src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  32 import jalview.structure.SelectionSource;
  33 import jalview.structure.SequenceListener;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Panel;
  41 import java.awt.Point;
  42 import java.awt.event.InputEvent;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  46 import java.util.Vector;
  47
  48 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  49         MouseListener, SequenceListener
  50 {
  51
  52   public SeqCanvas seqCanvas;
  53
  54   public AlignmentPanel ap;
  55
  56   protected int lastres;
  57
  58   protected int startseq;
  59
  60   protected AlignViewport av;
  61
  62   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  63   // conservation
  64   boolean seqEditOccurred = false;
  65
  66   ScrollThread scrollThread = null;
  67
  68   boolean mouseDragging = false;
  69
  70   boolean editingSeqs = false;
  71
  72   boolean groupEditing = false;
  73
  74   int oldSeq = -1;
  75
  76   boolean changeEndSeq = false;
  77
  78   boolean changeStartSeq = false;
  79
  80   boolean changeEndRes = false;
  81
  82   boolean changeStartRes = false;
  83
  84   SequenceGroup stretchGroup = null;
  85
  86   StringBuffer keyboardNo1;
  87
  88   StringBuffer keyboardNo2;
  89
  90   boolean mouseWheelPressed = false;
  91
  92   Point lastMousePress;
  93
  94   EditCommand editCommand;
  95
  96   StructureSelectionManager ssm;
  97
  98   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  99   {
 100     this.av = avp;
 101
 102     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 103     setLayout(new BorderLayout());
 104     add(seqCanvas);
 105
 106     ap = p;
 107
 108     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 109     seqCanvas.addMouseListener(this);
 110     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 111     ssm.addStructureViewerListener(this);
 112
 113     seqCanvas.repaint();
 114   }
 115
 116   void endEditing()
 117   {
 118     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 119     {
 120       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 121       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 122               .getSequences());
 123     }
 124
 125     startseq = -1;
 126     lastres = -1;
 127     editingSeqs = false;
 128     groupEditing = false;
 129     keyboardNo1 = null;
 130     keyboardNo2 = null;
 131     editCommand = null;
 132   }
 133
 134   void setCursorRow()
 135   {
 136     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 137     scrollToVisible();
 138   }
 139
 140   void setCursorColumn()
 141   {
 142     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 143     scrollToVisible();
 144   }
 145
 146   void setCursorRowAndColumn()
 147   {
 148     if (keyboardNo2 == null)
 149     {
 150       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 151     }
 152     else
 153     {
 154       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 155       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 156       scrollToVisible();
 157     }
 158   }
 159
 160   void setCursorPosition()
 161   {
 162     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 163             seqCanvas.cursorY);
 164
 165     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 166     scrollToVisible();
 167   }
 168
 169   void moveCursor(int dx, int dy)
 170   {
 171     seqCanvas.cursorX += dx;
 172     seqCanvas.cursorY += dy;
 173     if (av.hasHiddenColumns()
 174             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175     {
 176       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 177       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 178
 179       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 180               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 181       {
 182         seqCanvas.cursorX += dx;
 183       }
 184
 185       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 186               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187       {
 188         seqCanvas.cursorX = original;
 189       }
 190     }
 191     scrollToVisible();
 192   }
 193
 194   void scrollToVisible()
 195   {
 196     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 197     {
 198       seqCanvas.cursorX = 0;
 199     }
 200     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 201     {
 202       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 203     }
 204
 205     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorY = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 212     }
 213
 214     endEditing();
 215     if (av.getWrapAlignment())
 216     {
 217       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 222       {
 223         ap.scrollUp(true);
 224       }
 225       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 226       {
 227         ap.scrollUp(false);
 228       }
 229       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 230               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 231       {
 232
 233         if (!ap.scrollRight(false))
 234         {
 235           break;
 236         }
 237       }
 238       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 239               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 240       {
 241         if (!ap.scrollRight(true))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246     }
 247     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 248             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 249
