src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.structure.SelectionSource;
  33 import jalview.structure.SequenceListener;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.structure.VamsasSource;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.FontMetrics;
  41 import java.awt.Panel;
  42 import java.awt.Point;
  43 import java.awt.event.InputEvent;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.awt.event.MouseListener;
  46 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  47 import java.util.Vector;
  48
  49 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  50         MouseListener, SequenceListener
  51 {
  52
  53   public SeqCanvas seqCanvas;
  54
  55   public AlignmentPanel ap;
  56
  57   protected int lastres;
  58
  59   protected int startseq;
  60
  61   protected AlignViewport av;
  62
  63   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  64   // conservation
  65   boolean seqEditOccurred = false;
  66
  67   ScrollThread scrollThread = null;
  68
  69   boolean mouseDragging = false;
  70
  71   boolean editingSeqs = false;
  72
  73   boolean groupEditing = false;
  74
  75   int oldSeq = -1;
  76
  77   boolean changeEndSeq = false;
  78
  79   boolean changeStartSeq = false;
  80
  81   boolean changeEndRes = false;
  82
  83   boolean changeStartRes = false;
  84
  85   SequenceGroup stretchGroup = null;
  86
  87   StringBuffer keyboardNo1;
  88
  89   StringBuffer keyboardNo2;
  90
  91   boolean mouseWheelPressed = false;
  92
  93   Point lastMousePress;
  94
  95   EditCommand editCommand;
  96
  97   StructureSelectionManager ssm;
  98
  99   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 100   {
 101     this.av = avp;
 102
 103     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 104     setLayout(new BorderLayout());
 105     add(seqCanvas);
 106
 107     ap = p;
 108
 109     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 110     seqCanvas.addMouseListener(this);
 111     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 112     ssm.addStructureViewerListener(this);
 113
 114     seqCanvas.repaint();
 115   }
 116
 117   void endEditing()
 118   {
 119     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 120     {
 121       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 122       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 123               .getSequences());
 124     }
 125
 126     startseq = -1;
 127     lastres = -1;
 128     editingSeqs = false;
 129     groupEditing = false;
 130     keyboardNo1 = null;
 131     keyboardNo2 = null;
 132     editCommand = null;
 133   }
 134
 135   void setCursorRow()
 136   {
 137     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 138     scrollToVisible();
 139   }
 140
 141   void setCursorColumn()
 142   {
 143     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 144     scrollToVisible();
 145   }
 146
 147   void setCursorRowAndColumn()
 148   {
 149     if (keyboardNo2 == null)
 150     {
 151       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 152     }
 153     else
 154     {
 155       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 156       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 157       scrollToVisible();
 158     }
 159   }
 160
 161   void setCursorPosition()
 162   {
 163     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 164
 165     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 166     scrollToVisible();
 167   }
 168
 169   void moveCursor(int dx, int dy)
 170   {
 171     seqCanvas.cursorX += dx;
 172     seqCanvas.cursorY += dy;
 173     if (av.hasHiddenColumns()
 174             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175     {
 176       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 177       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 178
 179       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 180               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 181       {
 182         seqCanvas.cursorX += dx;
 183       }
 184
 185       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 186               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187       {
 188         seqCanvas.cursorX = original;
 189       }
 190     }
 191     scrollToVisible();
 192   }
 193
 194   void scrollToVisible()
 195   {
 196     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 197     {
 198       seqCanvas.cursorX = 0;
 199     }
 200     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 201     {
 202       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 203     }
 204
 205     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorY = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 212     }
 213
 214     endEditing();
 215     if (av.wrapAlignment)
 216     {
 217       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 222       {
 223         ap.scrollUp(true);
 224       }
 225       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 226       {
 227         ap.scrollUp(false);
 228       }
 229       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 230               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 231       {
 232
 233         if (!ap.scrollRight(false))
 234         {
 235           break;
 236         }
 237       }
 238       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 239               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 240       {
 241         if (!ap.scrollRight(true))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246     }
