src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Panel;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.event.InputEvent;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.util.Collections;
  58 import java.util.List;
  59 import java.util.Vector;
  60
  61 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  62         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  63 {
  64
  65   public SeqCanvas seqCanvas;
  66
  67   public AlignmentPanel ap;
  68
  69   protected int lastres;
  70
  71   protected int startseq;
  72
  73   protected AlignViewport av;
  74
  75   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  76   // conservation
  77   boolean seqEditOccurred = false;
  78
  79   ScrollThread scrollThread = null;
  80
  81   boolean mouseDragging = false;
  82
  83   boolean editingSeqs = false;
  84
  85   boolean groupEditing = false;
  86
  87   int oldSeq = -1;
  88
  89   boolean changeEndSeq = false;
  90
  91   boolean changeStartSeq = false;
  92
  93   boolean changeEndRes = false;
  94
  95   boolean changeStartRes = false;
  96
  97   SequenceGroup stretchGroup = null;
  98
  99   StringBuffer keyboardNo1;
 100
 101   StringBuffer keyboardNo2;
 102
 103   boolean mouseWheelPressed = false;
 104
 105   Point lastMousePress;
 106
 107   EditCommand editCommand;
 108
 109   StructureSelectionManager ssm;
 110
 111   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 112   {
 113     this.av = avp;
 114
 115     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 116     setLayout(new BorderLayout());
 117     add(seqCanvas);
 118
 119     ap = p;
 120
 121     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 122     seqCanvas.addMouseListener(this);
 123     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 124     ssm.addStructureViewerListener(this);
 125     ssm.addSelectionListener(this);
 126
 127     seqCanvas.repaint();
 128   }
 129
 130   void endEditing()
 131   {
 132     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 133     {
 134       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 135       av.notifyAlignment();
 136     }
 137
 138     startseq = -1;
 139     lastres = -1;
 140     editingSeqs = false;
 141     groupEditing = false;
 142     keyboardNo1 = null;
 143     keyboardNo2 = null;
 144     editCommand = null;
 145   }
 146
 147   void setCursorRow()
 148   {
 149     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 150     scrollToVisible(true);
 151   }
 152
 153   void setCursorColumn()
 154   {
 155     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 156     scrollToVisible(true);
 157   }
 158
 159   void setCursorRowAndColumn()
 160   {
 161     if (keyboardNo2 == null)
 162     {
 163       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 164     }
 165     else
 166     {
 167       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 168       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 169       scrollToVisible(true);
 170     }
 171   }
 172
 173   void setCursorPosition()
 174   {
 175     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 176
 177     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 178     scrollToVisible(true);
 179   }
 180
 181   void moveCursor(int dx, int dy)
 182   {
 183     seqCanvas.cursorX += dx;
 184     seqCanvas.cursorY += dy;
 185     if (av.hasHiddenColumns() && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 186             .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187     {
 188       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 189       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 190
 191       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 192               .isVisible(seqCanvas.cursorX) && seqCanvas.cursorX < maxWidth
 193               && seqCanvas.cursorX > 0)
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX += dx;
 196       }
 197
 198       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth || !av.getAlignment()
 199               .getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 200       {
 201         seqCanvas.cursorX = original;
 202       }
 203     }
 204     scrollToVisible(false);
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 209    *
 210    * @param jump
 211    *          just jump to the location rather than scrolling
 212    */
 213   void scrollToVisible(boolean jump)
 214   {
 215     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 216     {
 217       seqCanvas.cursorX = 0;
 218     }
 219     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 220     {
 221       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 222     }
 223
 224     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 225     {
 226       seqCanvas.cursorY = 0;
 227     }
 228     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 229     {
 230       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 231     }
 232
 233     endEditing();
 234
 235     boolean repaintNeeded = true;
 236     if (jump)
 237     {
 238       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 239       // get a repaint
 240       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 241               seqCanvas.cursorY);
 242     }
 243     else
 244     {
 245       if (av.getWrapAlignment())
 246       {
 247         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 248       }
 249       else
 250       {
 251         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 252                 seqCanvas.cursorY);
 253       }
 254     }
 255     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 256             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 257
