src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 326        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 327        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 328          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 329        {\r
 330          mouseWheelPressed = true;\r
 331          return;\r
 332        }\r
 333 \r
 334        if (evt.isShiftDown()\r
 335            || evt.isControlDown()\r
 336            || evt.isAltDown())\r
 337        {\r
 338          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 339          {\r
 340            groupEditing = true;\r
 341          }\r
 342          editingSeqs = true;\r
 343        }\r
 344        else\r
 345        {\r
 346          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 347          return;\r
 348        }\r
 349 \r
 350 \r
 351        int seq = findSeq(evt);\r
 352        int res = findRes(evt);\r
 353 \r
 354        if(seq<0 || res<0)\r
 355          return;\r
 356 \r
 357        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 358                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 359 \r
 360          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 361                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 362          {\r
 363              startseq = seq;\r
 364              lastres = res;\r
 365          }\r
 366          else\r
 367          {\r
 368              startseq = -1;\r
 369              lastres = -1;\r
 370          }\r
 371 \r
 372         return;\r
 373      }\r
 374 \r
 375      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 376 \r
 377 \r
 378   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 379   {\r
 380     mouseDragging = false;\r
 381     mouseWheelPressed = false;\r
 382 \r
 383     if (!editingSeqs)\r
 384     {\r
 385        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 386        return;\r
 387     }\r
 388 \r
 389      editOccurred();\r
 390 \r
 391      endEditing();\r
 392      ap.repaint();\r
 393   }\r
 394 \r
 395   int startWrapBlock=-1;\r
 396   int wrappedBlock=-1;\r
 397   int findRes(MouseEvent evt)\r
 398  {\r
 399    int res = 0;\r
 400    int x = evt.getX();\r
 401 \r
 402   if (av.wrapAlignment)\r
 403   {\r
 404 \r
 405     int hgap = av.charHeight;\r
 406     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 407       hgap += av.charHeight;\r
 408 \r
 409     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 410         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 411 \r
 412       int y = evt.getY();\r
 413       y -= hgap;\r
 414       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 415 \r
 416 \r
 417       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 418 \r
 419       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 420       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 421 \r
 422       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 423 \r
 424   }\r
 425   else\r
 426   {\r
 427       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 428   }\r
 429 \r
 430   if(av.hasHiddenColumns)\r
 431           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 432 \r
 433   return res;\r
 434 \r
 435  }\r
 436 \r
 437  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 438  {\r
 439 \r
 440    int seq = 0;\r
 441    int y = evt.getY();\r
 442 \r
 443    if (av.wrapAlignment)\r
 444    {\r
 445      int hgap = av.charHeight;\r
 446      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 447        hgap += av.charHeight;\r
 448 \r
 449      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 450          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 451 \r
 452        y -= hgap;\r
 453 \r
 454      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 455                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 456      if(seq<0)\r
 457        seq = 0;\r
 458    }\r
 459    else\r
 460    {\r
 461      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 462                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 463      if(seq<0)\r
 464        seq = 0;\r
 465    }\r
 466 \r
 467    return seq;\r
 468  }\r
 469 \r
 470 \r
 471   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 472   {\r
 473     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 474         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 475 \r
 476     int seq = findSeq(evt);\r
 477     int res = findRes(evt);\r
 478 \r
 479     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 480         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 481     {\r
 482       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 483       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 484       // in the alignment\r
 485 \r
 486       startseq = seq;\r
 487       lastres = res;\r
 488     }\r
 489     else\r
 490     {\r
 491       startseq = -1;\r
 492       lastres = -1;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     return;\r
 496   }\r
 497 \r
 498   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 499   {\r
 500     int res = findRes(evt);\r
 501     int seq = findSeq(evt);\r
 502 \r
 503     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 504     {\r
 505       return;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 509     if (res > sequence.getLength())\r
 510     {\r
 511       return;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 515             sequence.getName());\r
 516 \r
 517     Object obj = null;\r
 518     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 519     {\r
 520       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 521           "");\r
 522       if(obj!=null)\r
 523         text.append(" Nucleotide: ");\r
 524     }\r
 525     else\r
 526     {\r
 527       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 528       if(obj!=null)\r
 529         text.append("  Residue: ");\r
 530     }\r