 250     seqCanvas.repaint();
 251   }
 252
 253   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 254   {
 255     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(
 256             seqCanvas.cursorY);
 257
 258     if (av.getSelectionGroup() != null)
 259     {
 260       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 261       // Find the top and bottom of this group
 262       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 263       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 264       {
 265         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 266         if (index > max)
 267         {
 268           max = index;
 269         }
 270         if (index < min)
 271         {
 272           min = index;
 273         }
 274       }
 275
 276       max++;
 277
 278       if (topLeft)
 279       {
 280         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 281         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 282         {
 283           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 284         }
 285
 286         min = seqCanvas.cursorY;
 287       }
 288       else
 289       {
 290         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 291         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 292         {
 293           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 294         }
 295
 296         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 297       }
 298
 299       if (min > max)
 300       {
 301         // Only the user can do this
 302         av.setSelectionGroup(null);
 303       }
 304       else
 305       {
 306         // Now add any sequences between min and max
 307         sg.clear();
 308         for (int i = min; i < max; i++)
 309         {
 310           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 311         }
 312       }
 313     }
 314
 315     if (av.getSelectionGroup() == null)
 316     {
 317       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 318       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 319       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 320       sg.addSequence(sequence, false);
 321       av.setSelectionGroup(sg);
 322     }
 323     ap.paintAlignment(false);
 324     av.sendSelection();
 325   }
 326
 327   void insertGapAtCursor(boolean group)
 328   {
 329     groupEditing = group;
 330     startseq = seqCanvas.cursorY;
 331     lastres = seqCanvas.cursorX;
 332     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 333     endEditing();
 334   }
 335
 336   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 337   {
 338     groupEditing = group;
 339     startseq = seqCanvas.cursorY;
 340     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 341     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 342     endEditing();
 343   }
 344
 345   void numberPressed(char value)
 346   {
 347     if (keyboardNo1 == null)
 348     {
 349       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 350     }
 351
 352     if (keyboardNo2 != null)
 353     {
 354       keyboardNo2.append(value);
 355     }
 356     else
 357     {
 358       keyboardNo1.append(value);
 359     }
 360   }
 361
 362   int getKeyboardNo1()
 363   {
 364     try
 365     {
 366       if (keyboardNo1 != null)
 367       {
 368         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 369         keyboardNo1 = null;
 370         return value;
 371       }
 372     } catch (Exception x)
 373     {
 374     }
 375     keyboardNo1 = null;
 376     return 1;
 377   }
 378
 379   int getKeyboardNo2()
 380   {
 381     try
 382     {
 383       if (keyboardNo2 != null)
 384       {
 385         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 386         keyboardNo2 = null;
 387         return value;
 388       }
 389     } catch (Exception x)
 390     {
 391     }
 392     keyboardNo2 = null;
 393     return 1;
 394   }
 395
 396   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 397   {
 398     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 399             + sequence.getName());
 400
 401     Object obj = null;
 402     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 403     {
 404       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 405               + "");
 406       if (obj != null)
 407       {
 408         text.append(" Nucleotide: ");
 409       }
 410     }
 411     else
 412     {
 413       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 414       if (obj != null)
 415       {
 416         text.append("  Residue: ");
 417       }
 418     }
 419
 420     if (obj != null)
 421     {
 422
 423       if (obj != "")
 424       {
 425         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 426       }
 427     }
 428
 429     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 430
 431   }
 432
 433   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 434   {
 435     lastMousePress = evt.getPoint();
 436
 437     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 438     // As the Button2_mask always seems to be true
 439     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 440             && !av.MAC)
 441     {
 442       mouseWheelPressed = true;
 443       return;
 444     }
 445
 446     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 447     {
 448       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 449       {