 247     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 248             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 249
 250     seqCanvas.repaint();
 251   }
 252
 253   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 254   {
 255     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 256
 257     if (av.getSelectionGroup() != null)
 258     {
 259       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 260       // Find the top and bottom of this group
 261       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 262       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 263       {
 264         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 265         if (index > max)
 266         {
 267           max = index;
 268         }
 269         if (index < min)
 270         {
 271           min = index;
 272         }
 273       }
 274
 275       max++;
 276
 277       if (topLeft)
 278       {
 279         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 280         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 281         {
 282           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 283         }
 284
 285         min = seqCanvas.cursorY;
 286       }
 287       else
 288       {
 289         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 291         {
 292           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 293         }
 294
 295         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 296       }
 297
 298       if (min > max)
 299       {
 300         // Only the user can do this
 301         av.setSelectionGroup(null);
 302       }
 303       else
 304       {
 305         // Now add any sequences between min and max
 306         sg.clear();
 307         for (int i = min; i < max; i++)
 308         {
 309           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 310         }
 311       }
 312     }
 313
 314     if (av.getSelectionGroup() == null)
 315     {
 316       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 317       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 318       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 319       sg.addSequence(sequence, false);
 320       av.setSelectionGroup(sg);
 321     }
 322     ap.paintAlignment(false);
 323     av.sendSelection();
 324   }
 325
 326   void insertGapAtCursor(boolean group)
 327   {
 328     groupEditing = group;
 329     startseq = seqCanvas.cursorY;
 330     lastres = seqCanvas.cursorX;
 331     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 332     endEditing();
 333   }
 334
 335   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 336   {
 337     groupEditing = group;
 338     startseq = seqCanvas.cursorY;
 339     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 340     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 341     endEditing();
 342   }
 343
 344   void numberPressed(char value)
 345   {
 346     if (keyboardNo1 == null)
 347     {
 348       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 349     }
 350
 351     if (keyboardNo2 != null)
 352     {
 353       keyboardNo2.append(value);
 354     }
 355     else
 356     {
 357       keyboardNo1.append(value);
 358     }
 359   }
 360
 361   int getKeyboardNo1()
 362   {
 363     try
 364     {
 365       if (keyboardNo1 != null)
 366       {
 367         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 368         keyboardNo1 = null;
 369         return value;
 370       }
 371     } catch (Exception x)
 372     {
 373     }
 374     keyboardNo1 = null;
 375     return 1;
 376   }
 377
 378   int getKeyboardNo2()
 379   {
 380     try
 381     {
 382       if (keyboardNo2 != null)
 383       {
 384         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 385         keyboardNo2 = null;
 386         return value;
 387       }
 388     } catch (Exception x)
 389     {
 390     }
 391     keyboardNo2 = null;
 392     return 1;
 393   }
 394
 395   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 396   {
 397     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 398             + sequence.getName());
 399
 400     Object obj = null;
 401     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 402     {
 403       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 404               + "");
 405       if (obj != null)
 406       {
 407         text.append(" Nucleotide: ");
 408       }
 409     }
 410     else
 411     {
 412       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 413       if (obj != null)
 414       {
 415         text.append("  Residue: ");
 416       }
 417     }
 418
 419     if (obj != null)
 420     {
 421
 422       if (obj != "")
 423       {
 424         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 425       }
 426     }
 427
 428     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 429
 430   }
 431
 432   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 433   {
 434     lastMousePress = evt.getPoint();
 435
 436     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 437     // As the Button2_mask always seems to be true
 438     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 439             && !av.MAC)
 440     {
 441       mouseWheelPressed = true;
 442       return;
 443     }
 444
 445     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 446     {
 447       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 448       {
 449         groupEditing = true;
 450       }
 451       editingSeqs = true;
 452     }
 453     else
 454     {
 455       doMousePressedDefineMode(evt);
 456       return;
 457     }
 458
 459     int seq = findSeq(evt);
 460     int res = findRes(evt);
