src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 326          InputEvent.BUTTON2_MASK)\r
 327        {\r
 328          mouseWheelPressed = true;\r
 329          return;\r
 330        }\r
 331 \r
 332        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 333            evt.isControlDown())\r
 334        {\r
 335          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 336          {\r
 337            groupEditing = true;\r
 338          }\r
 339          editingSeqs = true;\r
 340        }\r
 341        else\r
 342        {\r
 343          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 344          return;\r
 345        }\r
 346 \r
 347 \r
 348        int seq = findSeq(evt);\r
 349        int res = findRes(evt);\r
 350 \r
 351        if(seq<0 || res<0)\r
 352          return;\r
 353 \r
 354        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 355                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 356 \r
 357          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 358                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 359          {\r
 360              startseq = seq;\r
 361              lastres = res;\r
 362          }\r
 363          else\r
 364          {\r
 365              startseq = -1;\r
 366              lastres = -1;\r
 367          }\r
 368 \r
 369         return;\r
 370      }\r
 371 \r
 372      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 373 \r
 374 \r
 375   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 376   {\r
 377     mouseDragging = false;\r
 378     mouseWheelPressed = false;\r
 379 \r
 380     if (!editingSeqs)\r
 381     {\r
 382        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 383        return;\r
 384     }\r
 385 \r
 386      editOccurred();\r
 387 \r
 388      endEditing();\r
 389      ap.repaint();\r
 390   }\r
 391 \r
 392   int startWrapBlock=-1;\r
 393   int wrappedBlock=-1;\r
 394   int findRes(MouseEvent evt)\r
 395  {\r
 396    int res = 0;\r
 397    int x = evt.getX();\r
 398 \r
 399   if (av.wrapAlignment)\r
 400   {\r
 401 \r
 402     int hgap = av.charHeight;\r
 403     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 404       hgap += av.charHeight;\r
 405 \r
 406     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 407         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 408 \r
 409       int y = evt.getY();\r
 410       y -= hgap;\r
 411       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 412 \r
 413 \r
 414       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 415 \r
 416       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 417       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 418 \r
 419       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 420 \r
 421   }\r
 422   else\r
 423   {\r
 424       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 425   }\r
 426 \r
 427   if(av.hasHiddenColumns)\r
 428           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 429 \r
 430   return res;\r
 431 \r
 432  }\r
 433 \r
 434  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 435  {\r
 436 \r
 437    int seq = 0;\r
 438    int y = evt.getY();\r
 439 \r
 440    if (av.wrapAlignment)\r
 441    {\r
 442      int hgap = av.charHeight;\r
 443      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 444        hgap += av.charHeight;\r
 445 \r
 446      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 447          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 448 \r
 449        y -= hgap;\r
 450 \r
 451      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 452                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 453      if(seq<0)\r
 454        seq = 0;\r
 455    }\r
 456    else\r
 457    {\r
 458      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 459                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 460      if(seq<0)\r
 461        seq = 0;\r
 462    }\r
 463 \r
 464    return seq;\r
 465  }\r
 466 \r
 467 \r
 468   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 469   {\r
 470     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 471         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 472 \r
 473     int seq = findSeq(evt);\r
 474     int res = findRes(evt);\r
 475 \r
 476     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 477         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 478     {\r
 479       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 480       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 481       // in the alignment\r
 482 \r
 483       startseq = seq;\r
 484       lastres = res;\r
 485     }\r
 486     else\r
 487     {\r
 488       startseq = -1;\r
 489       lastres = -1;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     return;\r
 493   }\r
 494 \r
 495   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 496   {\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498     int seq = findSeq(evt);\r
 499 \r
 500     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 501     {\r
 502       return;\r
 503     }\r
 504 \r
 505     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 506     if (res > sequence.getLength())\r
 507     {\r
 508       return;\r
 509     }\r
 510 \r
 511     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 512             sequence.getName());\r
 513 \r
 514     Object obj = null;\r
 515     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 516     {\r
 517       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 518           "");\r
 519       if(obj!=null)\r
 520         text.append(" Nucleotide: ");\r
 521     }\r
 522     else\r
 523     {\r
 524       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 525       if(obj!=null)\r
 526         text.append("  Residue: ");\r
 527     }\r
 528 \r
 529     if (obj != null)\r
 530     {\r
 531       if (obj != "")\r
