src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 326          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 327        {\r
 328          mouseWheelPressed = true;\r
 329          return;\r
 330        }\r
 331 \r
 332        if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
 333        {\r
 334          if (evt.isControlDown())\r
 335          {\r
 336            groupEditing = true;\r
 337          }\r
 338          editingSeqs = true;\r
 339        }\r
 340        else\r
 341        {\r
 342          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 343          return;\r
 344        }\r
 345 \r
 346 \r
 347        int seq = findSeq(evt);\r
 348        int res = findRes(evt);\r
 349 \r
 350        if(seq<0 || res<0)\r
 351          return;\r
 352 \r
 353        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 354                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 355 \r
 356          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 357                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 358          {\r
 359              startseq = seq;\r
 360              lastres = res;\r
 361          }\r
 362          else\r
 363          {\r
 364              startseq = -1;\r
 365              lastres = -1;\r
 366          }\r
 367 \r
 368         return;\r
 369      }\r
 370 \r
 371      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 372 \r
 373 \r
 374   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 375   {\r
 376     mouseDragging = false;\r
 377     mouseWheelPressed = false;\r
 378 \r
 379     if (!editingSeqs)\r
 380     {\r
 381        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 382        return;\r
 383     }\r
 384 \r
 385      editOccurred();\r
 386 \r
 387      endEditing();\r
 388      ap.repaint();\r
 389   }\r
 390 \r
 391   int startWrapBlock=-1;\r
 392   int wrappedBlock=-1;\r
 393   int findRes(MouseEvent evt)\r
 394  {\r
 395    int res = 0;\r
 396    int x = evt.getX();\r
 397 \r
 398   if (av.wrapAlignment)\r
 399   {\r
 400 \r
 401     int hgap = av.charHeight;\r
 402     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 403       hgap += av.charHeight;\r
 404 \r
 405     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 406         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 407 \r
 408       int y = evt.getY();\r
 409       y -= hgap;\r
 410       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 411 \r
 412 \r
 413       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 414 \r
 415       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 416       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 417 \r
 418       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 419 \r
 420   }\r
 421   else\r
 422   {\r
 423       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   if(av.hasHiddenColumns)\r
 427           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 428 \r
 429   return res;\r
 430 \r
 431  }\r
 432 \r
 433  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 434  {\r
 435 \r
 436    int seq = 0;\r
 437    int y = evt.getY();\r
 438 \r
 439    if (av.wrapAlignment)\r
 440    {\r
 441      int hgap = av.charHeight;\r
 442      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 443        hgap += av.charHeight;\r
 444 \r
 445      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 446          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 447 \r
 448        y -= hgap;\r
 449 \r
 450      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 451                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 452      if(seq<0)\r
 453        seq = 0;\r
 454    }\r
 455    else\r
 456    {\r
 457      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 458                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 459      if(seq<0)\r
 460        seq = 0;\r
 461    }\r
 462 \r
 463    return seq;\r
 464  }\r
 465 \r
 466 \r
 467   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 468   {\r
 469     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 470         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 471 \r
 472     int seq = findSeq(evt);\r
 473     int res = findRes(evt);\r
 474 \r
 475     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 476         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 477     {\r
 478       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 479       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 480       // in the alignment\r
 481 \r
 482       startseq = seq;\r
 483       lastres = res;\r
 484     }\r
 485     else\r
 486     {\r
 487       startseq = -1;\r
 488       lastres = -1;\r
 489     }\r
 490 \r
 491     return;\r
 492   }\r
 493 \r
 494   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 495   {\r
 496     int res = findRes(evt);\r
 497     int seq = findSeq(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 500     {\r
 501       return;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 505     if (res > sequence.getLength())\r
 506     {\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 511             sequence.getName());\r
 512 \r
 513     Object obj = null;\r
 514     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 515     {\r
 516       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 517           "");\r
 518       if(obj!=null)\r
 519         text.append(" Nucleotide: ");\r
 520     }\r
 521     else\r
 522     {\r
 523       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 524       if(obj!=null)\r
 525         text.append("  Residue: ");\r
 526     }\r
 527 \r
 528     if (obj != null)\r
 529     {\r
 530       if (obj != "")\r
 531       {\r
 532         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 533       }\r
 534     }\r
 535 \r
 536     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 537     {\r