 461
 462     if (seq < 0 || res < 0)
 463     {
 464       return;
 465     }
 466
 467     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 468             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 469     {
 470       startseq = seq;
 471       lastres = res;
 472     }
 473     else
 474     {
 475       startseq = -1;
 476       lastres = -1;
 477     }
 478
 479     return;
 480   }
 481
 482   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 483   {
 484     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 485     if (evt.getClickCount() > 1)
 486     {
 487       if (av.getSelectionGroup() != null
 488               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 489               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 490                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 491       {
 492         av.setSelectionGroup(null);
 493       }
 494
 495       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 496               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 497
 498       if (features != null && features.length > 0)
 499       {
 500         SearchResults highlight = new SearchResults();
 501         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 502                 features[0].getEnd());
 503         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 504       }
 505       if (features != null && features.length > 0)
 506       {
 507         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 508         { sequence }, features, false, ap);
 509
 510         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 511       }
 512     }
 513   }
 514
 515   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 516   {
 517     mouseDragging = false;
 518     mouseWheelPressed = false;
 519     ap.paintAlignment(true);
 520
 521     if (!editingSeqs)
 522     {
 523       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 524       return;
 525     }
 526
 527     endEditing();
 528
 529   }
 530
 531   int startWrapBlock = -1;
 532
 533   int wrappedBlock = -1;
 534
 535   int findRes(MouseEvent evt)
 536   {
 537     int res = 0;
 538     int x = evt.getX();
 539
 540     if (av.wrapAlignment)
 541     {
 542
 543       int hgap = av.charHeight;
 544       if (av.scaleAboveWrapped)
 545       {
 546         hgap += av.charHeight;
 547       }
 548
 549       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 550               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 551
 552       int y = evt.getY();
 553       y -= hgap;
 554       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 555
 556       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 557       if (cwidth < 1)
 558       {
 559         return 0;
 560       }
 561
 562       wrappedBlock = y / cHeight;
 563       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 564
 565       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 566
 567     }
 568     else
 569     {
 570       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 571     }
 572
 573     if (av.hasHiddenColumns())
 574     {
 575       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 576     }
 577
 578     return res;
 579
 580   }
 581
 582   int findSeq(MouseEvent evt)
 583   {
 584     final int sqnum = findAlRow(evt);
 585     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 586   }
 587
 588   /**
 589    *
 590    * @param evt
 591    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 592    */
 593   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 594   {
 595     int seq = 0;
 596     int y = evt.getY();
 597
 598     if (av.wrapAlignment)
 599     {
 600       int hgap = av.charHeight;
 601       if (av.scaleAboveWrapped)
 602       {
 603         hgap += av.charHeight;
 604       }
 605
 606       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 607               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 608
 609       y -= hgap;
 610
 611       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 612               .getHeight() - 1);
 613       if (seq < 0)
 614       {
 615         seq = -1;
 616       }
 617     }
 618     else
 619     {
 620       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 621               .getAlignment().getHeight() - 1);
 622       if (seq < 0)
 623       {
 624         seq = -1;
 625       }
 626     }
 627
 628     return seq;
 629   }
 630
 631   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 632   {
 633
 634     int seq = findSeq(evt);
 635     int res = findRes(evt);
 636
 637     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 638             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 639     {
 640       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 641       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 642       // in the alignment
 643
 644       startseq = seq;
 645       lastres = res;
 646     }
 647     else
 648     {
 649       startseq = -1;
 650       lastres = -1;
 651     }
 652
 653     return;
 654   }
 655
 656   String lastMessage;
 657
 658   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 659   {
 660     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 661     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 662     {
 663       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 664     }
 665
 666     lastMessage = tmp;
 667   }
 668
 669   public void highlightSequence(SearchResults results)
 670   {
 671     if (av.followHighlight)
 672     {
 673       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 674       {