 450         groupEditing = true;
 451       }
 452       editingSeqs = true;
 453     }
 454     else
 455     {
 456       doMousePressedDefineMode(evt);
 457       return;
 458     }
 459
 460     int seq = findSeq(evt);
 461     int res = findRes(evt);
 462
 463     if (seq < 0 || res < 0)
 464     {
 465       return;
 466     }
 467
 468     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 469             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 470     {
 471       startseq = seq;
 472       lastres = res;
 473     }
 474     else
 475     {
 476       startseq = -1;
 477       lastres = -1;
 478     }
 479
 480     return;
 481   }
 482
 483   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 484   {
 485     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 486     if (evt.getClickCount() > 1)
 487     {
 488       if (av.getSelectionGroup() != null
 489               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 490               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 491                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 492       {
 493         av.setSelectionGroup(null);
 494       }
 495
 496       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 497               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 498
 499       if (features != null && features.length > 0)
 500       {
 501         SearchResults highlight = new SearchResults();
 502         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 503                 features[0].getEnd());
 504         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 505       }
 506       if (features != null && features.length > 0)
 507       {
 508         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 509         { sequence }, features, false, ap);
 510
 511         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 512       }
 513     }
 514   }
 515
 516   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 517   {
 518     mouseDragging = false;
 519     mouseWheelPressed = false;
 520     ap.paintAlignment(true);
 521
 522     if (!editingSeqs)
 523     {
 524       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 525       return;
 526     }
 527
 528     endEditing();
 529
 530   }
 531
 532   int startWrapBlock = -1;
 533
 534   int wrappedBlock = -1;
 535
 536   int findRes(MouseEvent evt)
 537   {
 538     int res = 0;
 539     int x = evt.getX();
 540
 541     if (av.getWrapAlignment())
 542     {
 543
 544       int hgap = av.getCharHeight();
 545       if (av.getScaleAboveWrapped())
 546       {
 547         hgap += av.getCharHeight();
 548       }
 549
 550       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 551               + hgap
 552               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 553
 554       int y = evt.getY();
 555       y -= hgap;
 556       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 557
 558       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 559       if (cwidth < 1)
 560       {
 561         return 0;
 562       }
 563
 564       wrappedBlock = y / cHeight;
 565       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 566
 567       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 568
 569     }
 570     else
 571     {
 572       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 573     }
 574
 575     if (av.hasHiddenColumns())
 576     {
 577       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 578     }
 579
 580     return res;
 581
 582   }
 583
 584   int findSeq(MouseEvent evt)
 585   {
 586     final int sqnum = findAlRow(evt);
 587     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 588   }
 589
 590   /**
 591    *
 592    * @param evt
 593    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 594    */
 595   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 596   {
 597     int seq = 0;
 598     int y = evt.getY();
 599
 600     if (av.getWrapAlignment())
 601     {
 602       int hgap = av.getCharHeight();
 603       if (av.getScaleAboveWrapped())
 604       {
 605         hgap += av.getCharHeight();
 606       }
 607
 608       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 609               + hgap
 610               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 611
 612       y -= hgap;
 613
 614       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 615               .getHeight() - 1);
 616       if (seq < 0)
 617       {
 618         seq = -1;
 619       }
 620     }
 621     else
 622     {
 623       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 624               .getAlignment().getHeight() - 1);
 625       if (seq < 0)
 626       {
 627         seq = -1;
 628       }
 629     }
 630
 631     return seq;
 632   }
 633
 634   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 635   {
 636
 637     int seq = findSeq(evt);
 638     int res = findRes(evt);
 639
 640     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 641             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 642     {
 643       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 644       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 645       // in the alignment
 646
 647       startseq = seq;
 648       lastres = res;
 649     }
 650     else
 651     {
 652       startseq = -1;
 653       lastres = -1;
 654     }
 655
 656     return;
 657   }
 658
 659   String lastMessage;
 660
 661   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 662   {