 531 \r
 532     if (obj != null)\r
 533     {\r
 534       if (obj != "")\r
 535       {\r
 536         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 537       }\r
 538     }\r
 539 \r
 540     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 541     {\r
 542       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 543     }\r
 544 \r
 545     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 546 \r
 547 \r
 548     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 549     if (av.showSequenceFeatures\r
 550         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 551         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 552     {\r
 553       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 554       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 555 \r
 556       int index = 0;\r
 557       while (index < allFeatures.size())\r
 558       {\r
 559         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 560 \r
 561         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 562 \r
 563         if (sf.getDescription() != null)\r
 564           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 565 \r
 566         if (sf.getValue("status") != null )\r
 567         {\r
 568           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 569         }\r
 570         featureText.append("\n");\r
 571 \r
 572         index++;\r
 573       }\r
 574 \r
 575 \r
 576         if (tooltip == null)\r
 577           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 578         else\r
 579           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 580 \r
 581         tooltip.repaint();\r
 582 \r
 583     }\r
 584   }\r
 585 \r
 586   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 587   {\r
 588     Vector allFeatures = new Vector();\r
 589     int index = 0;\r
 590     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 591     {\r
 592       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 593       {\r
 594         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 595         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 596             sf.getEnd() >= res)\r
 597         {\r
 598           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 599           {\r
 600             allFeatures.addElement(sf);\r
 601           }\r
 602         }\r
 603         index++;\r
 604       }\r
 605     }\r
 606     return allFeatures;\r
 607   }\r
 608 \r
 609   Tooltip tooltip;\r
 610 \r
 611   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 612   {\r
 613     if (mouseWheelPressed)\r
 614     {\r
 615       int oldWidth = av.charWidth;\r
 616 \r
 617       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 618       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 619           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 620       {\r
 621         int fontSize = av.font.getSize();\r
 622 \r
 623         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 624         {\r
 625           fontSize--;\r
 626         }\r
 627         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 628         {\r
 629           fontSize++;\r
 630         }\r
 631 \r
 632 \r
 633         if(fontSize<1)\r
 634           fontSize = 1;\r
 635 \r
 636         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 637         av.charWidth = oldWidth;\r
 638       }\r
 639       else\r
 640       {\r
 641         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 642         {\r
 643           av.charWidth--;\r
 644         }\r
 645         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 646         {\r
 647           av.charWidth++;\r
 648         }\r
 649 \r
 650         if(av.charWidth<1)\r
 651         {\r
 652           av.charWidth = 1;\r
 653         }\r
 654       }\r
 655 \r
 656       ap.fontChanged();\r
 657 \r
 658       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 659       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 660 \r
 661       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 662 \r
 663       ap.repaint();\r
 664       ap.annotationPanel.image = null;\r
 665       return;\r
 666       }\r
 667 \r
 668       if (!editingSeqs)\r
 669       {\r
 670         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 671         return;\r
 672       }\r
 673 \r
 674   int res = findRes(evt);\r
 675 \r
 676   if (res < 0)\r
 677   {\r
 678       res = 0;\r
 679   }\r
 680 \r
 681   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 682   {\r
 683       return;\r
 684   }\r
 685 \r
 686   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 687   {\r
 688     // dragLeft, delete gap\r
 689     editSequence(false, res);\r
 690   }\r
 691   else\r
 692     editSequence(true, res);\r
 693 \r
 694   mouseDragging = true;\r
 695   if(scrollThread!=null)\r
 696     scrollThread.setEvent(evt);\r
 697 \r
 698   }\r
 699 \r
 700   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 701   {\r
 702     int fixedLeft = -1;\r
 703     int fixedRight = -1;\r
 704     boolean fixedColumns = false;\r
 705     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 706 \r
 707 \r
 708       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 709       {\r
 710         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 711         {\r
 712           groupEditing = true;\r
 713         }\r
 714       }\r
 715 \r
 716       //No group, but the sequence may represent a group\r
 717       if (groupEditing\r
 718           && sg == null\r
 719           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 720       {\r
 721         groupEditing = false;\r
 722       }\r
 723 \r
 724       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 725       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 726       if (groupEditing)\r
 727          message.append("Edit group:");\r
 728       else\r
 729          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 730 \r