 532       {\r
 533         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 534       }\r
 535     }\r
 536 \r
 537     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 538     {\r
 539       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 540     }\r
 541 \r
 542     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 543 \r
 544 \r
 545     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 546     if (av.showSequenceFeatures\r
 547         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 548         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 549     {\r
 550       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 551       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 552 \r
 553       int index = 0;\r
 554       while (index < allFeatures.size())\r
 555       {\r
 556         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 557 \r
 558         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 559 \r
 560         if (sf.getDescription() != null)\r
 561           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 562 \r
 563         if (sf.getValue("status") != null )\r
 564         {\r
 565           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 566         }\r
 567         featureText.append("\n");\r
 568 \r
 569         index++;\r
 570       }\r
 571 \r
 572 \r
 573         if (tooltip == null)\r
 574           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 575         else\r
 576           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 577 \r
 578         tooltip.repaint();\r
 579 \r
 580     }\r
 581   }\r
 582 \r
 583   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 584   {\r
 585     Vector allFeatures = new Vector();\r
 586     int index = 0;\r
 587     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 588     {\r
 589       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 590       {\r
 591         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 592         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 593             sf.getEnd() >= res)\r
 594         {\r
 595           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 596           {\r
 597             allFeatures.addElement(sf);\r
 598           }\r
 599         }\r
 600         index++;\r
 601       }\r
 602     }\r
 603     return allFeatures;\r
 604   }\r
 605 \r
 606   Tooltip tooltip;\r
 607 \r
 608   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 609   {\r
 610     if (mouseWheelPressed)\r
 611     {\r
 612       int oldWidth = av.charWidth;\r
 613 \r
 614       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 615       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 616           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 617       {\r
 618         int fontSize = av.font.getSize();\r
 619 \r
 620         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 621         {\r
 622           fontSize--;\r
 623         }\r
 624         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 625         {\r
 626           fontSize++;\r
 627         }\r
 628 \r
 629 \r
 630         if(fontSize<1)\r
 631           fontSize = 1;\r
 632 \r
 633         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 634         av.charWidth = oldWidth;\r
 635       }\r
 636       else\r
 637       {\r
 638         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 639         {\r
 640           av.charWidth--;\r
 641         }\r
 642         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 643         {\r
 644           av.charWidth++;\r
 645         }\r
 646 \r
 647         if(av.charWidth<1)\r
 648         {\r
 649           av.charWidth = 1;\r
 650         }\r
 651       }\r
 652 \r
 653       ap.fontChanged();\r
 654 \r
 655       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 656       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 657 \r
 658       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 659 \r
 660       ap.repaint();\r
 661       ap.annotationPanel.image = null;\r
 662       return;\r
 663       }\r
 664 \r
 665       if (!editingSeqs)\r
 666       {\r
 667         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 668         return;\r
 669       }\r
 670 \r
 671   int res = findRes(evt);\r
 672 \r
 673   if (res < 0)\r
 674   {\r
 675       res = 0;\r
 676   }\r
 677 \r
 678   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 679   {\r
 680       return;\r
 681   }\r
 682 \r
 683   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 684   {\r
 685     // dragLeft, delete gap\r
 686     editSequence(false, res);\r
 687   }\r
 688   else\r
 689     editSequence(true, res);\r
 690 \r
 691   mouseDragging = true;\r
 692   if(scrollThread!=null)\r
 693     scrollThread.setEvent(evt);\r
 694 \r
 695   }\r
 696 \r
 697   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 698   {\r
 699     int fixedLeft = -1;\r
 700     int fixedRight = -1;\r
 701     boolean fixedColumns = false;\r
 702     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 703 \r
 704 \r
 705       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 706       {\r
 707         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 708         {\r
 709           groupEditing = true;\r
 710         }\r
 711       }\r
 712 \r
 713       //No group, but the sequence may represent a group\r
 714       if (groupEditing\r
 715           && sg == null\r
 716           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 717       {\r
 718         groupEditing = false;\r
 719       }\r
 720 \r
 721       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 722       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 723       if (groupEditing)\r
 724          message.append("Edit group:");\r
 725       else\r
 726          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 727 \r
 728      if(insertGap)\r
