src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 326          InputEvent.BUTTON2_MASK)\r
 327        {\r
 328          mouseWheelPressed = true;\r
 329          return;\r
 330        }\r
 331 \r
 332        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 333            evt.isControlDown())\r
 334        {\r
 335          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 336          {\r
 337            groupEditing = true;\r
 338          }\r
 339          editingSeqs = true;\r
 340        }\r
 341        else\r
 342        {\r
 343          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 344          return;\r
 345        }\r
 346 \r
 347 \r
 348        int seq = findSeq(evt);\r
 349        int res = findRes(evt);\r
 350 \r
 351        if(seq<0 || res<0)\r
 352          return;\r
 353 \r
 354        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 355                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 356 \r
 357          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 358                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 359          {\r
 360              startseq = seq;\r
 361              lastres = res;\r
 362          }\r
 363          else\r
 364          {\r
 365              startseq = -1;\r
 366              lastres = -1;\r
 367          }\r
 368 \r
 369         return;\r
 370      }\r
 371 \r
 372      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 373 \r
 374 \r
 375   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 376   {\r
 377     mouseDragging = false;\r
 378     mouseWheelPressed = false;\r
 379 \r
 380     if (!editingSeqs)\r
 381     {\r
 382        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 383        return;\r
 384     }\r
 385 \r
 386      editOccurred();\r
 387 \r
 388      endEditing();\r
 389      ap.repaint();\r
 390   }\r
 391 \r
 392   int startWrapBlock=-1;\r
 393   int wrappedBlock=-1;\r
 394   int findRes(MouseEvent evt)\r
 395  {\r
 396    int res = 0;\r
 397    int x = evt.getX();\r
 398 \r
 399   if (av.wrapAlignment)\r
 400   {\r
 401 \r
 402     int hgap = av.charHeight;\r
 403     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 404       hgap += av.charHeight;\r
 405 \r
 406     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 407         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 408 \r
 409       int y = evt.getY();\r
 410       y -= hgap;\r
 411       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 412 \r
 413 \r
 414       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 415 \r
 416       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 417       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 418 \r
 419       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 420 \r
 421   }\r
 422   else\r
 423   {\r
 424       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 425   }\r
 426 \r
 427   return res;\r
 428 \r
 429  }\r
 430 \r
 431  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 432  {\r
 433 \r
 434    int seq = 0;\r
 435    int y = evt.getY();\r
 436 \r
 437    if (av.wrapAlignment)\r
 438    {\r
 439      int hgap = av.charHeight;\r
 440      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 441        hgap += av.charHeight;\r
 442 \r
 443      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 444          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 445 \r
 446        y -= hgap;\r
 447 \r
 448      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 449    }\r
 450    else\r
 451    {\r
 452      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 453    }\r
 454 \r
 455    return seq;\r
 456  }\r
 457 \r
 458 \r
 459   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 460   {\r
 461     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 462         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 463 \r
 464     int seq = findSeq(evt);\r
 465     int res = findRes(evt);\r
 466 \r
 467     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 468         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 469     {\r
 470       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 471       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 472       // in the alignment\r
 473 \r
 474       startseq = seq;\r
 475       lastres = res;\r
 476     }\r
 477     else\r
 478     {\r
 479       startseq = -1;\r
 480       lastres = -1;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     return;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 487   {\r
 488     int res = findRes(evt);\r
 489     int seq = findSeq(evt);\r
 490 \r
 491     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 492     {\r
 493       return;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 497     if (res > sequence.getLength())\r
 498     {\r
 499       return;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 503             sequence.getName());\r
 504 \r
 505     Object obj = null;\r
 506     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 507     {\r
 508       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 509           "");\r
 510       if(obj!=null)\r
 511         text.append(" Nucleotide: ");\r
 512     }\r
 513     else\r
 514     {\r
 515       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 516       if(obj!=null)\r
 517         text.append("  Residue: ");\r
 518     }\r
 519 \r
 520     if (obj != null)\r
 521     {\r
 522 \r
 523       if (obj != "")\r
 524       {\r
 525         text.append(obj + " (" +\r
 526                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 527       }\r
 528     }\r
 529 \r
 530     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 531     {\r
 532       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 533     }\r
 534 \r
 535 \r
 536     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 537     if (av.showSequenceFeatures\r
 538         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 539         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 540     {\r
 541       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 542       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 543 \r
 544       int index = 0;\r
 545       while (index < allFeatures.size())\r
 546       {\r
 547         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 548 \r
 549         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 550 \r
 551         if (sf.getDescription() != null)\r
 552           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 553 \r
 554         if (sf.getValue("status") != null )\r
 555         {\r
 556           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 557         }\r
