src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 142      {\r
 143        int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 144        int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 145 \r
 146        while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 147              && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 148              && seqCanvas.cursorX>0)\r
 149        {\r
 150          seqCanvas.cursorX += dx;\r
 151        }\r
 152 \r
 153        if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 154           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 155        {\r
 156          seqCanvas.cursorX = original;\r
 157        }\r
 158       }\r
 159      scrollToVisible();\r
 160    }\r
 161 \r
 162    void scrollToVisible()\r
 163    {\r
 164      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 165        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 166      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 167        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 168 \r
 169      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 170        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 171      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 172        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 173 \r
 174 \r
 175      endEditing();\r
 176      if (av.wrapAlignment)\r
 177      {\r
 178        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 179      }\r
 180      else\r
 181      {\r
 182        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 183        {\r
 184          ap.scrollUp(true);\r
 185        }\r
 186        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 187        {\r
 188          ap.scrollUp(false);\r
 189        }\r
 190        while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 191        {\r
 192 \r
 193          if (!ap.scrollRight(false))\r
 194            break;\r
 195        }\r
 196        while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 197        {\r
 198          if (!ap.scrollRight(true))\r
 199            break;\r
 200        }\r
 201      }\r
 202      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 203                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 204 \r
 205      seqCanvas.repaint();\r
 206    }\r
 207 \r
 208    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 209    {\r
 210      SequenceI sequence =\r
 211          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 212 \r
 213      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 214      {\r
 215        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 216        //Find the top and bottom of this group\r
 217        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 218        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 219        {\r
 220          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 221          if(index > max)\r
 222            max = index;\r
 223          if(index < min)\r
 224            min = index;\r
 225        }\r
 226 \r
 227        max ++;\r
 228 \r
 229        if(topLeft)\r
 230        {\r
 231          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 233            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234 \r
 235          min = seqCanvas.cursorY;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 241            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 242 \r
 243          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 244        }\r
 245 \r
 246        if(min>max)\r
 247        {\r
 248          // Only the user can do this\r
 249          av.setSelectionGroup(null);\r
 250        }\r
 251        else\r
 252        {\r
 253          // Now add any sequences between min and max\r
 254          sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 255          for (int i = min; i < max; i++)\r
 256          {\r
 257            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 258          }\r
 259        }\r
 260      }\r
 261 \r
 262      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 263      {\r
 264        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 265        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 266        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267        sg.addSequence(sequence, false);\r
 268        av.setSelectionGroup(sg);\r
 269      }\r
 270 \r
 271 \r
 272      ap.repaint();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 276    {\r
 277      groupEditing = group;\r
 278      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 281      endEditing();\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285    {\r
 286      groupEditing = group;\r
 287      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 288      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 289      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 290      endEditing();\r
 291    }\r
 292 \r
 293    void numberPressed(char value)\r
 294    {\r
 295      if(keyboardNo1==null)\r
 296        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 297 \r
 298      if(keyboardNo2!=null)\r
 299        keyboardNo2.append(value);\r
 300      else\r
 301        keyboardNo1.append(value);\r
 302    }\r
 303 \r
 304    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 305    {\r
 306      if(kb==null)\r
 307        return 1;\r
 308      else\r
 309        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 310    }\r
 311 \r
 312    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 313    {\r
 314      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 315                                           sequence.getName());\r
 316 \r
 317      Object obj = null;\r
 318      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 319      {\r
 320        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 321                                                   "");\r
 322        if (obj != null)\r
 323          text.append(" Nucleotide: ");\r
 324      }\r
 325      else\r
 326      {\r
 327        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 328        if (obj != null)\r
 329          text.append("  Residue: ");\r
 330      }\r
 331 \r
 332      if (obj != null)\r