 729        message.append(" insert ");\r
 730      else\r
 731        message.append(" delete ");\r
 732 \r
 733      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 734      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 735 \r
 736 \r
 737       //Are we editing within a selection group?\r
 738       if (groupEditing\r
 739           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 740       {\r
 741         fixedColumns = true;\r
 742 \r
 743         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 744         //but the sequence represents a group\r
 745         if (sg == null)\r
 746         {\r
 747           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 748                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 749           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 750         }\r
 751 \r
 752         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 753         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 754 \r
 755         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 756             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 757             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 758             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 759         {\r
 760           endEditing();\r
 761           return;\r
 762         }\r
 763 \r
 764         if (fixedLeft > startres)\r
 765         {\r
 766           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 767           fixedLeft = 0;\r
 768         }\r
 769         else if (fixedRight < startres)\r
 770         {\r
 771           fixedLeft = fixedRight;\r
 772           fixedRight = -1;\r
 773         }\r
 774       }\r
 775 \r
 776 \r
 777       if(av.hasHiddenColumns )\r
 778       {\r
 779           fixedColumns = true;\r
 780           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 781           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 782 \r
 783           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 784               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 785           {\r
 786             endEditing();\r
 787             return;\r
 788           }\r
 789 \r
 790           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 791           //Selection spans a hidden region\r
 792           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 793           {\r
 794             if(startres>=y2)\r
 795             {\r
 796               fixedLeft = y2;\r
 797             }\r
 798             else\r
 799             {\r
 800              fixedRight = y2 - 1;\r
 801            }\r
 802           }\r
 803       }\r
 804 \r
 805 \r
 806       if (groupEditing)\r
 807       {\r
 808         // drag to right\r
 809         if (insertGap)\r
 810         {\r
 811             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 812             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 813             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 814                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 815                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 816                )\r
 817             {\r
 818               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 819               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 820             }\r
 821 \r
 822           // Is it valid with fixed columns??\r
 823           // Find the next gap before the end\r
 824           // of the visible region boundary\r
 825           boolean blank = false;\r
 826           for (fixedRight = fixedRight;\r
 827                fixedRight > lastres;\r
 828                fixedRight--)\r
 829           {\r
 830             blank = true;\r
 831             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 832             {\r
 833               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 834               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 835               {\r
 836                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 837                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 838                 {\r
 839                   blank = false;\r
 840                   break;\r
 841                 }\r
 842               }\r
 843             }\r
 844             if (blank)\r
 845               break;\r
 846           }\r
 847 \r
 848           if (!blank)\r
 849           {\r
 850             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 851             {\r
 852               if((av.hasHiddenColumns\r
 853                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 854               {\r
 855                 endEditing();\r
 856                 return;\r
 857               }\r
 858 \r
 859               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 860               if(av.hasHiddenRows)\r
 861               {\r
 862                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 863                 if(hwidth>alWidth)\r
 864                   alWidth = hwidth;\r
 865               }\r
 866               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 867               //contains all the sequences\r
 868               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 869               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 870             }\r
 871             else\r
 872             {\r
 873               endEditing();\r
 874               return;\r
 875             }\r
 876           }\r
 877         }\r
 878 \r
 879 \r
 880         // drag to left\r
 881         else if(!insertGap)\r
 882         {\r
 883           /// Are we able to delete?\r
 884           // ie are all columns blank?\r
 885 \r
 886           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 887           {\r
 888             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 889 \r