 558         featureText.append("\n");\r
 559 \r
 560         index++;\r
 561       }\r
 562 \r
 563 \r
 564         if (tooltip == null)\r
 565           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 566         else\r
 567           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 568 \r
 569         tooltip.repaint();\r
 570 \r
 571      //   text.append(" Sequence Feature:");\r
 572      //   text.append(featureText);\r
 573 \r
 574     }\r
 575 \r
 576 \r
 577      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 578 \r
 579   }\r
 580 \r
 581   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 582   {\r
 583     Vector allFeatures = new Vector();\r
 584     int index = 0;\r
 585     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 586     {\r
 587       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 588       {\r
 589         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 590         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 591             sf.getEnd() >= res)\r
 592         {\r
 593           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 594           {\r
 595             allFeatures.addElement(sf);\r
 596           }\r
 597         }\r
 598         index++;\r
 599       }\r
 600     }\r
 601     return allFeatures;\r
 602   }\r
 603 \r
 604   Tooltip tooltip;\r
 605 \r
 606   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 607   {\r
 608     if (mouseWheelPressed)\r
 609     {\r
 610       int oldWidth = av.charWidth;\r
 611 \r
 612       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 613       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 614           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 615       {\r
 616         int fontSize = av.font.getSize();\r
 617 \r
 618         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 619         {\r
 620           fontSize--;\r
 621         }\r
 622         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 623         {\r
 624           fontSize++;\r
 625         }\r
 626 \r
 627 \r
 628         if(fontSize<1)\r
 629           fontSize = 1;\r
 630 \r
 631         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 632         av.charWidth = oldWidth;\r
 633       }\r
 634       else\r
 635       {\r
 636         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 637         {\r
 638           av.charWidth--;\r
 639         }\r
 640         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 641         {\r
 642           av.charWidth++;\r
 643         }\r
 644 \r
 645         if(av.charWidth<1)\r
 646         {\r
 647           av.charWidth = 1;\r
 648         }\r
 649       }\r
 650 \r
 651       ap.fontChanged();\r
 652 \r
 653       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 654       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 655 \r
 656       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 657 \r
 658       ap.repaint();\r
 659       ap.annotationPanel.image = null;\r
 660       return;\r
 661       }\r
 662 \r
 663       if (!editingSeqs)\r
 664       {\r
 665         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 666         return;\r
 667       }\r
 668 \r
 669   int res = findRes(evt);\r
 670 \r
 671   if (res < 0)\r
 672   {\r
 673       res = 0;\r
 674   }\r
 675 \r
 676   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 677   {\r
 678       return;\r
 679   }\r
 680 \r
 681   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 682   {\r
 683     // dragLeft, delete gap\r
 684     editSequence(false, res);\r
 685   }\r
 686   else\r
 687     editSequence(true, res);\r
 688 \r
 689   mouseDragging = true;\r
 690   if(scrollThread!=null)\r
 691     scrollThread.setEvent(evt);\r
 692 \r
 693   }\r
 694 \r
 695   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 696     {\r
 697       int fixedLeft = -1;\r
 698       int fixedRight = -1;\r
 699       boolean fixedColumns = false;\r
 700       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 701 \r
 702       if(groupEditing && sg==null)\r
 703         return;\r
 704 \r
 705         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 706         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 707         if (groupEditing)\r
 708            message.append("Edit group:");\r
 709         else\r
 710             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 711 \r
 712        if(insertGap)\r
 713          message.append(" insert ");\r
 714        else\r
 715          message.append(" delete ");\r
 716 \r
 717        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 718        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 719 \r
 720 \r
 721         //Are we editing within a selection group?\r
 722         if (groupEditing\r
 723             || (sg != null && sg.getSequences(false).contains(seq)))\r
 724         {\r
 725           fixedColumns = true;\r
 726 \r
 727           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 728           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 729 \r
 730           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 731               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 732               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 733               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 734           {\r
 735             endEditing();\r
 736             return;\r
 737           }\r
 738 \r
 739           if (fixedLeft > startres)\r
 740           {\r
 741             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 742             fixedLeft = 0;\r
 743           }\r
 744           else if (fixedRight < startres)\r
 745           {\r
 746             fixedLeft = fixedRight;\r
 747             fixedRight = -1;\r
 748           }\r
 749         }\r
 750 \r
 751 \r
 752         if (groupEditing)\r
 753         {\r
 754           // drag to right\r
 755           if (insertGap)\r
 756           {\r
 757               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 758               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 759               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 760               {\r
 761                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 762                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 763               }\r
 764 \r
 765             // Is it valid with fixed columns??\r
 766             // Find the next gap before the end\r
 767             // of the visible region boundary\r
 768             boolean blank = false;\r
 769             for (fixedRight = fixedRight;\r
 770                  fixedRight > lastres;\r
 771                  fixedRight--)\r