 333      {\r
 334 \r
 335        if (obj != "")\r
 336        {\r
 337          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 338                      ")");\r
 339        }\r
 340      }\r
 341 \r
 342      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 343 \r
 344     }\r
 345      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 346      {\r
 347        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 348 \r
 349        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 350        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 351        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 352          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 353        {\r
 354          mouseWheelPressed = true;\r
 355          return;\r
 356        }\r
 357 \r
 358        if (evt.isShiftDown()\r
 359            || evt.isControlDown()\r
 360            || evt.isAltDown())\r
 361        {\r
 362          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 363          {\r
 364            groupEditing = true;\r
 365          }\r
 366          editingSeqs = true;\r
 367        }\r
 368        else\r
 369        {\r
 370          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 371          return;\r
 372        }\r
 373 \r
 374 \r
 375        int seq = findSeq(evt);\r
 376        int res = findRes(evt);\r
 377 \r
 378        if(seq<0 || res<0)\r
 379          return;\r
 380 \r
 381 \r
 382          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 383                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 384          {\r
 385              startseq = seq;\r
 386              lastres = res;\r
 387          }\r
 388          else\r
 389          {\r
 390              startseq = -1;\r
 391              lastres = -1;\r
 392          }\r
 393 \r
 394         return;\r
 395      }\r
 396 \r
 397      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 398 \r
 399 \r
 400   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 401   {\r
 402     mouseDragging = false;\r
 403     mouseWheelPressed = false;\r
 404 \r
 405     if (!editingSeqs)\r
 406     {\r
 407        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 408        return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411      endEditing();\r
 412      ap.repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   int startWrapBlock=-1;\r
 416   int wrappedBlock=-1;\r
 417   int findRes(MouseEvent evt)\r
 418  {\r
 419    int res = 0;\r
 420    int x = evt.getX();\r
 421 \r
 422   if (av.wrapAlignment)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int hgap = av.charHeight;\r
 426     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 427       hgap += av.charHeight;\r
 428 \r
 429     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 430         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 431 \r
 432       int y = evt.getY();\r
 433       y -= hgap;\r
 434       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 435 \r
 436 \r
 437       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 438       if(cwidth<1)\r
 439         return 0;\r
 440 \r
 441       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 442       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 443 \r
 444       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 445 \r
 446   }\r
 447   else\r
 448   {\r
 449       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   if(av.hasHiddenColumns)\r
 453           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 454 \r
 455   return res;\r
 456 \r
 457  }\r
 458 \r
 459  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 460  {\r
 461 \r
 462    int seq = 0;\r
 463    int y = evt.getY();\r
 464 \r
 465    if (av.wrapAlignment)\r
 466    {\r
 467      int hgap = av.charHeight;\r
 468      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469        hgap += av.charHeight;\r
 470 \r
 471      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 472          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 473 \r
 474        y -= hgap;\r
 475 \r
 476      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 477                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 478      if(seq<0)\r
 479        seq = 0;\r
 480    }\r
 481    else\r
 482    {\r
 483      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 484                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 485      if(seq<0)\r
 486        seq = 0;\r
 487    }\r
 488 \r
 489    return seq;\r
 490  }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int seq = findSeq(evt);\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 500         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 501     {\r
 502       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 503       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 504       // in the alignment\r
 505 \r
 506       startseq = seq;\r
 507       lastres = res;\r
 508     }\r
 509     else\r
 510     {\r
 511       startseq = -1;\r
 512       lastres = -1;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     return;\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 519   {\r
 520     int res = findRes(evt);\r
 521     int seq = findSeq(evt);\r
 522 \r
 523     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 524     {\r
 525       if(tooltip!=null)\r
 526         tooltip.setTip("");\r
 527       return;\r
 528     }\r
 529 \r
 530     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 531     if (res > sequence.getLength())\r
 532     {\r
 533       if(tooltip!=null)\r
 534         tooltip.setTip("");\r
 535       return;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 539             sequence.getName());\r
 540 \r
 541     Object obj = null;\r
 542     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 543     {\r
 544       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 545           "");\r
 546       if(obj!=null)\r
 547         text.append(" Nucleotide: ");\r
 548     }\r
 549     else\r
 550     {\r
 551       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 552       if(obj!=null)\r
 553         text.append("  Residue: ");\r
 554     }\r
 555 \r
 556     if (obj != null)\r
