src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         doMouseMoved(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if (editingSeqs)\r
  73         {\r
  74           doMouseDragged(evt);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         if (editingSeqs)\r
  88         {\r
  89           doMouseReleased(evt);\r
  90         }\r
  91         else\r
  92         {\r
  93           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  94         }\r
  95 \r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 101         {\r
 102           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 103           {\r
 104             groupEditing = true;\r
 105           }\r
 106 \r
 107           editingSeqs = true;\r
 108           doMousePressed(evt);\r
 109         }\r
 110         else\r
 111         {\r
 112           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         if (editingSeqs)\r
 119         {\r
 120           return;\r
 121         }\r
 122         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 123 \r
 124       }\r
 125 \r
 126       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 127       {\r
 128         if (editingSeqs)\r
 129         {\r
 130           return;\r
 131         }\r
 132         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 133       }\r
 134 \r
 135     });\r
 136     seqCanvas.repaint();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141 \r
 142     if (seqEditOccurred > -1)\r
 143     {\r
 144       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startseq = -1;\r
 148     lastres = -1;\r
 149     seqEditOccurred = -1;\r
 150     editingSeqs = false;\r
 151     groupEditing = false;\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   int findRes(MouseEvent evt)\r
 156  {\r
 157    int res = 0;\r
 158    int x = evt.getX();\r
 159 \r
 160   if (av.wrapAlignment)\r
 161   {\r
 162       int y = evt.getY();\r
 163       y -= (2 * av.charHeight);\r
 164       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 165 \r
 166       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 167       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getSize().width);\r
 168       int block = y/chunkHeight;\r
 169       block += av.getStartRes()/cwidth;\r
 170 \r
 171       res = block*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 172   }\r
 173   else\r
 174   {\r
 175       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 176   }\r
 177 \r
 178   return res;\r
 179 \r
 180  }\r
 181 \r
 182  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 183  {\r
 184    int seq = 0;\r
 185    int y = evt.getY();\r
 186 \r
 187    if (av.wrapAlignment)\r
 188    {\r
 189      y -= (2 * av.charHeight);\r
 190      int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 191      seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 192    }\r
 193    else\r
 194    {\r
 195      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 196    }\r
 197 \r
 198    return seq;\r
 199  }\r
 200 \r
 201 \r
 202   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 203   {\r
 204     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 205         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 206 \r
 207     int seq = findSeq(evt);\r
 208     int res = findRes(evt);\r
 209 \r
 210     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 211         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 212     {\r
 213       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 214       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 215       // in the alignment\r
 216 \r
 217       startseq = seq;\r
 218       lastres = res;\r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222       startseq = -1;\r
 223       lastres = -1;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     return;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 230   {\r
 231     int res = findRes(evt);\r
 232     int seq = findSeq(evt);\r
 233 \r
 234     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 235     {\r
 236       return;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 240     if (res > sequence.getLength())\r
 241     {\r
 242       return;\r
 243     }\r
 244 \r
 245     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 246     String aa = "";\r
 247     if (obj != null)\r
 248     {\r
 249       aa = obj.toString();\r
 250     }\r
 251 \r
 252     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 253                                          sequence.getName());\r
 254     if (aa != "")\r
 255     {\r
 256       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 257                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 258     }\r
 259 \r
 260     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 261 \r
 262     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 263     if (av.showSequenceFeatures)\r
 264     {\r
 265       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 266       Enumeration e = features.elements();\r
 267       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 268 \r
 269       while (e.hasMoreElements())\r
 270       {\r
 271         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 272         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 273             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 274         {\r
 275           if (sbuffer.length() > 0)\r
 276           {\r
 277             sbuffer.append("; ");\r
 278           }\r
 279           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 280           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 281           {\r
 282             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 283           }\r
 284         }\r
 285 \r
 286       }\r
 287     }\r
 288 \r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 292   {\r
 293 \r
 294     // If we're dragging we're editing\r
 295     int res = findRes(evt);\r
 296     if (res < 0)\r
 297     {\r
