src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.SequenceListener;\r
  31 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  32 \r
  33 public class SeqPanel\r
  34     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener, SequenceListener\r
  35 {\r
  36 \r
  37   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  38   public AlignmentPanel ap;\r
  39 \r
  40   protected int lastres;\r
  41   protected int startseq;\r
  42 \r
  43   protected AlignViewport av;\r
  44 \r
  45   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  46   boolean seqEditOccurred = false;\r
  47 \r
  48   ScrollThread scrollThread = null;\r
  49   boolean mouseDragging = false;\r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   int oldSeq = -1;\r
  54   boolean changeEndSeq = false;\r
  55   boolean changeStartSeq = false;\r
  56   boolean changeEndRes = false;\r
  57   boolean changeStartRes = false;\r
  58   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  59 \r
  60   StringBuffer keyboardNo1;\r
  61   StringBuffer keyboardNo2;\r
  62 \r
  63   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  64   Point lastMousePress;\r
  65 \r
  66   EditCommand editCommand;\r
  67 \r
  68   StructureSelectionManager ssm;\r
  69 \r
  70 \r
  71   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  72   {\r
  73     this.av = avp;\r
  74 \r
  75     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  76     setLayout(new BorderLayout());\r
  77     add(seqCanvas);\r
  78 \r
  79     ap = p;\r
  80 \r
  81     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  82     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  83     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
  84     ssm.addStructureViewerListener(this);\r
  85 \r
  86     seqCanvas.repaint();\r
  87   }\r
  88 \r
  89   void endEditing()\r
  90   {\r
  91     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
  92     {\r
  93       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  94       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  95                             av.getAlignment().getSequences());\r
  96     }\r
  97 \r
  98     startseq = -1;\r
  99     lastres = -1;\r
 100     editingSeqs = false;\r
 101     groupEditing = false;\r
 102     keyboardNo1 = null;\r
 103     keyboardNo2 = null;\r
 104     editCommand = null;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   void setCursorRow()\r
 108   {\r
 109     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 110     scrollToVisible();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   void setCursorColumn()\r
 114   {\r
 115     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 116     scrollToVisible();\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void setCursorRowAndColumn()\r
 120   {\r
 121     if (keyboardNo2 == null)\r
 122     {\r
 123       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 124     }\r
 125     else\r
 126     {\r
 127       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 128       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 129       scrollToVisible();\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   void setCursorPosition()\r
 134   {\r
 135     SequenceI sequence =\r
 136         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 137 \r
 138     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 139         getKeyboardNo1() - 1\r
 140         );\r
 141     scrollToVisible();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 145   {\r
 146     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 147     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 148     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 149     {\r
 150       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 151       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 152 \r
 153       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 154              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 155              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 156       {\r
 157         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 158       }\r
 159 \r
 160       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 161           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 162       {\r
 163         seqCanvas.cursorX = original;\r
 164       }\r
 165     }\r
 166     scrollToVisible();\r
 167   }\r
 168 \r
 169   void scrollToVisible()\r
 170   {\r
 171     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 172     {\r
 173       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 174     }\r
 175     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 176     {\r
 177       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 181     {\r
 182       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 183     }\r
 184     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 185     {\r
 186       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     endEditing();\r
 190     if (av.wrapAlignment)\r
 191     {\r
 192       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 193     }\r
 194     else\r
 195     {\r
 196       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 197       {\r
 198         ap.scrollUp(true);\r
 199       }\r
 200       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 201       {\r
 202         ap.scrollUp(false);\r
 203       }\r
 204       while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 205       {\r
 206 \r
 207         if (!ap.scrollRight(false))\r
 208         {\r
 209           break;\r
 210         }\r
 211       }\r
 212       while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 213       {\r
 214         if (!ap.scrollRight(true))\r
 215         {\r
 216           break;\r
 217         }\r
 218       }\r
 219     }\r
 220     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 221                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 222 \r
 223     seqCanvas.repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 227   {\r
 228     SequenceI sequence =\r
 229         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 230 \r
 231     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 232     {\r
 233       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 234       //Find the top and bottom of this group\r
