src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SearchResults;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.structure.SelectionListener;
  35 import jalview.structure.SelectionSource;
  36 import jalview.structure.SequenceListener;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.structure.VamsasSource;
  39 import jalview.util.Comparison;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.List;
  54 import java.util.Vector;
  55
  56 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  57         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  58 {
  59
  60   public SeqCanvas seqCanvas;
  61
  62   public AlignmentPanel ap;
  63
  64   protected int lastres;
  65
  66   protected int startseq;
  67
  68   protected AlignViewport av;
  69
  70   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  71   // conservation
  72   boolean seqEditOccurred = false;
  73
  74   ScrollThread scrollThread = null;
  75
  76   boolean mouseDragging = false;
  77
  78   boolean editingSeqs = false;
  79
  80   boolean groupEditing = false;
  81
  82   int oldSeq = -1;
  83
  84   boolean changeEndSeq = false;
  85
  86   boolean changeStartSeq = false;
  87
  88   boolean changeEndRes = false;
  89
  90   boolean changeStartRes = false;
  91
  92   SequenceGroup stretchGroup = null;
  93
  94   StringBuffer keyboardNo1;
  95
  96   StringBuffer keyboardNo2;
  97
  98   boolean mouseWheelPressed = false;
  99
 100   Point lastMousePress;
 101
 102   EditCommand editCommand;
 103
 104   StructureSelectionManager ssm;
 105
 106   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 107   {
 108     this.av = avp;
 109
 110     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 111     setLayout(new BorderLayout());
 112     add(seqCanvas);
 113
 114     ap = p;
 115
 116     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 117     seqCanvas.addMouseListener(this);
 118     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 119     ssm.addStructureViewerListener(this);
 120     ssm.addSelectionListener(this);
 121
 122     seqCanvas.repaint();
 123   }
 124
 125   void endEditing()
 126   {
 127     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 128     {
 129       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 130       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 131               .getSequences());
 132     }
 133
 134     startseq = -1;
 135     lastres = -1;
 136     editingSeqs = false;
 137     groupEditing = false;
 138     keyboardNo1 = null;
 139     keyboardNo2 = null;
 140     editCommand = null;
 141   }
 142
 143   void setCursorRow()
 144   {
 145     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 146     scrollToVisible();
 147   }
 148
 149   void setCursorColumn()
 150   {
 151     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 152     scrollToVisible();
 153   }
 154
 155   void setCursorRowAndColumn()
 156   {
 157     if (keyboardNo2 == null)
 158     {
 159       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 160     }
 161     else
 162     {
 163       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 164       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 165       scrollToVisible();
 166     }
 167   }
 168
 169   void setCursorPosition()
 170   {
 171     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 172
 173     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 174     scrollToVisible();
 175   }
 176
 177   void moveCursor(int dx, int dy)
 178   {
 179     seqCanvas.cursorX += dx;
 180     seqCanvas.cursorY += dy;
 181     if (av.hasHiddenColumns()
 182             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 183     {
 184       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 185       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 186
 187       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 188               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 189       {
 190         seqCanvas.cursorX += dx;
 191       }
 192
 193       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 194               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 195       {
 196         seqCanvas.cursorX = original;
 197       }
 198     }
 199     scrollToVisible();
 200   }
 201
 202   void scrollToVisible()
 203   {
 204     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 205     {
 206       seqCanvas.cursorX = 0;
 207     }
 208     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 209     {
 210       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 211     }
 212
 213     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 214     {
 215       seqCanvas.cursorY = 0;
 216     }
 217     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 218     {
 219       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 220     }
 221
 222     endEditing();
 223     if (av.getWrapAlignment())
 224     {
 225       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 226     }
 227     else
 228     {
 229       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 230       {
 231         ap.scrollUp(true);
 232       }
 233       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 234       {
 235         ap.scrollUp(false);
 236       }
 237       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 238               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 239       {
 240
 241         if (!ap.scrollRight(false))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 247               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 248       {
 249         if (!ap.scrollRight(true))
 250         {
 251           break;
 252         }
 253       }
 254     }
 255     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 256             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 257
 258     seqCanvas.repaint();
 259   }
 260
 261   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 262   {
 263     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 264
 265     if (av.getSelectionGroup() != null)
