src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         if (av.getWrapAlignment())\r
  68         {\r
  69           return;\r
  70         }\r
  71         doMouseMoved(evt);\r
  72       }\r
  73 \r
  74       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if (av.getWrapAlignment())\r
  77         {\r
  78           return;\r
  79         }\r
  80         if (editingSeqs)\r
  81         {\r
  82           doMouseDragged(evt);\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (av.getWrapAlignment())\r
  96         {\r
  97           return;\r
  98         }\r
  99         if (editingSeqs)\r
 100         {\r
 101           doMouseReleased(evt);\r
 102         }\r
 103         else\r
 104         {\r
 105           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 106         }\r
 107 \r
 108       }\r
 109 \r
 110       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 111       {\r
 112         if (av.getWrapAlignment())\r
 113         {\r
 114           return;\r
 115         }\r
 116         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 117         {\r
 118           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 119           {\r
 120             groupEditing = true;\r
 121           }\r
 122 \r
 123           editingSeqs = true;\r
 124           doMousePressed(evt);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 133       {\r
 134         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 135         {\r
 136           return;\r
 137         }\r
 138         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 139 \r
 140       }\r
 141 \r
 142       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 143       {\r
 144         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 145         {\r
 146           return;\r
 147         }\r
 148         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 149       }\r
 150 \r
 151     });\r
 152     seqCanvas.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     if (seqEditOccurred > -1)\r
 159     {\r
 160       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 161     }\r
 162 \r
 163     startseq = -1;\r
 164     lastres = -1;\r
 165     seqEditOccurred = -1;\r
 166     editingSeqs = false;\r
 167     groupEditing = false;\r
 168     ap.repaint();\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 172   {\r
 173     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 174         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 175     int seq;\r
 176     int res;\r
 177 \r
 178     int x = evt.getX();\r
 179     int y = evt.getY();\r
 180 \r
 181     res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 182     seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 183 \r
 184     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 185         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 186     {\r
 187       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 188       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 189       // in the alignment\r
 190 \r
 191       startseq = seq;\r
 192       lastres = res;\r
 193     }\r
 194     else\r
 195     {\r
 196       startseq = -1;\r
 197       lastres = -1;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     return;\r
 201   }\r
 202 \r
 203   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 204   {\r
 205     int res = 0, seq = 0;\r
 206     int x = evt.getX();\r
 207     int y = evt.getY();\r
 208     if (av.wrapAlignment)\r
 209     {\r
 210       y -= 2 * av.charHeight;\r
 211       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 212 \r
 213       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getSize().width / av.charWidth)) +\r
 214           x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 215 \r
 216       y %= chunkHeight;\r
 217       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 218 \r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222       res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 223       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 227     {\r
 228       return;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 232     if (res > sequence.getLength())\r
 233     {\r
 234       return;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 238     String aa = "";\r
 239     if (obj != null)\r
 240     {\r
 241       aa = obj.toString();\r
 242     }\r
 243 \r
 244     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 245                                          sequence.getName());\r
 246     if (aa != "")\r
 247     {\r
 248       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 249                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 250     }\r
 251 \r
 252     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 253 \r
 254     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 255     if (av.showSequenceFeatures)\r
 256     {\r
 257       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 258       Enumeration e = features.elements();\r
 259       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 260 \r
 261       while (e.hasMoreElements())\r
 262       {\r
 263         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 264         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 265             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 266         {\r
 267           if (sbuffer.length() > 0)\r
 268           {\r
 269             sbuffer.append("; ");\r
 270           }\r
 271           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 272           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 273           {\r
 274             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 275           }\r
 276         }\r
 277 \r
 278       }\r
 279     }\r
 280 \r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 284   {\r
 285 \r
 286     // If we're dragging we're editing\r
 287     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 288     if (res < 0)\r
 289     {\r
 290       res = 0;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 294     {\r
 295       return;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     boolean dragRight = true;\r
 299     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 300     {\r
 301       dragRight = false;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     if (res != lastres)\r
 305     {\r
 306       // Group editing\r
 307       if (groupEditing)\r
 308       {\r
 309         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 310         if (sg == null)\r
 311         {\r
 312           lastres = -1;\r
 313           return;\r
 314         }\r
 315 \r
 316         // drag to right\r
 317         if (dragRight)\r
 318         {\r
 319           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 320         }\r
 321 \r
 322         // drag to left\r
 323         else\r
 324         {\r
 325           /// Are we able to delete?\r
 326           // ie are all columns blank?\r
 327           boolean deleteAllowed = false;\r
 328           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 329           {\r
 330             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 331             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 332             {\r