 557     {\r
 558       if (obj != "")\r
 559       {\r
 560         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 561       }\r
 562     }\r
 563 \r
 564     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 565     {\r
 566       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 567     }\r
 568 \r
 569     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 570 \r
 571     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
 572     SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 573     if(groups!=null)\r
 574     {\r
 575       for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 576       {\r
 577         if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 578         {\r
 579           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 580               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 581             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
 582           if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 583             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
 584           tooltipText.append("\n");\r
 585         }\r
 586       }\r
 587     }\r
 588 \r
 589     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 590     if (av.showSequenceFeatures\r
 591         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 592         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 593     {\r
 594 \r
 595       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 596 \r
 597       int index = 0;\r
 598       while (index < allFeatures.size())\r
 599       {\r
 600         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 601 \r
 602         tooltipText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 603 \r
 604         if (sf.getDescription() != null)\r
 605           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
 606 \r
 607         if (sf.getValue("status") != null )\r
 608         {\r
 609           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 610           if(status.length()>0)\r
 611             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 612         }\r
 613         tooltipText.append("\n");\r
 614 \r
 615         index++;\r
 616       }\r
 617     }\r
 618 \r
 619     if (tooltip == null)\r
 620       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
 621     else\r
 622       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
 623   }\r
 624 \r
 625   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 626   {\r
 627     Vector allFeatures = new Vector();\r
 628     int index = 0;\r
 629     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 630     {\r
 631       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 632       {\r
 633         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 634         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 635             sf.getEnd() >= res)\r
 636         {\r
 637           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 638           {\r
 639             allFeatures.addElement(sf);\r
 640           }\r
 641         }\r
 642         index++;\r
 643       }\r
 644     }\r
 645     return allFeatures;\r
 646   }\r
 647 \r
 648   Tooltip tooltip;\r
 649 \r
 650   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 651   {\r
 652     if (mouseWheelPressed)\r
 653     {\r
 654       int oldWidth = av.charWidth;\r
 655 \r
 656       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 657       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 658           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 659       {\r
 660         int fontSize = av.font.getSize();\r
 661 \r
 662         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 663         {\r
 664           fontSize--;\r
 665         }\r
 666         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 667         {\r
 668           fontSize++;\r
 669         }\r
 670 \r
 671 \r
 672         if(fontSize<1)\r
 673           fontSize = 1;\r
 674 \r
 675         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 676         av.charWidth = oldWidth;\r
 677       }\r
 678       else\r
 679       {\r
 680         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 681         {\r
 682           av.charWidth--;\r
 683         }\r
 684         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 685         {\r
 686           av.charWidth++;\r
 687         }\r
 688 \r
 689         if(av.charWidth<1)\r
 690         {\r
 691           av.charWidth = 1;\r
 692         }\r
 693       }\r
 694 \r
 695       ap.fontChanged();\r
 696 \r
 697       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 698       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 699 \r
 700       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 701 \r
 702       ap.repaint();\r
 703       ap.annotationPanel.image = null;\r
 704       return;\r
 705       }\r
 706 \r
 707       if (!editingSeqs)\r
 708       {\r
 709         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 710         return;\r
 711       }\r
 712 \r
 713   int res = findRes(evt);\r
 714 \r
 715   if (res < 0)\r
 716   {\r
 717       res = 0;\r
 718   }\r
 719 \r
 720   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 721   {\r
 722       return;\r
 723   }\r
 724 \r
 725   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 726   {\r
 727     // dragLeft, delete gap\r
 728     editSequence(false, res);\r
 729   }\r
 730   else\r
 731     editSequence(true, res);\r
 732 \r
 733   mouseDragging = true;\r
 734   if(scrollThread!=null)\r
 735     scrollThread.setEvent(evt);\r
 736 \r
 737   }\r
 738 \r
 739   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 740   {\r
 741     int fixedLeft = -1;\r
 742     int fixedRight = -1;\r
 743     boolean fixedColumns = false;\r
 744     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 745 \r
 746     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 747 \r
 748       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 749       {\r
 750         if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 751             && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 752         {\r
 753           sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 754           groupEditing = true;\r