 266     {
 267       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 268       // Find the top and bottom of this group
 269       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 270       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 271       {
 272         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 273         if (index > max)
 274         {
 275           max = index;
 276         }
 277         if (index < min)
 278         {
 279           min = index;
 280         }
 281       }
 282
 283       max++;
 284
 285       if (topLeft)
 286       {
 287         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 288         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 289         {
 290           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 291         }
 292
 293         min = seqCanvas.cursorY;
 294       }
 295       else
 296       {
 297         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 298         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 299         {
 300           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 301         }
 302
 303         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 304       }
 305
 306       if (min > max)
 307       {
 308         // Only the user can do this
 309         av.setSelectionGroup(null);
 310       }
 311       else
 312       {
 313         // Now add any sequences between min and max
 314         sg.clear();
 315         for (int i = min; i < max; i++)
 316         {
 317           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 318         }
 319       }
 320     }
 321
 322     if (av.getSelectionGroup() == null)
 323     {
 324       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 325       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 327       sg.addSequence(sequence, false);
 328       av.setSelectionGroup(sg);
 329     }
 330     ap.paintAlignment(false);
 331     av.sendSelection();
 332   }
 333
 334   void insertGapAtCursor(boolean group)
 335   {
 336     groupEditing = group;
 337     startseq = seqCanvas.cursorY;
 338     lastres = seqCanvas.cursorX;
 339     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 340     endEditing();
 341   }
 342
 343   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 344   {
 345     groupEditing = group;
 346     startseq = seqCanvas.cursorY;
 347     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 348     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 349     endEditing();
 350   }
 351
 352   void numberPressed(char value)
 353   {
 354     if (keyboardNo1 == null)
 355     {
 356       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 357     }
 358
 359     if (keyboardNo2 != null)
 360     {
 361       keyboardNo2.append(value);
 362     }
 363     else
 364     {
 365       keyboardNo1.append(value);
 366     }
 367   }
 368
 369   int getKeyboardNo1()
 370   {
 371     try
 372     {
 373       if (keyboardNo1 != null)
 374       {
 375         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 376         keyboardNo1 = null;
 377         return value;
 378       }
 379     } catch (Exception x)
 380     {
 381     }
 382     keyboardNo1 = null;
 383     return 1;
 384   }
 385
 386   int getKeyboardNo2()
 387   {
 388     try
 389     {
 390       if (keyboardNo2 != null)
 391       {
 392         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 393         keyboardNo2 = null;
 394         return value;
 395       }
 396     } catch (Exception x)
 397     {
 398     }
 399     keyboardNo2 = null;
 400     return 1;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Set status message in alignment panel
 405    *
 406    * @param sequence
 407    *          aligned sequence object
 408    * @param res
 409    *          alignment column
 410    * @param seq
 411    *          index of sequence in alignment
 412    * @return position of res in sequence
 413    */
 414   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 415   {
 416     // TODO remove duplication of identical gui method
 417     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 418     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 419     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 420
 421     String residue = null;
 422     /*
 423      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 424      */
 425     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 426     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 427     {
 428       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 429       if (residue != null)
 430       {
 431         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 432       }
 433     }
 434     else
 435     {
 436       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 437               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 438       if (residue != null)
 439       {
 440         text.append(" Residue: ").append(residue);
 441       }
 442     }
 443
 444     int pos = -1;
 445     if (residue != null)
 446     {
 447       pos = sequence.findPosition(res);
 448       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 449     }
 450     // Object obj = null;
 451     // if (av.getAlignment().isNucleotide())
 452     // {
 453     // obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 454     // + "");
 455     // if (obj != null)
 456     // {
 457     // text.append(" Nucleotide: ");
 458     // }
 459     // }
 460     // else
 461     // {
 462     // obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 463     // if (obj != null)
 464     // {
 465     // text.append("  Residue: ");
 466     // }
 467     // }
 468     //
 469     // if (obj != null)
 470     // {
 471     //
 472     // if (obj != "")
 473     // {
 474     // text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 475     // }
 476     // }
 477
 478     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 479
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 484    * search results.
