src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 142      {\r
 143        int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 144        int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 145 \r
 146        while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 147              && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 148              && seqCanvas.cursorX>0)\r
 149        {\r
 150          seqCanvas.cursorX += dx;\r
 151        }\r
 152 \r
 153        if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 154           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 155        {\r
 156          seqCanvas.cursorX = original;\r
 157        }\r
 158       }\r
 159      scrollToVisible();\r
 160    }\r
 161 \r
 162    void scrollToVisible()\r
 163    {\r
 164      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 165        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 166      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 167        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 168 \r
 169      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 170        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 171      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 172        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 173 \r
 174 \r
 175      endEditing();\r
 176      if (av.wrapAlignment)\r
 177      {\r
 178        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 179      }\r
 180      else\r
 181      {\r
 182        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 183        {\r
 184          ap.scrollUp(true);\r
 185        }\r
 186        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 187        {\r
 188          ap.scrollUp(false);\r
 189        }\r
 190        while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 191        {\r
 192 \r
 193          if (!ap.scrollRight(false))\r
 194            break;\r
 195        }\r
 196        while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 197        {\r
 198          if (!ap.scrollRight(true))\r
 199            break;\r
 200        }\r
 201      }\r
 202      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 203                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 204 \r
 205      seqCanvas.repaint();\r
 206    }\r
 207 \r
 208    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 209    {\r
 210      SequenceI sequence =\r
 211          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 212 \r
 213      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 214      {\r
 215        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 216        //Find the top and bottom of this group\r
 217        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 218        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 219        {\r
 220          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 221          if(index > max)\r
 222            max = index;\r
 223          if(index < min)\r
 224            min = index;\r
 225        }\r
 226 \r
 227        max ++;\r
 228 \r
 229        if(topLeft)\r
 230        {\r
 231          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 233            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234 \r
 235          min = seqCanvas.cursorY;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 241            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 242 \r
 243          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 244        }\r
 245 \r
 246        if(min>max)\r
 247        {\r
 248          // Only the user can do this\r
 249          av.setSelectionGroup(null);\r
 250        }\r
 251        else\r
 252        {\r
 253          // Now add any sequences between min and max\r
 254          sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 255          for (int i = min; i < max; i++)\r
 256          {\r
 257            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 258          }\r
 259        }\r
 260      }\r
 261 \r
 262      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 263      {\r
 264        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 265        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 266        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267        sg.addSequence(sequence, false);\r
 268        av.setSelectionGroup(sg);\r
 269      }\r
 270 \r
 271 \r
 272      ap.repaint();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 276    {\r
 277      groupEditing = group;\r
 278      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 281      endEditing();\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285    {\r
 286      groupEditing = group;\r
 287      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 288      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 289      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 290      endEditing();\r
 291    }\r
 292 \r
 293    void numberPressed(char value)\r
 294    {\r
 295      if(keyboardNo1==null)\r
 296        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 297 \r
 298      if(keyboardNo2!=null)\r
 299        keyboardNo2.append(value);\r
 300      else\r
 301        keyboardNo1.append(value);\r
 302    }\r
 303 \r
 304    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 305    {\r
 306      if(kb==null)\r
 307        return 1;\r
 308      else\r
 309        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 310    }\r
 311 \r
 312    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 313    {\r
 314      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 315                                           sequence.getName());\r
 316 \r
 317      Object obj = null;\r
 318      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 319      {\r
 320        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 321                                                   "");\r
 322        if (obj != null)\r
 323          text.append(" Nucleotide: ");\r
 324      }\r
 325      else\r
 326      {\r
 327        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 328        if (obj != null)\r
 329          text.append("  Residue: ");\r