 235       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 236       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 237       {\r
 238         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 239         if (index > max)\r
 240         {\r
 241           max = index;\r
 242         }\r
 243         if (index < min)\r
 244         {\r
 245           min = index;\r
 246         }\r
 247       }\r
 248 \r
 249       max++;\r
 250 \r
 251       if (topLeft)\r
 252       {\r
 253         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 254         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 255         {\r
 256           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 257         }\r
 258 \r
 259         min = seqCanvas.cursorY;\r
 260       }\r
 261       else\r
 262       {\r
 263         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 264         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 265         {\r
 266           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267         }\r
 268 \r
 269         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 270       }\r
 271 \r
 272       if (min > max)\r
 273       {\r
 274         // Only the user can do this\r
 275         av.setSelectionGroup(null);\r
 276       }\r
 277       else\r
 278       {\r
 279         // Now add any sequences between min and max\r
 280         sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 281         for (int i = min; i < max; i++)\r
 282         {\r
 283           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 284         }\r
 285       }\r
 286     }\r
 287 \r
 288     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 289     {\r
 290       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 291       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 292       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 293       sg.addSequence(sequence, false);\r
 294       av.setSelectionGroup(sg);\r
 295     }\r
 296 \r
 297     ap.paintAlignment(false);\r
 298   }\r
 299 \r
 300   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 301   {\r
 302     groupEditing = group;\r
 303     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 304     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 305     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 306     endEditing();\r
 307   }\r
 308 \r
 309   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 310   {\r
 311     groupEditing = group;\r
 312     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 313     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 314     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 315     endEditing();\r
 316   }\r
 317 \r
 318   void numberPressed(char value)\r
 319   {\r
 320     if (keyboardNo1 == null)\r
 321     {\r
 322       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 323     }\r
 324 \r
 325     if (keyboardNo2 != null)\r
 326     {\r
 327       keyboardNo2.append(value);\r
 328     }\r
 329     else\r
 330     {\r
 331       keyboardNo1.append(value);\r
 332     }\r
 333   }\r
 334 \r
 335   int getKeyboardNo1()\r
 336   {\r
 337     if (keyboardNo1 == null)\r
 338       return 1;\r
 339     else\r
 340     {\r
 341       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 342       keyboardNo1 = null;\r
 343       return value;\r
 344     }\r
 345   }\r
 346 \r
 347   int getKeyboardNo2()\r
 348   {\r
 349     if (keyboardNo2 == null)\r
 350       return 1;\r
 351     else\r
 352     {\r
 353       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 354       keyboardNo2 = null;\r
 355       return value;\r
 356     }\r
 357   }\r
 358 \r
 359 \r
 360   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 361   {\r
 362     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 363                                          sequence.getName());\r
 364 \r
 365     Object obj = null;\r
 366     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 367     {\r
 368       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 369                                                  "");\r
 370       if (obj != null)\r
 371       {\r
 372         text.append(" Nucleotide: ");\r
 373       }\r
 374     }\r
 375     else\r
 376     {\r
 377       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 378       if (obj != null)\r
 379       {\r
 380         text.append("  Residue: ");\r
 381       }\r
 382     }\r
 383 \r
 384     if (obj != null)\r
 385     {\r
 386 \r
 387       if (obj != "")\r
 388       {\r
 389         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 390                     ")");\r
 391       }\r
 392     }\r
 393 \r
 394     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 395 \r
 396   }\r
 397 \r
 398   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 399   {\r
 400     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 401 \r
 402     //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 403     //As the Button2_mask always seems to be true\r
 404     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 405         InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 406     {\r
 407       mouseWheelPressed = true;\r
 408       return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411     if (evt.isShiftDown()\r
 412         || evt.isControlDown()\r
 413         || evt.isAltDown())\r
 414     {\r
 415       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 416       {\r
 417         groupEditing = true;\r
 418       }\r
 419       editingSeqs = true;\r
 420     }\r
 421     else\r
 422     {\r
 423       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 424       return;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     int seq = findSeq(evt);\r
 428     int res = findRes(evt);\r
 429 \r
 430     if (seq < 0 || res < 0)\r
 431     {\r
 432       return;\r
 433     }\r
 434 \r
 435     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 436         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 437     {\r
 438       startseq = seq;\r
 439       lastres = res;\r
 440     }\r
 441     else\r
 442     {\r
 443       startseq = -1;\r
 444       lastres = -1;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     return;\r
 448   }\r
 449 \r
 450   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 451   {\r
 452     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