 485    *
 486    * @param results
 487    */
 488   private void setStatusMessage(SearchResults results)
 489   {
 490     List<Match> matches = results.getResults();
 491     if (!matches.isEmpty())
 492     {
 493       Match m = matches.get(0);
 494       SequenceI seq = m.getSequence();
 495       int sequenceIndex = this.av.getAlignment().findIndex(seq);
 496
 497       /*
 498        * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array index
 499        * (base 0)
 500        */
 501       int start = m.getStart() - 1;
 502       setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 503     }
 504   }
 505
 506   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 507   {
 508     lastMousePress = evt.getPoint();
 509
 510     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 511     // As the Button2_mask always seems to be true
 512     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 513             && !av.MAC)
 514     {
 515       mouseWheelPressed = true;
 516       return;
 517     }
 518
 519     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 520     {
 521       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 522       {
 523         groupEditing = true;
 524       }
 525       editingSeqs = true;
 526     }
 527     else
 528     {
 529       doMousePressedDefineMode(evt);
 530       return;
 531     }
 532
 533     int seq = findSeq(evt);
 534     int res = findRes(evt);
 535
 536     if (seq < 0 || res < 0)
 537     {
 538       return;
 539     }
 540
 541     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 542             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 543     {
 544       startseq = seq;
 545       lastres = res;
 546     }
 547     else
 548     {
 549       startseq = -1;
 550       lastres = -1;
 551     }
 552
 553     return;
 554   }
 555
 556   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 557   {
 558     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 559     if (evt.getClickCount() > 1)
 560     {
 561       if (av.getSelectionGroup() != null
 562               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 563               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 564                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 565       {
 566         av.setSelectionGroup(null);
 567       }
 568
 569       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 570               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 571
 572       if (features != null && features.length > 0)
 573       {
 574         SearchResults highlight = new SearchResults();
 575         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 576                 features[0].getEnd());
 577         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 578       }
 579       if (features != null && features.length > 0)
 580       {
 581         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 582         { sequence }, features, false, ap);
 583
 584         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 585       }
 586     }
 587   }
 588
 589   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 590   {
 591     mouseDragging = false;
 592     mouseWheelPressed = false;
 593     ap.paintAlignment(true);
 594
 595     if (!editingSeqs)
 596     {
 597       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 598       return;
 599     }
 600
 601     endEditing();
 602
 603   }
 604
 605   int startWrapBlock = -1;
 606
 607   int wrappedBlock = -1;
 608
 609   int findRes(MouseEvent evt)
 610   {
 611     int res = 0;
 612     int x = evt.getX();
 613
 614     if (av.getWrapAlignment())
 615     {
 616
 617       int hgap = av.getCharHeight();
 618       if (av.getScaleAboveWrapped())
 619       {
 620         hgap += av.getCharHeight();
 621       }
 622
 623       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 624               + hgap
 625               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 626
 627       int y = evt.getY();
 628       y -= hgap;
 629       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 630
 631       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 632       if (cwidth < 1)
 633       {
 634         return 0;
 635       }
 636
 637       wrappedBlock = y / cHeight;
 638       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 639
 640       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 641
 642     }
 643     else
 644     {
 645       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 646     }
 647
 648     if (av.hasHiddenColumns())
 649     {
 650       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 651     }
 652
 653     return res;
 654
 655   }
 656
 657   int findSeq(MouseEvent evt)
 658   {
 659     final int sqnum = findAlRow(evt);
 660     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 661   }
 662
 663   /**
 664    *
 665    * @param evt
 666    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 667    */
 668   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 669   {
 670     int seq = 0;
 671     int y = evt.getY();
 672
 673     if (av.getWrapAlignment())
 674     {
 675       int hgap = av.getCharHeight();
 676       if (av.getScaleAboveWrapped())
 677       {
 678         hgap += av.getCharHeight();
 679       }
 680
 681       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 682               + hgap
 683               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 684
 685       y -= hgap;
 686
 687       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 688               .getHeight() - 1);
 689       if (seq < 0)
 690       {
 691         seq = -1;
 692       }
 693     }
 694     else
 695     {
 696       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 697               .getAlignment().getHeight() - 1);
 698       if (seq < 0)
 699       {
 700         seq = -1;
 701       }
 702     }
 703
 704     return seq;
 705   }
 706
 707   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 708   {
 709
 710     int seq = findSeq(evt);
 711     int res = findRes(evt);
 712
 713     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 714             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 715     {