 772             {\r
 773               blank = true;\r
 774               for (int s = 0; s < sg.getSize(false); s++)\r
 775               {\r
 776                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 777                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 778                 {\r
 779                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 780                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 781                   {\r
 782                     blank = false;\r
 783                     break;\r
 784                   }\r
 785                 }\r
 786               }\r
 787               if (blank)\r
 788                 break;\r
 789             }\r
 790 \r
 791             if (!blank)\r
 792             {\r
 793               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight())\r
 794               {\r
 795                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 796                 //contains all the sequences\r
 797                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 798                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 799               }\r
 800               else\r
 801               {\r
 802                 endEditing();\r
 803                 return;\r
 804               }\r
 805             }\r
 806           }\r
 807 \r
 808 \r
 809           // drag to left\r
 810           else if(!insertGap)\r
 811           {\r
 812             /// Are we able to delete?\r
 813             // ie are all columns blank?\r
 814 \r
 815             for (int s = 0; s < sg.getSize(false); s++)\r
 816             {\r
 817               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 818 \r
 819               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 820               {\r
 821                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 822                 {\r
 823                   continue;\r
 824                 }\r
 825 \r
 826                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 827                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 828                 {\r
 829                   // Not a gap, block edit not valid\r
 830                   endEditing();\r
 831                   return;\r
 832                 }\r
 833               }\r
 834             }\r
 835           }\r
 836 \r
 837 \r
 838           for (int i = 0; i < sg.getSize(false); i++)\r
 839           {\r
 840             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 841 \r
 842             if (insertGap)\r
 843             {\r
 844               // dragging to the right\r
 845               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 846               {\r
 847                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 848                 {\r
 849                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 850                 }\r
 851                 else\r
 852                   insertChar(j, seq);\r
 853               }\r
 854             }\r
 855             else\r
 856             {\r
 857               // dragging to the left\r
 858               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 859               {\r
 860                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 861                 {\r
 862                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 863                 }\r
 864                 else\r
 865                 {\r
 866                   deleteChar(startres, seq);\r
 867                 }\r
 868               }\r
 869             }\r
 870           }\r
 871         }\r
 872         else /////Editing a single sequence///////////\r
 873         {\r
 874           if (insertGap)\r
 875           {\r
 876             // dragging to the right\r
 877             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 878             {\r
 879               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 880               {\r
 881                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 882                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 883                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 884                 {\r
 885                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 886                   //extend the selection group\r
 887                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 888                   fixedColumns = false;\r
 889                   insertChar(j, seq);\r
 890                 }\r
 891                 else\r
 892                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 893               }\r
 894               else\r
 895                 insertChar(j, seq);\r
 896             }\r
 897           }\r
 898           else\r
 899           {\r
 900             // dragging to the left\r
 901             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 902             {\r
 903               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 904               {\r
 905                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 906               }\r
 907               else\r
 908               {\r
 909                 deleteChar(startres, seq);\r
 910               }\r
 911             }\r
 912           }\r
 913         }\r
 914 \r
 915         lastres = startres;\r
 916         seqCanvas.repaint();\r
 917     }\r
 918 \r
 919 \r
 920     /**\r
 921      * DOCUMENT ME!\r
 922      *\r
 923      * @param j DOCUMENT ME!\r
 924      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 925      */\r
 926     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 927     {\r
 928         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 929         seqEditOccurred = true;\r
 930     }\r
 931 \r
 932     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 933     {\r
 934       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 935       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 936       int blankColumn = fixedColumn;\r
 937       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 938       {\r
 939         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 940         {\r
 941           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 942           break;\r
 943         }\r
 944       }\r
 945 \r
 946       if (blankColumn <= j)\r
 947       {\r
 948         endEditing();\r
 949         return;\r
 950       }\r
 951 \r
 952       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 953       {\r
 954         //Just Checking\r
 955         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 956         return;\r
 957       }\r
 958 \r