 538       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 539     }\r
 540 \r
 541     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 542 \r
 543 \r
 544     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 545     if (av.showSequenceFeatures\r
 546         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 547         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 548     {\r
 549       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 550       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 551 \r
 552       int index = 0;\r
 553       while (index < allFeatures.size())\r
 554       {\r
 555         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 556 \r
 557         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 558 \r
 559         if (sf.getDescription() != null)\r
 560           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 561 \r
 562         if (sf.getValue("status") != null )\r
 563         {\r
 564           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 565         }\r
 566         featureText.append("\n");\r
 567 \r
 568         index++;\r
 569       }\r
 570 \r
 571 \r
 572         if (tooltip == null)\r
 573           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 574         else\r
 575           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 576 \r
 577         tooltip.repaint();\r
 578 \r
 579     }\r
 580   }\r
 581 \r
 582   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 583   {\r
 584     Vector allFeatures = new Vector();\r
 585     int index = 0;\r
 586     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 587     {\r
 588       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 589       {\r
 590         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 591         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 592             sf.getEnd() >= res)\r
 593         {\r
 594           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 595           {\r
 596             allFeatures.addElement(sf);\r
 597           }\r
 598         }\r
 599         index++;\r
 600       }\r
 601     }\r
 602     return allFeatures;\r
 603   }\r
 604 \r
 605   Tooltip tooltip;\r
 606 \r
 607   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 608   {\r
 609     if (mouseWheelPressed)\r
 610     {\r
 611       int oldWidth = av.charWidth;\r
 612 \r
 613       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 614       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 615           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 616       {\r
 617         int fontSize = av.font.getSize();\r
 618 \r
 619         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 620         {\r
 621           fontSize--;\r
 622         }\r
 623         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 624         {\r
 625           fontSize++;\r
 626         }\r
 627 \r
 628 \r
 629         if(fontSize<1)\r
 630           fontSize = 1;\r
 631 \r
 632         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 633         av.charWidth = oldWidth;\r
 634       }\r
 635       else\r
 636       {\r
 637         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 638         {\r
 639           av.charWidth--;\r
 640         }\r
 641         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 642         {\r
 643           av.charWidth++;\r
 644         }\r
 645 \r
 646         if(av.charWidth<1)\r
 647         {\r
 648           av.charWidth = 1;\r
 649         }\r
 650       }\r
 651 \r
 652       ap.fontChanged();\r
 653 \r
 654       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 655       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 656 \r
 657       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 658 \r
 659       ap.repaint();\r
 660       ap.annotationPanel.image = null;\r
 661       return;\r
 662       }\r
 663 \r
 664       if (!editingSeqs)\r
 665       {\r
 666         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 667         return;\r
 668       }\r
 669 \r
 670   int res = findRes(evt);\r
 671 \r
 672   if (res < 0)\r
 673   {\r
 674       res = 0;\r
 675   }\r
 676 \r
 677   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 678   {\r
 679       return;\r
 680   }\r
 681 \r
 682   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 683   {\r
 684     // dragLeft, delete gap\r
 685     editSequence(false, res);\r
 686   }\r
 687   else\r
 688     editSequence(true, res);\r
 689 \r
 690   mouseDragging = true;\r
 691   if(scrollThread!=null)\r
 692     scrollThread.setEvent(evt);\r
 693 \r
 694   }\r
 695 \r
 696   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 697   {\r
 698     int fixedLeft = -1;\r
 699     int fixedRight = -1;\r
 700     boolean fixedColumns = false;\r
 701     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 702 \r
 703 \r
 704       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 705       {\r
 706         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 707         {\r
 708           groupEditing = true;\r
 709         }\r
 710       }\r
 711 \r
 712       //No group, but the sequence may represent a group\r
 713       if (groupEditing\r
 714           && sg == null\r
 715           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 716       {\r
 717         groupEditing = false;\r
 718       }\r
 719 \r
 720       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 721       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 722       if (groupEditing)\r
 723          message.append("Edit group:");\r
 724       else\r
 725          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 726 \r
 727      if(insertGap)\r
 728        message.append(" insert ");\r
 729      else\r
 730        message.append(" delete ");\r
 731 \r