 258     if (repaintNeeded)
 259     {
 260       seqCanvas.repaint();
 261     }
 262   }
 263
 264   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 265   {
 266     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 267
 268     if (av.getSelectionGroup() != null)
 269     {
 270       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 271       // Find the top and bottom of this group
 272       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 273       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 274       {
 275         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 276         if (index > max)
 277         {
 278           max = index;
 279         }
 280         if (index < min)
 281         {
 282           min = index;
 283         }
 284       }
 285
 286       max++;
 287
 288       if (topLeft)
 289       {
 290         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 291         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 292         {
 293           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 294         }
 295
 296         min = seqCanvas.cursorY;
 297       }
 298       else
 299       {
 300         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 301         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 302         {
 303           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 304         }
 305
 306         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 307       }
 308
 309       if (min > max)
 310       {
 311         // Only the user can do this
 312         av.setSelectionGroup(null);
 313       }
 314       else
 315       {
 316         // Now add any sequences between min and max
 317         sg.clear();
 318         for (int i = min; i < max; i++)
 319         {
 320           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 321         }
 322       }
 323     }
 324
 325     if (av.getSelectionGroup() == null)
 326     {
 327       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 328       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 329       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 330       sg.addSequence(sequence, false);
 331       av.setSelectionGroup(sg);
 332     }
 333     ap.paintAlignment(false, false);
 334     av.sendSelection();
 335   }
 336
 337   void insertGapAtCursor(boolean group)
 338   {
 339     groupEditing = group;
 340     startseq = seqCanvas.cursorY;
 341     lastres = seqCanvas.cursorX;
 342     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 343     endEditing();
 344   }
 345
 346   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 347   {
 348     groupEditing = group;
 349     startseq = seqCanvas.cursorY;
 350     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 351     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 352     endEditing();
 353   }
 354
 355   void numberPressed(char value)
 356   {
 357     if (keyboardNo1 == null)
 358     {
 359       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 360     }
 361
 362     if (keyboardNo2 != null)
 363     {
 364       keyboardNo2.append(value);
 365     }
 366     else
 367     {
 368       keyboardNo1.append(value);
 369     }
 370   }
 371
 372   int getKeyboardNo1()
 373   {
 374     try
 375     {
 376       if (keyboardNo1 != null)
 377       {
 378         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 379         keyboardNo1 = null;
 380         return value;
 381       }
 382     } catch (Exception x)
 383     {
 384     }
 385     keyboardNo1 = null;
 386     return 1;
 387   }
 388
 389   int getKeyboardNo2()
 390   {
 391     try
 392     {
 393       if (keyboardNo2 != null)
 394       {
 395         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 396         keyboardNo2 = null;
 397         return value;
 398       }
 399     } catch (Exception x)
 400     {
 401     }
 402     keyboardNo2 = null;
 403     return 1;
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Set status message in alignment panel
 408    *
 409    * @param sequence
 410    *          aligned sequence object
 411    * @param column
 412    *          alignment column
 413    * @param seq
 414    *          index of sequence in alignment
 415    */
 416   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int column, int seq)
 417   {
 418     // TODO remove duplication of identical gui method
 419     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 420     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 421     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 422
 423     String residue = null;
 424     /*
 425      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 426      */
 427     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 428     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 429     {
 430       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 431       if (residue != null)
 432       {
 433         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 434       }
 435     }
 436     else
 437     {
 438       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 439               : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
 440                       : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 441       if (residue != null)
 442       {
 443         text.append(" Residue: ").append(residue);
 444       }
 445     }
 446
 447     int pos = -1;
 448     if (residue != null)
 449     {
 450       pos = sequence.findPosition(column);
 451       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 452     }
 453
 454     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 459    * search results.
