elementAt instead of get for 1.1 compatibility
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / SeqPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 import jalview.schemes.*;\r
27 \r
28 import java.util.Vector;\r
29 \r
30 public class SeqPanel\r
31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
32 {\r
33 \r
34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
35   public AlignmentPanel ap;\r
36 \r
37   protected int lastres;\r
38   protected int startseq;\r
39 \r
40   protected AlignViewport av;\r
41 \r
42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
43   boolean seqEditOccurred = false;\r
44 \r
45   ScrollThread scrollThread = null;\r
46   boolean mouseDragging = false;\r
47   boolean editingSeqs = false;\r
48   boolean groupEditing = false;\r
49 \r
50   int oldSeq = -1;\r
51   boolean changeEndSeq = false;\r
52   boolean changeStartSeq = false;\r
53   boolean changeEndRes = false;\r
54   boolean changeStartRes = false;\r
55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
56 \r
57   StringBuffer keyboardNo1;\r
58   StringBuffer keyboardNo2;\r
59 \r
60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
61   Point lastMousePress;\r
62 \r
63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
64   {\r
65     this.av = avp;\r
66 \r
67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
68     setLayout(new BorderLayout());\r
69     add(seqCanvas);\r
70 \r
71     ap = p;\r
72 \r
73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
75 \r
76     seqCanvas.repaint();\r
77   }\r
78 \r
79   void endEditing()\r
80   {\r
81     startseq = -1;\r
82     lastres = -1;\r
83     seqEditOccurred = false;\r
84     editingSeqs = false;\r
85     groupEditing = false;\r
86     keyboardNo1 = null;\r
87     keyboardNo2 = null;\r
88    }\r
89 \r
90    void setCursorRow()\r
91    {\r
92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
93      scrollToVisible();\r
94    }\r
95 \r
96    void setCursorColumn()\r
97    {\r
98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
99      scrollToVisible();\r
100    }\r
101 \r
102    void setCursorRowAndColumn()\r
103    {\r
104      if(keyboardNo2==null)\r
105      {\r
106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
107      }\r
108      else\r
109      {\r
110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
112        scrollToVisible();\r
113      }\r
114    }\r
115 \r
116    void setCursorPosition()\r
117    {\r
118      SequenceI sequence =\r
119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
120 \r
121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
123          );\r
124      scrollToVisible();\r
125    }\r
126 \r
127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
128    {\r
129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
131      scrollToVisible();\r
132    }\r
133 \r
134    void scrollToVisible()\r
135    {\r
136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
140 \r
141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
145 \r
146 \r
147      endEditing();\r
148      if (av.wrapAlignment)\r
149      {\r
150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
151      }\r
152      else\r
153      {\r
154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
155        {\r
156          ap.scrollUp(true);\r
157        }\r
158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
159        {\r
160          ap.scrollUp(false);\r
161        }\r
162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
163        {\r
164 \r
165          if (!ap.scrollRight(false))\r
166            break;\r
167        }\r
168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
169        {\r
170          if (!ap.scrollRight(true))\r
171            break;\r
172        }\r
173      }\r
174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
176 \r
177      seqCanvas.repaint();\r
178    }\r
179 \r
180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
181    {\r
182      SequenceI sequence =\r
183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
184 \r
185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
186      {\r
187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
188        //Find the top and bottom of this group\r
189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
191        {\r
192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
193          if(index > max)\r
194            max = index;\r
195          if(index < min)\r
196            min = index;\r
197        }\r
198 \r
199        max ++;\r
200 \r
201        if(topLeft)\r
202        {\r
203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
206 \r
207          min = seqCanvas.cursorY;\r
208        }\r
209        else\r
210        {\r
211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
214 \r
215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
216        }\r
217 \r
218        if(min>max)\r
219        {\r
220          // Only the user can do this\r
221          av.setSelectionGroup(null);\r
222        }\r
223        else\r
224        {\r
225          // Now add any sequences between min and max\r
226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
227          for (int i = min; i < max; i++)\r
228          {\r
229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
230          }\r
231        }\r
232      }\r
233 \r
234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
235      {\r
236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
239        sg.addSequence(sequence, false);\r
240        av.setSelectionGroup(sg);\r
241      }\r
242 \r
243 \r
244      ap.repaint();\r
245    }\r
246 \r
247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
248    {\r
249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
251      groupEditing = group;\r
252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
255      editOccurred();\r
256    }\r
257 \r
258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
259    {\r
260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
262      groupEditing = group;\r
263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