 675         ap.alignFrame.repaint();
 676       }
 677     }
 678     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 679
 680   }
 681
 682   @Override
 683   public VamsasSource getVamsasSource()
 684   {
 685     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 686   }
 687
 688   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 689   {
 690     System.out.println("update the seqPanel colours");
 691     // repaint();
 692   }
 693
 694   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 695   {
 696     int res = findRes(evt);
 697     int seq = findSeq(evt);
 698
 699     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 700     {
 701       if (tooltip != null)
 702       {
 703         tooltip.setTip("");
 704       }
 705       return;
 706     }
 707
 708     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 709     if (res > sequence.getLength())
 710     {
 711       if (tooltip != null)
 712       {
 713         tooltip.setTip("");
 714       }
 715       return;
 716     }
 717
 718     int respos = sequence.findPosition(res);
 719     if (ssm != null)
 720     {
 721       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 722     }
 723
 724     StringBuilder text = new StringBuilder();
 725     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 726             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 727
 728     String obj = null;
 729     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 730     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 731     {
 732       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 733       if (obj != null)
 734       {
 735         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 736       }
 737     }
 738     else
 739     {
 740       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "STOP"
 741               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 742       if (obj != null)
 743       {
 744         text.append(" Residue: ").append(obj);
 745       }
 746     }
 747
 748     if (obj != null)
 749     {
 750       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 751     }
 752
 753     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 754
 755     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 756     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 757     if (groups != null)
 758     {
 759       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 760       {
 761         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 762         {
 763           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 764                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 765           {
 766             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 767           }
 768           if (groups[g].getDescription() != null)
 769           {
 770             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 771           }
 772           tooltipText.append("\n");
 773         }
 774       }
 775     }
 776
 777     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 778     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 779             sequence.findPosition(res));
 780
 781     int index = 0;
 782     while (index < allFeatures.length)
 783     {
 784       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 785
 786       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 787
 788       if (sf.getDescription() != null)
 789       {
 790         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 791       }
 792
 793       if (sf.getValue("status") != null)
 794       {
 795         String status = sf.getValue("status").toString();
 796         if (status.length() > 0)
 797         {
 798           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 799         }
 800       }
 801       tooltipText.append("\n");
 802
 803       index++;
 804     }
 805
 806     if (tooltip == null)
 807     {
 808       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 809     }
 810     else
 811     {
 812       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 813     }
 814   }
 815
 816   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 817   {
 818     Vector tmp = new Vector();
 819     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 820     if (features != null)
 821     {
 822       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 823       {
 824         if (av.featuresDisplayed == null
 825                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 826         {
 827           continue;
 828         }
 829
 830         if (features[i].featureGroup != null
 831                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 832                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 833                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 834                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 835                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 836         {
 837           continue;
 838         }
 839
 840         if ((features[i].getBegin() <= res)
 841                 && (features[i].getEnd() >= res))
 842         {
 843           tmp.addElement(features[i]);
 844         }
 845       }
 846     }
 847
 848     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 849     tmp.copyInto(features);
 850
 851     return features;
 852   }
 853
 854   Tooltip tooltip;
 855
 856   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 857   {
 858     if (mouseWheelPressed)
 859     {
 860       int oldWidth = av.charWidth;
 861
 862       // Which is bigger, left-right or up-down?