 890             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 891             {\r
 892               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 893               {\r
 894                 continue;\r
 895               }\r
 896 \r
 897               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 898                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 899               {\r
 900                 // Not a gap, block edit not valid\r
 901                 endEditing();\r
 902                 return;\r
 903               }\r
 904             }\r
 905           }\r
 906         }\r
 907 \r
 908 \r
 909         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 910         {\r
 911           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 912 \r
 913           if (insertGap)\r
 914           {\r
 915             // dragging to the right\r
 916             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 917             {\r
 918               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 919               {\r
 920                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 921               }\r
 922               else\r
 923                 insertChar(j, seq);\r
 924             }\r
 925           }\r
 926           else\r
 927           {\r
 928             // dragging to the left\r
 929             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 930             {\r
 931               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 932               {\r
 933                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 934               }\r
 935               else\r
 936               {\r
 937                 deleteChar(startres, seq);\r
 938               }\r
 939             }\r
 940           }\r
 941         }\r
 942       }\r
 943       else /////Editing a single sequence///////////\r
 944       {\r
 945         if (insertGap)\r
 946         {\r
 947           // dragging to the right\r
 948           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 949           {\r
 950             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 951             {\r
 952                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 953             }\r
 954             else\r
 955               insertChar(j, seq);\r
 956           }\r
 957         }\r
 958         else\r
 959         {\r
 960           // dragging to the left\r
 961           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 962           {\r
 963             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 964             {\r
 965               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 966             }\r
 967             else\r
 968             {\r
 969               deleteChar(startres, seq);\r
 970             }\r
 971           }\r
 972         }\r
 973       }\r
 974 \r
 975       lastres = startres;\r
 976       seqCanvas.repaint();\r
 977   }\r
 978 \r
 979 \r
 980     /**\r
 981      * DOCUMENT ME!\r
 982      *\r
 983      * @param j DOCUMENT ME!\r
 984      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 985      */\r
 986     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 987     {\r
 988         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 989         seqEditOccurred = true;\r
 990     }\r
 991 \r
 992     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 993     {\r
 994       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 995       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 996       int blankColumn = fixedColumn;\r
 997       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 998       {\r
 999         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1000         {\r
1001           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1002           break;\r
1003         }\r
1004       }\r
1005 \r
1006       if (blankColumn <= j)\r
1007       {\r
1008         endEditing();\r
1009         return;\r
1010       }\r
1011 \r
1012       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1013       {\r
1014         //Just Checking\r
1015         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1016         return;\r
1017       }\r
1018 \r
1019       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1020       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1021       seqEditOccurred = true;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1025     {\r
1026       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1027       {\r
1028         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1029             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1030         return;\r
1031       }\r
1032 \r
1033       seq.deleteCharAt(j);\r
1034       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1035       seqEditOccurred = true;\r
1036     }\r
1037 \r
1038     /**\r
1039      * DOCUMENT ME!\r
1040      *\r
1041      * @param j DOCUMENT ME!\r
1042      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1043      */\r
1044     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1045     {\r
1046       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1047       {\r
1048         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1049             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1050         return;\r
1051       }\r
1052 \r
1053         seq.deleteCharAt(j);\r
1054         seqEditOccurred = true;\r
1055         seqCanvas.repaint();\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * DOCUMENT ME!\r
1060      *\r
1061      * @param i DOCUMENT ME!\r
1062      */\r
1063     void editOccurred()\r
1064     {\r
1065       if (!seqEditOccurred)\r
1066       {\r
1067         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1068         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1069       }\r
1070 \r
1071       endEditing();\r
1072 \r