 330      }\r
 331 \r
 332      if (obj != null)\r
 333      {\r
 334 \r
 335        if (obj != "")\r
 336        {\r
 337          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 338                      ")");\r
 339        }\r
 340      }\r
 341 \r
 342      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 343 \r
 344     }\r
 345      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 346      {\r
 347        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 348 \r
 349        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 350        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 351        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 352          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 353        {\r
 354          mouseWheelPressed = true;\r
 355          return;\r
 356        }\r
 357 \r
 358        if (evt.isShiftDown()\r
 359            || evt.isControlDown()\r
 360            || evt.isAltDown())\r
 361        {\r
 362          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 363          {\r
 364            groupEditing = true;\r
 365          }\r
 366          editingSeqs = true;\r
 367        }\r
 368        else\r
 369        {\r
 370          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 371          return;\r
 372        }\r
 373 \r
 374 \r
 375        int seq = findSeq(evt);\r
 376        int res = findRes(evt);\r
 377 \r
 378        if(seq<0 || res<0)\r
 379          return;\r
 380 \r
 381 \r
 382          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 383                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 384          {\r
 385              startseq = seq;\r
 386              lastres = res;\r
 387          }\r
 388          else\r
 389          {\r
 390              startseq = -1;\r
 391              lastres = -1;\r
 392          }\r
 393 \r
 394         return;\r
 395      }\r
 396 \r
 397      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 398 \r
 399 \r
 400   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 401   {\r
 402     mouseDragging = false;\r
 403     mouseWheelPressed = false;\r
 404 \r
 405     if (!editingSeqs)\r
 406     {\r
 407        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 408        return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411      endEditing();\r
 412      ap.repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   int startWrapBlock=-1;\r
 416   int wrappedBlock=-1;\r
 417   int findRes(MouseEvent evt)\r
 418  {\r
 419    int res = 0;\r
 420    int x = evt.getX();\r
 421 \r
 422   if (av.wrapAlignment)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int hgap = av.charHeight;\r
 426     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 427       hgap += av.charHeight;\r
 428 \r
 429     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 430         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 431 \r
 432       int y = evt.getY();\r
 433       y -= hgap;\r
 434       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 435 \r
 436 \r
 437       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 438       if(cwidth<1)\r
 439         return 0;\r
 440 \r
 441       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 442       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 443 \r
 444       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 445 \r
 446   }\r
 447   else\r
 448   {\r
 449       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   if(av.hasHiddenColumns)\r
 453           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 454 \r
 455   return res;\r
 456 \r
 457  }\r
 458 \r
 459  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 460  {\r
 461 \r
 462    int seq = 0;\r
 463    int y = evt.getY();\r
 464 \r
 465    if (av.wrapAlignment)\r
 466    {\r
 467      int hgap = av.charHeight;\r
 468      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469        hgap += av.charHeight;\r
 470 \r
 471      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 472          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 473 \r
 474        y -= hgap;\r
 475 \r
 476      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 477                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 478      if(seq<0)\r
 479        seq = 0;\r
 480    }\r
 481    else\r
 482    {\r
 483      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 484                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 485      if(seq<0)\r
 486        seq = 0;\r
 487    }\r
 488 \r
 489    return seq;\r
 490  }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int seq = findSeq(evt);\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 500         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 501     {\r
 502       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 503       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 504       // in the alignment\r
 505 \r
 506       startseq = seq;\r
 507       lastres = res;\r
 508     }\r
 509     else\r
 510     {\r
 511       startseq = -1;\r
 512       lastres = -1;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     return;\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 519   {\r
 520     int res = findRes(evt);\r
 521     int seq = findSeq(evt);\r
 522 \r
 523     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 524     {\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 529     if (res > sequence.getLength())\r
 530     {\r
 531       return;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 535             sequence.getName());\r
 536 \r
 537     Object obj = null;\r
 538     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 539     {\r
 540       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 541           "");\r
 542       if(obj!=null)\r
 543         text.append(" Nucleotide: ");\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 548       if(obj!=null)\r
 549         text.append("  Residue: ");\r
 550     }\r
 551 \r
 552     if (obj != null)\r
 553     {\r
 554       if (obj != "")\r
 555       {\r
 556         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 557       }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 561     {\r