 663     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 664     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 665     {
 666       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 667     }
 668
 669     lastMessage = tmp;
 670   }
 671
 672   public void highlightSequence(SearchResults results)
 673   {
 674     if (av.followHighlight)
 675     {
 676       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 677       {
 678         ap.alignFrame.repaint();
 679       }
 680     }
 681     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 682
 683   }
 684
 685   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 686   {
 687     System.out.println("update the seqPanel colours");
 688     // repaint();
 689   }
 690
 691   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 692   {
 693     int res = findRes(evt);
 694     int seq = findSeq(evt);
 695
 696     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 697     {
 698       if (tooltip != null)
 699       {
 700         tooltip.setTip("");
 701       }
 702       return;
 703     }
 704
 705     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 706     if (res > sequence.getLength())
 707     {
 708       if (tooltip != null)
 709       {
 710         tooltip.setTip("");
 711       }
 712       return;
 713     }
 714
 715     int respos = sequence.findPosition(res);
 716     if (ssm != null)
 717     {
 718       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 719     }
 720
 721     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 722             + sequence.getName());
 723
 724     Object obj = null;
 725     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 726     {
 727       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 728               + "");
 729       if (obj != null)
 730       {
 731         text.append(" Nucleotide: ");
 732       }
 733     }
 734     else
 735     {
 736       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 737       if (obj != null)
 738       {
 739         text.append("  Residue: ");
 740       }
 741     }
 742
 743     if (obj != null)
 744     {
 745       if (obj != "")
 746       {
 747         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 748       }
 749     }
 750
 751     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 752
 753     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 754     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 755     if (groups != null)
 756     {
 757       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 758       {
 759         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 760         {
 761           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 762                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 763           {
 764             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 765           }
 766           if (groups[g].getDescription() != null)
 767           {
 768             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 769           }
 770           tooltipText.append("\n");
 771         }
 772       }
 773     }
 774
 775     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 776     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 777             sequence.findPosition(res));
 778
 779     int index = 0;
 780     while (index < allFeatures.length)
 781     {
 782       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 783
 784       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 785
 786       if (sf.getDescription() != null)
 787       {
 788         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 789       }
 790
 791       if (sf.getValue("status") != null)
 792       {
 793         String status = sf.getValue("status").toString();
 794         if (status.length() > 0)
 795         {
 796           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 797         }
 798       }
 799       tooltipText.append("\n");
 800
 801       index++;
 802     }
 803
 804     if (tooltip == null)
 805     {
 806       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 807     }
 808     else
 809     {
 810       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 811     }
 812   }
 813
 814   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 815   {
 816     Vector tmp = new Vector();
 817     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 818     if (features != null)
 819     {
 820       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 821       {
 822         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 823                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 824         {
 825           continue;
 826         }
 827
 828         if (features[i].featureGroup != null
 829                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 830         {
 831           continue;
 832         }
 833
 834         if ((features[i].getBegin() <= res)
 835                 && (features[i].getEnd() >= res))
 836         {
 837           tmp.addElement(features[i]);
 838         }
 839       }
 840     }
 841
 842     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 843     tmp.copyInto(features);
 844
 845     return features;
 846   }
 847
 848   Tooltip tooltip;
 849
 850   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 851   {
 852     if (mouseWheelPressed)
 853     {
 854       int oldWidth = av.getCharWidth();
 855
 856       // Which is bigger, left-right or up-down?
