 800       }
 801       tooltipText.append("\n");
 802
 803       index++;
 804     }
 805
 806     if (tooltip == null)
 807     {
 808       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 809     }
 810     else
 811     {
 812       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 813     }
 814   }
 815
 816   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 817   {
 818     Vector tmp = new Vector();
 819     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 820     if (features != null)
 821     {
 822       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 823       {
 824         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 825                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 826         {
 827           continue;
 828         }
 829
 830         if (features[i].featureGroup != null
 831                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 832         {
 833           continue;
 834         }
 835
 836         if ((features[i].getBegin() <= res)
 837                 && (features[i].getEnd() >= res))
 838         {
 839           tmp.addElement(features[i]);
 840         }
 841       }
 842     }
 843
 844     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 845     tmp.copyInto(features);
 846
 847     return features;
 848   }
 849
 850   Tooltip tooltip;
 851
 852   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 853   {
 854     if (mouseWheelPressed)
 855     {
 856       int oldWidth = av.charWidth;
 857
 858       // Which is bigger, left-right or up-down?
 859       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 860               - lastMousePress.x))
 861       {
 862         int fontSize = av.font.getSize();
 863
 864         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 865         {
 866           fontSize--;
 867         }
 868         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 869         {
 870           fontSize++;
 871         }
 872
 873         if (fontSize < 1)
 874         {
 875           fontSize = 1;
 876         }
 877
 878         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 879         av.charWidth = oldWidth;
 880       }
 881       else
 882       {
 883         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 884         {
 885           av.charWidth--;
 886         }
 887         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 888         {
 889           av.charWidth++;
 890         }
 891
 892         if (av.charWidth < 1)
 893         {
 894           av.charWidth = 1;
 895         }
 896       }
 897
 898       ap.fontChanged();
 899
 900       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 901       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 902
 903       lastMousePress = evt.getPoint();
 904
 905       ap.paintAlignment(false);
 906       ap.annotationPanel.image = null;
 907       return;
 908     }
 909
 910     if (!editingSeqs)
 911     {
 912       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 913       return;
 914     }
 915
 916     int res = findRes(evt);
 917
 918     if (res < 0)
 919     {
 920       res = 0;
 921     }
 922
 923     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 929     {
 930       // dragLeft, delete gap
 931       editSequence(false, res);
 932     }
 933     else
 934     {
 935       editSequence(true, res);
 936     }
 937
 938     mouseDragging = true;
 939     if (scrollThread != null)
 940     {
 941       scrollThread.setEvent(evt);
 942     }
 943
 944   }
 945
 946   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 947   {
 948     int fixedLeft = -1;
 949     int fixedRight = -1;
 950     boolean fixedColumns = false;
 951     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 952
 953     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 954
 955     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 956     {
 957       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 958       {
 959         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 960         groupEditing = true;
 961       }
 962     }
 963
 964     StringBuffer message = new StringBuffer();
 965     if (groupEditing)
 966     {
 967       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
 968               ":");
 969       if (editCommand == null)
 970       {
 971         editCommand = new EditCommand(
 972                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
 973       }
 974     }
 975     else
 976     {
 977       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
 978               .append(" " + seq.getName());
 979       String label = seq.getName();
 980       if (label.length() > 10)
 981       {
 982         label = label.substring(0, 10);
 983       }
 984       if (editCommand == null)
 985       {
 986         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
 987                 "label.edit_params", new String[]
 988                 { label }));
 989       }
 990     }
 991
 992     if (insertGap)
 993     {
 994       message.append(" insert ");
 995     }
 996     else
 997     {
 998       message.append(" delete ");
 999     }
1000
1001     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1002     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1003
1004     // Are we editing within a selection group?
1005     if (groupEditing
1006             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1007                     .contains(seq)))
1008     {
1009       fixedColumns = true;
1010
1011       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1012       // but the sequence represents a group
1013       if (sg == null)
1014       {
1015         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1016         {
1017           endEditing();
1018           return;
1019         }
1020
1021         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1022       }
1023
1024       fixedLeft = sg.getStartRes();
1025       fixedRight = sg.getEndRes();
1026
1027       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1028               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1029               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1030               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1031       {
1032         endEditing();
1033         return;
1034       }
1035
1036       if (fixedLeft > startres)
1037       {
1038         fixedRight = fixedLeft - 1;
1039         fixedLeft = 0;
1040       }
1041       else if (fixedRight < startres)
1042       {
1043         fixedLeft = fixedRight;
1044         fixedRight = -1;
1045       }
1046     }
1047
1048     if (av.hasHiddenColumns())
1049     {
1050       fixedColumns = true;
1051       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1052       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1053
1054       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1055               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1056       {
1057         endEditing();
1058         return;
1059       }
1060
1061       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1062       // Selection spans a hidden region
1063       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1064       {
1065         if (startres >= y2)
1066         {
1067           fixedLeft = y2;
1068         }
1069         else
1070         {
1071           fixedRight = y2 - 1;
1072         }
1073       }
1074     }
1075
1076     if (groupEditing)
1077     {
1078       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1079               .toArray(new SequenceI[0]);
1080
1081       // drag to right
1082       if (insertGap)
1083       {
1084         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1085         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1086         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1087                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1088         {
1089           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1090           fixedRight = sg.getEndRes();
1091         }
1092
1093         // Is it valid with fixed columns??