 716       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 717       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 718       // in the alignment
 719
 720       startseq = seq;
 721       lastres = res;
 722     }
 723     else
 724     {
 725       startseq = -1;
 726       lastres = -1;
 727     }
 728
 729     return;
 730   }
 731
 732   String lastMessage;
 733
 734   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 735   {
 736     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 737     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 738     {
 739       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 740     }
 741
 742     lastMessage = tmp;
 743   }
 744
 745   public void highlightSequence(SearchResults results)
 746   {
 747     if (av.isFollowHighlight())
 748     {
 749       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 750       {
 751         ap.alignFrame.repaint();
 752       }
 753     }
 754     setStatusMessage(results);
 755     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 756
 757   }
 758
 759   @Override
 760   public VamsasSource getVamsasSource()
 761   {
 762     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 763   }
 764
 765   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 766   {
 767     System.out.println("update the seqPanel colours");
 768     // repaint();
 769   }
 770
 771   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 772   {
 773     int res = findRes(evt);
 774     int seq = findSeq(evt);
 775
 776     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 777     {
 778       if (tooltip != null)
 779       {
 780         tooltip.setTip("");
 781       }
 782       return;
 783     }
 784
 785     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 786     if (res > sequence.getLength())
 787     {
 788       if (tooltip != null)
 789       {
 790         tooltip.setTip("");
 791       }
 792       return;
 793     }
 794
 795     int respos = sequence.findPosition(res);
 796     if (ssm != null)
 797     {
 798       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 799     }
 800
 801     StringBuilder text = new StringBuilder();
 802     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 803             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 804
 805     String obj = null;
 806     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 807     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 808     {
 809       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 810       if (obj != null)
 811       {
 812         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 813       }
 814     }
 815     else
 816     {
 817       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X"
 818               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 819       if (obj != null)
 820       {
 821         text.append(" Residue: ").append(obj);
 822       }
 823     }
 824
 825     if (obj != null)
 826     {
 827       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 828     }
 829
 830     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 831
 832     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 833     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 834     if (groups != null)
 835     {
 836       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 837       {
 838         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 839         {
 840           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 841                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 842           {
 843             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 844           }
 845           if (groups[g].getDescription() != null)
 846           {
 847             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 848           }
 849           tooltipText.append("\n");
 850         }
 851       }
 852     }
 853
 854     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 855     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 856             sequence.findPosition(res));
 857
 858     int index = 0;
 859     while (index < allFeatures.length)
 860     {
 861       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 862
 863       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 864
 865       if (sf.getDescription() != null)
 866       {
 867         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 868       }
 869
 870       if (sf.getValue("status") != null)
 871       {
 872         String status = sf.getValue("status").toString();
 873         if (status.length() > 0)
 874         {
 875           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 876         }
 877       }
 878       tooltipText.append("\n");
 879
 880       index++;
 881     }
 882
 883     if (tooltip == null)
 884     {
 885       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 886     }
 887     else
 888     {
 889       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 890     }
 891   }
 892
 893   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 894   {
 895     Vector tmp = new Vector();
 896     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 897     if (features != null)
 898     {
 899       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 900       {
 901         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 902                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 903         {
 904           continue;
 905         }
 906
 907         if (features[i].featureGroup != null
 908                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 909         {
 910           continue;
 911         }
 912
 913         if ((features[i].getBegin() <= res)
 914                 && (features[i].getEnd() >= res))
 915         {
 916           tmp.addElement(features[i]);
 917         }
 918       }
 919     }
 920
 921     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 922     tmp.copyInto(features);
 923
 924     return features;
 925   }
 926
 927   Tooltip tooltip;
 928
 929   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 930   {
 931     if (mouseWheelPressed)
 932     {
 933       int oldWidth = av.getCharWidth();
 934
 935       // Which is bigger, left-right or up-down?