 333               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 334               {\r
 335                 continue;\r
 336               }\r
 337 \r
 338               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 339               {\r
 340                 // Not a gap, block edit not valid\r
 341                 res = j + 1;\r
 342                 deleteAllowed = false;\r
 343                 continue;\r
 344               }\r
 345               deleteAllowed = true;\r
 346             }\r
 347           }\r
 348 \r
 349           if (!deleteAllowed)\r
 350           {\r
 351             lastres = -1;\r
 352             return;\r
 353           }\r
 354 \r
 355           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 356         }\r
 357 \r
 358         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 359         {\r
 360           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 361           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 362 \r
 363           // drag to right\r
 364           if (dragRight)\r
 365           {\r
 366             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 367             {\r
 368               insertChar(j, k);\r
 369             }\r
 370           }\r
 371 \r
 372           // drag to left\r
 373           else\r
 374           {\r
 375             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 376             {\r
 377               if (s.getLength() > j)\r
 378               {\r
 379                 deleteChar(res, k);\r
 380               }\r
 381             }\r
 382           }\r
 383         }\r
 384       }\r
 385       else /////Editing a single sequence///////////\r
 386       {\r
 387         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 388         {\r
 389           // dragging to the right\r
 390           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 391           {\r
 392             insertChar(j, startseq);\r
 393           }\r
 394         }\r
 395         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 396         {\r
 397           // dragging to the left\r
 398           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 399           {\r
 400             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 401                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 402             {\r
 403 \r
 404               deleteChar(res, startseq);\r
 405             }\r
 406             else\r
 407             {\r
 408 \r
 409               break;\r
 410             }\r
 411           }\r
 412         }\r
 413 \r
 414       }\r
 415     }\r
 416 \r
 417     endEdit = res;\r
 418     lastres = res;\r
 419     seqCanvas.repaint();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 423   {\r
 424     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 425                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 426     seqCanvas.repaint();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void insertChar(int j, int seq)\r
 430   {\r
 431     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 432     seqEditOccurred = seq;\r
 433   }\r
 434 \r
 435   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 436   {\r
 437 \r
 438     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 439     seqEditOccurred = seq;\r
 440     av.alignment.getWidth();\r
 441     repaint();\r
 442   }\r
 443 \r
 444   void editOccurred(int i)\r
 445   {\r
 446     if (endEdit == startEdit)\r
 447     {\r
 448       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 449       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 450     }\r
 451 \r
 452     av.updateConservation();\r
 453     av.updateConsensus();\r
 454 \r
 455     // Y O Y CLUSTALX\r
 456     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 457     if (cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 458     {\r
 459       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
 460       if (ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 461       {\r
 462         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation\r
 463             ("All",\r
 464              ResidueProperties.propHash, 3,\r
 465              av.alignment.getSequences(), 0,\r
 466              av.alignment.getWidth() - 1);\r
 467         c.calculate();\r
 468         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 469 \r
 470         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) ccs.cs;\r
 471         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 472         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 473         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 474       }\r
 475     }\r
 476 \r
 477     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 478     {\r
 479       ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 480                                                  av.alignment.getWidth());\r
 481       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 482     }\r
 483 \r
 484   }\r
 485 \r
 486 //////////////////////////////////////////\r
 487 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 488 //////////////////////////////////////////\r
 489   int oldSeq = -1;\r
 490   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 491   {\r
 492     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 493     int seq = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 494     oldSeq = seq;\r
 495 \r
 496     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 497 \r
 498     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 499     {\r
 500       return;\r
 501     }\r
 502 \r
 503     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 504 \r
 505     if (stretchGroup == null)\r
 506     {\r
 507       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 508       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 509           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 510       {\r
 511         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 512       }\r
 513       else\r
 514       {\r
 515         stretchGroup = null;\r
 516       }\r
 517     }\r
 518 \r
 519     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 520              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 521              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 522     {\r
 523       stretchGroup = null;\r
 524 \r
 525       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 526 \r
 527       if (allGroups != null)\r
 528       {\r
 529         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 530         {\r
 531           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 532               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 533           {\r
 534             stretchGroup = allGroups[i];\r
 535             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 536             break;\r
 537           }\r
 538         }\r
 539       }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if (stretchGroup == null)\r
 543     {\r
 544       // define a new group here\r
 545       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 546       sg.setStartRes(res);\r
 547       sg.setEndRes(res);\r
 548       sg.addSequence(sequence, false);\r
 549       av.setSelectionGroup(sg);\r