266      editOccurred();\r
267    }\r
268 \r
269    void numberPressed(char value)\r
270    {\r
271      if(keyboardNo1==null)\r
272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
273 \r
274      if(keyboardNo2!=null)\r
275        keyboardNo2.append(value);\r
276      else\r
277        keyboardNo1.append(value);\r
278    }\r
279 \r
280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
281    {\r
282      if(kb==null)\r
283        return 1;\r
284      else\r
285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
286    }\r
287 \r
288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
289    {\r
290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
291                                           sequence.getName());\r
292 \r
293      Object obj = null;\r
294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
295      {\r
296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
297                                                   "");\r
298        if (obj != null)\r
299          text.append(" Nucleotide: ");\r
300      }\r
301      else\r
302      {\r
303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
304        if (obj != null)\r
305          text.append("  Residue: ");\r
306      }\r
307 \r
308      if (obj != null)\r
309      {\r
310 \r
311        if (obj != "")\r
312        {\r
313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
314                      ")");\r
315        }\r
316      }\r
317 \r
318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
319 \r
320     }\r
321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
322      {\r
323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
324 \r
325        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
326          InputEvent.BUTTON2_MASK)\r
327        {\r
328          mouseWheelPressed = true;\r
329          return;\r
330        }\r
331 \r
332        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
333            evt.isControlDown())\r
334        {\r
335          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
336          {\r
337            groupEditing = true;\r
338          }\r
339          editingSeqs = true;\r
340        }\r
341        else\r
342        {\r
343          doMousePressedDefineMode(evt);\r
344          return;\r
345        }\r
346 \r
347 \r
348        int seq = findSeq(evt);\r
349        int res = findRes(evt);\r
350 \r
351        if(seq<0 || res<0)\r
352          return;\r
353 \r
354        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
355                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
356 \r
357          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
358                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
359          {\r
360              startseq = seq;\r
361              lastres = res;\r
362          }\r
363          else\r
364          {\r
365              startseq = -1;\r
366              lastres = -1;\r
367          }\r
368 \r
369         return;\r
370      }\r
371 \r
372      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
373 \r
374 \r
375   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
376   {\r
377     mouseDragging = false;\r
378     mouseWheelPressed = false;\r
379 \r
380     if (!editingSeqs)\r
381     {\r
382        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
383        return;\r
384     }\r
385 \r
386      editOccurred();\r
387 \r
388      endEditing();\r
389      ap.repaint();\r
390   }\r
391 \r
392   int startWrapBlock=-1;\r
393   int wrappedBlock=-1;\r
394   int findRes(MouseEvent evt)\r
395  {\r
396    int res = 0;\r
397    int x = evt.getX();\r
398 \r
399   if (av.wrapAlignment)\r
400   {\r
401 \r
402     int hgap = av.charHeight;\r
403     if (av.scaleAboveWrapped)\r
404       hgap += av.charHeight;\r
405 \r
406     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
407         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
408 \r
409       int y = evt.getY();\r
410       y -= hgap;\r
411       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
412 \r
413 \r
414       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
415 \r
416       wrappedBlock = y / cHeight;\r
417       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
418 \r
419       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
420 \r
421   }\r
422   else\r
423   {\r
424       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
425   }\r
426 \r
427   if(av.hasHiddenColumns)\r
428           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
429 \r
430   return res;\r
431 \r
432  }\r
433 \r
434  int findSeq(MouseEvent evt)\r
435  {\r
436 \r
437    int seq = 0;\r
438    int y = evt.getY();\r
439 \r
440    if (av.wrapAlignment)\r
441    {\r
442      int hgap = av.charHeight;\r
443      if (av.scaleAboveWrapped)\r
444        hgap += av.charHeight;\r
445 \r
446      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
447          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
448 \r
449        y -= hgap;\r
450 \r
451      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
452                      av.alignment.getHeight() -1);\r
453      if(seq<0)\r
454        seq = 0;\r
455    }\r
456    else\r
457    {\r
458      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
459                      av.alignment.getHeight() -1);\r
460      if(seq<0)\r
461        seq = 0;\r
462    }\r
463 \r
464    return seq;\r
465  }\r
466 \r
467 \r
468   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
469   {\r
470     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
471         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
472 \r
473     int seq = findSeq(evt);\r
474     int res = findRes(evt);\r
475 \r
476     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
477         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
478     {\r
479       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
480       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
481       // in the alignment\r
482 \r
483       startseq = seq;\r
484       lastres = res;\r