1073       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1074 \r
1075     }\r
1076 \r
1077 //////////////////////////////////////////\r
1078 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1079 //////////////////////////////////////////\r
1080   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1081   {\r
1082 \r
1083 \r
1084     if (scrollThread != null)\r
1085     {\r
1086       scrollThread.running = false;\r
1087       scrollThread = null;\r
1088     }\r
1089 \r
1090     int res = findRes(evt);\r
1091     int seq = findSeq(evt);\r
1092     oldSeq = seq;\r
1093     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1094 \r
1095     if(seq==-1)\r
1096       return;\r
1097 \r
1098     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1099 \r
1100     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1101     {\r
1102       return;\r
1103     }\r
1104 \r
1105     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1106 \r
1107     if (stretchGroup == null)\r
1108     {\r
1109       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1110       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1111           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1112       {\r
1113         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1114       }\r
1115       else\r
1116       {\r
1117         stretchGroup = null;\r
1118       }\r
1119     }\r
1120 \r
1121     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1122              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1123              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1124     {\r
1125       stretchGroup = null;\r
1126 \r
1127       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1128 \r
1129       if (allGroups != null)\r
1130       {\r
1131         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1132         {\r
1133           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1134               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1135           {\r
1136             stretchGroup = allGroups[i];\r
1137             break;\r
1138           }\r
1139         }\r
1140       }\r
1141       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1142     }\r
1143 \r
1144 \r
1145     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1146     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1147              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1148     {\r
1149       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1150                                                sequence.findPosition(res));\r
1151 \r
1152       Vector links = null;\r
1153       if(allFeatures!=null)\r
1154       {\r
1155         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1156         {\r
1157           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1158           if (sf.links != null)\r
1159           {\r
1160             links = new Vector();\r
1161             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1162             {\r
1163               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1164             }\r
1165           }\r
1166         }\r
1167       }\r
1168       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1169       this.add(popup);\r
1170       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1171       ap.repaint();\r
1172       return;\r
1173     }\r
1174 \r
1175     if (av.cursorMode)\r
1176     {\r
1177       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1178       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1179       seqCanvas.repaint();\r
1180       return;\r
1181     }\r
1182 \r
1183       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1184 \r
1185       if (stretchGroup == null)\r
1186       {\r
1187         // define a new group here\r
1188         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1189         sg.setStartRes(res);\r
1190         sg.setEndRes(res);\r
1191         sg.addSequence(sequence, false);\r
1192         av.setSelectionGroup(sg);\r
1193         stretchGroup = sg;\r
1194 \r
1195         if (av.getConservationSelected())\r
1196         {\r
1197           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1198                                             "Background");\r
1199         }\r
1200         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1201         {\r
1202           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1203                                          "Background");\r
1204         }\r
1205 \r
1206       }\r
1207   }\r
1208 \r
1209   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1210   {\r
1211     if (stretchGroup == null)\r
1212     {\r
1213         return;\r
1214     }\r
1215 \r
1216     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1217     {\r
1218       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1219       {\r
1220         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1221             stretchGroup.getSequences(true),\r
1222             stretchGroup.getWidth());\r
1223       }\r
1224 \r
1225       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1226       {\r
1227         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1228                                           stretchGroup.getName());\r
1229         stretchGroup.recalcConservation();\r
1230       }\r
1231       else\r
1232       {\r
1233         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1234                                        stretchGroup.getName());\r
1235       }\r
1236     }\r
1237     changeEndRes = false;\r
1238     changeStartRes = false;\r
1239     stretchGroup = null;\r
1240     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1241     ap.repaint();\r
1242   }\r
1243 \r
1244   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1245   {\r
1246     int res = findRes(evt);\r
1247     int y = findSeq(evt);\r
1248 \r
1249     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1250       return;\r