 936       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 937               - lastMousePress.x))
 938       {
 939         int fontSize = av.font.getSize();
 940
 941         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 942         {
 943           fontSize--;
 944         }
 945         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 946         {
 947           fontSize++;
 948         }
 949
 950         if (fontSize < 1)
 951         {
 952           fontSize = 1;
 953         }
 954
 955         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 956         av.setCharWidth(oldWidth);
 957       }
 958       else
 959       {
 960         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 961         {
 962           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 963         }
 964         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 965         {
 966           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 967         }
 968
 969         if (av.getCharWidth() < 1)
 970         {
 971           av.setCharWidth(1);
 972         }
 973       }
 974
 975       ap.fontChanged();
 976
 977       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 978       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 979
 980       lastMousePress = evt.getPoint();
 981
 982       ap.paintAlignment(false);
 983       ap.annotationPanel.image = null;
 984       return;
 985     }
 986
 987     if (!editingSeqs)
 988     {
 989       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 990       return;
 991     }
 992
 993     int res = findRes(evt);
 994
 995     if (res < 0)
 996     {
 997       res = 0;
 998     }
 999
1000     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1001     {
1002       return;
1003     }
1004
1005     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1006     {
1007       // dragLeft, delete gap
1008       editSequence(false, res);
1009     }
1010     else
1011     {
1012       editSequence(true, res);
1013     }
1014
1015     mouseDragging = true;
1016     if (scrollThread != null)
1017     {
1018       scrollThread.setEvent(evt);
1019     }
1020
1021   }
1022
1023   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1024   {
1025     int fixedLeft = -1;
1026     int fixedRight = -1;
1027     boolean fixedColumns = false;
1028     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1029
1030     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1031
1032     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1033     {
1034       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1035       {
1036         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1037         groupEditing = true;
1038       }
1039     }
1040
1041     StringBuffer message = new StringBuffer();
1042     if (groupEditing)
1043     {
1044       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1045               ":");
1046       if (editCommand == null)
1047       {
1048         editCommand = new EditCommand(
1049                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1050       }
1051     }
1052     else
1053     {
1054       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1055               .append(" " + seq.getName());
1056       String label = seq.getName();
1057       if (label.length() > 10)
1058       {
1059         label = label.substring(0, 10);
1060       }
1061       if (editCommand == null)
1062       {
1063         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1064                 "label.edit_params", new String[]
1065                 { label }));
1066       }
1067     }
1068
1069     if (insertGap)
1070     {
1071       message.append(" insert ");
1072     }
1073     else
1074     {
1075       message.append(" delete ");
1076     }
1077
1078     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1079     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1080
1081     // Are we editing within a selection group?
1082     if (groupEditing
1083             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1084                     .contains(seq)))
1085     {
1086       fixedColumns = true;
1087
1088       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1089       // but the sequence represents a group
1090       if (sg == null)
1091       {
1092         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1093         {
1094           endEditing();
1095           return;
1096         }
1097
1098         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1099       }
1100
1101       fixedLeft = sg.getStartRes();
1102       fixedRight = sg.getEndRes();
1103
1104       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1105               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1106               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1107               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1108       {
1109         endEditing();
1110         return;
1111       }
1112
1113       if (fixedLeft > startres)
1114       {
1115         fixedRight = fixedLeft - 1;
1116         fixedLeft = 0;
1117       }
1118       else if (fixedRight < startres)
1119       {
1120         fixedLeft = fixedRight;
1121         fixedRight = -1;
1122       }
1123     }
1124
1125     if (av.hasHiddenColumns())
1126     {
1127       fixedColumns = true;
1128       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1129       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1130
1131       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1132               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1133       {
1134         endEditing();
1135         return;
1136       }
1137
1138       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1139       // Selection spans a hidden region
1140       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1141       {
1142         if (startres >= y2)
1143         {
1144           fixedLeft = y2;
1145         }
1146         else
1147         {
1148           fixedRight = y2 - 1;
1149         }
1150       }
1151     }
1152
1153     if (groupEditing)
1154     {
1155       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1156               .toArray(new SequenceI[0]);
1157
1158       // drag to right
1159       if (insertGap)
1160       {
1161         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1162         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1163         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1164                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1165         {
1166           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1167           fixedRight = sg.getEndRes();
1168         }
1169
1170         // Is it valid with fixed columns??
1171         // Find the next gap before the end
1172         // of the visible region boundary
1173         boolean blank = false;
1174         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1175         {
1176           blank = true;
1177
1178           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1179           {
1180             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1181             {
1182               if (!Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1183                       - j)))
1184               {
1185                 blank = false;
1186                 break;
1187               }
1188             }
1189           }
1190           if (blank)
1191           {
1192             break;
1193           }
1194         }
1195
1196         if (!blank)
1197         {
1198           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1199           {
1200             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1201                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1202             {
1203               endEditing();
1204               return;
1205             }
1206
1207             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1208             if (av.hasHiddenRows())
1209             {
1210               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1211                       .getWidth();
1212               if (hwidth > alWidth)
1213               {
1214                 alWidth = hwidth;
1215               }
1216             }
1217             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1218             // contains all the sequences
1219             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1220             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1221           }
1222           else
1223           {
1224             endEditing();
1225             return;
1226           }
1227         }
1228       }
1229
1230       // drag to left
1231       else if (!insertGap)
1232       {
1233         // / Are we able to delete?