485     }\r
486     else\r
487     {\r
488       startseq = -1;\r
489       lastres = -1;\r
490     }\r
491 \r
492     return;\r
493   }\r
494 \r
495   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
496   {\r
497     int res = findRes(evt);\r
498     int seq = findSeq(evt);\r
499 \r
500     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
501     {\r
502       return;\r
503     }\r
504 \r
505     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
506     if (res > sequence.getLength())\r
507     {\r
508       return;\r
509     }\r
510 \r
511     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
512             sequence.getName());\r
513 \r
514     Object obj = null;\r
515     if (av.alignment.isNucleotide())\r
516     {\r
517       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
518           "");\r
519       if(obj!=null)\r
520         text.append(" Nucleotide: ");\r
521     }\r
522     else\r
523     {\r
524       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
525       if(obj!=null)\r
526         text.append("  Residue: ");\r
527     }\r
528 \r
529     if (obj != null)\r
530     {\r
531       if (obj != "")\r
532       {\r
533         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
534       }\r
535     }\r
536 \r
537     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
538     {\r
539       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
540     }\r
541 \r
542     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
543 \r
544 \r
545     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
546     if (av.showSequenceFeatures\r
547         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
548         && av.featuresDisplayed!=null)\r
549     {\r
550       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
551       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
552 \r
553       int index = 0;\r
554       while (index < allFeatures.size())\r
555       {\r
556         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
557 \r
558         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
559 \r
560         if (sf.getDescription() != null)\r
561           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
562 \r
563         if (sf.getValue("status") != null )\r
564         {\r
565           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
566         }\r
567         featureText.append("\n");\r
568 \r
569         index++;\r
570       }\r
571 \r
572 \r
573         if (tooltip == null)\r
574           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
575         else\r
576           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
577 \r
578         tooltip.repaint();\r
579 \r
580     }\r
581   }\r
582 \r
583   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
584   {\r
585     Vector allFeatures = new Vector();\r
586     int index = 0;\r
587     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
588     {\r
589       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
590       {\r
591         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
592         if (sf.getBegin() <= res &&\r
593             sf.getEnd() >= res)\r
594         {\r
595           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
596           {\r
597             allFeatures.addElement(sf);\r
598           }\r
599         }\r
600         index++;\r
601       }\r
602     }\r
603     return allFeatures;\r
604   }\r
605 \r
606   Tooltip tooltip;\r
607 \r
608   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
609   {\r
610     if (mouseWheelPressed)\r
611     {\r
612       int oldWidth = av.charWidth;\r
613 \r
614       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
615       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
616           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
617       {\r
618         int fontSize = av.font.getSize();\r
619 \r
620         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
621         {\r
622           fontSize--;\r
623         }\r
624         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
625         {\r
626           fontSize++;\r
627         }\r
628 \r
629 \r
630         if(fontSize<1)\r
631           fontSize = 1;\r
632 \r
633         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
634         av.charWidth = oldWidth;\r
635       }\r
636       else\r
637       {\r
638         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
639         {\r
640           av.charWidth--;\r
641         }\r
642         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
643         {\r
644           av.charWidth++;\r
645         }\r
646 \r
647         if(av.charWidth<1)\r
648         {\r
649           av.charWidth = 1;\r
650         }\r
651       }\r
652 \r
653       ap.fontChanged();\r
654 \r
655       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
656       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
657 \r
658       lastMousePress = evt.getPoint();\r
659 \r
660       ap.repaint();\r
661       ap.annotationPanel.image = null;\r
662       return;\r
663       }\r
664 \r
665       if (!editingSeqs)\r
666       {\r
667         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
668         return;\r
669       }\r
670 \r
671   int res = findRes(evt);\r
672 \r
673   if (res < 0)\r
674   {\r
675       res = 0;\r
676   }\r
677 \r
678   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
679   {\r
680       return;\r
681   }\r
682 \r
683   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
684   {\r
685     // dragLeft, delete gap\r
686     editSequence(false, res);\r
687   }\r
688   else\r
689     editSequence(true, res);\r
690 \r
691   mouseDragging = true;\r
692   if(scrollThread!=null)\r
693     scrollThread.setEvent(evt);\r
694 \r
695   }\r
696 \r
697   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
698   {\r
699     int fixedLeft = -1;\r
700     int fixedRight = -1;\r
701     boolean fixedColumns = false;\r
702     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
703 \r
704 \r