 453     if (evt.getClickCount() > 1)\r
 454     {\r
 455       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
 456           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
 457           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
 458       {\r
 459         av.setSelectionGroup(null);\r
 460       }\r
 461 \r
 462       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 463           sequence,\r
 464           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
 465           );\r
 466 \r
 467       if (features != null && features.length > 0)\r
 468       {\r
 469         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 470         highlight.addResult(sequence,\r
 471                             features[0].getBegin(),\r
 472                             features[0].getEnd());\r
 473         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 474       }\r
 475       if (features != null && features.length > 0)\r
 476       {\r
 477         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
 478             new SequenceI[]\r
 479             {sequence}, features, false, ap);\r
 480 \r
 481         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
 482       }\r
 483     }\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 487   {\r
 488     mouseDragging = false;\r
 489     mouseWheelPressed = false;\r
 490     ap.paintAlignment(true);\r
 491 \r
 492     if (!editingSeqs)\r
 493     {\r
 494       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 495       return;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     endEditing();\r
 499 \r
 500   }\r
 501 \r
 502   int startWrapBlock = -1;\r
 503   int wrappedBlock = -1;\r
 504   int findRes(MouseEvent evt)\r
 505   {\r
 506     int res = 0;\r
 507     int x = evt.getX();\r
 508 \r
 509     if (av.wrapAlignment)\r
 510     {\r
 511 \r
 512       int hgap = av.charHeight;\r
 513       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 514       {\r
 515         hgap += av.charHeight;\r
 516       }\r
 517 \r
 518       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 519           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 520 \r
 521       int y = evt.getY();\r
 522       y -= hgap;\r
 523       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 524 \r
 525       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 526       if (cwidth < 1)\r
 527       {\r
 528         return 0;\r
 529       }\r
 530 \r
 531       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 532       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 533 \r
 534       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 535 \r
 536     }\r
 537     else\r
 538     {\r
 539       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if (av.hasHiddenColumns)\r
 543     {\r
 544       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 545     }\r
 546 \r
 547     return res;\r
 548 \r
 549   }\r
 550 \r
 551   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 552   {\r
 553 \r
 554     int seq = 0;\r
 555     int y = evt.getY();\r
 556 \r
 557     if (av.wrapAlignment)\r
 558     {\r
 559       int hgap = av.charHeight;\r
 560       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 561       {\r
 562         hgap += av.charHeight;\r
 563       }\r
 564 \r
 565       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 566           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 567 \r
 568       y -= hgap;\r
 569 \r
 570       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 571                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 572       if (seq < 0)\r
 573       {\r
 574         seq = 0;\r
 575       }\r
 576     }\r
 577     else\r
 578     {\r
 579       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 580                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 581       if (seq < 0)\r
 582       {\r
 583         seq = 0;\r
 584       }\r
 585     }\r
 586 \r
 587     return seq;\r
 588   }\r
 589 \r
 590 \r
 591 \r
 592   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 593   {\r
 594 \r
 595     int seq = findSeq(evt);\r
 596     int res = findRes(evt);\r
 597 \r
 598     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 599         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 600     {\r
 601       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 602       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 603       // in the alignment\r
 604 \r
 605       startseq = seq;\r
 606       lastres = res;\r
 607     }\r
 608     else\r
 609     {\r
 610       startseq = -1;\r
 611       lastres = -1;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     return;\r
 615   }\r
 616 \r
 617 \r
 618   String lastMessage;\r
 619   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 620   {\r
 621     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 622     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 623       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 624 \r
 625     lastMessage = tmp;\r
 626   }\r
 627 \r
 628 \r
 629   public void highlightSequence(SearchResults results)\r
 630   {\r
 631     seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 632   }\r
 633 \r
 634   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 635   {\r
 636     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 637     //repaint();\r
 638   }\r
 639 \r
 640   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 641   {\r
 642     int res = findRes(evt);\r
 643     int seq = findSeq(evt);\r
 644 \r
 645     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)\r
 646     {\r
 647       if (tooltip != null)\r
 648       {\r
 649         tooltip.setTip("");\r
 650       }\r
 651       return;\r
 652     }\r
 653 \r
 654     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 655     if (res > sequence.getLength())\r
 656     {\r
 657       if (tooltip != null)\r
 658       {\r
 659         tooltip.setTip("");\r
 660       }\r
 661       return;\r
 662     }\r
 663 \r
 664 \r
 665     if (ssm != null)\r
 666       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 667 \r
 668 \r
 669     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 670                                          sequence.getName());\r
 671 \r
 672     Object obj = null;\r
 673     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 674     {\r
