src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  64     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  65 \r
  66     seqCanvas.repaint();\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  71      {\r
  72        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  73        {\r
  74          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  75          {\r
  76            groupEditing = true;\r
  77          }\r
  78 \r
  79          editingSeqs = true;\r
  80          doMousePressed(evt);\r
  81        }\r
  82        else\r
  83        {\r
  84          doMousePressedDefineMode(evt);\r
  85        }\r
  86      }\r
  87 \r
  88      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
  89 \r
  90 \r
  91   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  92   {\r
  93     if (!editingSeqs)\r
  94     {\r
  95       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99 \r
 100     if (seqEditOccurred > -1)\r
 101     {\r
 102       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 103     }\r
 104 \r
 105     startseq = -1;\r
 106     lastres = -1;\r
 107     seqEditOccurred = -1;\r
 108     editingSeqs = false;\r
 109     groupEditing = false;\r
 110     ap.repaint();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   int startWrapBlock=-1;\r
 114   int wrappedBlock=-1;\r
 115   int findRes(MouseEvent evt)\r
 116  {\r
 117    int res = 0;\r
 118    int x = evt.getX();\r
 119 \r
 120   if (av.wrapAlignment)\r
 121   {\r
 122 \r
 123     int hgap = av.charHeight;\r
 124     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 125       hgap += av.charHeight;\r
 126 \r
 127     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 128         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 129 \r
 130       int y = evt.getY();\r
 131       y -= hgap;\r
 132       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 133 \r
 134 \r
 135       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 136 \r
 137       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 138       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 139 \r
 140       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 141 \r
 142   }\r
 143   else\r
 144   {\r
 145       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   return res;\r
 149 \r
 150  }\r
 151 \r
 152  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 153  {\r
 154 \r
 155    int seq = 0;\r
 156    int y = evt.getY();\r
 157 \r
 158    if (av.wrapAlignment)\r
 159    {\r
 160      int hgap = av.charHeight;\r
 161      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 162        hgap += av.charHeight;\r
 163 \r
 164      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 165          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 166 \r
 167        y -= hgap;\r
 168 \r
 169      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 170    }\r
 171    else\r
 172    {\r
 173      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 174    }\r
 175 \r
 176    return seq;\r
 177  }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 181   {\r
 182     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 183         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 184 \r
 185     int seq = findSeq(evt);\r
 186     int res = findRes(evt);\r
 187 \r
 188     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 189         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 190     {\r
 191       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 192       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 193       // in the alignment\r
 194 \r
 195       startseq = seq;\r
 196       lastres = res;\r
 197     }\r
 198     else\r
 199     {\r
 200       startseq = -1;\r
 201       lastres = -1;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return;\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 208   {\r
 209     int res = findRes(evt);\r
 210     int seq = findSeq(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 213     {\r
 214       return;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 218     if (res > sequence.getLength())\r
 219     {\r
 220       return;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 224             sequence.getName());\r
 225 \r
 226     Object obj = null;\r
 227     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 228     {\r
 229       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 230           "");\r
 231       if(obj!=null)\r
 232         text.append(" Nucleotide: ");\r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 237       if(obj!=null)\r
 238         text.append("  Residue: ");\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (obj != null)\r
 242     {\r
 243 \r
 244       if (obj != "")\r
 245       {\r
 246         text.append(obj + " (" +\r
 247                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 248       }\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 252     {\r
 253       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 254     }\r
 255 \r
 256 \r
 257     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 258     if (av.showSequenceFeatures && sequence.getSequenceFeatures()!=null)\r
 259     {\r
 260       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 261       Enumeration e = features.elements();\r
 262       boolean first = true;\r
 263       while (e.hasMoreElements())\r
 264       {\r
 265         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 266         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 267             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 268         {\r
 269           if(first)\r
 270           {\r
 271             text.append(" Sequence Feature: ");\r
 272             first = false;\r
 273           }\r
 274 \r
 275           if(sf.getDescription()!=null)\r
 276             text.append(sf.getDescription());\r
 277 \r
 278           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 279           {\r
 280             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 281           }\r
 282           text.append("; ");\r
 283         }\r
 284 \r
 285       }\r
 286     }\r
 287 \r
 288      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 289 \r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 293   {\r
 294     if (!editingSeqs)\r
 295     {\r
 296       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 297       return;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     // If we're dragging we're editing\r
 301     int res = findRes(evt);\r
 302     if (res < 0)\r
 303     {\r
 304       res = 0;\r
 305     }\r
 306 \r
 307     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 308     {\r
 309       return;\r
 310     }\r
 311 \r
 312     boolean dragRight = true;\r
 313     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 314     {\r
 315       dragRight = false;\r
 316     }\r
 317 \r
 318     if (res != lastres)\r
 319     {\r
 320       // Group editing\r
 321       if (groupEditing)\r
 322       {\r