1094         // Find the next gap before the end
1095         // of the visible region boundary
1096         boolean blank = false;
1097         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1098         {
1099           blank = true;
1100
1101           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1102           {
1103             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1104             {
1105               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1106                       - j)))
1107               {
1108                 blank = false;
1109                 break;
1110               }
1111             }
1112           }
1113           if (blank)
1114           {
1115             break;
1116           }
1117         }
1118
1119         if (!blank)
1120         {
1121           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1122           {
1123             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1124                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1125             {
1126               endEditing();
1127               return;
1128             }
1129
1130             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1131             if (av.hasHiddenRows())
1132             {
1133               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1134                       .getWidth();
1135               if (hwidth > alWidth)
1136               {
1137                 alWidth = hwidth;
1138               }
1139             }
1140             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1141             // contains all the sequences
1142             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1143             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1144           }
1145           else
1146           {
1147             endEditing();
1148             return;
1149           }
1150         }
1151       }
1152
1153       // drag to left
1154       else if (!insertGap)
1155       {
1156         // / Are we able to delete?
1157         // ie are all columns blank?
1158
1159         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1160         {
1161           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1162           {
1163             if (gs.getLength() <= j)
1164             {
1165               continue;
1166             }
1167
1168             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1169             {
1170               // Not a gap, block edit not valid
1171               endEditing();
1172               return;
1173             }
1174           }
1175         }
1176       }
1177
1178       if (insertGap)
1179       {
1180         // dragging to the right
1181         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1182         {
1183           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1184           {
1185             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1186           }
1187         }
1188         else
1189         {
1190           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1191                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1192         }
1193       }
1194       else
1195       {
1196         // dragging to the left
1197         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1198         {
1199           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1200           {
1201             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1202           }
1203         }
1204         else
1205         {
1206           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1207                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1208         }
1209
1210       }
1211     }
1212     else
1213     // ///Editing a single sequence///////////
1214     {
1215       if (insertGap)
1216       {
1217         // dragging to the right
1218         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1219         {
1220           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1221           {
1222             insertChar(j, new SequenceI[]
1223             { seq }, fixedRight);
1224           }
1225         }
1226         else
1227         {
1228           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1229           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1230         }
1231       }
1232       else
1233       {
1234         // dragging to the left
1235         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1236         {
1237           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1238           {
1239             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1240             {
1241               endEditing();
1242               break;
1243             }
1244             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1245             { seq }, fixedRight);
1246           }
1247         }
1248         else
1249         {
1250           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1251           int max = 0;
1252           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1253           {
1254             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1255             {
1256               break;
1257             }
1258             max++;
1259           }
1260
1261           if (max > 0)
1262           {
1263             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1264             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1265           }
1266         }
1267       }
1268     }
1269
1270     lastres = startres;
1271     seqCanvas.repaint();
1272   }
1273
1274   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1275   {
1276     int blankColumn = fixedColumn;
1277     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1278     {
1279       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1280       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1281
1282       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1283       {
1284         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1285         {
1286           // Theres a space, so break and insert the gap
1287           break;
1288         }
1289       }
1290
1291       if (blankColumn <= j)
1292       {
1293         blankColumn = fixedColumn;
1294         endEditing();
1295         return;
1296       }
1297     }
1298
1299     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1300             av.getAlignment(), true);
1301
1302     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1303             true);
1304
1305   }
1306
1307   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1308   {
1309
1310     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1311             true);
1312
1313     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1314             av.getAlignment(), true);
1315   }
1316
1317   // ////////////////////////////////////////