 675       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 676                                                  "");\r
 677       if (obj != null)\r
 678       {\r
 679         text.append(" Nucleotide: ");\r
 680       }\r
 681     }\r
 682     else\r
 683     {\r
 684       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 685       if (obj != null)\r
 686       {\r
 687         text.append("  Residue: ");\r
 688       }\r
 689     }\r
 690 \r
 691     if (obj != null)\r
 692     {\r
 693       if (obj != "")\r
 694       {\r
 695         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 696       }\r
 697     }\r
 698 \r
 699     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 700 \r
 701     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
 702     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 703     if (groups != null)\r
 704     {\r
 705       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 706       {\r
 707         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 708         {\r
 709           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 710               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 711           {\r
 712             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
 713           }\r
 714           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 715           {\r
 716             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
 717           }\r
 718           tooltipText.append("\n");\r
 719         }\r
 720       }\r
 721     }\r
 722 \r
 723     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 724     SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,\r
 725                                                sequence.findPosition(res));\r
 726 \r
 727       int index = 0;\r
 728       while (index < allFeatures.length)\r
 729       {\r
 730         SequenceFeature sf = allFeatures[index];\r
 731 \r
 732         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);\r
 733 \r
 734         if (sf.getDescription() != null)\r
 735         {\r
 736           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
 737         }\r
 738 \r
 739         if (sf.getValue("status") != null)\r
 740         {\r
 741           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 742           if (status.length() > 0)\r
 743           {\r
 744             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 745           }\r
 746         }\r
 747         tooltipText.append("\n");\r
 748 \r
 749         index++;\r
 750       }\r
 751 \r
 752     if (tooltip == null)\r
 753     {\r
 754       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
 755     }\r
 756     else\r
 757     {\r
 758       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
 759     }\r
 760   }\r
 761 \r
 762   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 763   {\r
 764     Vector tmp = new Vector();\r
 765     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 766     if (features != null)\r
 767     {\r
 768       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 769       {\r
 770         if (av.featuresDisplayed == null\r
 771             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 772         {\r
 773           continue;\r
 774         }\r
 775 \r
 776 \r
 777 \r
 778         if (features[i].featureGroup != null\r
 779            && seqCanvas.fr.featureGroups!=null\r
 780             && seqCanvas.fr.featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)\r
 781             && !((Boolean)seqCanvas.fr.featureGroups.get(features[i].featureGroup)).booleanValue())\r
 782           continue;\r
 783 \r
 784 \r
 785         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 786             (features[i].getEnd() >= res))\r
 787         {\r
 788           tmp.addElement(features[i]);\r
 789         }\r
 790       }\r
 791     }\r
 792 \r
 793     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 794     tmp.copyInto(features);\r
 795 \r
 796     return features;\r
 797   }\r
 798 \r
 799 \r
 800   Tooltip tooltip;\r
 801 \r
 802   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 803   {\r
 804     if (mouseWheelPressed)\r
 805     {\r
 806       int oldWidth = av.charWidth;\r
 807 \r
 808       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 809       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 810           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 811       {\r
 812         int fontSize = av.font.getSize();\r
 813 \r
 814         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 815         {\r
 816           fontSize--;\r
 817         }\r
 818         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 819         {\r
 820           fontSize++;\r
 821         }\r
 822 \r
 823         if (fontSize < 1)\r
 824         {\r
 825           fontSize = 1;\r
 826         }\r
 827 \r
 828         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 829         av.charWidth = oldWidth;\r
 830       }\r
 831       else\r
 832       {\r
 833         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 834         {\r
 835           av.charWidth--;\r
 836         }\r
 837         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 838         {\r
 839           av.charWidth++;\r
 840         }\r
 841 \r
 842         if (av.charWidth < 1)\r
 843         {\r
 844           av.charWidth = 1;\r
 845         }\r
 846       }\r
 847 \r
 848       ap.fontChanged();\r
 849 \r
 850       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 851       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 852 \r
 853       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 854 \r
 855       ap.paintAlignment(false);\r
 856       ap.annotationPanel.image = null;\r
 857       return;\r
 858     }\r
 859 \r
 860     if (!editingSeqs)\r
 861     {\r
 862       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 863       return;\r
 864     }\r
 865 \r
 866     int res = findRes(evt);\r
 867 \r
 868     if (res < 0)\r
 869     {\r
 870       res = 0;\r
 871     }\r
 872 \r
 873     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 874     {\r
 875       return;\r
 876     }\r
 877 \r
 878     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 879     {\r
 880       // dragLeft, delete gap\r
 881       editSequence(false, res);\r
 882     }\r
 883     else\r