 857       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 858               - lastMousePress.x))
 859       {
 860         int fontSize = av.font.getSize();
 861
 862         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 863         {
 864           fontSize--;
 865         }
 866         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 867         {
 868           fontSize++;
 869         }
 870
 871         if (fontSize < 1)
 872         {
 873           fontSize = 1;
 874         }
 875
 876         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 877         av.setCharWidth(oldWidth);
 878       }
 879       else
 880       {
 881         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 882         {
 883           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 884         }
 885         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 886         {
 887           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 888         }
 889
 890         if (av.getCharWidth() < 1)
 891         {
 892           av.setCharWidth(1);
 893         }
 894       }
 895
 896       ap.fontChanged();
 897
 898       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 899       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 900
 901       lastMousePress = evt.getPoint();
 902
 903       ap.paintAlignment(false);
 904       ap.annotationPanel.image = null;
 905       return;
 906     }
 907
 908     if (!editingSeqs)
 909     {
 910       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 911       return;
 912     }
 913
 914     int res = findRes(evt);
 915
 916     if (res < 0)
 917     {
 918       res = 0;
 919     }
 920
 921     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 922     {
 923       return;
 924     }
 925
 926     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 927     {
 928       // dragLeft, delete gap
 929       editSequence(false, res);
 930     }
 931     else
 932     {
 933       editSequence(true, res);
 934     }
 935
 936     mouseDragging = true;
 937     if (scrollThread != null)
 938     {
 939       scrollThread.setEvent(evt);
 940     }
 941
 942   }
 943
 944   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 945   {
 946     int fixedLeft = -1;
 947     int fixedRight = -1;
 948     boolean fixedColumns = false;
 949     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 950
 951     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 952
 953     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 954     {
 955       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 956       {
 957         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 958         groupEditing = true;
 959       }
 960     }
 961
 962     StringBuffer message = new StringBuffer();
 963     if (groupEditing)
 964     {
 965       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(":");
 966       if (editCommand == null)
 967       {
 968         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 969       }
 970     }
 971     else
 972     {
 973       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence")).append(" " + seq.getName());
 974       String label = seq.getName();
 975       if (label.length() > 10)
 976       {
 977         label = label.substring(0, 10);
 978       }
 979       if (editCommand == null)
 980       {
 981         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 982       }
 983     }
 984
 985     if (insertGap)
 986     {
 987       message.append(" insert ");
 988     }
 989     else
 990     {
 991       message.append(" delete ");
 992     }
 993
 994     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 995     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 996
 997     // Are we editing within a selection group?
 998     if (groupEditing
 999             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1000                     .contains(seq)))
1001     {
1002       fixedColumns = true;
1003
1004       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1005       // but the sequence represents a group
1006       if (sg == null)
1007       {
1008         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1009         {
1010           endEditing();
1011           return;
1012         }
1013
1014         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1015       }
1016
1017       fixedLeft = sg.getStartRes();
1018       fixedRight = sg.getEndRes();
1019
1020       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1021               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1022               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1023               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1024       {
1025         endEditing();
1026         return;
1027       }
1028
1029       if (fixedLeft > startres)
1030       {
1031         fixedRight = fixedLeft - 1;
1032         fixedLeft = 0;
1033       }
1034       else if (fixedRight < startres)
1035       {
1036         fixedLeft = fixedRight;
1037         fixedRight = -1;
1038       }
1039     }
1040
1041     if (av.hasHiddenColumns())
1042     {
1043       fixedColumns = true;
1044       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1045       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1046
1047       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1048               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1049       {
1050         endEditing();
1051         return;
1052       }
1053
1054       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1055       // Selection spans a hidden region
1056       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1057       {
1058         if (startres >= y2)
1059         {
1060           fixedLeft = y2;
1061         }
1062         else
1063         {
1064           fixedRight = y2 - 1;
1065         }
1066       }
1067     }
1068
1069     if (groupEditing)
1070     {
1071       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1072               .toArray(new SequenceI[0]);
1073
1074       // drag to right
1075       if (insertGap)
1076       {
1077         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1078         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1079         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1080                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1081         {
1082           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1083           fixedRight = sg.getEndRes();
1084         }
1085
1086         // Is it valid with fixed columns??
1087         // Find the next gap before the end
1088         // of the visible region boundary
1089         boolean blank = false;
1090         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1091         {
1092           blank = true;
1093
1094           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1095           {
1096             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1097             {
1098               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1099                       - j)))
1100               {
1101                 blank = false;
1102                 break;
1103               }
1104             }
1105           }
1106           if (blank)
1107           {
1108             break;
1109           }
1110         }
1111
1112         if (!blank)
1113         {
1114           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1115           {
1116             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1117                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1118             {
1119               endEditing();
1120               return;
1121             }
1122
1123             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1124             if (av.hasHiddenRows())
1125             {
1126               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1127                       .getWidth();
1128               if (hwidth > alWidth)
1129               {
1130                 alWidth = hwidth;
1131               }
1132             }
1133             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1134             // contains all the sequences
1135             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1136             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1137           }
1138           else
1139           {
1140             endEditing();
1141             return;
1142           }
1143         }
1144       }
1145
1146       // drag to left
1147       else if (!insertGap)
1148       {
1149         // / Are we able to delete?