 460    *
 461    * @param results
 462    * @return true if results were matched, false if not
 463    */
 464   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 465   {
 466     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 467     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 468     if (sequenceIndex == -1)
 469     {
 470       return false;
 471     }
 472     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 473     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 474     {
 475       SequenceI seq = m.getSequence();
 476       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 477       {
 478         seq = seq.getDatasetSequence();
 479       }
 480
 481       if (seq == ds)
 482       {
 483         /*
 484          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 485          * index (base 0)
 486          */
 487         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 488         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 489         return true;
 490       }
 491     }
 492     return false;
 493   }
 494
 495   @Override
 496   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 497   {
 498     lastMousePress = evt.getPoint();
 499
 500     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 501     // As the Button2_mask always seems to be true
 502     if (Platform.isWinMiddleButton(evt))
 503     {
 504       mouseWheelPressed = true;
 505       return;
 506     }
 507
 508     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 509     {
 510       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 511       {
 512         groupEditing = true;
 513       }
 514       editingSeqs = true;
 515     }
 516     else
 517     {
 518       doMousePressedDefineMode(evt);
 519       return;
 520     }
 521
 522     int seq = findSeq(evt);
 523     int res = findColumn(evt);
 524
 525     if (seq < 0 || res < 0)
 526     {
 527       return;
 528     }
 529
 530     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 531             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 532     {
 533       startseq = seq;
 534       lastres = res;
 535     }
 536     else
 537     {
 538       startseq = -1;
 539       lastres = -1;
 540     }
 541
 542     return;
 543   }
 544
 545   @Override
 546   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 547   {
 548     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 549     if (evt.getClickCount() > 1)
 550     {
 551       if (av.getSelectionGroup() != null
 552               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 553               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 554                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 555       {
 556         av.setSelectionGroup(null);
 557       }
 558
 559       int column = findColumn(evt);
 560       List<SequenceFeature> features = findFeaturesAtColumn(sequence,
 561               column + 1);
 562
 563       if (!features.isEmpty())
 564       {
 565         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 566         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
 567                 features.get(0).getEnd());
 568         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 569         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 570                 Collections.singletonList(sequence), features, false, ap);
 571         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
 572         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
 573       }
 574     }
 575   }
 576
 577   @Override
 578   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 579   {
 580     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 581     mouseDragging = false;
 582     mouseWheelPressed = false;
 583
 584     if (!editingSeqs)
 585     {
 586       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 587       return;
 588     }
 589
 590     endEditing();
 591
 592   }
 593
 594   int startWrapBlock = -1;
 595
 596   int wrappedBlock = -1;
 597
 598   /**
 599    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 600    * the closest visible one
 601    *
 602    * @param evt
 603    * @return
 604    */
 605   int findColumn(MouseEvent evt)
 606   {
 607     int res = 0;
 608     int x = evt.getX();
 609
 610     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 611     if (av.getWrapAlignment())
 612     {
 613
 614       int hgap = av.getCharHeight();
 615       if (av.getScaleAboveWrapped())
 616       {
 617         hgap += av.getCharHeight();
 618       }
 619
 620       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 621               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 622
 623       int y = evt.getY();
 624       y -= hgap;
 625       x = Math.max(0, x - seqCanvas.LABEL_WEST);
 626
 627       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 628       if (cwidth < 1)
 629       {
 630         return 0;
 631       }
 632
 633       wrappedBlock = y / cHeight;
 634       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 635       int startOffset = startRes % cwidth; // in case start is scrolled right
 636                                            // from 0
 637       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 638               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 639     }
 640     else
 641     {
 642       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 643     }
 644
 645     if (av.hasHiddenColumns())
 646     {
 647       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 648               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 649     }
 650
 651     return res;
 652
 653   }
 654
 655   int findSeq(MouseEvent evt)
 656   {
 657     final int sqnum = findAlRow(evt);
 658     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 659   }
 660
 661   /**
 662    *
 663    * @param evt
 664    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 665    */
 666   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 667   {
 668     int seq = 0;
 669     int y = evt.getY();
 670
 671     if (av.getWrapAlignment())
 672     {
 673       int hgap = av.getCharHeight();
 674       if (av.getScaleAboveWrapped())
 675       {
 676         hgap += av.getCharHeight();
 677       }
 678
 679       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 680               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 681
 682       y -= hgap;
 683
 684       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 685               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 686       if (seq < 0)
 687       {
 688         seq = -1;
 689       }
 690     }
 691     else
 692     {
 693       seq = Math.min(
 694               (y / av.getCharHeight()) + av.getRanges().getStartSeq(),
 695               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 696       if (seq < 0)
 697       {
 698         seq = -1;
 699       }
 700     }
 701
 702     return seq;
 703   }
 704
 705   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 706   {