 884     {\r
 885       editSequence(true, res);\r
 886     }\r
 887 \r
 888     mouseDragging = true;\r
 889     if (scrollThread != null)\r
 890     {\r
 891       scrollThread.setEvent(evt);\r
 892     }\r
 893 \r
 894   }\r
 895 \r
 896   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 897   {\r
 898     int fixedLeft = -1;\r
 899     int fixedRight = -1;\r
 900     boolean fixedColumns = false;\r
 901     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 902 \r
 903     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 904 \r
 905     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 906     {\r
 907       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 908           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 909       {\r
 910         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 911         groupEditing = true;\r
 912       }\r
 913     }\r
 914 \r
 915     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 916     if (groupEditing)\r
 917     {\r
 918       message.append("Edit group:");\r
 919       if (editCommand == null)\r
 920       {\r
 921         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 922       }\r
 923     }\r
 924     else\r
 925     {\r
 926       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 927       String label = seq.getName();\r
 928       if (label.length() > 10)\r
 929       {\r
 930         label = label.substring(0, 10);\r
 931       }\r
 932       if (editCommand == null)\r
 933       {\r
 934         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 935       }\r
 936     }\r
 937 \r
 938     if (insertGap)\r
 939     {\r
 940       message.append(" insert ");\r
 941     }\r
 942     else\r
 943     {\r
 944       message.append(" delete ");\r
 945     }\r
 946 \r
 947     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 948     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 949 \r
 950     //Are we editing within a selection group?\r
 951     if (groupEditing\r
 952         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 953     {\r
 954       fixedColumns = true;\r
 955 \r
 956       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 957       //but the sequence represents a group\r
 958       if (sg == null)\r
 959       {\r
 960         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 961             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 962         {\r
 963           endEditing();\r
 964           return;\r
 965         }\r
 966 \r
 967         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 968       }\r
 969 \r
 970       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 971       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 972 \r
 973       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 974           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 975           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 976           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 977       {\r
 978         endEditing();\r
 979         return;\r
 980       }\r
 981 \r
 982       if (fixedLeft > startres)\r
 983       {\r
 984         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 985         fixedLeft = 0;\r
 986       }\r
 987       else if (fixedRight < startres)\r
 988       {\r
 989         fixedLeft = fixedRight;\r
 990         fixedRight = -1;\r
 991       }\r
 992     }\r
 993 \r
 994     if (av.hasHiddenColumns)\r
 995     {\r
 996       fixedColumns = true;\r
 997       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 998       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 999 \r
1000       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1001           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1002       {\r
1003         endEditing();\r
1004         return;\r
1005       }\r
1006 \r
1007       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1008       //Selection spans a hidden region\r
1009       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1010       {\r
1011         if (startres >= y2)\r
1012         {\r
1013           fixedLeft = y2;\r
1014         }\r
1015         else\r
1016         {\r
1017           fixedRight = y2 - 1;\r
1018         }\r
1019       }\r
1020     }\r
1021 \r
1022     if (groupEditing)\r
1023     {\r
1024       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1025       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1026       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1027       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1028       {\r
1029         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1030       }\r
1031 \r
1032       // drag to right\r
1033       if (insertGap)\r
1034       {\r
1035         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1036         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1037         if (sg.getStartRes() == 0\r
1038             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1039             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1040             )\r
1041         {\r
1042           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1043           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1044         }\r
1045 \r
1046         // Is it valid with fixed columns??\r
1047         // Find the next gap before the end\r
1048         // of the visible region boundary\r
1049         boolean blank = false;\r
1050         for (fixedRight = fixedRight;\r
1051              fixedRight > lastres;\r
1052              fixedRight--)\r
1053         {\r
1054           blank = true;\r
1055 \r
1056           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1057           {\r
1058             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1059             {\r
1060               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1061                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1062               {\r
1063                 blank = false;\r
1064                 break;\r
1065               }\r
1066             }\r
1067           }\r
1068           if (blank)\r
1069           {\r
1070             break;\r
1071           }\r
1072         }\r
1073 \r
1074         if (!blank)\r
1075         {\r
1076           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1077           {\r