 863       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 864               - lastMousePress.x))
 865       {
 866         int fontSize = av.font.getSize();
 867
 868         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 869         {
 870           fontSize--;
 871         }
 872         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 873         {
 874           fontSize++;
 875         }
 876
 877         if (fontSize < 1)
 878         {
 879           fontSize = 1;
 880         }
 881
 882         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 883         av.charWidth = oldWidth;
 884       }
 885       else
 886       {
 887         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 888         {
 889           av.charWidth--;
 890         }
 891         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 892         {
 893           av.charWidth++;
 894         }
 895
 896         if (av.charWidth < 1)
 897         {
 898           av.charWidth = 1;
 899         }
 900       }
 901
 902       ap.fontChanged();
 903
 904       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 905       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 906
 907       lastMousePress = evt.getPoint();
 908
 909       ap.paintAlignment(false);
 910       ap.annotationPanel.image = null;
 911       return;
 912     }
 913
 914     if (!editingSeqs)
 915     {
 916       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 917       return;
 918     }
 919
 920     int res = findRes(evt);
 921
 922     if (res < 0)
 923     {
 924       res = 0;
 925     }
 926
 927     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 928     {
 929       return;
 930     }
 931
 932     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 933     {
 934       // dragLeft, delete gap
 935       editSequence(false, res);
 936     }
 937     else
 938     {
 939       editSequence(true, res);
 940     }
 941
 942     mouseDragging = true;
 943     if (scrollThread != null)
 944     {
 945       scrollThread.setEvent(evt);
 946     }
 947
 948   }
 949
 950   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 951   {
 952     int fixedLeft = -1;
 953     int fixedRight = -1;
 954     boolean fixedColumns = false;
 955     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 956
 957     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 958
 959     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 960     {
 961       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 962       {
 963         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 964         groupEditing = true;
 965       }
 966     }
 967
 968     StringBuffer message = new StringBuffer();
 969     if (groupEditing)
 970     {
 971       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
 972               ":");
 973       if (editCommand == null)
 974       {
 975         editCommand = new EditCommand(
 976                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
 977       }
 978     }
 979     else
 980     {
 981       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
 982               .append(" " + seq.getName());
 983       String label = seq.getName();
 984       if (label.length() > 10)
 985       {
 986         label = label.substring(0, 10);
 987       }
 988       if (editCommand == null)
 989       {
 990         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
 991                 "label.edit_params", new String[]
 992                 { label }));
 993       }
 994     }
 995
 996     if (insertGap)
 997     {
 998       message.append(" insert ");
 999     }
1000     else
1001     {
1002       message.append(" delete ");
1003     }
1004
1005     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1006     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1007
1008     // Are we editing within a selection group?
1009     if (groupEditing
1010             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1011                     .contains(seq)))
1012     {
1013       fixedColumns = true;
1014
1015       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1016       // but the sequence represents a group
1017       if (sg == null)
1018       {
1019         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1020         {
1021           endEditing();
1022           return;
1023         }
1024
1025         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1026       }
1027
1028       fixedLeft = sg.getStartRes();
1029       fixedRight = sg.getEndRes();
1030
1031       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1032               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1033               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1034               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1035       {
1036         endEditing();
1037         return;
1038       }
1039
1040       if (fixedLeft > startres)
1041       {
1042         fixedRight = fixedLeft - 1;
1043         fixedLeft = 0;
1044       }
1045       else if (fixedRight < startres)
1046       {
1047         fixedLeft = fixedRight;
1048         fixedRight = -1;
1049       }
1050     }
1051
1052     if (av.hasHiddenColumns())
1053     {
1054       fixedColumns = true;
1055       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1056       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1057
1058       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1059               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1060       {
1061         endEditing();
1062         return;
1063       }
1064
1065       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1066       // Selection spans a hidden region
1067       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1068       {
1069         if (startres >= y2)
1070         {
1071           fixedLeft = y2;
1072         }
1073         else
1074         {
1075           fixedRight = y2 - 1;
1076         }
1077       }
1078     }
1079
1080     if (groupEditing)
1081     {
1082       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1083               .toArray(new SequenceI[0]);
1084
1085       // drag to right
1086       if (insertGap)
1087       {
1088         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1089         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1090         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1091                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1092         {
1093           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1094           fixedRight = sg.getEndRes();
1095         }
1096
1097         // Is it valid with fixed columns??
1098         // Find the next gap before the end
1099         // of the visible region boundary
1100         boolean blank = false;
1101         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1102         {
1103           blank = true;
1104
1105           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1106           {
1107             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1108             {
1109               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1110                       - j)))
1111               {
1112                 blank = false;
1113                 break;
1114               }
1115             }
1116           }
1117           if (blank)
1118           {
1119             break;
1120           }
1121         }
1122
1123         if (!blank)
1124         {
1125           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1126           {
1127             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1128                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1129             {
1130               endEditing();
1131               return;
1132             }
1133
1134             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1135             if (av.hasHiddenRows())
1136             {
1137               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1138                       .getWidth();
1139               if (hwidth > alWidth)
1140               {
1141                 alWidth = hwidth;
1142               }
1143             }
1144             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1145             // contains all the sequences
1146             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1147             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1148           }
1149           else
1150           {
1151             endEditing();
1152             return;
1153           }
1154         }
1155       }
1156
1157       // drag to left
1158       else if (!insertGap)
1159       {
1160         // / Are we able to delete?