 707
 708     int seq = findSeq(evt);
 709     int res = findColumn(evt);
 710
 711     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 712             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 713     {
 714       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 715       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 716       // in the alignment
 717
 718       startseq = seq;
 719       lastres = res;
 720     }
 721     else
 722     {
 723       startseq = -1;
 724       lastres = -1;
 725     }
 726
 727     return;
 728   }
 729
 730   String lastMessage;
 731
 732   @Override
 733   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 734   {
 735     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 736     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 737     {
 738       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 739     }
 740
 741     lastMessage = tmp;
 742   }
 743
 744   @Override
 745   public String highlightSequence(SearchResultsI results)
 746   {
 747     if (av.isFollowHighlight())
 748     {
 749       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 750       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 751       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 752       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 753       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 754       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 755       {
 756         ap.alignFrame.repaint();
 757       }
 758       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 759     }
 760     setStatusMessage(results);
 761     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 762     return null;
 763   }
 764
 765   @Override
 766   public VamsasSource getVamsasSource()
 767   {
 768     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 769   }
 770
 771   @Override
 772   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 773   {
 774     System.out.println("update the seqPanel colours");
 775     // repaint();
 776   }
 777
 778   @Override
 779   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 780   {
 781     final int column = findColumn(evt);
 782     int seq = findSeq(evt);
 783
 784     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || column < 0)
 785     {
 786       if (tooltip != null)
 787       {
 788         tooltip.setTip("");
 789       }
 790       return;
 791     }
 792
 793     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 794     if (column > sequence.getLength())
 795     {
 796       if (tooltip != null)
 797       {
 798         tooltip.setTip("");
 799       }
 800       return;
 801     }
 802
 803     final char ch = sequence.getCharAt(column);
 804     boolean isGapped = Comparison.isGap(ch);
 805     // find residue at column (or nearest if at a gap)
 806     int respos = sequence.findPosition(column);
 807
 808     if (ssm != null && !isGapped)
 809     {
 810       mouseOverSequence(sequence, column, respos);
 811     }
 812
 813     StringBuilder text = new StringBuilder();
 814     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 815             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 816
 817     if (!isGapped)
 818     {
 819       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 820       {
 821         String base = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 822         text.append(" Nucleotide: ").append(base == null ? ch : base);
 823       }
 824       else
 825       {
 826         String residue = (ch == 'x' || ch == 'X') ? "X"
 827                 : ResidueProperties.aa2Triplet.get(String.valueOf(ch));
 828         text.append(" Residue: ").append(residue == null ? ch : residue);
 829       }
 830       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 831     }
 832
 833     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 834
 835     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 836     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 837     if (groups != null)
 838     {
 839       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 840       {
 841         if (groups[g].getStartRes() <= column
 842                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 843         {
 844           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 845                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 846           {
 847             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 848           }
 849           if (groups[g].getDescription() != null)
 850           {
 851             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 852           }
 853           tooltipText.append("\n");
 854         }
 855       }
 856     }
 857
 858     /*
 859      * add feature details to tooltip, including any that straddle
 860      * a gapped position
 861      */
 862     if (av.isShowSequenceFeatures())
 863     {
 864       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtColumn(sequence,
 865               column + 1);
 866       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
 867       {
 868         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 869
 870         if (sf.getDescription() != null)
 871         {
 872           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 873         }
 874
 875         if (sf.getValue("status") != null)
 876         {
 877           String status = sf.getValue("status").toString();
 878           if (status.length() > 0)
 879           {
 880             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 881           }
 882         }
 883         tooltipText.append("\n");
 884       }
 885     }
 886
 887     if (tooltip == null)
 888     {
 889       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 890     }
 891     else
 892     {
 893       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 894     }
 895   }
 896
 897   /**
 898    * Returns features at the specified aligned column on the given sequence.
 899    * Non-positional features are not included. If the column has a gap, then
 900    * enclosing features are included (but not contact features).
 901    *
 902    * @param sequence
 903    * @param column
 904    *          (1..)
 905    * @return
 906    */
 907   List<SequenceFeature> findFeaturesAtColumn(SequenceI sequence, int column)
 908   {
 909     return seqCanvas.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 910             column);
 911   }
 912
 913   Tooltip tooltip;
 914
 915   /**
 916    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 917    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 918    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 919    * redraws can be applied
 920    */
 921   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 922
 923   @Override
 924   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 925   {
 926     if (mouseWheelPressed)
 927     {
 928       int oldWidth = av.getCharWidth();
 929
 930       // Which is bigger, left-right or up-down?