 298       res = 0;\r
 299     }\r
 300 \r
 301     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 302     {\r
 303       return;\r
 304     }\r
 305 \r
 306     boolean dragRight = true;\r
 307     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 308     {\r
 309       dragRight = false;\r
 310     }\r
 311 \r
 312     if (res != lastres)\r
 313     {\r
 314       // Group editing\r
 315       if (groupEditing)\r
 316       {\r
 317         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 318         if (sg == null)\r
 319         {\r
 320           lastres = -1;\r
 321           return;\r
 322         }\r
 323 \r
 324         // drag to right\r
 325         if (dragRight)\r
 326         {\r
 327           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 328         }\r
 329 \r
 330         // drag to left\r
 331         else\r
 332         {\r
 333           /// Are we able to delete?\r
 334           // ie are all columns blank?\r
 335           boolean deleteAllowed = false;\r
 336           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 337           {\r
 338             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 339             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 340             {\r
 341               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 342               {\r
 343                 continue;\r
 344               }\r
 345 \r
 346               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 347               {\r
 348                 // Not a gap, block edit not valid\r
 349                 res = j + 1;\r
 350                 deleteAllowed = false;\r
 351                 continue;\r
 352               }\r
 353               deleteAllowed = true;\r
 354             }\r
 355           }\r
 356 \r
 357           if (!deleteAllowed)\r
 358           {\r
 359             lastres = -1;\r
 360             return;\r
 361           }\r
 362 \r
 363           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 364         }\r
 365 \r
 366         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 367         {\r
 368           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 369           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 370 \r
 371           // drag to right\r
 372           if (dragRight)\r
 373           {\r
 374             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 375             {\r
 376               insertChar(j, k);\r
 377             }\r
 378           }\r
 379 \r
 380           // drag to left\r
 381           else\r
 382           {\r
 383             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 384             {\r
 385               if (s.getLength() > j)\r
 386               {\r
 387                 deleteChar(res, k);\r
 388               }\r
 389             }\r
 390           }\r
 391         }\r
 392       }\r
 393       else /////Editing a single sequence///////////\r
 394       {\r
 395         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 396         {\r
 397           // dragging to the right\r
 398           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 399           {\r
 400             insertChar(j, startseq);\r
 401           }\r
 402         }\r
 403         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 404         {\r
 405           // dragging to the left\r
 406           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 407           {\r
 408             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 409                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 410             {\r
 411 \r
 412               deleteChar(res, startseq);\r
 413             }\r
 414             else\r
 415             {\r
 416 \r
 417               break;\r
 418             }\r
 419           }\r
 420         }\r
 421 \r
 422       }\r
 423     }\r
 424 \r
 425     endEdit = res;\r
 426     lastres = res;\r
 427     seqCanvas.repaint();\r
 428   }\r
 429 \r
 430   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 431   {\r
 432     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 433                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 434     seqCanvas.repaint();\r
 435   }\r
 436 \r
 437   public void insertChar(int j, int seq)\r
 438   {\r
 439     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 440     seqEditOccurred = seq;\r
 441   }\r
 442 \r
 443   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 444   {\r
 445 \r
 446     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 447     seqEditOccurred = seq;\r
 448     av.alignment.getWidth();\r
 449     repaint();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   void editOccurred(int i)\r
 453   {\r
 454     if (endEdit == startEdit)\r
 455     {\r
 456         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 457         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 458     }\r
 459 \r
 460     av.updateConservation();\r
 461     av.updateConsensus();\r
 462 \r
 463 \r
 464     //Does the edit affect any groups?\r
 465     //////////////////////////////\r
 466     Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 467     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 468 \r
 469     int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 470     if (sg != null)\r
 471     {\r
 472       groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 473       int sSize = sg.getSize();\r
 474       for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 475       {\r
 476         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 477 \r
 478         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 479         {\r
 480           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 481               elementAt(\r
 482                   g);\r
 483           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 484           {\r
 485             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 486               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 487             continue;\r