 732      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 733      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 734 \r
 735 \r
 736       //Are we editing within a selection group?\r
 737       if (groupEditing\r
 738           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 739       {\r
 740         fixedColumns = true;\r
 741 \r
 742         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 743         //but the sequence represents a group\r
 744         if (sg == null)\r
 745         {\r
 746           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 747                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 748           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 749         }\r
 750 \r
 751         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 752         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 753 \r
 754         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 755             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 756             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 757             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 758         {\r
 759           endEditing();\r
 760           return;\r
 761         }\r
 762 \r
 763         if (fixedLeft > startres)\r
 764         {\r
 765           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 766           fixedLeft = 0;\r
 767         }\r
 768         else if (fixedRight < startres)\r
 769         {\r
 770           fixedLeft = fixedRight;\r
 771           fixedRight = -1;\r
 772         }\r
 773       }\r
 774 \r
 775 \r
 776       if(av.hasHiddenColumns )\r
 777       {\r
 778           fixedColumns = true;\r
 779           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 780           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 781 \r
 782           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 783               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 784           {\r
 785             endEditing();\r
 786             return;\r
 787           }\r
 788 \r
 789           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 790           //Selection spans a hidden region\r
 791           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 792           {\r
 793             if(startres>=y2)\r
 794             {\r
 795               fixedLeft = y2;\r
 796             }\r
 797             else\r
 798             {\r
 799              fixedRight = y2 - 1;\r
 800            }\r
 801           }\r
 802       }\r
 803 \r
 804 \r
 805       if (groupEditing)\r
 806       {\r
 807         // drag to right\r
 808         if (insertGap)\r
 809         {\r
 810             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 811             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 812             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 813                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 814                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 815                )\r
 816             {\r
 817               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 818               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 819             }\r
 820 \r
 821           // Is it valid with fixed columns??\r
 822           // Find the next gap before the end\r
 823           // of the visible region boundary\r
 824           boolean blank = false;\r
 825           for (fixedRight = fixedRight;\r
 826                fixedRight > lastres;\r
 827                fixedRight--)\r
 828           {\r
 829             blank = true;\r
 830             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 831             {\r
 832               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 833               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 834               {\r
 835                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 836                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 837                 {\r
 838                   blank = false;\r
 839                   break;\r
 840                 }\r
 841               }\r
 842             }\r
 843             if (blank)\r
 844               break;\r
 845           }\r
 846 \r
 847           if (!blank)\r
 848           {\r
 849             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 850             {\r
 851               if((av.hasHiddenColumns\r
 852                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 853               {\r
 854                 endEditing();\r
 855                 return;\r
 856               }\r
 857 \r
 858               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 859               if(av.hasHiddenRows)\r
 860               {\r
 861                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 862                 if(hwidth>alWidth)\r
 863                   alWidth = hwidth;\r
 864               }\r
 865               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 866               //contains all the sequences\r
 867               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 868               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 869             }\r
 870             else\r
 871             {\r
 872               endEditing();\r
 873               return;\r
 874             }\r
 875           }\r
 876         }\r
 877 \r
 878 \r
 879         // drag to left\r
 880         else if(!insertGap)\r
 881         {\r
 882           /// Are we able to delete?\r
 883           // ie are all columns blank?\r
 884 \r
 885           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 886           {\r
 887             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 888 \r
 889             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 890             {\r