 755           }\r
 756       }\r
 757 \r
 758       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 759       if (groupEditing)\r
 760       {\r
 761         message.append("Edit group:");\r
 762         if (editCommand == null)\r
 763           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 764       }\r
 765       else\r
 766        {\r
 767          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 768          String label = seq.getName();\r
 769          if(label.length()>10)\r
 770            label = label.substring(0,10);\r
 771          if(editCommand==null)\r
 772            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 773        }\r
 774 \r
 775      if(insertGap)\r
 776        message.append(" insert ");\r
 777      else\r
 778        message.append(" delete ");\r
 779 \r
 780      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 781      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 782 \r
 783 \r
 784       //Are we editing within a selection group?\r
 785       if (groupEditing\r
 786           || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 787       {\r
 788         fixedColumns = true;\r
 789 \r
 790         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 791         //but the sequence represents a group\r
 792         if (sg == null)\r
 793         {\r
 794           sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 795         }\r
 796 \r
 797         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 798         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 799 \r
 800         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 801             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 802             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 803             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 804         {\r
 805           endEditing();\r
 806           return;\r
 807         }\r
 808 \r
 809         if (fixedLeft > startres)\r
 810         {\r
 811           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 812           fixedLeft = 0;\r
 813         }\r
 814         else if (fixedRight < startres)\r
 815         {\r
 816           fixedLeft = fixedRight;\r
 817           fixedRight = -1;\r
 818         }\r
 819       }\r
 820 \r
 821 \r
 822       if(av.hasHiddenColumns )\r
 823       {\r
 824           fixedColumns = true;\r
 825           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 826           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 827 \r
 828           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 829               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 830           {\r
 831             endEditing();\r
 832             return;\r
 833           }\r
 834 \r
 835           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 836           //Selection spans a hidden region\r
 837           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 838           {\r
 839             if(startres>=y2)\r
 840             {\r
 841               fixedLeft = y2;\r
 842             }\r
 843             else\r
 844             {\r
 845              fixedRight = y2 - 1;\r
 846            }\r
 847           }\r
 848       }\r
 849 \r
 850 \r
 851       if (groupEditing)\r
 852       {\r
 853         Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 854         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 855         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 856         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 857           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 858 \r
 859         // drag to right\r
 860         if (insertGap)\r
 861         {\r
 862             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 863             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 864             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 865                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 866                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 867                )\r
 868             {\r
 869               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 870               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 871             }\r
 872 \r
 873           // Is it valid with fixed columns??\r
 874           // Find the next gap before the end\r
 875           // of the visible region boundary\r
 876           boolean blank = false;\r
 877           for (fixedRight = fixedRight;\r
 878                fixedRight > lastres;\r
 879                fixedRight--)\r
 880           {\r
 881             blank = true;\r
 882 \r
 883             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 884             {\r
 885               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 886               {\r
 887                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 888                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 889                 {\r
 890                   blank = false;\r
 891                   break;\r
 892                 }\r
 893               }\r
 894             }\r
 895             if (blank)\r
 896               break;\r
 897           }\r
 898 \r
 899           if (!blank)\r
 900           {\r
 901             if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 902             {\r
 903               if((av.hasHiddenColumns\r
 904                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 905               {\r
 906                 endEditing();\r
 907                 return;\r
 908               }\r
 909 \r
 910               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 911               if(av.hasHiddenRows)\r
 912               {\r
 913                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 914                 if(hwidth>alWidth)\r
 915                   alWidth = hwidth;\r
 916               }\r
 917               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 918               //contains all the sequences\r
 919               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 920               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 921             }\r