 562       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 563     }\r
 564 \r
 565     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 566 \r
 567     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
 568     SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 569     if(groups!=null)\r
 570     {\r
 571       for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 572       {\r
 573         if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 574         {\r
 575           tooltipText.append(groups[g].getName()+" ");\r
 576           if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 577             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
 578           tooltipText.append("\n");\r
 579         }\r
 580       }\r
 581     }\r
 582 \r
 583     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 584     if (av.showSequenceFeatures\r
 585         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 586         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 587     {\r
 588 \r
 589       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 590 \r
 591       int index = 0;\r
 592       while (index < allFeatures.size())\r
 593       {\r
 594         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 595 \r
 596         tooltipText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 597 \r
 598         if (sf.getDescription() != null)\r
 599           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
 600 \r
 601         if (sf.getValue("status") != null )\r
 602         {\r
 603           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 604           if(status.length()>0)\r
 605             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 606         }\r
 607         tooltipText.append("\n");\r
 608 \r
 609         index++;\r
 610       }\r
 611     }\r
 612 \r
 613     if (tooltip == null)\r
 614       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
 615     else\r
 616       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
 617 \r
 618     tooltip.repaint();\r
 619 \r
 620   }\r
 621 \r
 622   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 623   {\r
 624     Vector allFeatures = new Vector();\r
 625     int index = 0;\r
 626     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 627     {\r
 628       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 629       {\r
 630         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 631         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 632             sf.getEnd() >= res)\r
 633         {\r
 634           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 635           {\r
 636             allFeatures.addElement(sf);\r
 637           }\r
 638         }\r
 639         index++;\r
 640       }\r
 641     }\r
 642     return allFeatures;\r
 643   }\r
 644 \r
 645   Tooltip tooltip;\r
 646 \r
 647   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 648   {\r
 649     if (mouseWheelPressed)\r
 650     {\r
 651       int oldWidth = av.charWidth;\r
 652 \r
 653       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 654       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 655           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 656       {\r
 657         int fontSize = av.font.getSize();\r
 658 \r
 659         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 660         {\r
 661           fontSize--;\r
 662         }\r
 663         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 664         {\r
 665           fontSize++;\r
 666         }\r
 667 \r
 668 \r
 669         if(fontSize<1)\r
 670           fontSize = 1;\r
 671 \r
 672         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 673         av.charWidth = oldWidth;\r
 674       }\r
 675       else\r
 676       {\r
 677         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 678         {\r
 679           av.charWidth--;\r
 680         }\r
 681         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 682         {\r
 683           av.charWidth++;\r
 684         }\r
 685 \r
 686         if(av.charWidth<1)\r
 687         {\r
 688           av.charWidth = 1;\r
 689         }\r
 690       }\r
 691 \r
 692       ap.fontChanged();\r
 693 \r
 694       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 695       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 696 \r
 697       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 698 \r
 699       ap.repaint();\r
 700       ap.annotationPanel.image = null;\r
 701       return;\r
 702       }\r
 703 \r
 704       if (!editingSeqs)\r
 705       {\r
 706         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 707         return;\r
 708       }\r
 709 \r
 710   int res = findRes(evt);\r
 711 \r
 712   if (res < 0)\r
 713   {\r
 714       res = 0;\r
 715   }\r
 716 \r
 717   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 718   {\r
 719       return;\r
 720   }\r
 721 \r
 722   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 723   {\r
 724     // dragLeft, delete gap\r
 725     editSequence(false, res);\r
 726   }\r
 727   else\r
 728     editSequence(true, res);\r
 729 \r
 730   mouseDragging = true;\r
 731   if(scrollThread!=null)\r
 732     scrollThread.setEvent(evt);\r
 733 \r
 734   }\r
 735 \r
 736   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 737   {\r
 738     int fixedLeft = -1;\r
 739     int fixedRight = -1;\r
 740     boolean fixedColumns = false;\r
 741     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 742 \r
 743     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 744 \r
 745       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 746       {\r
 747         if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 748             && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 749         {\r
 750           sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 751           groupEditing = true;\r
 752           }\r
 753       }\r
 754 \r
 755       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 756       if (groupEditing)\r
 757       {\r
 758         message.append("Edit group:");\r