 931       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math
 932               .abs(evt.getX() - lastMousePress.x))
 933       {
 934         int fontSize = av.font.getSize();
 935
 936         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 937         {
 938           fontSize--;
 939         }
 940         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 941         {
 942           fontSize++;
 943         }
 944
 945         if (fontSize < 1)
 946         {
 947           fontSize = 1;
 948         }
 949
 950         av.setFont(
 951                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 952                 true);
 953         av.setCharWidth(oldWidth);
 954       }
 955       else
 956       {
 957         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 958         {
 959           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 960         }
 961         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 962         {
 963           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 964         }
 965
 966         if (av.getCharWidth() < 1)
 967         {
 968           av.setCharWidth(1);
 969         }
 970       }
 971
 972       ap.fontChanged();
 973
 974       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 975       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 976
 977       lastMousePress = evt.getPoint();
 978
 979       ap.paintAlignment(false, false);
 980       ap.annotationPanel.image = null;
 981       return;
 982     }
 983
 984     if (!editingSeqs)
 985     {
 986       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 987       return;
 988     }
 989
 990     int res = findColumn(evt);
 991
 992     if (res < 0)
 993     {
 994       res = 0;
 995     }
 996
 997     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 998     {
 999       return;
1000     }
1001
1002     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1003     {
1004       // dragLeft, delete gap
1005       editSequence(false, res);
1006     }
1007     else
1008     {
1009       editSequence(true, res);
1010     }
1011
1012     mouseDragging = true;
1013     if (scrollThread != null)
1014     {
1015       scrollThread.setEvent(evt);
1016     }
1017
1018   }
1019
1020   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1021   {
1022     int fixedLeft = -1;
1023     int fixedRight = -1;
1024     boolean fixedColumns = false;
1025     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1026
1027     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1028
1029     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1030     {
1031       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1032       {
1033         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1034         groupEditing = true;
1035       }
1036     }
1037
1038     StringBuffer message = new StringBuffer();
1039     if (groupEditing)
1040     {
1041       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group"))
1042               .append(":");
1043       if (editCommand == null)
1044       {
1045         editCommand = new EditCommand(
1046                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1047       }
1048     }
1049     else
1050     {
1051       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1052               .append(" " + seq.getName());
1053       String label = seq.getName();
1054       if (label.length() > 10)
1055       {
1056         label = label.substring(0, 10);
1057       }
1058       if (editCommand == null)
1059       {
1060         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1061                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1062                 { label }));
1063       }
1064     }
1065
1066     if (insertGap)
1067     {
1068       message.append(" insert ");
1069     }
1070     else
1071     {
1072       message.append(" delete ");
1073     }
1074
1075     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1076     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1077
1078     // Are we editing within a selection group?
1079     if (groupEditing || (sg != null
1080             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1081     {
1082       fixedColumns = true;
1083
1084       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1085       // but the sequence represents a group
1086       if (sg == null)
1087       {
1088         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1089         {
1090           endEditing();
1091           return;
1092         }
1093
1094         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1095       }
1096
1097       fixedLeft = sg.getStartRes();
1098       fixedRight = sg.getEndRes();
1099
1100       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1101               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1102               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1103               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1104       {
1105         endEditing();
1106         return;
1107       }
1108
1109       if (fixedLeft > startres)
1110       {
1111         fixedRight = fixedLeft - 1;
1112         fixedLeft = 0;
1113       }
1114       else if (fixedRight < startres)
1115       {
1116         fixedLeft = fixedRight;
1117         fixedRight = -1;
1118       }
1119     }
1120
1121     if (av.hasHiddenColumns())
1122     {
1123       fixedColumns = true;
1124       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1125               .getNextHiddenBoundary(true, startres);
1126       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1127               .getNextHiddenBoundary(false, startres);
1128
1129       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1130               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1131       {
1132         endEditing();
1133         return;
1134       }
1135
1136       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1137       // Selection spans a hidden region
1138       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1139       {
1140         if (startres >= y2)
1141         {
1142           fixedLeft = y2;
1143         }
1144         else
1145         {
1146           fixedRight = y2 - 1;
1147         }
1148       }
1149     }
1150
1151     if (groupEditing)
1152     {
1153       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1154               .toArray(new SequenceI[0]);
1155
1156       // drag to right
1157       if (insertGap)
1158       {
1159         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1160         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1161         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1162                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1163         {
1164           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1165           fixedRight = sg.getEndRes();
1166         }
1167
1168         // Is it valid with fixed columns??
1169         // Find the next gap before the end
1170         // of the visible region boundary
1171         boolean blank = false;
1172         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1173         {
1174           blank = true;
1175
1176           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1177           {
1178             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1179             {
1180               if (!jalview.util.Comparison
1181                       .isGap(gs.getCharAt(fixedRight - j)))
1182               {
1183                 blank = false;
1184                 break;
1185               }
1186             }
1187           }
1188           if (blank)
1189           {
1190             break;
1191           }
1192         }
1193
1194         if (!blank)
1195         {
1196           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1197           {
1198             if ((av.hasHiddenColumns()
1199                     && startres < av.getAlignment().getHiddenColumns()
1200                             .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
1201             {
1202               endEditing();
1203               return;
1204             }
1205
1206             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1207             if (av.hasHiddenRows())
1208             {
1209               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1210                       .getWidth();
1211               if (hwidth > alWidth)
1212               {
1213                 alWidth = hwidth;
1214               }
1215             }
1216             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1217             // contains all the sequences
1218             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1219             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1220           }
1221           else
1222           {
1223             endEditing();
1224             return;
1225           }
1226         }
1227       }
1228
1229       // drag to left
1230       else if (!insertGap)
1231       {
1232         // / Are we able to delete?