1161         // ie are all columns blank?
1162
1163         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1164         {
1165           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1166           {
1167             if (gs.getLength() <= j)
1168             {
1169               continue;
1170             }
1171
1172             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1173             {
1174               // Not a gap, block edit not valid
1175               endEditing();
1176               return;
1177             }
1178           }
1179         }
1180       }
1181
1182       if (insertGap)
1183       {
1184         // dragging to the right
1185         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1186         {
1187           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1188           {
1189             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1190           }
1191         }
1192         else
1193         {
1194           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1195                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1196         }
1197       }
1198       else
1199       {
1200         // dragging to the left
1201         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1202         {
1203           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1204           {
1205             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1206           }
1207         }
1208         else
1209         {
1210           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1211                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1212         }
1213
1214       }
1215     }
1216     else
1217     // ///Editing a single sequence///////////
1218     {
1219       if (insertGap)
1220       {
1221         // dragging to the right
1222         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1223         {
1224           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1225           {
1226             insertChar(j, new SequenceI[]
1227             { seq }, fixedRight);
1228           }
1229         }
1230         else
1231         {
1232           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1233           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1234         }
1235       }
1236       else
1237       {
1238         // dragging to the left
1239         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1240         {
1241           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1242           {
1243             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1244             {
1245               endEditing();
1246               break;
1247             }
1248             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1249             { seq }, fixedRight);
1250           }
1251         }
1252         else
1253         {
1254           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1255           int max = 0;
1256           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1257           {
1258             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1259             {
1260               break;
1261             }
1262             max++;
1263           }
1264
1265           if (max > 0)
1266           {
1267             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1268             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1269           }
1270         }
1271       }
1272     }
1273
1274     lastres = startres;
1275     seqCanvas.repaint();
1276   }
1277
1278   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1279   {
1280     int blankColumn = fixedColumn;
1281     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1282     {
1283       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1284       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1285
1286       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1287       {
1288         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1289         {
1290           // Theres a space, so break and insert the gap
1291           break;
1292         }
1293       }
1294
1295       if (blankColumn <= j)
1296       {
1297         blankColumn = fixedColumn;
1298         endEditing();
1299         return;
1300       }
1301     }
1302
1303     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1304             av.getAlignment(), true);
1305
1306     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1307             true);
1308
1309   }
1310
1311   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1312   {
1313
1314     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1315             true);
1316
1317     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1318             av.getAlignment(), true);
1319   }
1320
1321   // ////////////////////////////////////////
1322   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1323   // ////////////////////////////////////////
1324   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1325   {
1326     if (scrollThread != null)
1327     {
1328       scrollThread.running = false;
1329       scrollThread = null;
1330     }
1331
1332     int res = findRes(evt);
1333     int seq = findSeq(evt);
1334     oldSeq = seq;
1335     startWrapBlock = wrappedBlock;
1336
1337     if (seq == -1)
1338     {
1339       return;
1340     }
1341
1342     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1343
1344     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1345     {
1346       return;
1347     }
1348
1349     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1350
1351     if (stretchGroup == null)
1352     {
1353       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1354       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1355               && res < stretchGroup.getEndRes())
1356       {