 759         if (editCommand == null)\r
 760           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 761       }\r
 762       else\r
 763        {\r
 764          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 765          String label = seq.getName();\r
 766          if(label.length()>10)\r
 767            label = label.substring(0,10);\r
 768          if(editCommand==null)\r
 769            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 770        }\r
 771 \r
 772      if(insertGap)\r
 773        message.append(" insert ");\r
 774      else\r
 775        message.append(" delete ");\r
 776 \r
 777      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 778      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 779 \r
 780 \r
 781       //Are we editing within a selection group?\r
 782       if (groupEditing\r
 783           || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 784       {\r
 785         fixedColumns = true;\r
 786 \r
 787         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 788         //but the sequence represents a group\r
 789         if (sg == null)\r
 790         {\r
 791           sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 792         }\r
 793 \r
 794         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 795         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 796 \r
 797         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 798             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 799             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 800             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 801         {\r
 802           endEditing();\r
 803           return;\r
 804         }\r
 805 \r
 806         if (fixedLeft > startres)\r
 807         {\r
 808           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 809           fixedLeft = 0;\r
 810         }\r
 811         else if (fixedRight < startres)\r
 812         {\r
 813           fixedLeft = fixedRight;\r
 814           fixedRight = -1;\r
 815         }\r
 816       }\r
 817 \r
 818 \r
 819       if(av.hasHiddenColumns )\r
 820       {\r
 821           fixedColumns = true;\r
 822           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 823           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 824 \r
 825           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 826               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 827           {\r
 828             endEditing();\r
 829             return;\r
 830           }\r
 831 \r
 832           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 833           //Selection spans a hidden region\r
 834           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 835           {\r
 836             if(startres>=y2)\r
 837             {\r
 838               fixedLeft = y2;\r
 839             }\r
 840             else\r
 841             {\r
 842              fixedRight = y2 - 1;\r
 843            }\r
 844           }\r
 845       }\r
 846 \r
 847 \r
 848       if (groupEditing)\r
 849       {\r
 850         Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 851         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 852         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 853         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 854           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 855 \r
 856         // drag to right\r
 857         if (insertGap)\r
 858         {\r
 859             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 860             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 861             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 862                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 863                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 864                )\r
 865             {\r
 866               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 867               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 868             }\r
 869 \r
 870           // Is it valid with fixed columns??\r
 871           // Find the next gap before the end\r
 872           // of the visible region boundary\r
 873           boolean blank = false;\r
 874           for (fixedRight = fixedRight;\r
 875                fixedRight > lastres;\r
 876                fixedRight--)\r
 877           {\r
 878             blank = true;\r
 879 \r
 880             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 881             {\r
 882               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 883               {\r
 884                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 885                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 886                 {\r
 887                   blank = false;\r
 888                   break;\r
 889                 }\r
 890               }\r
 891             }\r
 892             if (blank)\r
 893               break;\r
 894           }\r
 895 \r
 896           if (!blank)\r
 897           {\r
 898             if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 899             {\r
 900               if((av.hasHiddenColumns\r
 901                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 902               {\r
 903                 endEditing();\r
 904                 return;\r
 905               }\r
 906 \r
 907               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 908               if(av.hasHiddenRows)\r
 909               {\r
 910                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 911                 if(hwidth>alWidth)\r
 912                   alWidth = hwidth;\r
 913               }\r
 914               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 915               //contains all the sequences\r
 916               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 917               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 918             }\r
 919             else\r
 920             {\r
 921               endEditing();\r
 922               return;\r
 923             }\r
 924           }\r
 925         }\r