1150         // ie are all columns blank?
1151
1152         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1153         {
1154           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1155           {
1156             if (gs.getLength() <= j)
1157             {
1158               continue;
1159             }
1160
1161             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1162             {
1163               // Not a gap, block edit not valid
1164               endEditing();
1165               return;
1166             }
1167           }
1168         }
1169       }
1170
1171       if (insertGap)
1172       {
1173         // dragging to the right
1174         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1175         {
1176           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1177           {
1178             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1179           }
1180         }
1181         else
1182         {
1183           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs,
1184                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1185         }
1186       }
1187       else
1188       {
1189         // dragging to the left
1190         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1191         {
1192           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1193           {
1194             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1195           }
1196         }
1197         else
1198         {
1199           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs,
1200                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1201         }
1202
1203       }
1204     }
1205     else
1206     // ///Editing a single sequence///////////
1207     {
1208       if (insertGap)
1209       {
1210         // dragging to the right
1211         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1212         {
1213           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1214           {
1215             insertChar(j, new SequenceI[]
1216             { seq }, fixedRight);
1217           }
1218         }
1219         else
1220         {
1221           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1222           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1223         }
1224       }
1225       else
1226       {
1227         // dragging to the left
1228         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1229         {
1230           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1231           {
1232             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1233             {
1234               endEditing();
1235               break;
1236             }
1237             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1238             { seq }, fixedRight);
1239           }
1240         }
1241         else
1242         {
1243           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1244           int max = 0;
1245           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1246           {
1247             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1248             {
1249               break;
1250             }
1251             max++;
1252           }
1253
1254           if (max > 0)
1255           {
1256             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1257             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1258           }
1259         }
1260       }
1261     }
1262
1263     lastres = startres;
1264     seqCanvas.repaint();
1265   }
1266
1267   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1268   {
1269     int blankColumn = fixedColumn;
1270     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1271     {
1272       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1273       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1274
1275       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1276       {
1277         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1278         {
1279           // Theres a space, so break and insert the gap
1280           break;
1281         }
1282       }
1283
1284       if (blankColumn <= j)
1285       {
1286         blankColumn = fixedColumn;
1287         endEditing();
1288         return;
1289       }
1290     }
1291
1292     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1293             av.getAlignment(), true);
1294
1295     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1296             av.getAlignment(), true);
1297
1298   }
1299
1300   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1301   {
1302
1303     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1304             av.getAlignment(), true);
1305
1306     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1307             av.getAlignment(), true);
1308   }
1309
1310   // ////////////////////////////////////////
1311   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1312   // ////////////////////////////////////////
1313   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1314   {
1315     if (scrollThread != null)
1316     {
1317       scrollThread.running = false;
1318       scrollThread = null;
1319     }
1320
1321     int res = findRes(evt);
1322     int seq = findSeq(evt);
1323     oldSeq = seq;
1324     startWrapBlock = wrappedBlock;
1325
1326     if (seq == -1)
1327     {
1328       return;
1329     }
1330
1331     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1332
1333     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1334     {
1335       return;
1336     }
1337
1338     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1339
1340     if (stretchGroup == null)
1341     {
1342       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1343       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1344               && res < stretchGroup.getEndRes())
1345       {
1346         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1347       }
1348       else
1349       {
1350         stretchGroup = null;
1351       }
1352     }
1353
1354     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1355             || stretchGroup.getStartRes() > res
1356             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1357     {
1358       stretchGroup = null;
1359
1360       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1361
1362       if (allGroups != null)
1363       {
1364         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1365         {
1366           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1367                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1368           {