705       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
706       {\r
707         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
708         {\r
709           groupEditing = true;\r
710         }\r
711       }\r
712 \r
713       //No group, but the sequence may represent a group\r
714       if (groupEditing\r
715           && sg == null\r
716           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
717       {\r
718         groupEditing = false;\r
719       }\r
720 \r
721       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
722       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
723       if (groupEditing)\r
724          message.append("Edit group:");\r
725       else\r
726          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
727 \r
728      if(insertGap)\r
729        message.append(" insert ");\r
730      else\r
731        message.append(" delete ");\r
732 \r
733      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
734      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
735 \r
736 \r
737       //Are we editing within a selection group?\r
738       if (groupEditing\r
739           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
740       {\r
741         fixedColumns = true;\r
742 \r
743         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
744         //but the sequence represents a group\r
745         if (sg == null)\r
746         {\r
747           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
748                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
749           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
750         }\r
751 \r
752         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
753         fixedRight = sg.getEndRes();\r
754 \r
755         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
756             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
757             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
758             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
759         {\r
760           endEditing();\r
761           return;\r
762         }\r
763 \r
764         if (fixedLeft > startres)\r
765         {\r
766           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
767           fixedLeft = 0;\r
768         }\r
769         else if (fixedRight < startres)\r
770         {\r
771           fixedLeft = fixedRight;\r
772           fixedRight = -1;\r
773         }\r
774       }\r
775 \r
776 \r
777       if(av.hasHiddenColumns )\r
778       {\r
779           fixedColumns = true;\r
780           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
781           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
782 \r
783           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
784               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
785           {\r
786             endEditing();\r
787             return;\r
788           }\r
789 \r
790           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
791           //Selection spans a hidden region\r
792           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
793           {\r
794             if(startres>=y2)\r
795             {\r
796               fixedLeft = y2;\r
797             }\r
798             else\r
799             {\r
800              fixedRight = y2 - 1;\r
801            }\r
802           }\r
803       }\r
804 \r
805 \r
806       if (groupEditing)\r
807       {\r
808         // drag to right\r
809         if (insertGap)\r
810         {\r
811             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
812             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
813             if(   sg.getStartRes() == 0\r
814                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
815                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
816                )\r
817             {\r
818               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
819               fixedRight = sg.getEndRes();\r
820             }\r
821 \r
822           // Is it valid with fixed columns??\r
823           // Find the next gap before the end\r
824           // of the visible region boundary\r
825           boolean blank = false;\r
826           for (fixedRight = fixedRight;\r
827                fixedRight > lastres;\r
828                fixedRight--)\r
829           {\r
830             blank = true;\r
831             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
832             {\r
833               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
834               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
835               {\r
836                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
837                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
838                 {\r
839                   blank = false;\r
840                   break;\r
841                 }\r
842               }\r
843             }\r
844             if (blank)\r
845               break;\r
846           }\r
847 \r
848           if (!blank)\r
849           {\r
850             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
851             {\r
852               if((av.hasHiddenColumns\r
853                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
854               {\r
855                 endEditing();\r
856                 return;\r
857               }\r
858 \r
859               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
860               if(av.hasHiddenRows)\r
861               {\r
862                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
863                 if(hwidth>alWidth)\r
864                   alWidth = hwidth;\r
865               }\r
866               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
867               //contains all the sequences\r
868               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
869               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
870             }\r
871             else\r