 731      if(insertGap)\r
 732        message.append(" insert ");\r
 733      else\r
 734        message.append(" delete ");\r
 735 \r
 736      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 737      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 738 \r
 739 \r
 740       //Are we editing within a selection group?\r
 741       if (groupEditing\r
 742           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 743       {\r
 744         fixedColumns = true;\r
 745 \r
 746         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 747         //but the sequence represents a group\r
 748         if (sg == null)\r
 749         {\r
 750           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 751                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 752           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 753         }\r
 754 \r
 755         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 756         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 757 \r
 758         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 759             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 760             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 761             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 762         {\r
 763           endEditing();\r
 764           return;\r
 765         }\r
 766 \r
 767         if (fixedLeft > startres)\r
 768         {\r
 769           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 770           fixedLeft = 0;\r
 771         }\r
 772         else if (fixedRight < startres)\r
 773         {\r
 774           fixedLeft = fixedRight;\r
 775           fixedRight = -1;\r
 776         }\r
 777       }\r
 778 \r
 779 \r
 780       if(av.hasHiddenColumns )\r
 781       {\r
 782           fixedColumns = true;\r
 783           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 784           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 785 \r
 786           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 787               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 788           {\r
 789             endEditing();\r
 790             return;\r
 791           }\r
 792 \r
 793           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 794           //Selection spans a hidden region\r
 795           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 796           {\r
 797             if(startres>=y2)\r
 798             {\r
 799               fixedLeft = y2;\r
 800             }\r
 801             else\r
 802             {\r
 803              fixedRight = y2 - 1;\r
 804            }\r
 805           }\r
 806       }\r
 807 \r
 808 \r
 809       if (groupEditing)\r
 810       {\r
 811         // drag to right\r
 812         if (insertGap)\r
 813         {\r
 814             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 815             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 816             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 817                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 818                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 819                )\r
 820             {\r
 821               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 822               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 823             }\r
 824 \r
 825           // Is it valid with fixed columns??\r
 826           // Find the next gap before the end\r
 827           // of the visible region boundary\r
 828           boolean blank = false;\r
 829           for (fixedRight = fixedRight;\r
 830                fixedRight > lastres;\r
 831                fixedRight--)\r
 832           {\r
 833             blank = true;\r
 834             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 835             {\r
 836               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 837               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 838               {\r
 839                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 840                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 841                 {\r
 842                   blank = false;\r
 843                   break;\r
 844                 }\r
 845               }\r
 846             }\r
 847             if (blank)\r
 848               break;\r
 849           }\r
 850 \r
 851           if (!blank)\r
 852           {\r
 853             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 854             {\r
 855               if((av.hasHiddenColumns\r
 856                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 857               {\r
 858                 endEditing();\r
 859                 return;\r
 860               }\r
 861 \r
 862               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 863               if(av.hasHiddenRows)\r
 864               {\r
 865                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 866                 if(hwidth>alWidth)\r
 867                   alWidth = hwidth;\r
 868               }\r
 869               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 870               //contains all the sequences\r
 871               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 872               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 873             }\r
 874             else\r
 875             {\r
 876               endEditing();\r
 877               return;\r
 878             }\r
 879           }\r
 880         }\r
 881 \r
 882 \r
 883         // drag to left\r
 884         else if(!insertGap)\r
 885         {\r
 886           /// Are we able to delete?\r
 887           // ie are all columns blank?\r
 888 \r
 889           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 890           {\r
 891             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 892 \r