 550       stretchGroup = sg;\r
 551 \r
 552       if (av.getConservationSelected())\r
 553       {\r
 554         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 555                                           "Background");\r
 556       }\r
 557       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 558       {\r
 559         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 560                                        "Background");\r
 561       }\r
 562 \r
 563     }\r
 564 \r
 565     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 566     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 567              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 568     {\r
 569       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 570       this.add(popup);\r
 571       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 572     }\r
 573 \r
 574     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 575     {\r
 576       // Edit end res position of selected group\r
 577       changeEndRes = true;\r
 578     }\r
 579 \r
 580     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 581     {\r
 582       // Edit end res position of selected group\r
 583       changeStartRes = true;\r
 584     }\r
 585 \r
 586   }\r
 587 \r
 588   boolean changeEndSeq = false;\r
 589   boolean changeStartSeq = false;\r
 590   boolean changeEndRes = false;\r
 591   boolean changeStartRes = false;\r
 592   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 593 \r
 594   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 595   {\r
 596     if(mouseDragging)\r
 597      {\r
 598        stretchGroup.recalcConservation();\r
 599        mouseDragging = false;\r
 600      }\r
 601 \r
 602     if (stretchGroup == null)\r
 603     {\r
 604       return;\r
 605     }\r
 606 \r
 607     if (stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 608     {\r
 609       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 610       stretchGroup.cs = ccs;\r
 611       SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 612                                         stretchGroup.getName());\r
 613     }\r
 614     else\r
 615     {\r
 616         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 617                                        stretchGroup.getName());\r
 618     }\r
 619 \r
 620     changeEndRes = false;\r
 621     changeStartRes = false;\r
 622     stretchGroup = null;\r
 623     seqCanvas.repaint();\r
 624     ap.repaint();\r
 625   }\r
 626 \r
 627   boolean remove = false;\r
 628   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 629   {\r
 630     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 631     int y = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 632 \r
 633     if (stretchGroup == null)\r
 634     {\r
 635       return;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 639     {\r
 640       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 644     {\r
 645       // Edit end res position of selected group\r
 646       changeEndRes = true;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 650     {\r
 651       // Edit start res position of selected group\r
 652       changeStartRes = true;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     if (res < av.getStartRes())\r
 656     {\r
 657       res = av.getStartRes();\r
 658     }\r
 659     else if (res > av.getEndRes())\r
 660     {\r
 661       res = av.getEndRes();\r
 662     }\r
 663 \r
 664     if (changeEndRes)\r
 665     {\r
 666       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 667       {\r
 668         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 669       }\r
 670     }\r
 671     else if (changeStartRes)\r
 672     {\r
 673       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 674       {\r
 675         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 676       }\r
 677     }\r
 678 \r
 679     int dragDirection = 0;\r
 680     if (y > oldSeq)\r
 681     {\r
 682       dragDirection = 1;\r
 683     }\r
 684     else if (y < oldSeq)\r
 685     {\r
 686       dragDirection = -1;\r
 687     }\r
 688 \r
 689     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 690     {\r
 691       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 692       // selection is quite slow.\r
 693       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 694 \r
 695       oldSeq += dragDirection;\r
 696       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 697 \r
 698       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 699       {\r
 700         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 701         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq, false);\r
 702       }\r
 703       else\r
 704       {\r
 705         if (seq != null)\r
 706         {\r
 707           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 708         }\r
 709         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 710       }\r
 711     }\r
 712     oldSeq = y;\r
 713     mouseDragging = true;\r
 714     if (scrollThread != null)\r
 715     {\r
 716       scrollThread.setEvent(evt);\r
 717     }\r
 718 \r
 719     seqCanvas.repaint();\r
 720   }\r
 721 \r
 722   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 723   {\r
 724     if (scrollThread != null)\r
 725     {\r
 726       scrollThread.running = false;\r
 727     }\r
 728   }\r
 729 \r
 730   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 731   {\r
 732     if (av.getWrapAlignment())\r
 733     {\r
 734       return;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     if (mouseDragging)\r
 738     {\r
 739       scrollThread = new ScrollThread();\r
 740     }\r
 741 \r
 742   }\r
 743 \r
 744   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 745   class ScrollThread\r
 746       extends Thread\r
 747   {\r
 748     MouseEvent evt;\r
 749     boolean running = false;\r
 750     public ScrollThread()\r
 751     {\r
 752       start();\r
 753     }\r
 754 \r
 755     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 756     {\r
 757       evt = e;\r
 758     }\r
 759 \r
 760     public void stopScrolling()\r
 761     {\r
 762       running = false;\r
 763     }\r
 764 \r
 765     public void run()\r
 766     {\r
 767       running = true;\r
 768       while (running)\r
 769       {\r
 770         if (evt != null)\r
 771         {\r
 772 \r
 773           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 774           {\r
 775             running = ap.scrollUp(true);\r
 776           }\r
 777 \r
 778           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 779               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 780           {\r
 781             running = ap.scrollUp(false);\r
 782           }\r
 783 \r
 784           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 785           {\r
 786             running = ap.scrollRight(true);\r
 787           }\r
 788 \r
 789           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 790           {\r
 791             running = ap.scrollRight(false);\r
 792           }\r
 793         }\r
 794 \r
 795         try\r
 796         {\r
 797           Thread.sleep(75);\r
 798         }\r
 799         catch (Exception ex)\r
 800         {}\r
 801       }\r
 802     }\r
 803   }\r
 804 \r
 805 }\r