 959       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 960       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 961       seqEditOccurred = true;\r
 962     }\r
 963 \r
 964     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 965     {\r
 966       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 967       {\r
 968         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 969             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 970         return;\r
 971       }\r
 972 \r
 973       seq.deleteCharAt(j);\r
 974       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 975       seqEditOccurred = true;\r
 976     }\r
 977 \r
 978     /**\r
 979      * DOCUMENT ME!\r
 980      *\r
 981      * @param j DOCUMENT ME!\r
 982      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 983      */\r
 984     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 985     {\r
 986       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 987       {\r
 988         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 989             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 990         return;\r
 991       }\r
 992 \r
 993         seq.deleteCharAt(j);\r
 994         seqEditOccurred = true;\r
 995         seqCanvas.repaint();\r
 996     }\r
 997 \r
 998     /**\r
 999      * DOCUMENT ME!\r
1000      *\r
1001      * @param i DOCUMENT ME!\r
1002      */\r
1003     void editOccurred()\r
1004     {\r
1005       if (!seqEditOccurred)\r
1006       {\r
1007         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1008         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1009       }\r
1010 \r
1011       endEditing();\r
1012 \r
1013       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1014 \r
1015     }\r
1016 \r
1017 //////////////////////////////////////////\r
1018 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1019 //////////////////////////////////////////\r
1020   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1021   {\r
1022 \r
1023 \r
1024     if (scrollThread != null)\r
1025     {\r
1026       scrollThread.running = false;\r
1027       scrollThread = null;\r
1028     }\r
1029 \r
1030     int res = findRes(evt);\r
1031     int seq = findSeq(evt);\r
1032     oldSeq = seq;\r
1033     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1034 \r
1035     if(seq==-1)\r
1036       return;\r
1037 \r
1038     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1039 \r
1040     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1041     {\r
1042       return;\r
1043     }\r
1044 \r
1045     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1046 \r
1047     if (stretchGroup == null)\r
1048     {\r
1049       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1050       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1051           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1052       {\r
1053         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1054       }\r
1055       else\r
1056       {\r
1057         stretchGroup = null;\r
1058       }\r
1059     }\r
1060 \r
1061     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1062              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1063              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1064     {\r
1065       stretchGroup = null;\r
1066 \r
1067       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1068 \r
1069       if (allGroups != null)\r
1070       {\r
1071         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1072         {\r
1073           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1074               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1075           {\r
1076             stretchGroup = allGroups[i];\r
1077             break;\r
1078           }\r
1079         }\r
1080       }\r
1081       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1082     }\r
1083 \r
1084     if (av.cursorMode)\r
1085     {\r
1086       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1087       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1088       seqCanvas.repaint();\r
1089       return;\r
1090     }\r
1091 \r
1092 \r
1093 \r
1094     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1095     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1096              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1097     {\r
1098       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1099                                                sequence.findPosition(res));\r
1100 \r
1101       Vector links = null;\r
1102       if(allFeatures!=null)\r
1103       {\r
1104         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1105         {\r
1106           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1107           if (sf.links != null)\r
1108           {\r
1109             links = new Vector();\r
1110             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1111             {\r
1112               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1113             }\r
1114           }\r
1115         }\r
1116       }\r
1117       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1118       this.add(popup);\r
1119       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1120       ap.repaint();\r
1121     }\r
1122     else\r
1123     {\r
1124       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1125 \r
1126       if (stretchGroup == null)\r
1127       {\r
1128         // define a new group here\r
1129         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1130         sg.setStartRes(res);\r
1131         sg.setEndRes(res);\r
1132         sg.addSequence(sequence, false);\r
1133         av.setSelectionGroup(sg);\r
1134         stretchGroup = sg;\r
1135 \r
1136         if (av.getConservationSelected())\r
1137         {\r
1138           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1139                                             "Background");\r
1140         }\r
1141         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1142         {\r
1143           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1144                                          "Background");\r
1145         }\r
1146 \r
1147       }\r
1148 \r
1149       if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1150       {\r
1151         // Edit end res position of selected group\r
1152         changeEndRes = true;\r
1153       }\r
1154 \r
1155       else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1156       {\r
1157         // Edit end res position of selected group\r
1158         changeStartRes = true;\r
1159       }\r
1160     }\r
1161   }\r
1162 \r
1163   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1164   {\r