 488           }\r
 489         }\r
 490       }\r
 491     }\r
 492     else\r
 493     {\r
 494       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 495       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 496       {\r
 497         SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 498             g);\r
 499         if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 500         {\r
 501           if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 502             groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 503           continue;\r
 504         }\r
 505       }\r
 506     }\r
 507 \r
 508     gSize = groupsToUpdate.size();\r
 509     for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 510     {\r
 511       ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 512     }\r
 513     ////End of updating groups\r
 514       //////////////////////////////////////////\r
 515 \r
 516 \r
 517     // Y O Y CLUSTALX\r
 518     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 519 \r
 520     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 521     {\r
 522         av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 523     }\r
 524 \r
 525     if(cs!=null)\r
 526     {\r
 527       if (cs.conservationApplied())\r
 528       {\r
 529         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 530                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 531                                           av.alignment.getSequences(),\r
 532                                           0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 533         c.calculate();\r
 534         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 535 \r
 536         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 537         {\r
 538           ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) cs;\r
 539           cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 540                             av.alignment.getWidth());\r
 541           cs.setConservation(c);\r
 542           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 543         }\r
 544         else\r
 545         {\r
 546           cs.setConservation(c);\r
 547           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 548         }\r
 549 \r
 550       }\r
 551 \r
 552       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 553       {\r
 554         ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 555                                                    av.alignment.getWidth());\r
 556         av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 557       }\r
 558         }\r
 559   }\r
 560 \r
 561 //////////////////////////////////////////\r
 562 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 563 //////////////////////////////////////////\r
 564   int oldSeq = -1;\r
 565   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 566   {\r
 567     int res = findRes(evt);\r
 568     int seq = findSeq(evt);\r
 569     oldSeq = seq;\r
 570 \r
 571     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 572 \r
 573     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 574     {\r
 575       return;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 579 \r
 580     if (stretchGroup == null)\r
 581     {\r
 582       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 583       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 584           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 585       {\r
 586         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 587       }\r
 588       else\r
 589       {\r
 590         stretchGroup = null;\r
 591       }\r
 592     }\r
 593 \r
 594     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 595              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 596              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 597     {\r
 598       stretchGroup = null;\r
 599 \r
 600       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 601 \r
 602       if (allGroups != null)\r
 603       {\r
 604         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 605         {\r
 606           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 607               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 608           {\r
 609             stretchGroup = allGroups[i];\r
 610             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 611             break;\r
 612           }\r
 613         }\r
 614       }\r
 615     }\r
 616 \r
 617     if (stretchGroup == null)\r
 618     {\r
 619       // define a new group here\r
 620       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 621       sg.setStartRes(res);\r
 622       sg.setEndRes(res);\r
 623       sg.addSequence(sequence, false);\r
 624       av.setSelectionGroup(sg);\r
 625       stretchGroup = sg;\r
 626 \r
 627       if (av.getConservationSelected())\r
 628       {\r
 629         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 630                                           "Background");\r
 631       }\r
 632       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 633       {\r
 634         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 635                                        "Background");\r
 636       }\r
 637 \r
 638     }\r
 639 \r
 640     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 641     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 642              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 643     {\r
 644       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 645       this.add(popup);\r
 646       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 647     }\r
 648 \r
 649     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 650     {\r
 651       // Edit end res position of selected group\r
 652       changeEndRes = true;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 656     {\r