 891               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 892               {\r
 893                 continue;\r
 894               }\r
 895 \r
 896               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 897                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 898               {\r
 899                 // Not a gap, block edit not valid\r
 900                 endEditing();\r
 901                 return;\r
 902               }\r
 903             }\r
 904           }\r
 905         }\r
 906 \r
 907 \r
 908         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 909         {\r
 910           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 911 \r
 912           if (insertGap)\r
 913           {\r
 914             // dragging to the right\r
 915             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 916             {\r
 917               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 918               {\r
 919                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 920               }\r
 921               else\r
 922                 insertChar(j, seq);\r
 923             }\r
 924           }\r
 925           else\r
 926           {\r
 927             // dragging to the left\r
 928             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 929             {\r
 930               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 931               {\r
 932                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 933               }\r
 934               else\r
 935               {\r
 936                 deleteChar(startres, seq);\r
 937               }\r
 938             }\r
 939           }\r
 940         }\r
 941       }\r
 942       else /////Editing a single sequence///////////\r
 943       {\r
 944         if (insertGap)\r
 945         {\r
 946           // dragging to the right\r
 947           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 948           {\r
 949             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 950             {\r
 951                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 952             }\r
 953             else\r
 954               insertChar(j, seq);\r
 955           }\r
 956         }\r
 957         else\r
 958         {\r
 959           // dragging to the left\r
 960           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 961           {\r
 962             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 963             {\r
 964               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 965             }\r
 966             else\r
 967             {\r
 968               deleteChar(startres, seq);\r
 969             }\r
 970           }\r
 971         }\r
 972       }\r
 973 \r
 974       lastres = startres;\r
 975       seqCanvas.repaint();\r
 976   }\r
 977 \r
 978 \r
 979     /**\r
 980      * DOCUMENT ME!\r
 981      *\r
 982      * @param j DOCUMENT ME!\r
 983      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 984      */\r
 985     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 986     {\r
 987         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 988         seqEditOccurred = true;\r
 989     }\r
 990 \r
 991     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 992     {\r
 993       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 994       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 995       int blankColumn = fixedColumn;\r
 996       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 997       {\r
 998         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 999         {\r
1000           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1001           break;\r
1002         }\r
1003       }\r
1004 \r
1005       if (blankColumn <= j)\r
1006       {\r
1007         endEditing();\r
1008         return;\r
1009       }\r
1010 \r
1011       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1012       {\r
1013         //Just Checking\r
1014         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1015         return;\r
1016       }\r
1017 \r
1018       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1019       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1020       seqEditOccurred = true;\r
1021     }\r
1022 \r
1023     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1024     {\r
1025       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1026       {\r
1027         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1028             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1029         return;\r
1030       }\r
1031 \r
1032       seq.deleteCharAt(j);\r
1033       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1034       seqEditOccurred = true;\r
1035     }\r
1036 \r
1037     /**\r
1038      * DOCUMENT ME!\r
1039      *\r
1040      * @param j DOCUMENT ME!\r
1041      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1042      */\r
1043     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1044     {\r
1045       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1046       {\r
1047         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1048             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1049         return;\r
1050       }\r
1051 \r
1052         seq.deleteCharAt(j);\r
1053         seqEditOccurred = true;\r
1054         seqCanvas.repaint();\r
1055     }\r
1056 \r
1057     /**\r
1058      * DOCUMENT ME!\r
1059      *\r
1060      * @param i DOCUMENT ME!\r
1061      */\r
1062     void editOccurred()\r
1063     {\r
1064       if (!seqEditOccurred)\r
1065       {\r
1066         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1067         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1068       }\r
1069 \r
1070       endEditing();\r
1071 \r
1072       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1073 \r