1369             stretchGroup = allGroups[i];
1370             break;
1371           }
1372         }
1373       }
1374       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1375     }
1376
1377     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1378     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1379     {
1380       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1381               sequence.findPosition(res));
1382
1383       Vector links = null;
1384       if (allFeatures != null)
1385       {
1386         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1387         {
1388           if (allFeatures[i].links != null)
1389           {
1390             if (links == null)
1391             {
1392               links = new Vector();
1393             }
1394             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1395             {
1396               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1397             }
1398           }
1399         }
1400       }
1401       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1402       this.add(popup);
1403       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1404       return;
1405     }
1406
1407     if (av.cursorMode)
1408     {
1409       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1410       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1411       seqCanvas.repaint();
1412       return;
1413     }
1414
1415     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1416
1417     if (stretchGroup == null)
1418     {
1419       // define a new group here
1420       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1421       sg.setStartRes(res);
1422       sg.setEndRes(res);
1423       sg.addSequence(sequence, false);
1424       av.setSelectionGroup(sg);
1425       stretchGroup = sg;
1426
1427       if (av.getConservationSelected())
1428       {
1429         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1430                 "Background");
1431       }
1432       if (av.getAbovePIDThreshold())
1433       {
1434         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1435                 "Background");
1436       }
1437
1438     }
1439   }
1440
1441   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1442   {
1443     if (stretchGroup == null)
1444     {
1445       return;
1446     }
1447
1448     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1449                                        // state
1450     if (stretchGroup.cs != null)
1451     {
1452       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1453               av.getHiddenRepSequences());
1454
1455       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1456       {
1457         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1458                 stretchGroup.getName());
1459       }
1460       else
1461       {
1462         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1463                 stretchGroup.getName());
1464       }
1465     }
1466     changeEndRes = false;
1467     changeStartRes = false;
1468     stretchGroup = null;
1469     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1470     ap.paintAlignment(true);
1471     av.sendSelection();
1472   }
1473
1474   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1475   {
1476     int res = findRes(evt);
1477     int y = findSeq(evt);
1478
1479     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1480     {
1481       return;
1482     }
1483
1484     if (stretchGroup == null)
1485     {
1486       return;
1487     }
1488
1489     mouseDragging = true;
1490
1491     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1492     {
1493       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1494     }
1495
1496     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1497     {
1498       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1499     }
1500
1501     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1502     {
1503       // Edit end res position of selected group
1504       changeEndRes = true;
1505     }
1506     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1507     {
1508       // Edit start res position of selected group
1509       changeStartRes = true;
1510     }
1511
1512     if (res < 0)
1513     {
1514       res = 0;
1515     }
1516
1517     if (changeEndRes)
1518     {
1519       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1520       {
1521         stretchGroup.setEndRes(res);
1522       }
1523     }
1524     else if (changeStartRes)
1525     {
1526       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1527       {
1528         stretchGroup.setStartRes(res);
1529       }
1530     }
1531
1532     int dragDirection = 0;
1533
1534     if (y > oldSeq)
1535     {
1536       dragDirection = 1;
1537     }
1538     else if (y < oldSeq)
1539     {
1540       dragDirection = -1;
1541     }
1542
1543     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1544             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1545     {
1546       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1547       // selection is quite slow.
1548       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1549
1550       oldSeq += dragDirection;
1551
1552       if (oldSeq < 0)
1553       {
1554         break;
1555       }
1556
1557       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1558
1559       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1560       {
1561         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1562       }
1563       else
1564       {
1565         if (seq != null)
1566         {
1567           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1568         }
1569
1570         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1571       }
1572     }
1573
1574     if (oldSeq < 0)
1575     {
1576       oldSeq = -1;
1577     }
1578
1579     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1580             || y > av.endSeq)
1581     {
1582       mouseExited(evt);
1583     }
1584
1585     if (scrollThread != null)
1586     {
1587       scrollThread.setEvent(evt);
1588     }
1589
1590     seqCanvas.repaint();
1591   }
1592
1593   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1594   {
1595     if (oldSeq < 0)
1596     {
1597       oldSeq = 0;
1598     }
1599
1600     if (scrollThread != null)
1601     {
1602       scrollThread.running = false;
1603       scrollThread = null;
1604     }
1605   }
1606
1607   public void mouseExited(MouseEvent e)
1608   {
1609     if (av.getWrapAlignment())
1610     {
1611       return;
1612     }