1233         // ie are all columns blank?
1234
1235         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1236         {
1237           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1238           {
1239             if (gs.getLength() <= j)
1240             {
1241               continue;
1242             }
1243
1244             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1245             {
1246               // Not a gap, block edit not valid
1247               endEditing();
1248               return;
1249             }
1250           }
1251         }
1252       }
1253
1254       if (insertGap)
1255       {
1256         // dragging to the right
1257         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1258         {
1259           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1260           {
1261             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1262           }
1263         }
1264         else
1265         {
1266           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1267                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1268         }
1269       }
1270       else
1271       {
1272         // dragging to the left
1273         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1274         {
1275           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1276           {
1277             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1278           }
1279         }
1280         else
1281         {
1282           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1283                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1284         }
1285
1286       }
1287     }
1288     else
1289     // ///Editing a single sequence///////////
1290     {
1291       if (insertGap)
1292       {
1293         // dragging to the right
1294         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1295         {
1296           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1297           {
1298             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1299           }
1300         }
1301         else
1302         {
1303           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq },
1304                   lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1305         }
1306       }
1307       else
1308       {
1309         // dragging to the left
1310         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1311         {
1312           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1313           {
1314             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1315             {
1316               endEditing();
1317               break;
1318             }
1319             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1320           }
1321         }
1322         else
1323         {
1324           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1325           int max = 0;
1326           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1327           {
1328             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1329             {
1330               break;
1331             }
1332             max++;
1333           }
1334
1335           if (max > 0)
1336           {
1337             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1338                     new SequenceI[]
1339                     { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1340           }
1341         }
1342       }
1343     }
1344
1345     lastres = startres;
1346     seqCanvas.repaint();
1347   }
1348
1349   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1350   {
1351     int blankColumn = fixedColumn;
1352     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1353     {
1354       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1355       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1356
1357       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1358       {
1359         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1360         {
1361           // Theres a space, so break and insert the gap
1362           break;
1363         }
1364       }
1365
1366       if (blankColumn <= j)
1367       {
1368         blankColumn = fixedColumn;
1369         endEditing();
1370         return;
1371       }
1372     }
1373
1374     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1375             av.getAlignment(), true);
1376
1377     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1378             true);
1379
1380   }
1381
1382   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1383   {
1384
1385     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1386             true);
1387
1388     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1389             av.getAlignment(), true);
1390   }
1391
1392   // ////////////////////////////////////////
1393   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1394   // ////////////////////////////////////////
1395   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1396   {
1397     if (scrollThread != null)
1398     {
1399       scrollThread.threadRunning = false;
1400       scrollThread = null;
1401     }
1402
1403     int column = findColumn(evt);
1404     int seq = findSeq(evt);
1405     oldSeq = seq;
1406     startWrapBlock = wrappedBlock;
1407
1408     if (seq == -1)
1409     {
1410       return;
1411     }
1412
1413     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1414
1415     if (sequence == null || column > sequence.getLength())
1416     {
1417       return;
1418     }
1419
1420     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1421
1422     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, column))
1423     {
1424       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, column);
1425       if (stretchGroup != null)
1426       {
1427         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1428         // focus on
1429         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1430       }
1431     }
1432
1433     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1434     if ((evt.getModifiersEx()
1435             & InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK) == InputEvent.BUTTON3_DOWN_MASK)
1436     {
1437       List<SequenceFeature> allFeatures = findFeaturesAtColumn(sequence,
1438               sequence.findPosition(column + 1));
1439
1440       Vector<String> links = null;
1441       for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1442       {
1443         if (sf.links != null)
1444         {
1445           if (links == null)
1446           {
1447             links = new Vector<>();
1448           }
1449           links.addAll(sf.links);
1450         }
1451       }
1452       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1453       this.add(popup);
1454       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1455       return;
1456     }
1457
1458     if (av.cursorMode)
1459     {
1460       seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
1461       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1462       seqCanvas.repaint();
1463       return;
1464     }
1465
1466     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1467
1468     if (stretchGroup == null)
1469     {
1470       // define a new group here
1471       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1472       sg.setStartRes(column);
1473       sg.setEndRes(column);
1474       sg.addSequence(sequence, false);
1475       av.setSelectionGroup(sg);
1476       stretchGroup = sg;
1477
1478       if (av.getConservationSelected())
1479       {
1480         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1481                 ap.getViewName());
1482       }
1483       if (av.getAbovePIDThreshold())
1484       {