 922             else\r
 923             {\r
 924               endEditing();\r
 925               return;\r
 926             }\r
 927           }\r
 928         }\r
 929 \r
 930 \r
 931         // drag to left\r
 932         else if(!insertGap)\r
 933         {\r
 934           /// Are we able to delete?\r
 935           // ie are all columns blank?\r
 936 \r
 937           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 938           {\r
 939             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 940             {\r
 941               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 942               {\r
 943                 continue;\r
 944               }\r
 945 \r
 946               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 947                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 948               {\r
 949                 // Not a gap, block edit not valid\r
 950                 endEditing();\r
 951                 return;\r
 952               }\r
 953             }\r
 954           }\r
 955         }\r
 956 \r
 957           if (insertGap)\r
 958           {\r
 959             // dragging to the right\r
 960             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 961             {\r
 962               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 963               {\r
 964                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 965               }\r
 966             }\r
 967             else\r
 968             {\r
 969               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 970                                      groupSeqs,\r
 971                                      startres, startres-lastres,\r
 972                                      av.alignment,\r
 973                                      true);\r
 974             }\r
 975           }\r
 976           else\r
 977           {\r
 978             // dragging to the left\r
 979             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 980             {\r
 981               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 982               {\r
 983                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 984               }\r
 985             }\r
 986             else\r
 987               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 988                                      groupSeqs,\r
 989                                      startres, lastres - startres,\r
 990                                      av.alignment,\r
 991                                      true);\r
 992 \r
 993           }\r
 994       }\r
 995       else /////Editing a single sequence///////////\r
 996       {\r
 997         if (insertGap)\r
 998         {\r
 999           // dragging to the right\r
1000           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1001           {\r
1002             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1003             {\r
1004               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1005             }\r
1006           }\r
1007           else\r
1008           {\r
1009             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1010                                    new SequenceI[]\r
1011                                    {seq},\r
1012                                    lastres, startres-lastres,\r
1013                                    av.alignment,\r
1014                                    true);\r
1015           }\r
1016         }\r
1017         else\r
1018         {\r
1019           // dragging to the left\r
1020           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1021           {\r
1022             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1023             {\r
1024               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1025               {\r
1026                 endEditing();\r
1027                 break;\r
1028               }\r
1029               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1030             }\r
1031           }\r
1032           else\r
1033           {\r
1034             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1035             int max=0;\r
1036             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1037             {\r
1038               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1039                 break;\r
1040               max++;\r
1041             }\r
1042 \r
1043             if (max>0)\r
1044             {\r
1045               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1046                                      new SequenceI[]\r
1047                                      {seq},\r
1048                                      startres, max,\r
1049                                      av.alignment,\r
1050                                      true);\r
1051             }\r
1052           }\r
1053         }\r
1054       }\r
1055 \r
1056       lastres = startres;\r
1057       seqCanvas.repaint();\r
1058   }\r
1059 \r
1060 \r
1061 \r
1062   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1063   {\r
1064     int blankColumn = fixedColumn;\r
1065     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1066     {\r
1067       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1068       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1069 \r
1070       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1071       {\r
1072         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1073         {\r
1074           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1075           break;\r
1076         }\r
1077       }\r
1078 \r
1079       if (blankColumn <= j)\r
1080       {\r
1081         blankColumn = fixedColumn;\r
1082         endEditing();\r
1083         return;\r
1084       }\r
1085     }\r
1086 \r
1087     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1088                            seq,\r
1089                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1090 \r
1091     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1092                            seq,\r
1093                            j, 1, av.alignment,\r
1094                            true);\r
1095 \r
1096   }\r
1097 \r