1234         // ie are all columns blank?
1235
1236         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1237         {
1238           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1239           {
1240             if (gs.getLength() <= j)
1241             {
1242               continue;
1243             }
1244
1245             if (!Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1246             {
1247               // Not a gap, block edit not valid
1248               endEditing();
1249               return;
1250             }
1251           }
1252         }
1253       }
1254
1255       if (insertGap)
1256       {
1257         // dragging to the right
1258         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1259         {
1260           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1261           {
1262             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1263           }
1264         }
1265         else
1266         {
1267           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1268                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1269         }
1270       }
1271       else
1272       {
1273         // dragging to the left
1274         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1275         {
1276           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1277           {
1278             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1279           }
1280         }
1281         else
1282         {
1283           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1284                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1285         }
1286
1287       }
1288     }
1289     else
1290     // ///Editing a single sequence///////////
1291     {
1292       if (insertGap)
1293       {
1294         // dragging to the right
1295         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1296         {
1297           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1298           {
1299             insertChar(j, new SequenceI[]
1300             { seq }, fixedRight);
1301           }
1302         }
1303         else
1304         {
1305           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1306           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1307         }
1308       }
1309       else
1310       {
1311         // dragging to the left
1312         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1313         {
1314           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1315           {
1316             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1317             {
1318               endEditing();
1319               break;
1320             }
1321             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1322             { seq }, fixedRight);
1323           }
1324         }
1325         else
1326         {
1327           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1328           int max = 0;
1329           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1330           {
1331             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1332             {
1333               break;
1334             }
1335             max++;
1336           }
1337
1338           if (max > 0)
1339           {
1340             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1341             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1342           }
1343         }
1344       }
1345     }
1346
1347     lastres = startres;
1348     seqCanvas.repaint();
1349   }
1350
1351   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1352   {
1353     int blankColumn = fixedColumn;
1354     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1355     {
1356       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1357       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1358
1359       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1360       {
1361         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1362         {
1363           // Theres a space, so break and insert the gap
1364           break;
1365         }
1366       }
1367
1368       if (blankColumn <= j)
1369       {
1370         blankColumn = fixedColumn;
1371         endEditing();
1372         return;
1373       }
1374     }
1375
1376     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1377             av.getAlignment(), true);
1378
1379     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1380             true);
1381
1382   }
1383
1384   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1385   {
1386
1387     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1388             true);
1389
1390     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1391             av.getAlignment(), true);
1392   }
1393
1394   // ////////////////////////////////////////
1395   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1396   // ////////////////////////////////////////
1397   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1398   {
1399     if (scrollThread != null)
1400     {
1401       scrollThread.running = false;
1402       scrollThread = null;
1403     }
1404
1405     int res = findRes(evt);
1406     int seq = findSeq(evt);
1407     oldSeq = seq;
1408     startWrapBlock = wrappedBlock;
1409
1410     if (seq == -1)
1411     {
1412       return;
1413     }
1414
1415     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1416
1417     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1418     {
1419       return;
1420     }
1421
1422     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1423
1424     if (stretchGroup == null)
1425     {
1426       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1427       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1428               && res < stretchGroup.getEndRes())
1429       {
1430         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1431       }
1432       else
1433       {
1434         stretchGroup = null;
1435       }
1436     }
1437
1438     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1439             || stretchGroup.getStartRes() > res
1440             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1441     {
1442       stretchGroup = null;
1443
1444       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1445
1446       if (allGroups != null)
1447       {
1448         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1449         {
1450           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1451                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1452           {
1453             stretchGroup = allGroups[i];
1454             break;
1455           }
1456         }
1457       }
1458       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1459     }
1460
1461     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1462     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1463     {
1464       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1465               sequence.findPosition(res));
1466
1467       Vector<String> links = null;
1468       if (allFeatures != null)
1469       {
1470         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1471         {
1472           if (allFeatures[i].links != null)
1473           {
1474             if (links == null)
1475             {
1476               links = new Vector<String>();
1477             }
1478             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1479             {
1480               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1481             }
1482           }
1483         }
1484       }
1485       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1486       this.add(popup);