1485         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1486                 ap.getViewName());
1487       }
1488
1489     }
1490   }
1491
1492   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1493   {
1494     if (stretchGroup == null)
1495     {
1496       return;
1497     }
1498     // always do this - annotation has own state
1499     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1500     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1501     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1502     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1503             && afterDrag;
1504     if (stretchGroup.cs != null)
1505     {
1506       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1507               av.getHiddenRepSequences());
1508
1509       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1510       {
1511         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1512                 stretchGroup.getName());
1513       }
1514       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1515       {
1516         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1517                 stretchGroup.getName());
1518       }
1519     }
1520     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1521     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate, needOverviewUpdate);
1522     needOverviewUpdate = false;
1523     changeEndRes = false;
1524     changeStartRes = false;
1525     stretchGroup = null;
1526     av.sendSelection();
1527   }
1528
1529   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1530   {
1531     int res = findColumn(evt);
1532     int y = findSeq(evt);
1533
1534     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1535     {
1536       return;
1537     }
1538
1539     if (stretchGroup == null)
1540     {
1541       return;
1542     }
1543
1544     mouseDragging = true;
1545
1546     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1547     {
1548       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1549     }
1550
1551     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1552     {
1553       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1554     }
1555
1556     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1557     {
1558       // Edit end res position of selected group
1559       changeEndRes = true;
1560     }
1561     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1562     {
1563       // Edit start res position of selected group
1564       changeStartRes = true;
1565     }
1566
1567     if (res < 0)
1568     {
1569       res = 0;
1570     }
1571
1572     if (changeEndRes)
1573     {
1574       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1575       {
1576         stretchGroup.setEndRes(res);
1577         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1578       }
1579     }
1580     else if (changeStartRes)
1581     {
1582       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1583       {
1584         stretchGroup.setStartRes(res);
1585         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1586       }
1587     }
1588
1589     int dragDirection = 0;
1590
1591     if (y > oldSeq)
1592     {
1593       dragDirection = 1;
1594     }
1595     else if (y < oldSeq)
1596     {
1597       dragDirection = -1;
1598     }
1599
1600     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1601             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1602     {
1603       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1604       // selection is quite slow.
1605       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1606
1607       oldSeq += dragDirection;
1608
1609       if (oldSeq < 0)
1610       {
1611         break;
1612       }
1613
1614       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1615
1616       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1617       {
1618         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1619         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1620       }
1621       else
1622       {
1623         if (seq != null)
1624         {
1625           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1626         }
1627
1628         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1629         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1630       }
1631     }
1632
1633     if (oldSeq < 0)
1634     {
1635       oldSeq = -1;
1636     }
1637
1638     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1639             || res < av.getRanges().getStartRes()
1640             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1641             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1642     {
1643       mouseExited(evt);
1644     }
1645
1646     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1647     {
1648       scrollThread.setEvent(evt);
1649     }
1650
1651     seqCanvas.repaint();
1652   }
1653
1654   @Override
1655   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1656   {
1657     if (oldSeq < 0)
1658     {
1659       oldSeq = 0;
1660     }
1661
1662     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1663     {
1664       scrollThread.stopScrolling();
1665       scrollThread = null;
1666     }
1667   }
1668
1669   @Override
1670   public void mouseExited(MouseEvent e)
1671   {
1672     if (av.getWrapAlignment())
1673     {
1674       return;
1675     }
1676
1677     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1678     {
1679       scrollThread = new ScrollThread();
1680     }
1681   }
1682
1683   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1684   {
1685     if (evt == null)
1686     {
1687       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1688       {
1689         scrollThread.stopScrolling();
1690         scrollThread = null;
1691       }
1692       mouseDragging = false;
1693     }
1694     else
1695     {
1696       if (scrollThread == null)
1697       {
1698         scrollThread = new ScrollThread();
1699       }
1700
1701       mouseDragging = true;
1702       scrollThread.setEvent(evt);
1703     }
1704
1705   }
1706
1707   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1708   class ScrollThread extends Thread
1709   {
1710     MouseEvent evt;
1711
1712     private volatile boolean threadRunning = true;
1713
1714     public ScrollThread()
1715     {
1716       start();
1717     }
1718
1719     public void setEvent(MouseEvent e)
1720     {
1721       evt = e;
1722     }
1723
1724     public void stopScrolling()
1725     {
1726       threadRunning = false;
1727     }
1728
1729     public boolean isRunning()
1730     {
1731       return threadRunning;
1732     }
1733
1734     @Override
1735     public void run()
1736     {
1737       while (threadRunning)
1738       {
1739
1740         if (evt != null)
1741         {
1742
1743           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1744                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1745           {
1746             av.getRanges().scrollUp(true);
1747           }
1748
1749           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height && av
1750                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq())
1751           {
1752             av.getRanges().scrollUp(false);
1753           }
1754
1755           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1756           {
1757             av.getRanges().scrollRight(false);
1758           }
1759
1760           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1761           {
1762             av.getRanges().scrollRight(true);
1763           }
1764         }
1765
1766         try
1767         {
1768           Thread.sleep(75);
1769         } catch (Exception ex)
1770         {
1771         }
1772       }
1773     }
1774   }
1775
1776   /**
1777    * modify current selection according to a received message.