1098   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1099   {\r
1100 \r
1101     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1102                            seq,\r
1103                            j, 1, av.alignment, true);\r
1104 \r
1105     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1106                            seq,\r
1107                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1108   }\r
1109 \r
1110 \r
1111 //////////////////////////////////////////\r
1112 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1113 //////////////////////////////////////////\r
1114   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1115   {\r
1116     if (scrollThread != null)\r
1117     {\r
1118       scrollThread.running = false;\r
1119       scrollThread = null;\r
1120     }\r
1121 \r
1122     int res = findRes(evt);\r
1123     int seq = findSeq(evt);\r
1124     oldSeq = seq;\r
1125     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1126 \r
1127     if(seq==-1)\r
1128       return;\r
1129 \r
1130     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1131 \r
1132     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1133     {\r
1134       return;\r
1135     }\r
1136 \r
1137     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1138 \r
1139     if (stretchGroup == null)\r
1140     {\r
1141       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1142       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1143           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1144       {\r
1145         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1146       }\r
1147       else\r
1148       {\r
1149         stretchGroup = null;\r
1150       }\r
1151     }\r
1152 \r
1153     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1154              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1155              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1156     {\r
1157       stretchGroup = null;\r
1158 \r
1159       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1160 \r
1161       if (allGroups != null)\r
1162       {\r
1163         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1164         {\r
1165           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1166               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1167           {\r
1168             stretchGroup = allGroups[i];\r
1169             break;\r
1170           }\r
1171         }\r
1172       }\r
1173       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1174     }\r
1175 \r
1176 \r
1177     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1178     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1179              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1180     {\r
1181       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1182                                                sequence.findPosition(res));\r
1183 \r
1184       Vector links = null;\r
1185       if(allFeatures!=null)\r
1186       {\r
1187         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1188         {\r
1189           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1190           if (sf.links != null)\r
1191           {\r
1192             links = new Vector();\r
1193             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1194             {\r
1195               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1196             }\r
1197           }\r
1198         }\r
1199       }\r
1200       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1201       this.add(popup);\r
1202       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1203       ap.repaint();\r
1204       return;\r
1205     }\r
1206 \r
1207     if (av.cursorMode)\r
1208     {\r
1209       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1210       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1211       seqCanvas.repaint();\r
1212       return;\r
1213     }\r
1214 \r
1215       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1216 \r
1217       if (stretchGroup == null)\r
1218       {\r
1219         // define a new group here\r
1220         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1221         sg.setStartRes(res);\r
1222         sg.setEndRes(res);\r
1223         sg.addSequence(sequence, false);\r
1224         av.setSelectionGroup(sg);\r
1225         stretchGroup = sg;\r
1226 \r
1227         if (av.getConservationSelected())\r
1228         {\r
1229           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1230                                             "Background");\r
1231         }\r
1232         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1233         {\r
1234           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1235                                          "Background");\r
1236         }\r
1237 \r
1238       }\r
1239   }\r
1240 \r
1241   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1242   {\r
1243     if (stretchGroup == null)\r
1244     {\r
1245         return;\r
1246     }\r
1247 \r
1248     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1249     {\r
1250       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1251       {\r
1252         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1253             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1254             stretchGroup.getWidth());\r
1255       }\r
1256 \r
1257       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1258           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1259           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1260           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1261         stretchGroup.recalcConservation();\r
1262 \r
1263 \r
1264       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1265       {\r
1266         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1267                                           stretchGroup.getName());\r
1268         stretchGroup.recalcConservation();\r
1269       }\r
1270       else\r
1271       {\r
1272         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1273                                        stretchGroup.getName());\r
1274       }\r
1275     }\r
1276     changeEndRes = false;\r
1277     changeStartRes = false;\r