 893             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 894             {\r
 895               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 896               {\r
 897                 continue;\r
 898               }\r
 899 \r
 900               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 901                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 902               {\r
 903                 // Not a gap, block edit not valid\r
 904                 endEditing();\r
 905                 return;\r
 906               }\r
 907             }\r
 908           }\r
 909         }\r
 910 \r
 911 \r
 912         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 913         {\r
 914           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 915 \r
 916           if (insertGap)\r
 917           {\r
 918             // dragging to the right\r
 919             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 920             {\r
 921               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 922               {\r
 923                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 924               }\r
 925               else\r
 926                 insertChar(j, seq);\r
 927             }\r
 928           }\r
 929           else\r
 930           {\r
 931             // dragging to the left\r
 932             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 933             {\r
 934               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 935               {\r
 936                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 937               }\r
 938               else\r
 939               {\r
 940                 deleteChar(startres, seq);\r
 941               }\r
 942             }\r
 943           }\r
 944         }\r
 945       }\r
 946       else /////Editing a single sequence///////////\r
 947       {\r
 948         if (insertGap)\r
 949         {\r
 950           // dragging to the right\r
 951           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 952           {\r
 953             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 954             {\r
 955                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 956             }\r
 957             else\r
 958               insertChar(j, seq);\r
 959           }\r
 960         }\r
 961         else\r
 962         {\r
 963           // dragging to the left\r
 964           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 965           {\r
 966             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 967             {\r
 968               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 969             }\r
 970             else\r
 971             {\r
 972               deleteChar(startres, seq);\r
 973             }\r
 974           }\r
 975         }\r
 976       }\r
 977 \r
 978       lastres = startres;\r
 979       seqCanvas.repaint();\r
 980   }\r
 981 \r
 982 \r
 983     /**\r
 984      * DOCUMENT ME!\r
 985      *\r
 986      * @param j DOCUMENT ME!\r
 987      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 988      */\r
 989     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 990     {\r
 991         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 992         seqEditOccurred = true;\r
 993     }\r
 994 \r
 995     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 996     {\r
 997       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 998       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 999       int blankColumn = fixedColumn;\r
1000       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1001       {\r
1002         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1003         {\r
1004           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1005           break;\r
1006         }\r
1007       }\r
1008 \r
1009       if (blankColumn <= j)\r
1010       {\r
1011         endEditing();\r
1012         return;\r
1013       }\r
1014 \r
1015       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1016       {\r
1017         //Just Checking\r
1018         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1019         return;\r
1020       }\r
1021 \r
1022       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1023       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1024       seqEditOccurred = true;\r
1025     }\r
1026 \r
1027     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1028     {\r
1029       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1030       {\r
1031         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1032             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1033         return;\r
1034       }\r
1035 \r
1036       seq.deleteCharAt(j);\r
1037       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1038       seqEditOccurred = true;\r
1039     }\r
1040 \r
1041     /**\r
1042      * DOCUMENT ME!\r
1043      *\r
1044      * @param j DOCUMENT ME!\r
1045      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1046      */\r
1047     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1048     {\r
1049       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1050       {\r
1051         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1052             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1053         return;\r
1054       }\r
1055 \r
1056         seq.deleteCharAt(j);\r
1057         seqEditOccurred = true;\r
1058         seqCanvas.repaint();\r
1059     }\r
1060 \r
1061     /**\r
1062      * DOCUMENT ME!\r
1063      *\r
1064      * @param i DOCUMENT ME!\r
1065      */\r
1066     void editOccurred()\r
1067     {\r
1068       if (!seqEditOccurred)\r
1069       {\r
1070         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1071         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1072       }\r
1073 \r
1074       endEditing();\r