1778    */
1779   @Override
1780   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1781           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1782   {
1783     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1784     // handles selection messages...
1785     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1786     // shared between viewports.
1787     if (av != null && (av == source || !av.followSelection
1788             || (source instanceof AlignViewport
1789                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
1790                             .equals(av.getSequenceSetId()))))
1791     {
1792       return;
1793     }
1794
1795     /*
1796      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1797      * complement.
1798      */
1799     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1800     {
1801       return;
1802     }
1803
1804     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1805     // suspect)
1806     /*
1807      * only copy colsel if there is a real intersection between
1808      * sequence selection and this panel's alignment
1809      */
1810     boolean repaint = false;
1811     boolean copycolsel = false;
1812     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1813     {
1814       SequenceGroup sgroup = null;
1815       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1816       {
1817         if (av.getAlignment() == null)
1818         {
1819           System.out.println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1820                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1821                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1822           return;
1823         }
1824         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1825                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1826         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1827         {
1828           copycolsel = true;
1829         }
1830       }
1831       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1832       {
1833         av.setSelectionGroup(sgroup);
1834       }
1835       else
1836       {
1837         av.setSelectionGroup(null);
1838       }
1839       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1840     }
1841     if (copycolsel && (av.getColumnSelection() == null
1842             || !av.isColSelChanged(true)))
1843     {
1844       // the current selection is unset or from a previous message
1845       // so import the new colsel.
1846       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1847       {
1848         if (av.getColumnSelection() != null)
1849         {
1850           av.getColumnSelection().clear();
1851         }
1852       }
1853       else
1854       {
1855         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1856         if (av.getColumnSelection() == null)
1857         {
1858           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1859         }
1860         else
1861         {
1862           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1863                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1864         }
1865       }
1866       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1867     }
1868     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
1869             && (av.getColumnSelection() == null))
1870     {
1871       System.err.println("Bad things");
1872     }
1873     if (repaint)
1874     {
1875       ap.scalePanelHolder.repaint();
1876       ap.repaint();
1877     }
1878   }
1879
1880   /**
1881    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1882    *
1883    * @param row
1884    * @param column
1885    */
1886   public void scrollTo(int row, int column)
1887   {
1888
1889     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1890     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1891     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1892   }
1893
1894   /**
1895    * scroll to the given row - or nearest visible location
1896    *
1897    * @param row
1898    */
1899   public void scrollToRow(int row)
1900   {
1901
1902     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1903     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(),
1904             ap.av.getRanges().getStartRes(), row, true, true);
1905   }
1906
1907   /**
1908    * scroll to the given column - or nearest visible location
1909    *
1910    * @param column
1911    */
1912   public void scrollToColumn(int column)
1913   {
1914
1915     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1916     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true,
1917             true);
1918   }
1919
1920   /**
1921    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1922    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1923    * returns false.
1924    *
1925    * @param seqsel
1926    * @param colsel
1927    * @param source
1928    */
1929   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1930           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1931           SelectionSource source)
1932   {
1933     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1934     {
1935       return false;
1936     }
1937     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1938     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1939             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1940     {
1941       return false;
1942     }
1943
1944     /*
1945      * Map sequence selection
1946      */
1947     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1948     av.setSelectionGroup(sg);
1949     av.isSelectionGroupChanged(true);
1950
1951     /*
1952      * Map column selection
1953      */
1954     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1955     // av);
1956     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
1957     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
1958     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
1959     av.setColumnSelection(cs);
1960     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
1961
1962     ap.scalePanelHolder.repaint();
1963     ap.repaint();
1964
1965     return true;
1966   }
1967
1968 }