1074     }\r
1075 \r
1076 //////////////////////////////////////////\r
1077 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1078 //////////////////////////////////////////\r
1079   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1080   {\r
1081 \r
1082 \r
1083     if (scrollThread != null)\r
1084     {\r
1085       scrollThread.running = false;\r
1086       scrollThread = null;\r
1087     }\r
1088 \r
1089     int res = findRes(evt);\r
1090     int seq = findSeq(evt);\r
1091     oldSeq = seq;\r
1092     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1093 \r
1094     if(seq==-1)\r
1095       return;\r
1096 \r
1097     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1098 \r
1099     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1100     {\r
1101       return;\r
1102     }\r
1103 \r
1104     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1105 \r
1106     if (stretchGroup == null)\r
1107     {\r
1108       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1109       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1110           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1111       {\r
1112         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1113       }\r
1114       else\r
1115       {\r
1116         stretchGroup = null;\r
1117       }\r
1118     }\r
1119 \r
1120     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1121              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1122              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1123     {\r
1124       stretchGroup = null;\r
1125 \r
1126       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1127 \r
1128       if (allGroups != null)\r
1129       {\r
1130         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1131         {\r
1132           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1133               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1134           {\r
1135             stretchGroup = allGroups[i];\r
1136             break;\r
1137           }\r
1138         }\r
1139       }\r
1140       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1141     }\r
1142 \r
1143 \r
1144     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1145     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1146              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1147     {\r
1148       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1149                                                sequence.findPosition(res));\r
1150 \r
1151       Vector links = null;\r
1152       if(allFeatures!=null)\r
1153       {\r
1154         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1155         {\r
1156           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1157           if (sf.links != null)\r
1158           {\r
1159             links = new Vector();\r
1160             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1161             {\r
1162               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1163             }\r
1164           }\r
1165         }\r
1166       }\r
1167       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1168       this.add(popup);\r
1169       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1170       ap.repaint();\r
1171       return;\r
1172     }\r
1173 \r
1174     if (av.cursorMode)\r
1175     {\r
1176       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1177       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1178       seqCanvas.repaint();\r
1179       return;\r
1180     }\r
1181 \r
1182       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1183 \r
1184       if (stretchGroup == null)\r
1185       {\r
1186         // define a new group here\r
1187         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1188         sg.setStartRes(res);\r
1189         sg.setEndRes(res);\r
1190         sg.addSequence(sequence, false);\r
1191         av.setSelectionGroup(sg);\r
1192         stretchGroup = sg;\r
1193 \r
1194         if (av.getConservationSelected())\r
1195         {\r
1196           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1197                                             "Background");\r
1198         }\r
1199         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1200         {\r
1201           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1202                                          "Background");\r
1203         }\r
1204 \r
1205       }\r
1206   }\r
1207 \r
1208   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1209   {\r
1210     if (stretchGroup == null)\r
1211     {\r
1212         return;\r
1213     }\r
1214 \r
1215     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1216     {\r
1217       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1218       {\r
1219         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1220             stretchGroup.getSequences(true),\r
1221             stretchGroup.getWidth());\r
1222       }\r
1223 \r
1224       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1225       {\r
1226         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1227                                           stretchGroup.getName());\r
1228         stretchGroup.recalcConservation();\r
1229       }\r
1230       else\r
1231       {\r
1232         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1233                                        stretchGroup.getName());\r
1234       }\r
1235     }\r
1236     changeEndRes = false;\r
1237     changeStartRes = false;\r
1238     stretchGroup = null;\r
1239     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1240     ap.repaint();\r
1241   }\r
1242 \r
1243   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1244   {\r
1245     int res = findRes(evt);\r
1246     int y = findSeq(evt);\r
1247 \r
1248     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1249       return;\r