 323         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 324         if (sg == null)\r
 325         {\r
 326           lastres = -1;\r
 327           return;\r
 328         }\r
 329 \r
 330         // drag to right\r
 331         if (dragRight)\r
 332         {\r
 333           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 334         }\r
 335 \r
 336         // drag to left\r
 337         else\r
 338         {\r
 339           /// Are we able to delete?\r
 340           // ie are all columns blank?\r
 341           boolean deleteAllowed = false;\r
 342           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 343           {\r
 344             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 345             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 346             {\r
 347               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 348               {\r
 349                 continue;\r
 350               }\r
 351 \r
 352               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 353               {\r
 354                 // Not a gap, block edit not valid\r
 355                 res = j + 1;\r
 356                 deleteAllowed = false;\r
 357                 continue;\r
 358               }\r
 359               deleteAllowed = true;\r
 360             }\r
 361           }\r
 362 \r
 363           if (!deleteAllowed)\r
 364           {\r
 365             lastres = -1;\r
 366             return;\r
 367           }\r
 368 \r
 369           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 370         }\r
 371 \r
 372         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 373         {\r
 374           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 375           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 376 \r
 377           // drag to right\r
 378           if (dragRight)\r
 379           {\r
 380             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 381             {\r
 382               insertChar(j, k);\r
 383             }\r
 384           }\r
 385 \r
 386           // drag to left\r
 387           else\r
 388           {\r
 389             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 390             {\r
 391               if (s.getLength() > j)\r
 392               {\r
 393                 deleteChar(res, k);\r
 394               }\r
 395             }\r
 396           }\r
 397         }\r
 398       }\r
 399       else /////Editing a single sequence///////////\r
 400       {\r
 401         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 402         {\r
 403           // dragging to the right\r
 404           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 405           {\r
 406             insertChar(j, startseq);\r
 407           }\r
 408         }\r
 409         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 410         {\r
 411           // dragging to the left\r
 412           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 413           {\r
 414             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 415                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 416             {\r
 417 \r
 418               deleteChar(res, startseq);\r
 419             }\r
 420             else\r
 421             {\r
 422 \r
 423               break;\r
 424             }\r
 425           }\r
 426         }\r
 427 \r
 428       }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     endEdit = res;\r
 432     lastres = res;\r
 433     seqCanvas.repaint();\r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 437   {\r
 438     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 439                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 440     seqCanvas.repaint();\r
 441   }\r
 442 \r
 443   public void insertChar(int j, int seq)\r
 444   {\r
 445     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 446     seqEditOccurred = seq;\r
 447   }\r
 448 \r
 449   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 450   {\r
 451 \r
 452     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 453     seqEditOccurred = seq;\r
 454     av.alignment.getWidth();\r
 455     repaint();\r
 456   }\r
 457 \r
 458   void editOccurred(int i)\r
 459   {\r
 460     if (endEdit == startEdit)\r
 461     {\r
 462         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 463         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 464     }\r
 465 \r
 466     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 467   }\r
 468 \r
 469 //////////////////////////////////////////\r
 470 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 471 //////////////////////////////////////////\r
 472   int oldSeq = -1;\r
 473   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 474   {\r
 475     int res = findRes(evt);\r
 476     int seq = findSeq(evt);\r
 477     oldSeq = seq;\r
 478     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 479 \r
 480     if(seq==-1)\r
 481       return;\r
 482 \r
 483     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 484 \r
 485     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 486     {\r
 487       return;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 491 \r
 492     if (stretchGroup == null)\r
 493     {\r
 494       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 495       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 496           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 497       {\r
 498         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 499       }\r
 500       else\r
 501       {\r
 502         stretchGroup = null;\r
 503       }\r
 504     }\r
 505 \r
 506     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 507              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 508              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 509     {\r
 510       stretchGroup = null;\r
 511 \r
 512       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 513 \r
 514       if (allGroups != null)\r
 515       {\r
 516         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 517         {\r
 518           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 519               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 520           {\r
 521             stretchGroup = allGroups[i];\r
 522             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 523             break;\r
 524           }\r
 525         }\r
 526       }\r
 527     }\r
 528 \r
 529     if (stretchGroup == null)\r
 530     {\r
 531       // define a new group here\r
 532       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 533       sg.setStartRes(res);\r
 534       sg.setEndRes(res);\r
 535       sg.addSequence(sequence, false);\r
 536       av.setSelectionGroup(sg);\r
 537       stretchGroup = sg;\r
 538 \r
 539       if (av.getConservationSelected())\r
 540       {\r
 541         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 542                                           "Background");\r