1318   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1319   // ////////////////////////////////////////
1320   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1321   {
1322     if (scrollThread != null)
1323     {
1324       scrollThread.running = false;
1325       scrollThread = null;
1326     }
1327
1328     int res = findRes(evt);
1329     int seq = findSeq(evt);
1330     oldSeq = seq;
1331     startWrapBlock = wrappedBlock;
1332
1333     if (seq == -1)
1334     {
1335       return;
1336     }
1337
1338     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1339
1340     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1341     {
1342       return;
1343     }
1344
1345     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1346
1347     if (stretchGroup == null)
1348     {
1349       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1350       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1351               && res < stretchGroup.getEndRes())
1352       {
1353         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1354       }
1355       else
1356       {
1357         stretchGroup = null;
1358       }
1359     }
1360
1361     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1362             || stretchGroup.getStartRes() > res
1363             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1364     {
1365       stretchGroup = null;
1366
1367       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1368
1369       if (allGroups != null)
1370       {
1371         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1372         {
1373           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1374                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1375           {
1376             stretchGroup = allGroups[i];
1377             break;
1378           }
1379         }
1380       }
1381       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1382     }
1383
1384     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1385     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1386     {
1387       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1388               sequence.findPosition(res));
1389
1390       Vector links = null;
1391       if (allFeatures != null)
1392       {
1393         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1394         {
1395           if (allFeatures[i].links != null)
1396           {
1397             if (links == null)
1398             {
1399               links = new Vector();
1400             }
1401             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1402             {
1403               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1404             }
1405           }
1406         }
1407       }
1408       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1409       this.add(popup);
1410       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1411       return;
1412     }
1413
1414     if (av.cursorMode)
1415     {
1416       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1417       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1418       seqCanvas.repaint();
1419       return;
1420     }
1421
1422     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1423
1424     if (stretchGroup == null)
1425     {
1426       // define a new group here
1427       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1428       sg.setStartRes(res);
1429       sg.setEndRes(res);
1430       sg.addSequence(sequence, false);
1431       av.setSelectionGroup(sg);
1432       stretchGroup = sg;
1433
1434       if (av.getConservationSelected())
1435       {
1436         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1437                 "Background");
1438       }
1439       if (av.getAbovePIDThreshold())
1440       {
1441         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1442                 "Background");
1443       }
1444
1445     }
1446   }
1447
1448   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1449   {
1450     if (stretchGroup == null)
1451     {
1452       return;
1453     }
1454
1455     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1456                                        // state
1457     if (stretchGroup.cs != null)
1458     {
1459       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1460               av.getHiddenRepSequences());
1461
1462       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1463       {
1464         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1465                 stretchGroup.getName());
1466       }
1467       else
1468       {
1469         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1470                 stretchGroup.getName());
1471       }
1472     }
1473     changeEndRes = false;
1474     changeStartRes = false;
1475     stretchGroup = null;
1476     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1477     ap.paintAlignment(true);
1478     av.sendSelection();
1479   }
1480
1481   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1482   {
1483     int res = findRes(evt);
1484     int y = findSeq(evt);
1485
1486     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1487     {
1488       return;
1489     }
1490
1491     if (stretchGroup == null)
1492     {
1493       return;
1494     }
1495
1496     mouseDragging = true;
1497
1498     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1499     {
1500       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1501     }
1502
1503     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1504     {
1505       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1506     }
1507
1508     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1509     {
1510       // Edit end res position of selected group
1511       changeEndRes = true;
1512     }
1513     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1514     {
1515       // Edit start res position of selected group
1516       changeStartRes = true;
1517     }
1518
1519     if (res < 0)
1520     {
1521       res = 0;
1522     }
1523
1524     if (changeEndRes)
1525     {
1526       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1527       {
1528         stretchGroup.setEndRes(res);
1529       }
1530     }
1531     else if (changeStartRes)
1532     {
1533       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1534       {
1535         stretchGroup.setStartRes(res);
1536       }
1537     }
1538
1539     int dragDirection = 0;
1540
1541     if (y > oldSeq)
1542     {
1543       dragDirection = 1;
1544     }
1545     else if (y < oldSeq)
1546     {
1547       dragDirection = -1;
1548     }
1549
1550     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1551             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1552     {
1553       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1554       // selection is quite slow.