1613
1614     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1615     {
1616       scrollThread = new ScrollThread();
1617     }
1618   }
1619
1620   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1621   {
1622     if (evt == null)
1623     {
1624       if (scrollThread != null)
1625       {
1626         scrollThread.running = false;
1627         scrollThread = null;
1628       }
1629       mouseDragging = false;
1630     }
1631     else
1632     {
1633       if (scrollThread == null)
1634       {
1635         scrollThread = new ScrollThread();
1636       }
1637
1638       mouseDragging = true;
1639       scrollThread.setEvent(evt);
1640     }
1641
1642   }
1643
1644   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1645   class ScrollThread extends Thread
1646   {
1647     MouseEvent evt;
1648
1649     boolean running = false;
1650
1651     public ScrollThread()
1652     {
1653       start();
1654     }
1655
1656     public void setEvent(MouseEvent e)
1657     {
1658       evt = e;
1659     }
1660
1661     public void stopScrolling()
1662     {
1663       running = false;
1664     }
1665
1666     public void run()
1667     {
1668       running = true;
1669       while (running)
1670       {
1671
1672         if (evt != null)
1673         {
1674
1675           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1676           {
1677             running = ap.scrollUp(true);
1678           }
1679
1680           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1681                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1682           {
1683             running = ap.scrollUp(false);
1684           }
1685
1686           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1687           {
1688             running = ap.scrollRight(false);
1689           }
1690
1691           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1692           {
1693             running = ap.scrollRight(true);
1694           }
1695         }
1696
1697         try
1698         {
1699           Thread.sleep(75);
1700         } catch (Exception ex)
1701         {
1702         }
1703       }
1704     }
1705   }
1706
1707   /**
1708    * modify current selection according to a received message.
1709    */
1710   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1711           SelectionSource source)
1712   {
1713     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1714     // handles selection messages...
1715     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1716     // shared between viewports.
1717     if (av != null
1718             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1719                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1720     {
1721       return;
1722     }
1723     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1724     // suspect)
1725     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1726     // sequence selection
1727     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1728     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1729     {
1730       SequenceGroup sgroup = null;
1731       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1732       {
1733         if (av.getAlignment() == null)
1734         {
1735           System.out
1736                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1737                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1738                           + av.getViewId()
1739                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1740           return;
1741         }
1742         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1743                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1744         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1745                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1746         {
1747           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1748           copycolsel = false;
1749         }
1750       }
1751       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1752       {
1753         av.setSelectionGroup(sgroup);
1754       }
1755       else
1756       {
1757         av.setSelectionGroup(null);
1758       }
1759       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1760     }
1761     if (copycolsel
1762             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1763                     .isColSelChanged(true)))
1764     {
1765       // the current selection is unset or from a previous message
1766       // so import the new colsel.
1767       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1768       {
1769         if (av.getColumnSelection() != null)
1770         {
1771           av.getColumnSelection().clear();
1772         }
1773       }
1774       else
1775       {
1776         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1777         if (av.getColumnSelection() == null)
1778         {
1779           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1780         }
1781         else
1782         {
1783           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1784         }
1785       }
1786       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1787     }
1788     if (copycolsel
1789             && av.hasHiddenColumns()
1790             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1791                     .getHiddenColumns() == null))
1792     {
1793       System.err.println("Bad things");
1794     }
1795     if (repaint)
1796     {
1797       ap.scalePanelHolder.repaint();
1798       ap.repaint();
1799     }
1800   }
1801
1802   /**
1803    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1804    *
1805    * @param row
1806    * @param column
1807    */
1808   public void scrollTo(int row, int column)
1809   {
1810
1811     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1812     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1813     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1814   }
1815
1816   /**
1817    * scroll to the given row - or nearest visible location
1818    *
1819    * @param row
1820    */
1821   public void scrollToRow(int row)
1822   {
1823
1824     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1825     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1826   }
1827
1828   /**
1829    * scroll to the given column - or nearest visible location
1830    *
1831    * @param column
1832    */
1833   public void scrollToColumn(int column)
1834   {
1835
1836     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1837     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1838   }
1839
1840 }