872             {\r
873               endEditing();\r
874               return;\r
875             }\r
876           }\r
877         }\r
878 \r
879 \r
880         // drag to left\r
881         else if(!insertGap)\r
882         {\r
883           /// Are we able to delete?\r
884           // ie are all columns blank?\r
885 \r
886           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
887           {\r
888             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
889 \r
890             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
891             {\r
892               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
893               {\r
894                 continue;\r
895               }\r
896 \r
897               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
898                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
899               {\r
900                 // Not a gap, block edit not valid\r
901                 endEditing();\r
902                 return;\r
903               }\r
904             }\r
905           }\r
906         }\r
907 \r
908 \r
909         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
910         {\r
911           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
912 \r
913           if (insertGap)\r
914           {\r
915             // dragging to the right\r
916             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
917             {\r
918               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
919               {\r
920                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
921               }\r
922               else\r
923                 insertChar(j, seq);\r
924             }\r
925           }\r
926           else\r
927           {\r
928             // dragging to the left\r
929             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
930             {\r
931               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
932               {\r
933                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
934               }\r
935               else\r
936               {\r
937                 deleteChar(startres, seq);\r
938               }\r
939             }\r
940           }\r
941         }\r
942       }\r
943       else /////Editing a single sequence///////////\r
944       {\r
945         if (insertGap)\r
946         {\r
947           // dragging to the right\r
948           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
949           {\r
950             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
951             {\r
952                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
953             }\r
954             else\r
955               insertChar(j, seq);\r
956           }\r
957         }\r
958         else\r
959         {\r
960           // dragging to the left\r
961           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
962           {\r
963             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
964             {\r
965               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
966             }\r
967             else\r
968             {\r
969               deleteChar(startres, seq);\r
970             }\r
971           }\r
972         }\r
973       }\r
974 \r
975       lastres = startres;\r
976       seqCanvas.repaint();\r
977   }\r
978 \r
979 \r
980     /**\r
981      * DOCUMENT ME!\r
982      *\r
983      * @param j DOCUMENT ME!\r
984      * @param seq DOCUMENT ME!\r
985      */\r
986     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
987     {\r
988         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
989         seqEditOccurred = true;\r
990     }\r
991 \r
992     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
993     {\r
994       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
995       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
996       int blankColumn = fixedColumn;\r
997       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
998       {\r
999         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1000         {\r
1001           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1002           break;\r
1003         }\r
1004       }\r
1005 \r
1006       if (blankColumn <= j)\r
1007       {\r
1008         endEditing();\r
1009         return;\r
1010       }\r
1011 \r
1012       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1013       {\r
1014         //Just Checking\r
1015         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1016         return;\r
1017       }\r
1018 \r
1019       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1020       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1021       seqEditOccurred = true;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1025     {\r
1026       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1027       {\r
1028         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1029             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1030         return;\r
1031       }\r
1032 \r
1033       seq.deleteCharAt(j);\r
1034       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1035       seqEditOccurred = true;\r
1036     }\r
1037 \r
1038     /**\r
1039      * DOCUMENT ME!\r
1040      *\r
1041      * @param j DOCUMENT ME!\r
1042      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1043      */\r
1044     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1045     {\r
1046       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1047       {\r
1048         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1049             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1050         return;\r
1051       }\r
1052 \r
1053         seq.deleteCharAt(j);\r
1054         seqEditOccurred = true;\r
1055         seqCanvas.repaint();\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * DOCUMENT ME!\r
1060      *\r
1061      * @param i DOCUMENT ME!\r
1062      */\r
1063     void editOccurred()\r
1064     {\r