1487       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1488       return;
1489     }
1490
1491     if (av.cursorMode)
1492     {
1493       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1494       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1495       seqCanvas.repaint();
1496       return;
1497     }
1498
1499     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1500
1501     if (stretchGroup == null)
1502     {
1503       // define a new group here
1504       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1505       sg.setStartRes(res);
1506       sg.setEndRes(res);
1507       sg.addSequence(sequence, false);
1508       av.setSelectionGroup(sg);
1509       stretchGroup = sg;
1510
1511       if (av.getConservationSelected())
1512       {
1513         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1514                 "Background");
1515       }
1516       if (av.getAbovePIDThreshold())
1517       {
1518         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1519                 "Background");
1520       }
1521
1522     }
1523   }
1524
1525   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1526   {
1527     if (stretchGroup == null)
1528     {
1529       return;
1530     }
1531
1532     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1533                                        // state
1534     if (stretchGroup.cs != null)
1535     {
1536       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1537               av.getHiddenRepSequences());
1538
1539       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1540       {
1541         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1542                 stretchGroup.getName());
1543       }
1544       else
1545       {
1546         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1547                 stretchGroup.getName());
1548       }
1549     }
1550     changeEndRes = false;
1551     changeStartRes = false;
1552     stretchGroup = null;
1553     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1554     ap.paintAlignment(true);
1555     av.sendSelection();
1556   }
1557
1558   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1559   {
1560     int res = findRes(evt);
1561     int y = findSeq(evt);
1562
1563     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1564     {
1565       return;
1566     }
1567
1568     if (stretchGroup == null)
1569     {
1570       return;
1571     }
1572
1573     mouseDragging = true;
1574
1575     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1576     {
1577       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1578     }
1579
1580     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1581     {
1582       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1583     }
1584
1585     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1586     {
1587       // Edit end res position of selected group
1588       changeEndRes = true;
1589     }
1590     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1591     {
1592       // Edit start res position of selected group
1593       changeStartRes = true;
1594     }
1595
1596     if (res < 0)
1597     {
1598       res = 0;
1599     }
1600
1601     if (changeEndRes)
1602     {
1603       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1604       {
1605         stretchGroup.setEndRes(res);
1606       }
1607     }
1608     else if (changeStartRes)
1609     {
1610       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1611       {
1612         stretchGroup.setStartRes(res);
1613       }
1614     }
1615
1616     int dragDirection = 0;
1617
1618     if (y > oldSeq)
1619     {
1620       dragDirection = 1;
1621     }
1622     else if (y < oldSeq)
1623     {
1624       dragDirection = -1;
1625     }
1626
1627     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1628             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1629     {
1630       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1631       // selection is quite slow.
1632       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1633
1634       oldSeq += dragDirection;
1635
1636       if (oldSeq < 0)
1637       {
1638         break;
1639       }
1640
1641       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1642
1643       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1644       {
1645         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1646       }
1647       else
1648       {
1649         if (seq != null)
1650         {
1651           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1652         }
1653
1654         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1655       }
1656     }
1657
1658     if (oldSeq < 0)
1659     {
1660       oldSeq = -1;
1661     }
1662
1663     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1664             || y > av.endSeq)
1665     {
1666       mouseExited(evt);
1667     }
1668
1669     if (scrollThread != null)
1670     {
1671       scrollThread.setEvent(evt);
1672     }
1673
1674     seqCanvas.repaint();
1675   }
1676
1677   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1678   {
1679     if (oldSeq < 0)
1680     {
1681       oldSeq = 0;
1682     }
1683
1684     if (scrollThread != null)
1685     {
1686       scrollThread.running = false;
1687       scrollThread = null;
1688     }
1689   }
1690
1691   public void mouseExited(MouseEvent e)
1692   {
1693     if (av.getWrapAlignment())
1694     {
1695       return;
1696     }
1697
1698     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1699     {
1700       scrollThread = new ScrollThread();
1701     }
1702   }
1703
1704   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1705   {
1706     if (evt == null)
1707     {
1708       if (scrollThread != null)
1709       {
1710         scrollThread.running = false;
1711         scrollThread = null;
1712       }
1713       mouseDragging = false;
1714     }
1715     else
1716     {
1717       if (scrollThread == null)
1718       {
1719         scrollThread = new ScrollThread();
1720       }
1721
1722       mouseDragging = true;
1723       scrollThread.setEvent(evt);
1724     }
1725
1726   }
1727
1728   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1729   class ScrollThread extends Thread
1730   {
1731     MouseEvent evt;
1732
1733     boolean running = false;
1734
1735     public ScrollThread()
1736     {
1737       start();
1738     }
1739
1740     public void setEvent(MouseEvent e)
1741     {
1742       evt = e;
1743     }
1744
1745     public void stopScrolling()
1746     {
1747       running = false;
1748     }
1749
1750     public void run()
1751     {
1752       running = true;
1753       while (running)
1754       {
1755
1756         if (evt != null)
1757         {
1758
1759           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1760           {
1761             running = ap.scrollUp(true);
1762           }
1763
1764           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1765                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1766           {
1767             running = ap.scrollUp(false);
1768           }
1769
1770           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1771           {
1772             running = ap.scrollRight(false);
1773           }
1774
1775           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1776           {
1777             running = ap.scrollRight(true);
1778           }
1779         }
1780
1781         try
1782         {
1783           Thread.sleep(75);
1784         } catch (Exception ex)
1785         {
1786         }
1787       }
1788     }
1789   }
1790
1791   /**
1792    * modify current selection according to a received message.