 657       // Edit end res position of selected group\r
 658       changeStartRes = true;\r
 659     }\r
 660 \r
 661   }\r
 662 \r
 663   boolean changeEndSeq = false;\r
 664   boolean changeStartSeq = false;\r
 665   boolean changeEndRes = false;\r
 666   boolean changeStartRes = false;\r
 667   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 668 \r
 669   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 670   {\r
 671     if(mouseDragging)\r
 672      {\r
 673        stretchGroup.recalcConservation();\r
 674        mouseDragging = false;\r
 675      }\r
 676 \r
 677     if (stretchGroup == null)\r
 678     {\r
 679       return;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 683     {\r
 684       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 685       {\r
 686         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 687                                           stretchGroup.getName());\r
 688       }\r
 689       else\r
 690       {\r
 691         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 692                                        stretchGroup.getName());\r
 693       }\r
 694     }\r
 695     changeEndRes = false;\r
 696     changeStartRes = false;\r
 697     stretchGroup = null;\r
 698     seqCanvas.repaint();\r
 699     ap.repaint();\r
 700   }\r
 701 \r
 702   boolean remove = false;\r
 703   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 704   {\r
 705     int res = findRes(evt);\r
 706     int y = findSeq(evt);\r
 707 \r
 708     if (stretchGroup == null)\r
 709     {\r
 710       return;\r
 711     }\r
 712 \r
 713     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 714     {\r
 715       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 716     }\r
 717 \r
 718     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 719     {\r
 720       // Edit end res position of selected group\r
 721       changeEndRes = true;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 725     {\r
 726       // Edit start res position of selected group\r
 727       changeStartRes = true;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     if (res < av.getStartRes())\r
 731     {\r
 732       res = av.getStartRes();\r
 733     }\r
 734     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 735     {\r
 736       res = av.getEndRes();\r
 737     }\r
 738 \r
 739     if (changeEndRes)\r
 740     {\r
 741       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 742       {\r
 743         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 744       }\r
 745     }\r
 746     else if (changeStartRes)\r
 747     {\r
 748       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 749       {\r
 750         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 751       }\r
 752     }\r
 753 \r
 754     int dragDirection = 0;\r
 755     if (y > oldSeq)\r
 756     {\r
 757       dragDirection = 1;\r
 758     }\r
 759     else if (y < oldSeq)\r
 760     {\r
 761       dragDirection = -1;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 765     {\r
 766       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 767       // selection is quite slow.\r
 768       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 769 \r
 770       oldSeq += dragDirection;\r
 771       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 772 \r
 773       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 774       {\r
 775         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 776       }\r
 777       else\r
 778       {\r
 779         if (seq != null)\r
 780         {\r
 781           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 782         }\r
 783         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 784       }\r
 785     }\r
 786     oldSeq = y;\r
 787     mouseDragging = true;\r
 788     if (scrollThread != null)\r
 789     {\r
 790       scrollThread.setEvent(evt);\r
 791     }\r
 792 \r
 793     seqCanvas.repaint();\r
 794   }\r
 795 \r
 796   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 797   {\r
 798     if (scrollThread != null)\r
 799     {\r
 800       scrollThread.running = false;\r
 801     }\r
 802   }\r
 803 \r
 804   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 805   {\r
 806     if (mouseDragging)\r
 807     {\r
 808       scrollThread = new ScrollThread();\r
 809     }\r
 810 \r
 811   }\r
 812 \r
 813   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 814   class ScrollThread\r
 815       extends Thread\r
 816   {\r
 817     MouseEvent evt;\r
 818     boolean running = false;\r
 819     public ScrollThread()\r
 820     {\r
 821       start();\r
 822     }\r
 823 \r
 824     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 825     {\r
 826       evt = e;\r
 827     }\r
 828 \r
 829     public void stopScrolling()\r
 830     {\r
 831       running = false;\r
 832     }\r
 833 \r
 834     public void run()\r
 835     {\r
 836       running = true;\r
 837       while (running)\r
 838       {\r
 839         if (evt != null)\r
 840         {\r
 841 \r
 842           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 843           {\r
 844             running = ap.scrollUp(true);\r
 845           }\r
 846 \r
 847           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 848               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 849           {\r
 850             running = ap.scrollUp(false);\r
 851           }\r
 852 \r
 853           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 854           {\r
 855             running = ap.scrollRight(true);\r
 856           }\r
 857 \r
 858           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 859           {\r
 860             running = ap.scrollRight(false);\r
 861           }\r
 862         }\r
 863 \r
 864         try\r
 865         {\r
 866           Thread.sleep(75);\r
 867         }\r
 868         catch (Exception ex)\r
 869         {}\r
 870       }\r
 871     }\r
 872   }\r
 873 \r
 874 }\r