1078             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1079                   &&\r
1080                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1081             {\r
1082               endEditing();\r
1083               return;\r
1084             }\r
1085 \r
1086             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1087             if (av.hasHiddenRows)\r
1088             {\r
1089               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1090               if (hwidth > alWidth)\r
1091               {\r
1092                 alWidth = hwidth;\r
1093               }\r
1094             }\r
1095             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1096             //contains all the sequences\r
1097             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1098             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1099           }\r
1100           else\r
1101           {\r
1102             endEditing();\r
1103             return;\r
1104           }\r
1105         }\r
1106       }\r
1107 \r
1108       // drag to left\r
1109       else if (!insertGap)\r
1110       {\r
1111         /// Are we able to delete?\r
1112         // ie are all columns blank?\r
1113 \r
1114         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1115         {\r
1116           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1117           {\r
1118             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1119             {\r
1120               continue;\r
1121             }\r
1122 \r
1123             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1124                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1125             {\r
1126               // Not a gap, block edit not valid\r
1127               endEditing();\r
1128               return;\r
1129             }\r
1130           }\r
1131         }\r
1132       }\r
1133 \r
1134       if (insertGap)\r
1135       {\r
1136         // dragging to the right\r
1137         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1138         {\r
1139           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1140           {\r
1141             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1142           }\r
1143         }\r
1144         else\r
1145         {\r
1146           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1147                                  groupSeqs,\r
1148                                  startres, startres - lastres,\r
1149                                  av.alignment,\r
1150                                  true);\r
1151         }\r
1152       }\r
1153       else\r
1154       {\r
1155         // dragging to the left\r
1156         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1157         {\r
1158           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1159           {\r
1160             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1161           }\r
1162         }\r
1163         else\r
1164         {\r
1165           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1166                                  groupSeqs,\r
1167                                  startres, lastres - startres,\r
1168                                  av.alignment,\r
1169                                  true);\r
1170         }\r
1171 \r
1172       }\r
1173     }\r
1174     else /////Editing a single sequence///////////\r
1175     {\r
1176       if (insertGap)\r
1177       {\r
1178         // dragging to the right\r
1179         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1180         {\r
1181           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1182           {\r
1183             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1184                        {seq}, fixedRight);\r
1185           }\r
1186         }\r
1187         else\r
1188         {\r
1189           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1190                                  new SequenceI[]\r
1191                                  {seq},\r
1192                                  lastres, startres - lastres,\r
1193                                  av.alignment,\r
1194                                  true);\r
1195         }\r
1196       }\r
1197       else\r
1198       {\r
1199         // dragging to the left\r
1200         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1201         {\r
1202           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1203           {\r
1204             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1205             {\r
1206               endEditing();\r
1207               break;\r
1208             }\r
1209             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1210                        {seq}, fixedRight);\r
1211           }\r
1212         }\r
1213         else\r
1214         {\r
1215           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1216           int max = 0;\r
1217           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1218           {\r
1219             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1220             {\r
1221               break;\r
1222             }\r
1223             max++;\r
1224           }\r
1225 \r
1226           if (max > 0)\r
1227           {\r
1228             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1229                                    new SequenceI[]\r
1230                                    {seq},\r
1231                                    startres, max,\r
1232                                    av.alignment,\r
1233                                    true);\r
1234           }\r
1235         }\r
1236       }\r
1237     }\r
1238 \r
1239     lastres = startres;\r
1240     seqCanvas.repaint();\r
1241   }\r
1242 \r
1243   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1244   {\r
1245     int blankColumn = fixedColumn;\r
1246     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1247     {\r
1248       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1249       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1250 \r
1251       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1252       {\r
1253         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1254         {\r
1255           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1256           break;\r
1257         }\r
1258       }\r
1259 \r
1260       if (blankColumn <= j)\r
1261       {\r