1165     if (stretchGroup == null)\r
1166     {\r
1167         return;\r
1168     }\r
1169 \r
1170     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1171     {\r
1172       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1173       {\r
1174         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1175             stretchGroup.getSequences(true),\r
1176             stretchGroup.getWidth());\r
1177       }\r
1178 \r
1179       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1180       {\r
1181         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1182                                           stretchGroup.getName());\r
1183         stretchGroup.recalcConservation();\r
1184       }\r
1185       else\r
1186       {\r
1187         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1188                                        stretchGroup.getName());\r
1189       }\r
1190     }\r
1191     changeEndRes = false;\r
1192     changeStartRes = false;\r
1193     stretchGroup = null;\r
1194     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1195     ap.repaint();\r
1196   }\r
1197 \r
1198   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1199   {\r
1200     int res = findRes(evt);\r
1201     int y = findSeq(evt);\r
1202 \r
1203     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1204       return;\r
1205 \r
1206      if (stretchGroup == null)\r
1207      {\r
1208           return;\r
1209      }\r
1210 \r
1211      mouseDragging = true;\r
1212 \r
1213 \r
1214       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1215       {\r
1216         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1217       }\r
1218 \r
1219       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1220         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1221 \r
1222       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1223       {\r
1224           // Edit end res position of selected group\r
1225           changeEndRes = true;\r
1226       }\r
1227       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1228       {\r
1229           // Edit start res position of selected group\r
1230           changeStartRes = true;\r
1231       }\r
1232 \r
1233       if (res < 0)\r
1234       {\r
1235           res = 0;\r
1236       }\r
1237 \r
1238       if (changeEndRes)\r
1239       {\r
1240           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1241           {\r
1242               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1243           }\r
1244       }\r
1245       else if (changeStartRes)\r
1246       {\r
1247           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1248           {\r
1249               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1250           }\r
1251       }\r
1252 \r
1253       int dragDirection = 0;\r
1254 \r
1255       if (y > oldSeq)\r
1256       {\r
1257           dragDirection = 1;\r
1258       }\r
1259       else if (y < oldSeq)\r
1260       {\r
1261           dragDirection = -1;\r
1262       }\r
1263 \r
1264 \r
1265       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1266       {\r
1267           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1268           // selection is quite slow.\r
1269           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1270 \r
1271           oldSeq += dragDirection;\r
1272 \r
1273           if(oldSeq<0)\r
1274             break;\r
1275 \r
1276           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1277 \r
1278           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1279           {\r
1280               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1281           }\r
1282           else\r
1283           {\r
1284               if (seq != null)\r
1285               {\r
1286                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1287               }\r
1288 \r
1289               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1290           }\r
1291       }\r
1292 \r
1293       if(oldSeq < 0)\r
1294         oldSeq = -1;\r
1295 \r
1296 \r
1297       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1298           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1299       {\r
1300         mouseExited(evt);\r
1301       }\r
1302 \r
1303       if (scrollThread != null)\r
1304       {\r
1305         scrollThread.setEvent(evt);\r
1306       }\r
1307 \r
1308       seqCanvas.repaint();\r
1309     }\r
1310 \r
1311     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1312     {\r
1313       if (oldSeq < 0)\r
1314         oldSeq = 0;\r
1315 \r
1316       if (scrollThread != null)\r
1317       {\r
1318         scrollThread.running = false;\r
1319         scrollThread = null;\r
1320       }\r
1321     }\r
1322 \r
1323   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1324   {\r
1325     if (av.getWrapAlignment())\r
1326     {\r
1327       return;\r
1328     }\r
1329 \r
1330     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1331     {\r
1332       scrollThread = new ScrollThread();\r
1333     }\r
1334   }\r
1335 \r
1336   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1337   class ScrollThread\r
1338       extends Thread\r
1339   {\r
1340     MouseEvent evt;\r
1341     boolean running = false;\r
1342     public ScrollThread()\r
1343     {\r
1344       start();\r
1345     }\r
1346 \r
1347     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1348     {\r
1349       evt = e;\r
1350     }\r
1351 \r
1352     public void stopScrolling()\r
1353     {\r
1354       running = false;\r
1355     }\r
1356 \r
1357     public void run()\r
1358     {\r
1359       running = true;\r
1360       while (running)\r
1361       {\r
1362 \r
1363         if (evt != null)\r
1364         {\r
1365 \r
1366           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1367           {\r
1368             running = ap.scrollUp(true);\r
1369           }\r
1370 \r
1371           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1372               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1373           {\r
1374             running = ap.scrollUp(false);\r
1375           }\r
1376 \r
1377           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1378           {\r
1379             running = ap.scrollRight(true);\r
1380           }\r
1381 \r
1382           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1383           {\r
1384             running = ap.scrollRight(false);\r
1385           }\r
1386         }\r
1387 \r
1388         try\r
1389         {\r
1390           Thread.sleep(75);\r
1391         }\r
1392         catch (Exception ex)\r
1393         {}\r
1394       }\r
1395     }\r
1396   }\r
1397 \r
1398 }\r