1251 \r
1252      if (stretchGroup == null)\r
1253      {\r
1254           return;\r
1255      }\r
1256 \r
1257      mouseDragging = true;\r
1258 \r
1259 \r
1260       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1261       {\r
1262         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1263       }\r
1264 \r
1265       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1266         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1267 \r
1268       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1269       {\r
1270           // Edit end res position of selected group\r
1271           changeEndRes = true;\r
1272       }\r
1273       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1274       {\r
1275           // Edit start res position of selected group\r
1276           changeStartRes = true;\r
1277       }\r
1278 \r
1279       if (res < 0)\r
1280       {\r
1281           res = 0;\r
1282       }\r
1283 \r
1284       if (changeEndRes)\r
1285       {\r
1286           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1287           {\r
1288               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1289           }\r
1290       }\r
1291       else if (changeStartRes)\r
1292       {\r
1293           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1294           {\r
1295               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1296           }\r
1297       }\r
1298 \r
1299       int dragDirection = 0;\r
1300 \r
1301       if (y > oldSeq)\r
1302       {\r
1303           dragDirection = 1;\r
1304       }\r
1305       else if (y < oldSeq)\r
1306       {\r
1307           dragDirection = -1;\r
1308       }\r
1309 \r
1310 \r
1311       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1312       {\r
1313           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1314           // selection is quite slow.\r
1315           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1316 \r
1317           oldSeq += dragDirection;\r
1318 \r
1319           if(oldSeq<0)\r
1320             break;\r
1321 \r
1322           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1323 \r
1324           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1325           {\r
1326               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1327           }\r
1328           else\r
1329           {\r
1330               if (seq != null)\r
1331               {\r
1332                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1333               }\r
1334 \r
1335               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1336           }\r
1337       }\r
1338 \r
1339       if(oldSeq < 0)\r
1340         oldSeq = -1;\r
1341 \r
1342 \r
1343       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1344           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1345       {\r
1346         mouseExited(evt);\r
1347       }\r
1348 \r
1349       if (scrollThread != null)\r
1350       {\r
1351         scrollThread.setEvent(evt);\r
1352       }\r
1353 \r
1354       seqCanvas.repaint();\r
1355     }\r
1356 \r
1357     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1358     {\r
1359       if (oldSeq < 0)\r
1360         oldSeq = 0;\r
1361 \r
1362       if (scrollThread != null)\r
1363       {\r
1364         scrollThread.running = false;\r
1365         scrollThread = null;\r
1366       }\r
1367     }\r
1368 \r
1369   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1370   {\r
1371     if (av.getWrapAlignment())\r
1372     {\r
1373       return;\r
1374     }\r
1375 \r
1376     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1377     {\r
1378       scrollThread = new ScrollThread();\r
1379     }\r
1380   }\r
1381 \r
1382   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1383   {\r
1384     if(evt==null)\r
1385     {\r
1386       if(scrollThread!=null)\r
1387       {\r
1388         scrollThread.running = false;\r
1389         scrollThread = null;\r
1390       }\r
1391       mouseDragging = false;\r
1392     }\r
1393     else\r
1394     {\r
1395       if (scrollThread == null)\r
1396         scrollThread = new ScrollThread();\r
1397 \r
1398       mouseDragging = true;\r
1399       scrollThread.setEvent(evt);\r
1400     }\r
1401 \r
1402     }\r
1403 \r
1404   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1405   class ScrollThread\r
1406       extends Thread\r
1407   {\r
1408     MouseEvent evt;\r
1409     boolean running = false;\r
1410     public ScrollThread()\r
1411     {\r
1412       start();\r
1413     }\r
1414 \r
1415     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1416     {\r
1417       evt = e;\r
1418     }\r
1419 \r
1420     public void stopScrolling()\r
1421     {\r
1422       running = false;\r
1423     }\r
1424 \r
1425     public void run()\r
1426     {\r
1427       running = true;\r
1428       while (running)\r
1429       {\r
1430 \r
1431         if (evt != null)\r
1432         {\r
1433 \r
1434           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1435           {\r
1436             running = ap.scrollUp(true);\r
1437           }\r
1438 \r
1439           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1440               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1441           {\r
1442             running = ap.scrollUp(false);\r
1443           }\r
1444 \r
1445           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1446           {\r
1447             running = ap.scrollRight(false);\r
1448           }\r
1449 \r
1450           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1451           {\r
1452             running = ap.scrollRight(true);\r
1453           }\r
1454         }\r
1455 \r
1456         try\r
1457         {\r
1458           Thread.sleep(75);\r
1459         }\r
1460         catch (Exception ex)\r
1461         {}\r
1462       }\r
1463     }\r
1464   }\r
1465 \r
1466 }\r