1262         blankColumn = fixedColumn;\r
1263         endEditing();\r
1264         return;\r
1265       }\r
1266     }\r
1267 \r
1268     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1269                            seq,\r
1270                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1271 \r
1272     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1273                            seq,\r
1274                            j, 1, av.alignment,\r
1275                            true);\r
1276 \r
1277   }\r
1278 \r
1279   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1280   {\r
1281 \r
1282     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1283                            seq,\r
1284                            j, 1, av.alignment, true);\r
1285 \r
1286     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1287                            seq,\r
1288                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1289   }\r
1290 \r
1291 //////////////////////////////////////////\r
1292 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1293 //////////////////////////////////////////\r
1294   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1295   {\r
1296     if (scrollThread != null)\r
1297     {\r
1298       scrollThread.running = false;\r
1299       scrollThread = null;\r
1300     }\r
1301 \r
1302     int res = findRes(evt);\r
1303     int seq = findSeq(evt);\r
1304     oldSeq = seq;\r
1305     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1306 \r
1307     if (seq == -1)\r
1308     {\r
1309       return;\r
1310     }\r
1311 \r
1312     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1313 \r
1314     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1315     {\r
1316       return;\r
1317     }\r
1318 \r
1319     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1320 \r
1321     if (stretchGroup == null)\r
1322     {\r
1323       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1324       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1325           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1326       {\r
1327         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1328       }\r
1329       else\r
1330       {\r
1331         stretchGroup = null;\r
1332       }\r
1333     }\r
1334 \r
1335     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1336              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1337              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1338     {\r
1339       stretchGroup = null;\r
1340 \r
1341       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1342 \r
1343       if (allGroups != null)\r
1344       {\r
1345         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1346         {\r
1347           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1348               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1349           {\r
1350             stretchGroup = allGroups[i];\r
1351             break;\r
1352           }\r
1353         }\r
1354       }\r
1355       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1356     }\r
1357 \r
1358     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1359     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1360         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1361     {\r
1362       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,\r
1363                                                sequence.findPosition(res));\r
1364 \r
1365       Vector links = null;\r
1366       if (allFeatures != null)\r
1367       {\r
1368         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1369         {\r
1370           if (allFeatures[i].links != null)\r
1371           {\r
1372             links = new Vector();\r
1373             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1374             {\r
1375               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1376             }\r
1377           }\r
1378         }\r
1379       }\r
1380       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1381       this.add(popup);\r
1382       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1383       return;\r
1384     }\r
1385 \r
1386     if (av.cursorMode)\r
1387     {\r
1388       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1389       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1390       seqCanvas.repaint();\r
1391       return;\r
1392     }\r
1393 \r
1394     //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1395 \r
1396     if (stretchGroup == null)\r
1397     {\r
1398       // define a new group here\r
1399       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1400       sg.setStartRes(res);\r
1401       sg.setEndRes(res);\r
1402       sg.addSequence(sequence, false);\r
1403       av.setSelectionGroup(sg);\r
1404       stretchGroup = sg;\r
1405 \r
1406       if (av.getConservationSelected())\r
1407       {\r
1408         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1409                                           "Background");\r
1410       }\r
1411       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1412       {\r
1413         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1414                                        "Background");\r
1415       }\r
1416 \r
1417     }\r
1418   }\r
1419 \r
1420   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1421   {\r
1422     if (stretchGroup == null)\r
1423     {\r
1424       return;\r
1425     }\r
1426 \r
1427     if (stretchGroup.cs != null)\r
1428     {\r
1429       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1430       {\r
1431         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1432             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1433             stretchGroup.getWidth());\r
1434       }\r
1435 \r
1436       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1437           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1438           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1439           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1440       {\r
1441         stretchGroup.recalcConservation();\r
1442       }\r
1443 \r
1444       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1445       {\r
1446         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1447                                           stretchGroup.getName());\r