1278     stretchGroup = null;\r
1279     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1280     ap.repaint();\r
1281   }\r
1282 \r
1283   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1284   {\r
1285     int res = findRes(evt);\r
1286     int y = findSeq(evt);\r
1287 \r
1288     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1289       return;\r
1290 \r
1291      if (stretchGroup == null)\r
1292      {\r
1293           return;\r
1294      }\r
1295 \r
1296      mouseDragging = true;\r
1297 \r
1298 \r
1299       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1300       {\r
1301         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1302       }\r
1303 \r
1304       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1305         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1306 \r
1307       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1308       {\r
1309           // Edit end res position of selected group\r
1310           changeEndRes = true;\r
1311       }\r
1312       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1313       {\r
1314           // Edit start res position of selected group\r
1315           changeStartRes = true;\r
1316       }\r
1317 \r
1318       if (res < 0)\r
1319       {\r
1320           res = 0;\r
1321       }\r
1322 \r
1323       if (changeEndRes)\r
1324       {\r
1325           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1326           {\r
1327               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1328           }\r
1329       }\r
1330       else if (changeStartRes)\r
1331       {\r
1332           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1333           {\r
1334               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1335           }\r
1336       }\r
1337 \r
1338       int dragDirection = 0;\r
1339 \r
1340       if (y > oldSeq)\r
1341       {\r
1342           dragDirection = 1;\r
1343       }\r
1344       else if (y < oldSeq)\r
1345       {\r
1346           dragDirection = -1;\r
1347       }\r
1348 \r
1349 \r
1350       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1351       {\r
1352           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1353           // selection is quite slow.\r
1354           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1355 \r
1356           oldSeq += dragDirection;\r
1357 \r
1358           if(oldSeq<0)\r
1359             break;\r
1360 \r
1361           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1362 \r
1363           if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1364           {\r
1365               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1366           }\r
1367           else\r
1368           {\r
1369               if (seq != null)\r
1370               {\r
1371                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1372               }\r
1373 \r
1374               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1375           }\r
1376       }\r
1377 \r
1378       if(oldSeq < 0)\r
1379         oldSeq = -1;\r
1380 \r
1381 \r
1382       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1383           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1384       {\r
1385         mouseExited(evt);\r
1386       }\r
1387 \r
1388       if (scrollThread != null)\r
1389       {\r
1390         scrollThread.setEvent(evt);\r
1391       }\r
1392 \r
1393       seqCanvas.repaint();\r
1394     }\r
1395 \r
1396     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1397     {\r
1398       if (oldSeq < 0)\r
1399         oldSeq = 0;\r
1400 \r
1401       if (scrollThread != null)\r
1402       {\r
1403         scrollThread.running = false;\r
1404         scrollThread = null;\r
1405       }\r
1406     }\r
1407 \r
1408   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1409   {\r
1410     if (av.getWrapAlignment())\r
1411     {\r
1412       return;\r
1413     }\r
1414 \r
1415     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1416     {\r
1417       scrollThread = new ScrollThread();\r
1418     }\r
1419   }\r
1420 \r
1421   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1422   {\r
1423     if(evt==null)\r
1424     {\r
1425       if(scrollThread!=null)\r
1426       {\r
1427         scrollThread.running = false;\r
1428         scrollThread = null;\r
1429       }\r
1430       mouseDragging = false;\r
1431     }\r
1432     else\r
1433     {\r
1434       if (scrollThread == null)\r
1435         scrollThread = new ScrollThread();\r
1436 \r
1437       mouseDragging = true;\r
1438       scrollThread.setEvent(evt);\r
1439     }\r
1440 \r
1441     }\r
1442 \r
1443   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1444   class ScrollThread\r
1445       extends Thread\r
1446   {\r
1447     MouseEvent evt;\r
1448     boolean running = false;\r
1449     public ScrollThread()\r
1450     {\r
1451       start();\r
1452     }\r
1453 \r
1454     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1455     {\r
1456       evt = e;\r
1457     }\r
1458 \r
1459     public void stopScrolling()\r
1460     {\r
1461       running = false;\r
1462     }\r
1463 \r
1464     public void run()\r
1465     {\r
1466       running = true;\r
1467       while (running)\r
1468       {\r
1469 \r
1470         if (evt != null)\r
1471         {\r
1472 \r
1473           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1474           {\r
1475             running = ap.scrollUp(true);\r
1476           }\r
1477 \r
1478           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1479               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1480           {\r
1481             running = ap.scrollUp(false);\r
1482           }\r
1483 \r
1484           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1485           {\r
1486             running = ap.scrollRight(false);\r
1487           }\r
1488 \r
1489           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1490           {\r
1491             running = ap.scrollRight(true);\r
1492           }\r
1493         }\r
1494 \r
1495         try\r
1496         {\r
1497           Thread.sleep(75);\r
1498         }\r
1499         catch (Exception ex)\r
1500         {}\r
1501       }\r
1502     }\r
1503   }\r
1504 \r
1505 }\r