1793    */
1794   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1795           SelectionSource source)
1796   {
1797     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1798     // handles selection messages...
1799     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1800     // shared between viewports.
1801     if (av != null
1802             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1803                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1804     {
1805       return;
1806     }
1807
1808     /*
1809      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1810      * complement.
1811      */
1812     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1813     {
1814       return;
1815     }
1816
1817     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1818     // suspect)
1819     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1820     // sequence selection
1821     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1822     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1823     {
1824       SequenceGroup sgroup = null;
1825       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1826       {
1827         if (av.getAlignment() == null)
1828         {
1829           System.out
1830                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1831                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1832                           + av.getViewId()
1833                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1834           return;
1835         }
1836         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1837                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1838         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1839                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1840         {
1841           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1842           copycolsel = false;
1843         }
1844       }
1845       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1846       {
1847         av.setSelectionGroup(sgroup);
1848       }
1849       else
1850       {
1851         av.setSelectionGroup(null);
1852       }
1853       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1854     }
1855     if (copycolsel
1856             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1857                     .isColSelChanged(true)))
1858     {
1859       // the current selection is unset or from a previous message
1860       // so import the new colsel.
1861       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1862       {
1863         if (av.getColumnSelection() != null)
1864         {
1865           av.getColumnSelection().clear();
1866         }
1867       }
1868       else
1869       {
1870         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1871         if (av.getColumnSelection() == null)
1872         {
1873           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1874         }
1875         else
1876         {
1877           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1878         }
1879       }
1880       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1881     }
1882     if (copycolsel
1883             && av.hasHiddenColumns()
1884             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1885                     .getHiddenColumns() == null))
1886     {
1887       System.err.println("Bad things");
1888     }
1889     if (repaint)
1890     {
1891       ap.scalePanelHolder.repaint();
1892       ap.repaint();
1893     }
1894   }
1895
1896   /**
1897    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1898    *
1899    * @param row
1900    * @param column
1901    */
1902   public void scrollTo(int row, int column)
1903   {
1904
1905     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1906     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1907     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1908   }
1909
1910   /**
1911    * scroll to the given row - or nearest visible location
1912    *
1913    * @param row
1914    */
1915   public void scrollToRow(int row)
1916   {
1917
1918     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1919     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1920   }
1921
1922   /**
1923    * scroll to the given column - or nearest visible location
1924    *
1925    * @param column
1926    */
1927   public void scrollToColumn(int column)
1928   {
1929
1930     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1931     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1932   }
1933
1934   /**
1935    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1936    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1937    * returns false.
1938    *
1939    * @param seqsel
1940    * @param colsel
1941    * @param source
1942    */
1943   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1944           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1945   {
1946     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
1947       return false;
1948     }
1949     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1950     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1951     {
1952       return false;
1953     }
1954
1955     /*
1956      * Map sequence selection
1957      */
1958     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1959     av.setSelectionGroup(sg);
1960     av.isSelectionGroupChanged(true);
1961
1962     /*
1963      * Map column selection
1964      */
1965     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1966             av);
1967     av.setColumnSelection(cs);
1968     av.isColSelChanged(true);
1969
1970     ap.scalePanelHolder.repaint();
1971     ap.repaint();
1972
1973     return true;
1974   }
1975
1976 }