1065       if (!seqEditOccurred)\r
1066       {\r
1067         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1068         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1069       }\r
1070 \r
1071       endEditing();\r
1072 \r
1073       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1074 \r
1075     }\r
1076 \r
1077 //////////////////////////////////////////\r
1078 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1079 //////////////////////////////////////////\r
1080   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1081   {\r
1082 \r
1083 \r
1084     if (scrollThread != null)\r
1085     {\r
1086       scrollThread.running = false;\r
1087       scrollThread = null;\r
1088     }\r
1089 \r
1090     int res = findRes(evt);\r
1091     int seq = findSeq(evt);\r
1092     oldSeq = seq;\r
1093     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1094 \r
1095     if(seq==-1)\r
1096       return;\r
1097 \r
1098     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1099 \r
1100     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1101     {\r
1102       return;\r
1103     }\r
1104 \r
1105     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1106 \r
1107     if (stretchGroup == null)\r
1108     {\r
1109       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1110       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1111           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1112       {\r
1113         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1114       }\r
1115       else\r
1116       {\r
1117         stretchGroup = null;\r
1118       }\r
1119     }\r
1120 \r
1121     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1122              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1123              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1124     {\r
1125       stretchGroup = null;\r
1126 \r
1127       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1128 \r
1129       if (allGroups != null)\r
1130       {\r
1131         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1132         {\r
1133           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1134               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1135           {\r
1136             stretchGroup = allGroups[i];\r
1137             break;\r
1138           }\r
1139         }\r
1140       }\r
1141       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1142     }\r
1143 \r
1144 \r
1145     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1146     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1147              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1148     {\r
1149       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1150                                                sequence.findPosition(res));\r
1151 \r
1152       Vector links = null;\r
1153       if(allFeatures!=null)\r
1154       {\r
1155         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1156         {\r
1157           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1158           if (sf.links != null)\r
1159           {\r
1160             links = new Vector();\r
1161             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1162             {\r
1163               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1164             }\r
1165           }\r
1166         }\r
1167       }\r
1168       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1169       this.add(popup);\r
1170       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1171       ap.repaint();\r
1172       return;\r
1173     }\r
1174 \r
1175     if (av.cursorMode)\r
1176     {\r
1177       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1178       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1179       seqCanvas.repaint();\r
1180       return;\r
1181     }\r
1182 \r
1183       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1184 \r
1185       if (stretchGroup == null)\r
1186       {\r
1187         // define a new group here\r
1188         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1189         sg.setStartRes(res);\r
1190         sg.setEndRes(res);\r
1191         sg.addSequence(sequence, false);\r
1192         av.setSelectionGroup(sg);\r
1193         stretchGroup = sg;\r
1194 \r
1195         if (av.getConservationSelected())\r
1196         {\r
1197           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1198                                             "Background");\r
1199         }\r
1200         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1201         {\r
1202           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1203                                          "Background");\r
1204         }\r
1205 \r
1206       }\r
1207   }\r
1208 \r
1209   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1210   {\r
1211     if (stretchGroup == null)\r
1212     {\r
1213         return;\r
1214     }\r
1215 \r
1216     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1217     {\r
1218       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1219       {\r
1220         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1221             stretchGroup.getSequences(true),\r
1222             stretchGroup.getWidth());\r
1223       }\r
1224 \r
1225       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1226       {\r
1227         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1228                                           stretchGroup.getName());\r
1229         stretchGroup.recalcConservation();\r
1230       }\r
1231       else\r
1232       {\r
1233         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1234                                        stretchGroup.getName());\r
1235       }\r
1236     }\r
1237     changeEndRes = false;\r
1238     changeStartRes = false;\r
1239     stretchGroup = null;\r
1240     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1241     ap.repaint();\r
1242   }\r
1243 \r
1244   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1245   {\r