1448         stretchGroup.recalcConservation();\r
1449       }\r
1450       else\r
1451       {\r
1452         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1453                                        stretchGroup.getName());\r
1454       }\r
1455     }\r
1456     changeEndRes = false;\r
1457     changeStartRes = false;\r
1458     stretchGroup = null;\r
1459     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1460     ap.paintAlignment(true);\r
1461   }\r
1462 \r
1463   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1464   {\r
1465     int res = findRes(evt);\r
1466     int y = findSeq(evt);\r
1467 \r
1468     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1469     {\r
1470       return;\r
1471     }\r
1472 \r
1473     if (stretchGroup == null)\r
1474     {\r
1475       return;\r
1476     }\r
1477 \r
1478     mouseDragging = true;\r
1479 \r
1480     if (y > av.alignment.getHeight())\r
1481     {\r
1482       y = av.alignment.getHeight() - 1;\r
1483     }\r
1484 \r
1485     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1486     {\r
1487       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1488     }\r
1489 \r
1490     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1491     {\r
1492       // Edit end res position of selected group\r
1493       changeEndRes = true;\r
1494     }\r
1495     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1496     {\r
1497       // Edit start res position of selected group\r
1498       changeStartRes = true;\r
1499     }\r
1500 \r
1501     if (res < 0)\r
1502     {\r
1503       res = 0;\r
1504     }\r
1505 \r
1506     if (changeEndRes)\r
1507     {\r
1508       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1509       {\r
1510         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1511       }\r
1512     }\r
1513     else if (changeStartRes)\r
1514     {\r
1515       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1516       {\r
1517         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1518       }\r
1519     }\r
1520 \r
1521     int dragDirection = 0;\r
1522 \r
1523     if (y > oldSeq)\r
1524     {\r
1525       dragDirection = 1;\r
1526     }\r
1527     else if (y < oldSeq)\r
1528     {\r
1529       dragDirection = -1;\r
1530     }\r
1531 \r
1532     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1533     {\r
1534       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1535       // selection is quite slow.\r
1536       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1537 \r
1538       oldSeq += dragDirection;\r
1539 \r
1540       if (oldSeq < 0)\r
1541       {\r
1542         break;\r
1543       }\r
1544 \r
1545       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1546 \r
1547       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1548       {\r
1549         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1550       }\r
1551       else\r
1552       {\r
1553         if (seq != null)\r
1554         {\r
1555           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1556         }\r
1557 \r
1558         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1559       }\r
1560     }\r
1561 \r
1562     if (oldSeq < 0)\r
1563     {\r
1564       oldSeq = -1;\r
1565     }\r
1566 \r
1567     if (res > av.endRes || res < av.startRes\r
1568         || y < av.startSeq || y > av.endSeq)\r
1569     {\r
1570       mouseExited(evt);\r
1571     }\r
1572 \r
1573     if (scrollThread != null)\r
1574     {\r
1575       scrollThread.setEvent(evt);\r
1576     }\r
1577 \r
1578     seqCanvas.repaint();\r
1579   }\r
1580 \r
1581   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1582   {\r
1583     if (oldSeq < 0)\r
1584     {\r
1585       oldSeq = 0;\r
1586     }\r
1587 \r
1588     if (scrollThread != null)\r
1589     {\r
1590       scrollThread.running = false;\r
1591       scrollThread = null;\r
1592     }\r
1593   }\r
1594 \r
1595   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1596   {\r
1597     if (av.getWrapAlignment())\r
1598     {\r
1599       return;\r
1600     }\r
1601 \r
1602     if (mouseDragging && scrollThread == null)\r
1603     {\r
1604       scrollThread = new ScrollThread();\r
1605     }\r
1606   }\r
1607 \r
1608   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1609   {\r
1610     if (evt == null)\r
1611     {\r
1612       if (scrollThread != null)\r
1613       {\r
1614         scrollThread.running = false;\r
1615         scrollThread = null;\r
1616       }\r
1617       mouseDragging = false;\r
1618     }\r
1619     else\r
1620     {\r
1621       if (scrollThread == null)\r
1622       {\r
1623         scrollThread = new ScrollThread();\r
1624       }\r
1625 \r
1626       mouseDragging = true;\r
1627       scrollThread.setEvent(evt);\r
1628     }\r
1629 \r
1630   }\r
1631 \r
1632   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1633   class ScrollThread\r
1634       extends Thread\r
1635   {\r
1636     MouseEvent evt;\r
1637     boolean running = false;\r
1638     public ScrollThread()\r
1639     {\r
1640       start();\r
1641     }\r
1642 \r
1643     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1644     {\r
1645       evt = e;\r
1646     }\r
1647 \r
1648     public void stopScrolling()\r
1649     {\r
1650       running = false;\r
1651     }\r
1652 \r
1653     public void run()\r
1654     {\r
1655       running = true;\r
1656       while (running)\r
1657       {\r
1658 \r
1659         if (evt != null)\r
1660         {\r
1661 \r
1662           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1663           {\r
1664             running = ap.scrollUp(true);\r
1665           }\r
1666 \r
1667           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1668               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1669           {\r
1670             running = ap.scrollUp(false);\r
1671           }\r
1672 \r
1673           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1674           {\r
1675             running = ap.scrollRight(false);\r
1676           }\r
1677 \r
1678           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1679           {\r
1680             running = ap.scrollRight(true);\r
1681           }\r
1682         }\r
1683 \r
1684         try\r
1685         {\r
1686           Thread.sleep(75);\r
1687         }\r
1688         catch (Exception ex)\r
1689         {}\r
1690       }\r
1691     }\r
1692   }\r
1693 \r
1694 }\r