1075 \r
1076       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1077 \r
1078     }\r
1079 \r
1080 //////////////////////////////////////////\r
1081 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1082 //////////////////////////////////////////\r
1083   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1084   {\r
1085 \r
1086 \r
1087     if (scrollThread != null)\r
1088     {\r
1089       scrollThread.running = false;\r
1090       scrollThread = null;\r
1091     }\r
1092 \r
1093     int res = findRes(evt);\r
1094     int seq = findSeq(evt);\r
1095     oldSeq = seq;\r
1096     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1097 \r
1098     if(seq==-1)\r
1099       return;\r
1100 \r
1101     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1102 \r
1103     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1104     {\r
1105       return;\r
1106     }\r
1107 \r
1108     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1109 \r
1110     if (stretchGroup == null)\r
1111     {\r
1112       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1113       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1114           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1115       {\r
1116         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1117       }\r
1118       else\r
1119       {\r
1120         stretchGroup = null;\r
1121       }\r
1122     }\r
1123 \r
1124     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1125              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1126              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1127     {\r
1128       stretchGroup = null;\r
1129 \r
1130       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1131 \r
1132       if (allGroups != null)\r
1133       {\r
1134         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1135         {\r
1136           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1137               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1138           {\r
1139             stretchGroup = allGroups[i];\r
1140             break;\r
1141           }\r
1142         }\r
1143       }\r
1144       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1145     }\r
1146 \r
1147 \r
1148     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1149     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1150              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1151     {\r
1152       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1153                                                sequence.findPosition(res));\r
1154 \r
1155       Vector links = null;\r
1156       if(allFeatures!=null)\r
1157       {\r
1158         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1159         {\r
1160           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1161           if (sf.links != null)\r
1162           {\r
1163             links = new Vector();\r
1164             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1165             {\r
1166               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1167             }\r
1168           }\r
1169         }\r
1170       }\r
1171       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1172       this.add(popup);\r
1173       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1174       ap.repaint();\r
1175       return;\r
1176     }\r
1177 \r
1178     if (av.cursorMode)\r
1179     {\r
1180       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1181       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1182       seqCanvas.repaint();\r
1183       return;\r
1184     }\r
1185 \r
1186       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1187 \r
1188       if (stretchGroup == null)\r
1189       {\r
1190         // define a new group here\r
1191         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1192         sg.setStartRes(res);\r
1193         sg.setEndRes(res);\r
1194         sg.addSequence(sequence, false);\r
1195         av.setSelectionGroup(sg);\r
1196         stretchGroup = sg;\r
1197 \r
1198         if (av.getConservationSelected())\r
1199         {\r
1200           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1201                                             "Background");\r
1202         }\r
1203         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1204         {\r
1205           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1206                                          "Background");\r
1207         }\r
1208 \r
1209       }\r
1210   }\r
1211 \r
1212   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1213   {\r
1214     if (stretchGroup == null)\r
1215     {\r
1216         return;\r
1217     }\r
1218 \r
1219     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1220     {\r
1221       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1222       {\r
1223         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1224             stretchGroup.getSequences(true),\r
1225             stretchGroup.getWidth());\r
1226       }\r
1227 \r
1228       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1229       {\r
1230         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1231                                           stretchGroup.getName());\r
1232         stretchGroup.recalcConservation();\r
1233       }\r
1234       else\r
1235       {\r
1236         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1237                                        stretchGroup.getName());\r
1238       }\r
1239     }\r
1240     changeEndRes = false;\r
1241     changeStartRes = false;\r
1242     stretchGroup = null;\r
1243     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1244     ap.repaint();\r
1245   }\r
1246 \r
1247   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1248   {\r
1249     int res = findRes(evt);\r
1250     int y = findSeq(evt);\r
1251 \r