1555       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1556
1557       oldSeq += dragDirection;
1558
1559       if (oldSeq < 0)
1560       {
1561         break;
1562       }
1563
1564       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1565
1566       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1567       {
1568         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1569       }
1570       else
1571       {
1572         if (seq != null)
1573         {
1574           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1575         }
1576
1577         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1578       }
1579     }
1580
1581     if (oldSeq < 0)
1582     {
1583       oldSeq = -1;
1584     }
1585
1586     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1587             || y > av.endSeq)
1588     {
1589       mouseExited(evt);
1590     }
1591
1592     if (scrollThread != null)
1593     {
1594       scrollThread.setEvent(evt);
1595     }
1596
1597     seqCanvas.repaint();
1598   }
1599
1600   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1601   {
1602     if (oldSeq < 0)
1603     {
1604       oldSeq = 0;
1605     }
1606
1607     if (scrollThread != null)
1608     {
1609       scrollThread.running = false;
1610       scrollThread = null;
1611     }
1612   }
1613
1614   public void mouseExited(MouseEvent e)
1615   {
1616     if (av.getWrapAlignment())
1617     {
1618       return;
1619     }
1620
1621     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1622     {
1623       scrollThread = new ScrollThread();
1624     }
1625   }
1626
1627   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1628   {
1629     if (evt == null)
1630     {
1631       if (scrollThread != null)
1632       {
1633         scrollThread.running = false;
1634         scrollThread = null;
1635       }
1636       mouseDragging = false;
1637     }
1638     else
1639     {
1640       if (scrollThread == null)
1641       {
1642         scrollThread = new ScrollThread();
1643       }
1644
1645       mouseDragging = true;
1646       scrollThread.setEvent(evt);
1647     }
1648
1649   }
1650
1651   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1652   class ScrollThread extends Thread
1653   {
1654     MouseEvent evt;
1655
1656     boolean running = false;
1657
1658     public ScrollThread()
1659     {
1660       start();
1661     }
1662
1663     public void setEvent(MouseEvent e)
1664     {
1665       evt = e;
1666     }
1667
1668     public void stopScrolling()
1669     {
1670       running = false;
1671     }
1672
1673     public void run()
1674     {
1675       running = true;
1676       while (running)
1677       {
1678
1679         if (evt != null)
1680         {
1681
1682           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1683           {
1684             running = ap.scrollUp(true);
1685           }
1686
1687           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1688                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1689           {
1690             running = ap.scrollUp(false);
1691           }
1692
1693           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1694           {
1695             running = ap.scrollRight(false);
1696           }
1697
1698           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1699           {
1700             running = ap.scrollRight(true);
1701           }
1702         }
1703
1704         try
1705         {
1706           Thread.sleep(75);
1707         } catch (Exception ex)
1708         {
1709         }
1710       }
1711     }
1712   }
1713
1714   /**
1715    * modify current selection according to a received message.
1716    */
1717   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1718           SelectionSource source)
1719   {
1720     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1721     // handles selection messages...
1722     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1723     // shared between viewports.
1724     if (av != null
1725             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1726                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1727     {
1728       return;
1729     }
1730     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1731     // suspect)
1732     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1733     // sequence selection
1734     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1735     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1736     {
1737       SequenceGroup sgroup = null;
1738       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1739       {
1740         if (av.getAlignment() == null)
1741         {
1742           System.out
1743                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1744                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1745                           + av.getViewId()
1746                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1747           return;
1748         }
1749         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1750                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1751         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1752                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1753         {
1754           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1755           copycolsel = false;
1756         }
1757       }
1758       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1759       {
1760         av.setSelectionGroup(sgroup);
1761       }
1762       else
1763       {
1764         av.setSelectionGroup(null);
1765       }
1766       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1767     }
1768     if (copycolsel
1769             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1770                     .isColSelChanged(true)))
1771     {
1772       // the current selection is unset or from a previous message
1773       // so import the new colsel.
1774       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1775       {
1776         if (av.getColumnSelection() != null)
1777         {
1778           av.getColumnSelection().clear();
1779         }
1780       }
1781       else
1782       {
1783         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1784         if (av.getColumnSelection() == null)
1785         {
1786           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1787         }
1788         else
1789         {
1790           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1791         }
1792       }
1793       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1794     }
1795     if (copycolsel
1796             && av.hasHiddenColumns()
1797             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1798                     .getHiddenColumns() == null))
1799     {
1800       System.err.println("Bad things");
1801     }
1802     if (repaint)
1803     {
1804       ap.scalePanelHolder.repaint();
1805       ap.repaint();
1806     }
1807   }
1808
1809   /**
1810    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1811    *
1812    * @param row
1813    * @param column
1814    */
1815   public void scrollTo(int row, int column)
1816   {
1817
1818     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1819     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1820     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1821   }
1822
1823   /**
1824    * scroll to the given row - or nearest visible location
1825    *
1826    * @param row
1827    */
1828   public void scrollToRow(int row)
1829   {
1830
1831     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1832     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1833   }
1834
1835   /**
1836    * scroll to the given column - or nearest visible location
1837    *
1838    * @param column
1839    */
1840   public void scrollToColumn(int column)
1841   {
1842
1843     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1844     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1845   }
1846
1847 }