1246     int res = findRes(evt);\r
1247     int y = findSeq(evt);\r
1248 \r
1249     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1250       return;\r
1251 \r
1252      if (stretchGroup == null)\r
1253      {\r
1254           return;\r
1255      }\r
1256 \r
1257      mouseDragging = true;\r
1258 \r
1259 \r
1260       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1261       {\r
1262         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1263       }\r
1264 \r
1265       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1266         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1267 \r
1268       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1269       {\r
1270           // Edit end res position of selected group\r
1271           changeEndRes = true;\r
1272       }\r
1273       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1274       {\r
1275           // Edit start res position of selected group\r
1276           changeStartRes = true;\r
1277       }\r
1278 \r
1279       if (res < 0)\r
1280       {\r
1281           res = 0;\r
1282       }\r
1283 \r
1284       if (changeEndRes)\r
1285       {\r
1286           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1287           {\r
1288               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1289           }\r
1290       }\r
1291       else if (changeStartRes)\r
1292       {\r
1293           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1294           {\r
1295               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1296           }\r
1297       }\r
1298 \r
1299       int dragDirection = 0;\r
1300 \r
1301       if (y > oldSeq)\r
1302       {\r
1303           dragDirection = 1;\r
1304       }\r
1305       else if (y < oldSeq)\r
1306       {\r
1307           dragDirection = -1;\r
1308       }\r
1309 \r
1310 \r
1311       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1312       {\r
1313           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1314           // selection is quite slow.\r
1315           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1316 \r
1317           oldSeq += dragDirection;\r
1318 \r
1319           if(oldSeq<0)\r
1320             break;\r
1321 \r
1322           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1323 \r
1324           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1325           {\r
1326               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1327           }\r
1328           else\r
1329           {\r
1330               if (seq != null)\r
1331               {\r
1332                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1333               }\r
1334 \r
1335               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1336           }\r
1337       }\r
1338 \r
1339       if(oldSeq < 0)\r
1340         oldSeq = -1;\r
1341 \r
1342 \r
1343       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1344           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1345       {\r
1346         mouseExited(evt);\r
1347       }\r
1348 \r
1349       if (scrollThread != null)\r
1350       {\r
1351         scrollThread.setEvent(evt);\r
1352       }\r
1353 \r
1354       seqCanvas.repaint();\r
1355     }\r
1356 \r
1357     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1358     {\r
1359       if (oldSeq < 0)\r
1360         oldSeq = 0;\r
1361 \r
1362       if (scrollThread != null)\r
1363       {\r
1364         scrollThread.running = false;\r
1365         scrollThread = null;\r
1366       }\r
1367     }\r
1368 \r
1369   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1370   {\r
1371     if (av.getWrapAlignment())\r
1372     {\r
1373       return;\r
1374     }\r
1375 \r
1376     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1377     {\r
1378       scrollThread = new ScrollThread();\r
1379     }\r
1380   }\r
1381 \r
1382   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1383   {\r
1384     if(evt==null)\r
1385     {\r
1386       if(scrollThread!=null)\r
1387       {\r
1388         scrollThread.running = false;\r
1389         scrollThread = null;\r
1390       }\r
1391       mouseDragging = false;\r
1392     }\r
1393     else\r
1394     {\r
1395       if (scrollThread == null)\r
1396         scrollThread = new ScrollThread();\r
1397 \r
1398       mouseDragging = true;\r
1399       scrollThread.setEvent(evt);\r
1400     }\r
1401 \r
1402     }\r
1403 \r
1404   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1405   class ScrollThread\r
1406       extends Thread\r
1407   {\r
1408     MouseEvent evt;\r
1409     boolean running = false;\r
1410     public ScrollThread()\r
1411     {\r
1412       start();\r
1413     }\r
1414 \r
1415     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1416     {\r
1417       evt = e;\r
1418     }\r
1419 \r
1420     public void stopScrolling()\r
1421     {\r
1422       running = false;\r
1423     }\r
1424 \r
1425     public void run()\r
1426     {\r
1427       running = true;\r
1428       while (running)\r
1429       {\r
1430 \r
1431         if (evt != null)\r
1432         {\r
1433 \r
1434           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1435           {\r
1436             running = ap.scrollUp(true);\r
1437           }\r
1438 \r
1439           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1440               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1441           {\r
1442             running = ap.scrollUp(false);\r
1443           }\r
1444 \r
1445           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1446           {\r
1447             running = ap.scrollRight(false);\r
1448           }\r
1449 \r
1450           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1451           {\r
1452             running = ap.scrollRight(true);\r
1453           }\r
1454         }\r
1455 \r
1456         try\r
1457         {\r
1458           Thread.sleep(75);\r
1459         }\r
1460         catch (Exception ex)\r
1461         {}\r
1462       }\r
1463     }\r
1464   }\r
1465 \r
1466 }\r