 926 \r
 927 \r
 928         // drag to left\r
 929         else if(!insertGap)\r
 930         {\r
 931           /// Are we able to delete?\r
 932           // ie are all columns blank?\r
 933 \r
 934           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 935           {\r
 936             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 937             {\r
 938               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 939               {\r
 940                 continue;\r
 941               }\r
 942 \r
 943               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 944                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 945               {\r
 946                 // Not a gap, block edit not valid\r
 947                 endEditing();\r
 948                 return;\r
 949               }\r
 950             }\r
 951           }\r
 952         }\r
 953 \r
 954           if (insertGap)\r
 955           {\r
 956             // dragging to the right\r
 957             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 958             {\r
 959               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 960               {\r
 961                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 962               }\r
 963             }\r
 964             else\r
 965             {\r
 966               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 967                                      groupSeqs,\r
 968                                      startres, startres-lastres,\r
 969                                      av.alignment,\r
 970                                      true);\r
 971             }\r
 972           }\r
 973           else\r
 974           {\r
 975             // dragging to the left\r
 976             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 977             {\r
 978               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 979               {\r
 980                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 981               }\r
 982             }\r
 983             else\r
 984               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 985                                      groupSeqs,\r
 986                                      startres, lastres - startres,\r
 987                                      av.alignment,\r
 988                                      true);\r
 989 \r
 990           }\r
 991       }\r
 992       else /////Editing a single sequence///////////\r
 993       {\r
 994         if (insertGap)\r
 995         {\r
 996           // dragging to the right\r
 997           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 998           {\r
 999             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1000             {\r
1001               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1002             }\r
1003           }\r
1004           else\r
1005           {\r
1006             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1007                                    new SequenceI[]\r
1008                                    {seq},\r
1009                                    lastres, startres-lastres,\r
1010                                    av.alignment,\r
1011                                    true);\r
1012           }\r
1013         }\r
1014         else\r
1015         {\r
1016           // dragging to the left\r
1017           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1018           {\r
1019             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1020             {\r
1021               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1022               {\r
1023                 endEditing();\r
1024                 break;\r
1025               }\r
1026               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1027             }\r
1028           }\r
1029           else\r
1030           {\r
1031             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1032             int max=0;\r
1033             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1034             {\r
1035               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1036                 break;\r
1037               max++;\r
1038             }\r
1039 \r
1040             if (max>0)\r
1041             {\r
1042               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1043                                      new SequenceI[]\r
1044                                      {seq},\r
1045                                      startres, max,\r
1046                                      av.alignment,\r
1047                                      true);\r
1048             }\r
1049           }\r
1050         }\r
1051       }\r
1052 \r
1053       lastres = startres;\r
1054       seqCanvas.repaint();\r
1055   }\r
1056 \r
1057 \r
1058 \r
1059   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1060   {\r
1061     int blankColumn = fixedColumn;\r
1062     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1063     {\r
1064       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1065       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1066 \r
1067       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1068       {\r
1069         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1070         {\r
1071           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1072           break;\r
1073         }\r
1074       }\r
1075 \r
1076       if (blankColumn <= j)\r
1077       {\r
1078         blankColumn = fixedColumn;\r
1079         endEditing();\r
1080         return;\r
1081       }\r
1082     }\r
1083 \r
1084     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1085                            seq,\r
1086                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1087 \r
1088     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1089                            seq,\r
1090                            j, 1, av.alignment,\r
1091                            true);\r
1092 \r
1093   }\r
1094 \r
1095   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1096   {\r
1097 \r
1098     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1099                            seq,\r