 543       }\r
 544       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 545       {\r
 546         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 547                                        "Background");\r
 548       }\r
 549 \r
 550     }\r
 551 \r
 552     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 553     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 554              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 555     {\r
 556       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 557       this.add(popup);\r
 558       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 559     }\r
 560 \r
 561     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 562     {\r
 563       // Edit end res position of selected group\r
 564       changeEndRes = true;\r
 565     }\r
 566 \r
 567     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 568     {\r
 569       // Edit end res position of selected group\r
 570       changeStartRes = true;\r
 571     }\r
 572 \r
 573   }\r
 574 \r
 575   boolean changeEndSeq = false;\r
 576   boolean changeStartSeq = false;\r
 577   boolean changeEndRes = false;\r
 578   boolean changeStartRes = false;\r
 579   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 580 \r
 581   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 582   {\r
 583     if(mouseDragging)\r
 584      {\r
 585        stretchGroup.recalcConservation();\r
 586        mouseDragging = false;\r
 587      }\r
 588 \r
 589     if (stretchGroup == null)\r
 590     {\r
 591       return;\r
 592     }\r
 593 \r
 594     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 595     {\r
 596       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 597       {\r
 598         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 599                                           stretchGroup.getName());\r
 600       }\r
 601       else\r
 602       {\r
 603         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 604                                        stretchGroup.getName());\r
 605       }\r
 606     }\r
 607     changeEndRes = false;\r
 608     changeStartRes = false;\r
 609     stretchGroup = null;\r
 610     seqCanvas.repaint();\r
 611     ap.repaint();\r
 612   }\r
 613 \r
 614   boolean remove = false;\r
 615   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 616   {\r
 617     int res = findRes(evt);\r
 618     int y = findSeq(evt);\r
 619 \r
 620     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 621         return;\r
 622 \r
 623     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 624       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 625 \r
 626     if (stretchGroup == null)\r
 627     {\r
 628       return;\r
 629     }\r
 630 \r
 631     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 632     {\r
 633       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 637     {\r
 638       // Edit end res position of selected group\r
 639       changeEndRes = true;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 643     {\r
 644       // Edit start res position of selected group\r
 645       changeStartRes = true;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     if (res < av.getStartRes())\r
 649     {\r
 650       res = av.getStartRes();\r
 651     }\r
 652     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 653     {\r
 654       res = av.getEndRes();\r
 655     }\r
 656 \r
 657     if (changeEndRes)\r
 658     {\r
 659       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 660       {\r
 661         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 662       }\r
 663     }\r
 664     else if (changeStartRes)\r
 665     {\r
 666       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 667       {\r
 668         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 669       }\r
 670     }\r
 671 \r
 672     int dragDirection = 0;\r
 673     if (y > oldSeq)\r
 674     {\r
 675       dragDirection = 1;\r
 676     }\r
 677     else if (y < oldSeq)\r
 678     {\r
 679       dragDirection = -1;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 683     {\r
 684       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 685       // selection is quite slow.\r
 686       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 687 \r
 688       oldSeq += dragDirection;\r
 689       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 690 \r
 691       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 692       {\r
 693         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 694       }\r
 695       else\r
 696       {\r
 697         if (seq != null)\r
 698         {\r
 699           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 700         }\r
 701         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 702       }\r
 703     }\r
 704     oldSeq = y;\r
 705     mouseDragging = true;\r
 706     if (scrollThread != null)\r
 707     {\r
 708       scrollThread.setEvent(evt);\r
 709     }\r
 710 \r
 711     seqCanvas.repaint();\r
 712   }\r
 713 \r
 714   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 715   {\r
 716     if (editingSeqs && scrollThread != null)\r
 717     {\r
 718       scrollThread.running = false;\r
 719     }\r
 720   }\r
 721 \r
 722   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 723   {\r
 724     if (mouseDragging)\r
 725     {\r
 726       scrollThread = new ScrollThread();\r
 727     }\r
 728   }\r
 729 \r
 730   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 731   class ScrollThread\r
 732       extends Thread\r
 733   {\r
 734     MouseEvent evt;\r
 735     boolean running = false;\r
 736     public ScrollThread()\r
 737     {\r
 738       start();\r
 739     }\r
 740 \r
 741     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 742     {\r
 743       evt = e;\r
 744     }\r
 745 \r
 746     public void stopScrolling()\r
 747     {\r
 748       running = false;\r
 749     }\r
 750 \r
 751     public void run()\r
 752     {\r
 753       running = true;\r
 754       while (running)\r
 755       {\r
 756         if (evt != null)\r
 757         {\r
 758 \r
 759           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 760           {\r
 761             running = ap.scrollUp(true);\r
 762           }\r
 763 \r
 764           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 765               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 766           {\r
 767             running = ap.scrollUp(false);\r
 768           }\r
 769 \r
 770           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 771           {\r
 772             running = ap.scrollRight(true);\r
 773           }\r
 774 \r
 775           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 776           {\r
 777             running = ap.scrollRight(false);\r
 778           }\r
 779         }\r
 780 \r
 781         try\r
 782         {\r
 783           Thread.sleep(75);\r
 784         }\r
 785         catch (Exception ex)\r
 786         {}\r
 787       }\r
 788     }\r
 789   }\r
 790 \r
 791 }\r