1250 \r
1251      if (stretchGroup == null)\r
1252      {\r
1253           return;\r
1254      }\r
1255 \r
1256      mouseDragging = true;\r
1257 \r
1258 \r
1259       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1260       {\r
1261         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1262       }\r
1263 \r
1264       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1265         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1266 \r
1267       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1268       {\r
1269           // Edit end res position of selected group\r
1270           changeEndRes = true;\r
1271       }\r
1272       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1273       {\r
1274           // Edit start res position of selected group\r
1275           changeStartRes = true;\r
1276       }\r
1277 \r
1278       if (res < 0)\r
1279       {\r
1280           res = 0;\r
1281       }\r
1282 \r
1283       if (changeEndRes)\r
1284       {\r
1285           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1286           {\r
1287               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1288           }\r
1289       }\r
1290       else if (changeStartRes)\r
1291       {\r
1292           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1293           {\r
1294               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1295           }\r
1296       }\r
1297 \r
1298       int dragDirection = 0;\r
1299 \r
1300       if (y > oldSeq)\r
1301       {\r
1302           dragDirection = 1;\r
1303       }\r
1304       else if (y < oldSeq)\r
1305       {\r
1306           dragDirection = -1;\r
1307       }\r
1308 \r
1309 \r
1310       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1311       {\r
1312           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1313           // selection is quite slow.\r
1314           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1315 \r
1316           oldSeq += dragDirection;\r
1317 \r
1318           if(oldSeq<0)\r
1319             break;\r
1320 \r
1321           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1322 \r
1323           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1324           {\r
1325               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1326           }\r
1327           else\r
1328           {\r
1329               if (seq != null)\r
1330               {\r
1331                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1332               }\r
1333 \r
1334               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1335           }\r
1336       }\r
1337 \r
1338       if(oldSeq < 0)\r
1339         oldSeq = -1;\r
1340 \r
1341 \r
1342       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1343           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1344       {\r
1345         mouseExited(evt);\r
1346       }\r
1347 \r
1348       if (scrollThread != null)\r
1349       {\r
1350         scrollThread.setEvent(evt);\r
1351       }\r
1352 \r
1353       seqCanvas.repaint();\r
1354     }\r
1355 \r
1356     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1357     {\r
1358       if (oldSeq < 0)\r
1359         oldSeq = 0;\r
1360 \r
1361       if (scrollThread != null)\r
1362       {\r
1363         scrollThread.running = false;\r
1364         scrollThread = null;\r
1365       }\r
1366     }\r
1367 \r
1368   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1369   {\r
1370     if (av.getWrapAlignment())\r
1371     {\r
1372       return;\r
1373     }\r
1374 \r
1375     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1376     {\r
1377       scrollThread = new ScrollThread();\r
1378     }\r
1379   }\r
1380 \r
1381   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1382   {\r
1383     if(evt==null)\r
1384     {\r
1385       if(scrollThread!=null)\r
1386       {\r
1387         scrollThread.running = false;\r
1388         scrollThread = null;\r
1389       }\r
1390       mouseDragging = false;\r
1391     }\r
1392     else\r
1393     {\r
1394       if (scrollThread == null)\r
1395         scrollThread = new ScrollThread();\r
1396 \r
1397       mouseDragging = true;\r
1398       scrollThread.setEvent(evt);\r
1399     }\r
1400 \r
1401     }\r
1402 \r
1403   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1404   class ScrollThread\r
1405       extends Thread\r
1406   {\r
1407     MouseEvent evt;\r
1408     boolean running = false;\r
1409     public ScrollThread()\r
1410     {\r
1411       start();\r
1412     }\r
1413 \r
1414     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1415     {\r
1416       evt = e;\r
1417     }\r
1418 \r
1419     public void stopScrolling()\r
1420     {\r
1421       running = false;\r
1422     }\r
1423 \r
1424     public void run()\r
1425     {\r
1426       running = true;\r
1427       while (running)\r
1428       {\r
1429 \r
1430         if (evt != null)\r
1431         {\r
1432 \r
1433           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1434           {\r
1435             running = ap.scrollUp(true);\r
1436           }\r
1437 \r
1438           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1439               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1440           {\r
1441             running = ap.scrollUp(false);\r
1442           }\r
1443 \r
1444           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1445           {\r
1446             running = ap.scrollRight(false);\r
1447           }\r
1448 \r
1449           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1450           {\r
1451             running = ap.scrollRight(true);\r
1452           }\r
1453         }\r
1454 \r
1455         try\r
1456         {\r
1457           Thread.sleep(75);\r
1458         }\r
1459         catch (Exception ex)\r
1460         {}\r
1461       }\r
1462     }\r
1463   }\r
1464 \r
1465 }\r