1357         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1358       }
1359       else
1360       {
1361         stretchGroup = null;
1362       }
1363     }
1364
1365     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1366             || stretchGroup.getStartRes() > res
1367             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1368     {
1369       stretchGroup = null;
1370
1371       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1372
1373       if (allGroups != null)
1374       {
1375         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1376         {
1377           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1378                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1379           {
1380             stretchGroup = allGroups[i];
1381             break;
1382           }
1383         }
1384       }
1385       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1386     }
1387
1388     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1389     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1390     {
1391       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1392               sequence.findPosition(res));
1393
1394       Vector links = null;
1395       if (allFeatures != null)
1396       {
1397         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1398         {
1399           if (allFeatures[i].links != null)
1400           {
1401             if (links == null)
1402             {
1403               links = new Vector();
1404             }
1405             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1406             {
1407               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1408             }
1409           }
1410         }
1411       }
1412       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1413       this.add(popup);
1414       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1415       return;
1416     }
1417
1418     if (av.cursorMode)
1419     {
1420       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1421       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1422       seqCanvas.repaint();
1423       return;
1424     }
1425
1426     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1427
1428     if (stretchGroup == null)
1429     {
1430       // define a new group here
1431       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1432       sg.setStartRes(res);
1433       sg.setEndRes(res);
1434       sg.addSequence(sequence, false);
1435       av.setSelectionGroup(sg);
1436       stretchGroup = sg;
1437
1438       if (av.getConservationSelected())
1439       {
1440         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1441                 "Background");
1442       }
1443       if (av.getAbovePIDThreshold())
1444       {
1445         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1446                 "Background");
1447       }
1448
1449     }
1450   }
1451
1452   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1453   {
1454     if (stretchGroup == null)
1455     {
1456       return;
1457     }
1458
1459     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1460                                        // state
1461     if (stretchGroup.cs != null)
1462     {
1463       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1464               av.getHiddenRepSequences());
1465
1466       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1467       {
1468         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1469                 stretchGroup.getName());
1470       }
1471       else
1472       {
1473         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1474                 stretchGroup.getName());
1475       }
1476     }
1477     changeEndRes = false;
1478     changeStartRes = false;
1479     stretchGroup = null;
1480     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1481     ap.paintAlignment(true);
1482     av.sendSelection();
1483   }
1484
1485   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1486   {
1487     int res = findRes(evt);
1488     int y = findSeq(evt);
1489
1490     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1491     {
1492       return;
1493     }
1494
1495     if (stretchGroup == null)
1496     {
1497       return;
1498     }
1499
1500     mouseDragging = true;
1501
1502     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1503     {
1504       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1505     }
1506
1507     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1508     {
1509       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1510     }
1511
1512     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1513     {
1514       // Edit end res position of selected group
1515       changeEndRes = true;
1516     }
1517     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1518     {
1519       // Edit start res position of selected group
1520       changeStartRes = true;
1521     }
1522
1523     if (res < 0)
1524     {
1525       res = 0;
1526     }
1527
1528     if (changeEndRes)
1529     {
1530       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1531       {
1532         stretchGroup.setEndRes(res);
1533       }
1534     }
1535     else if (changeStartRes)
1536     {
1537       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1538       {
1539         stretchGroup.setStartRes(res);
1540       }
1541     }
1542
1543     int dragDirection = 0;
1544
1545     if (y > oldSeq)
1546     {
1547       dragDirection = 1;
1548     }
1549     else if (y < oldSeq)
1550     {
1551       dragDirection = -1;
1552     }
1553
1554     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1555             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1556     {
1557       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1558       // selection is quite slow.