1252     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1253       return;\r
1254 \r
1255      if (stretchGroup == null)\r
1256      {\r
1257           return;\r
1258      }\r
1259 \r
1260      mouseDragging = true;\r
1261 \r
1262 \r
1263       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1264       {\r
1265         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1266       }\r
1267 \r
1268       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1269         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1270 \r
1271       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1272       {\r
1273           // Edit end res position of selected group\r
1274           changeEndRes = true;\r
1275       }\r
1276       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1277       {\r
1278           // Edit start res position of selected group\r
1279           changeStartRes = true;\r
1280       }\r
1281 \r
1282       if (res < 0)\r
1283       {\r
1284           res = 0;\r
1285       }\r
1286 \r
1287       if (changeEndRes)\r
1288       {\r
1289           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1290           {\r
1291               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1292           }\r
1293       }\r
1294       else if (changeStartRes)\r
1295       {\r
1296           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1297           {\r
1298               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1299           }\r
1300       }\r
1301 \r
1302       int dragDirection = 0;\r
1303 \r
1304       if (y > oldSeq)\r
1305       {\r
1306           dragDirection = 1;\r
1307       }\r
1308       else if (y < oldSeq)\r
1309       {\r
1310           dragDirection = -1;\r
1311       }\r
1312 \r
1313 \r
1314       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1315       {\r
1316           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1317           // selection is quite slow.\r
1318           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1319 \r
1320           oldSeq += dragDirection;\r
1321 \r
1322           if(oldSeq<0)\r
1323             break;\r
1324 \r
1325           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1326 \r
1327           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1328           {\r
1329               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1330           }\r
1331           else\r
1332           {\r
1333               if (seq != null)\r
1334               {\r
1335                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1336               }\r
1337 \r
1338               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1339           }\r
1340       }\r
1341 \r
1342       if(oldSeq < 0)\r
1343         oldSeq = -1;\r
1344 \r
1345 \r
1346       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1347           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1348       {\r
1349         mouseExited(evt);\r
1350       }\r
1351 \r
1352       if (scrollThread != null)\r
1353       {\r
1354         scrollThread.setEvent(evt);\r
1355       }\r
1356 \r
1357       seqCanvas.repaint();\r
1358     }\r
1359 \r
1360     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1361     {\r
1362       if (oldSeq < 0)\r
1363         oldSeq = 0;\r
1364 \r
1365       if (scrollThread != null)\r
1366       {\r
1367         scrollThread.running = false;\r
1368         scrollThread = null;\r
1369       }\r
1370     }\r
1371 \r
1372   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1373   {\r
1374     if (av.getWrapAlignment())\r
1375     {\r
1376       return;\r
1377     }\r
1378 \r
1379     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1380     {\r
1381       scrollThread = new ScrollThread();\r
1382     }\r
1383   }\r
1384 \r
1385   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1386   {\r
1387     if(evt==null)\r
1388     {\r
1389       if(scrollThread!=null)\r
1390       {\r
1391         scrollThread.running = false;\r
1392         scrollThread = null;\r
1393       }\r
1394       mouseDragging = false;\r
1395     }\r
1396     else\r
1397     {\r
1398       if (scrollThread == null)\r
1399         scrollThread = new ScrollThread();\r
1400 \r
1401       mouseDragging = true;\r
1402       scrollThread.setEvent(evt);\r
1403     }\r
1404 \r
1405     }\r
1406 \r
1407   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1408   class ScrollThread\r
1409       extends Thread\r
1410   {\r
1411     MouseEvent evt;\r
1412     boolean running = false;\r
1413     public ScrollThread()\r
1414     {\r
1415       start();\r
1416     }\r
1417 \r
1418     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1419     {\r
1420       evt = e;\r
1421     }\r
1422 \r
1423     public void stopScrolling()\r
1424     {\r
1425       running = false;\r
1426     }\r
1427 \r
1428     public void run()\r
1429     {\r
1430       running = true;\r
1431       while (running)\r
1432       {\r
1433 \r
1434         if (evt != null)\r
1435         {\r
1436 \r
1437           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1438           {\r
1439             running = ap.scrollUp(true);\r
1440           }\r
1441 \r
1442           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1443               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1444           {\r
1445             running = ap.scrollUp(false);\r
1446           }\r
1447 \r
1448           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1449           {\r
1450             running = ap.scrollRight(false);\r
1451           }\r
1452 \r
1453           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1454           {\r
1455             running = ap.scrollRight(true);\r
1456           }\r
1457         }\r
1458 \r
1459         try\r
1460         {\r
1461           Thread.sleep(75);\r
1462         }\r
1463         catch (Exception ex)\r
1464         {}\r
1465       }\r
1466     }\r
1467   }\r
1468 \r
1469 }\r