1100                            j, 1, av.alignment, true);\r
1101 \r
1102     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1103                            seq,\r
1104                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1105   }\r
1106 \r
1107 \r
1108 //////////////////////////////////////////\r
1109 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1110 //////////////////////////////////////////\r
1111   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1112   {\r
1113     if (scrollThread != null)\r
1114     {\r
1115       scrollThread.running = false;\r
1116       scrollThread = null;\r
1117     }\r
1118 \r
1119     int res = findRes(evt);\r
1120     int seq = findSeq(evt);\r
1121     oldSeq = seq;\r
1122     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1123 \r
1124     if(seq==-1)\r
1125       return;\r
1126 \r
1127     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1128 \r
1129     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1130     {\r
1131       return;\r
1132     }\r
1133 \r
1134     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1135 \r
1136     if (stretchGroup == null)\r
1137     {\r
1138       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1139       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1140           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1141       {\r
1142         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1143       }\r
1144       else\r
1145       {\r
1146         stretchGroup = null;\r
1147       }\r
1148     }\r
1149 \r
1150     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1151              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1152              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1153     {\r
1154       stretchGroup = null;\r
1155 \r
1156       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1157 \r
1158       if (allGroups != null)\r
1159       {\r
1160         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1161         {\r
1162           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1163               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1164           {\r
1165             stretchGroup = allGroups[i];\r
1166             break;\r
1167           }\r
1168         }\r
1169       }\r
1170       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1171     }\r
1172 \r
1173 \r
1174     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1175     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1176              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1177     {\r
1178       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1179                                                sequence.findPosition(res));\r
1180 \r
1181       Vector links = null;\r
1182       if(allFeatures!=null)\r
1183       {\r
1184         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1185         {\r
1186           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1187           if (sf.links != null)\r
1188           {\r
1189             links = new Vector();\r
1190             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1191             {\r
1192               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1193             }\r
1194           }\r
1195         }\r
1196       }\r
1197       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1198       this.add(popup);\r
1199       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1200       ap.repaint();\r
1201       return;\r
1202     }\r
1203 \r
1204     if (av.cursorMode)\r
1205     {\r
1206       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1207       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1208       seqCanvas.repaint();\r
1209       return;\r
1210     }\r
1211 \r
1212       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1213 \r
1214       if (stretchGroup == null)\r
1215       {\r
1216         // define a new group here\r
1217         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1218         sg.setStartRes(res);\r
1219         sg.setEndRes(res);\r
1220         sg.addSequence(sequence, false);\r
1221         av.setSelectionGroup(sg);\r
1222         stretchGroup = sg;\r
1223 \r
1224         if (av.getConservationSelected())\r
1225         {\r
1226           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1227                                             "Background");\r
1228         }\r
1229         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1230         {\r
1231           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1232                                          "Background");\r
1233         }\r
1234 \r
1235       }\r
1236   }\r
1237 \r
1238   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1239   {\r
1240     if (stretchGroup == null)\r
1241     {\r
1242         return;\r
1243     }\r
1244 \r
1245     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1246     {\r
1247       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1248       {\r
1249         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1250             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1251             stretchGroup.getWidth());\r
1252       }\r
1253 \r
1254       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1255           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1256           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1257           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1258         stretchGroup.recalcConservation();\r
1259 \r
1260 \r
1261       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1262       {\r
1263         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1264                                           stretchGroup.getName());\r
1265         stretchGroup.recalcConservation();\r
1266       }\r
1267       else\r
1268       {\r
1269         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1270                                        stretchGroup.getName());\r
1271       }\r
1272     }\r
1273     changeEndRes = false;\r
1274     changeStartRes = false;\r
1275     stretchGroup = null;\r