1559       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1560
1561       oldSeq += dragDirection;
1562
1563       if (oldSeq < 0)
1564       {
1565         break;
1566       }
1567
1568       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1569
1570       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1571       {
1572         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1573       }
1574       else
1575       {
1576         if (seq != null)
1577         {
1578           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1579         }
1580
1581         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1582       }
1583     }
1584
1585     if (oldSeq < 0)
1586     {
1587       oldSeq = -1;
1588     }
1589
1590     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1591             || y > av.endSeq)
1592     {
1593       mouseExited(evt);
1594     }
1595
1596     if (scrollThread != null)
1597     {
1598       scrollThread.setEvent(evt);
1599     }
1600
1601     seqCanvas.repaint();
1602   }
1603
1604   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1605   {
1606     if (oldSeq < 0)
1607     {
1608       oldSeq = 0;
1609     }
1610
1611     if (scrollThread != null)
1612     {
1613       scrollThread.running = false;
1614       scrollThread = null;
1615     }
1616   }
1617
1618   public void mouseExited(MouseEvent e)
1619   {
1620     if (av.getWrapAlignment())
1621     {
1622       return;
1623     }
1624
1625     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1626     {
1627       scrollThread = new ScrollThread();
1628     }
1629   }
1630
1631   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1632   {
1633     if (evt == null)
1634     {
1635       if (scrollThread != null)
1636       {
1637         scrollThread.running = false;
1638         scrollThread = null;
1639       }
1640       mouseDragging = false;
1641     }
1642     else
1643     {
1644       if (scrollThread == null)
1645       {
1646         scrollThread = new ScrollThread();
1647       }
1648
1649       mouseDragging = true;
1650       scrollThread.setEvent(evt);
1651     }
1652
1653   }
1654
1655   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1656   class ScrollThread extends Thread
1657   {
1658     MouseEvent evt;
1659
1660     boolean running = false;
1661
1662     public ScrollThread()
1663     {
1664       start();
1665     }
1666
1667     public void setEvent(MouseEvent e)
1668     {
1669       evt = e;
1670     }
1671
1672     public void stopScrolling()
1673     {
1674       running = false;
1675     }
1676
1677     public void run()
1678     {
1679       running = true;
1680       while (running)
1681       {
1682
1683         if (evt != null)
1684         {
1685
1686           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1687           {
1688             running = ap.scrollUp(true);
1689           }
1690
1691           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1692                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1693           {
1694             running = ap.scrollUp(false);
1695           }
1696
1697           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1698           {
1699             running = ap.scrollRight(false);
1700           }
1701
1702           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1703           {
1704             running = ap.scrollRight(true);
1705           }
1706         }
1707
1708         try
1709         {
1710           Thread.sleep(75);
1711         } catch (Exception ex)
1712         {
1713         }
1714       }
1715     }
1716   }
1717
1718   /**
1719    * modify current selection according to a received message.
1720    */
1721   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1722           SelectionSource source)
1723   {
1724     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1725     // handles selection messages...
1726     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1727     // shared between viewports.
1728     if (av != null
1729             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1730                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1731     {
1732       return;
1733     }
1734     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1735     // suspect)
1736     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1737     // sequence selection
1738     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1739     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1740     {
1741       SequenceGroup sgroup = null;
1742       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1743       {
1744         if (av.getAlignment() == null)
1745         {
1746           System.out
1747                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1748                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1749                           + av.getViewId()
1750                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1751           return;
1752         }
1753         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1754                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1755         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1756                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1757         {
1758           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1759           copycolsel = false;
1760         }
1761       }
1762       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1763       {
1764         av.setSelectionGroup(sgroup);
1765       }
1766       else
1767       {
1768         av.setSelectionGroup(null);
1769       }
1770       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1771     }
1772     if (copycolsel
1773             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1774                     .isColSelChanged(true)))
1775     {
1776       // the current selection is unset or from a previous message
1777       // so import the new colsel.
1778       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1779       {
1780         if (av.getColumnSelection() != null)
1781         {
1782           av.getColumnSelection().clear();
1783         }
1784       }
1785       else
1786       {
1787         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1788         if (av.getColumnSelection() == null)
1789         {
1790           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1791         }
1792         else
1793         {
1794           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1795         }
1796       }
1797       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1798     }
1799     if (copycolsel
1800             && av.hasHiddenColumns()
1801             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1802                     .getHiddenColumns() == null))
1803     {
1804       System.err.println("Bad things");
1805     }
1806     if (repaint)
1807     {
1808       ap.scalePanelHolder.repaint();
1809       ap.repaint();
1810     }
1811   }
1812
1813   /**
1814    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1815    *
1816    * @param row
1817    * @param column
1818    */
1819   public void scrollTo(int row, int column)
1820   {
1821
1822     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1823     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1824     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1825   }
1826
1827   /**
1828    * scroll to the given row - or nearest visible location
1829    *
1830    * @param row
1831    */
1832   public void scrollToRow(int row)
1833   {
1834
1835     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1836     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1837   }
1838
1839   /**
1840    * scroll to the given column - or nearest visible location
1841    *
1842    * @param column
1843    */
1844   public void scrollToColumn(int column)
1845   {
1846
1847     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1848     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1849   }
1850
1851 }