1276     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1277     ap.repaint();\r
1278   }\r
1279 \r
1280   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1281   {\r
1282     int res = findRes(evt);\r
1283     int y = findSeq(evt);\r
1284 \r
1285     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1286       return;\r
1287 \r
1288      if (stretchGroup == null)\r
1289      {\r
1290           return;\r
1291      }\r
1292 \r
1293      mouseDragging = true;\r
1294 \r
1295 \r
1296       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1297       {\r
1298         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1299       }\r
1300 \r
1301       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1302         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1303 \r
1304       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1305       {\r
1306           // Edit end res position of selected group\r
1307           changeEndRes = true;\r
1308       }\r
1309       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1310       {\r
1311           // Edit start res position of selected group\r
1312           changeStartRes = true;\r
1313       }\r
1314 \r
1315       if (res < 0)\r
1316       {\r
1317           res = 0;\r
1318       }\r
1319 \r
1320       if (changeEndRes)\r
1321       {\r
1322           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1323           {\r
1324               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1325           }\r
1326       }\r
1327       else if (changeStartRes)\r
1328       {\r
1329           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1330           {\r
1331               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1332           }\r
1333       }\r
1334 \r
1335       int dragDirection = 0;\r
1336 \r
1337       if (y > oldSeq)\r
1338       {\r
1339           dragDirection = 1;\r
1340       }\r
1341       else if (y < oldSeq)\r
1342       {\r
1343           dragDirection = -1;\r
1344       }\r
1345 \r
1346 \r
1347       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1348       {\r
1349           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1350           // selection is quite slow.\r
1351           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1352 \r
1353           oldSeq += dragDirection;\r
1354 \r
1355           if(oldSeq<0)\r
1356             break;\r
1357 \r
1358           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1359 \r
1360           if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1361           {\r
1362               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1363           }\r
1364           else\r
1365           {\r
1366               if (seq != null)\r
1367               {\r
1368                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1369               }\r
1370 \r
1371               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1372           }\r
1373       }\r
1374 \r
1375       if(oldSeq < 0)\r
1376         oldSeq = -1;\r
1377 \r
1378 \r
1379       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1380           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1381       {\r
1382         mouseExited(evt);\r
1383       }\r
1384 \r
1385       if (scrollThread != null)\r
1386       {\r
1387         scrollThread.setEvent(evt);\r
1388       }\r
1389 \r
1390       seqCanvas.repaint();\r
1391     }\r
1392 \r
1393     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1394     {\r
1395       if (oldSeq < 0)\r
1396         oldSeq = 0;\r
1397 \r
1398       if (scrollThread != null)\r
1399       {\r
1400         scrollThread.running = false;\r
1401         scrollThread = null;\r
1402       }\r
1403     }\r
1404 \r
1405   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1406   {\r
1407     if (av.getWrapAlignment())\r
1408     {\r
1409       return;\r
1410     }\r
1411 \r
1412     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1413     {\r
1414       scrollThread = new ScrollThread();\r
1415     }\r
1416   }\r
1417 \r
1418   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1419   {\r
1420     if(evt==null)\r
1421     {\r
1422       if(scrollThread!=null)\r
1423       {\r
1424         scrollThread.running = false;\r
1425         scrollThread = null;\r
1426       }\r
1427       mouseDragging = false;\r
1428     }\r
1429     else\r
1430     {\r
1431       if (scrollThread == null)\r
1432         scrollThread = new ScrollThread();\r
1433 \r
1434       mouseDragging = true;\r
1435       scrollThread.setEvent(evt);\r
1436     }\r
1437 \r
1438     }\r
1439 \r
1440   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1441   class ScrollThread\r
1442       extends Thread\r
1443   {\r
1444     MouseEvent evt;\r
1445     boolean running = false;\r
1446     public ScrollThread()\r
1447     {\r
1448       start();\r
1449     }\r
1450 \r
1451     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1452     {\r
1453       evt = e;\r
1454     }\r
1455 \r
1456     public void stopScrolling()\r
1457     {\r
1458       running = false;\r
1459     }\r
1460 \r
1461     public void run()\r
1462     {\r
1463       running = true;\r
1464       while (running)\r
1465       {\r
1466 \r
1467         if (evt != null)\r
1468         {\r
1469 \r
1470           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1471           {\r
1472             running = ap.scrollUp(true);\r
1473           }\r
1474 \r
1475           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1476               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1477           {\r
1478             running = ap.scrollUp(false);\r
1479           }\r
1480 \r
1481           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1482           {\r
1483             running = ap.scrollRight(false);\r
1484           }\r
1485 \r
1486           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1487           {\r
1488             running = ap.scrollRight(true);\r
1489           }\r
1490         }\r
1491 \r
1492         try\r
1493         {\r
1494           Thread.sleep(75);\r
1495         }\r
1496         catch (Exception ex)\r
1497         {}\r
1498       }\r
1499     }\r
1500   }\r
1501 \r
1502 }\r