Destroy Alignment when closing frame
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / SeqPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.util.*;\r
23 \r
24 import java.awt.*;\r
25 import java.awt.event.*;\r
26 \r
27 import jalview.commands.*;\r
28 import jalview.datamodel.*;\r
29 import jalview.schemes.*;\r
30 import jalview.structure.SequenceListener;\r
31 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
32 \r
33 public class SeqPanel\r
34     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener, SequenceListener\r
35 {\r
36 \r
37   public SeqCanvas seqCanvas;\r
38   public AlignmentPanel ap;\r
39 \r
40   protected int lastres;\r
41   protected int startseq;\r
42 \r
43   protected AlignViewport av;\r
44 \r
45   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
46   boolean seqEditOccurred = false;\r
47 \r
48   ScrollThread scrollThread = null;\r
49   boolean mouseDragging = false;\r
50   boolean editingSeqs = false;\r
51   boolean groupEditing = false;\r
52 \r
53   int oldSeq = -1;\r
54   boolean changeEndSeq = false;\r
55   boolean changeStartSeq = false;\r
56   boolean changeEndRes = false;\r
57   boolean changeStartRes = false;\r
58   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
59 \r
60   StringBuffer keyboardNo1;\r
61   StringBuffer keyboardNo2;\r
62 \r
63   boolean mouseWheelPressed = false;\r
64   Point lastMousePress;\r
65 \r
66   EditCommand editCommand;\r
67 \r
68   StructureSelectionManager ssm;\r
69 \r
70 \r
71   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
72   {\r
73     this.av = avp;\r
74 \r
75     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
76     setLayout(new BorderLayout());\r
77     add(seqCanvas);\r
78 \r
79     ap = p;\r
80 \r
81     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
82     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
83     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
84     ssm.addStructureViewerListener(this);\r
85 \r
86     seqCanvas.repaint();\r
87   }\r
88 \r
89   void endEditing()\r
90   {\r
91     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
92     {\r
93       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
94       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
95                             av.getAlignment().getSequences());\r
96     }\r
97 \r
98     startseq = -1;\r
99     lastres = -1;\r
100     editingSeqs = false;\r
101     groupEditing = false;\r
102     keyboardNo1 = null;\r
103     keyboardNo2 = null;\r
104     editCommand = null;\r
105   }\r
106 \r
107   void setCursorRow()\r
108   {\r
109     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
110     scrollToVisible();\r
111   }\r
112 \r
113   void setCursorColumn()\r
114   {\r
115     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
116     scrollToVisible();\r
117   }\r
118 \r
119   void setCursorRowAndColumn()\r
120   {\r
121     if (keyboardNo2 == null)\r
122     {\r
123       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
124     }\r
125     else\r
126     {\r
127       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
128       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
129       scrollToVisible();\r
130     }\r
131   }\r
132 \r
133   void setCursorPosition()\r
134   {\r
135     SequenceI sequence =\r
136         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
137 \r
138     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
139         getKeyboardNo1() - 1\r
140         );\r
141     scrollToVisible();\r
142   }\r
143 \r
144   void moveCursor(int dx, int dy)\r
145   {\r
146     seqCanvas.cursorX += dx;\r
147     seqCanvas.cursorY += dy;\r
148     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
149     {\r
150       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
151       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
152 \r
153       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
154              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
155              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
156       {\r
157         seqCanvas.cursorX += dx;\r
158       }\r
159 \r
160       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
161           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
162       {\r
163         seqCanvas.cursorX = original;\r
164       }\r
165     }\r
166     scrollToVisible();\r
167   }\r
168 \r
169   void scrollToVisible()\r
170   {\r
171     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
172     {\r
173       seqCanvas.cursorX = 0;\r
174     }\r
175     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
176     {\r
177       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
178     }\r
179 \r
180     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
181     {\r
182       seqCanvas.cursorY = 0;\r
183     }\r
184     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
185     {\r
186       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
187     }\r
188 \r
189     endEditing();\r
190     if (av.wrapAlignment)\r
191     {\r
192       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
193     }\r
194     else\r
195     {\r
196       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
197       {\r
198         ap.scrollUp(true);\r
199       }\r
200       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
201       {\r
202         ap.scrollUp(false);\r
203       }\r
204       while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
205       {\r
206 \r
207         if (!ap.scrollRight(false))\r
208         {\r
209           break;\r
210         }\r
211       }\r
212       while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
213       {\r
214         if (!ap.scrollRight(true))\r
215         {\r
216           break;\r
217         }\r
218       }\r
219     }\r
220     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
221                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
222 \r
223     seqCanvas.repaint();\r
224   }\r
225 \r
226   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
227   {\r
228     SequenceI sequence =\r
229         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
230 \r
231     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
232     {\r
233       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
234       //Find the top and bottom of this group\r
235       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
236       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
237       {\r
238         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
239         if (index > max)\r
240         {\r
241           max = index;\r
242         }\r
243         if (index < min)\r
244         {\r
245           min = index;\r
246         }\r
247       }\r
248 \r
249       max++;\r
250 \r
251       if (topLeft)\r
252       {\r
253         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
254         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
255         {\r
256           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
257         }\r
258 \r
259         min = seqCanvas.cursorY;\r
260       }\r
261       else\r
262       {\r
263         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
264         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
265         {\r
266           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
267         }\r
268 \r
269         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
270       }\r
271 \r
272       if (min > max)\r
273       {\r
274         // Only the user can do this\r
275         av.setSelectionGroup(null);\r
276       }\r
277       else\r
278       {\r
279         // Now add any sequences between min and max\r
280         sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
281         for (int i = min; i < max; i++)\r
282         {\r
283           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
284         }\r
285       }\r
286     }\r
287 \r
288     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
289     {\r
290       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
291       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
292       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
293       sg.addSequence(sequence, false);\r
294       av.setSelectionGroup(sg);\r
295     }\r
296 \r
297     ap.paintAlignment(false);\r
298   }\r
299 \r
300   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
301   {\r
302     groupEditing = group;\r
303     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
304     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
305     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
306     endEditing();\r
307   }\r
308 \r
309   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
310   {\r
311     groupEditing = group;\r
312     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
313     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
314     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
315     endEditing();\r
316   }\r
317 \r
318   void numberPressed(char value)\r
319   {\r
320     if (keyboardNo1 == null)\r
321     {\r
322       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
323     }\r
324 \r
325     if (keyboardNo2 != null)\r
326     {\r
327       keyboardNo2.append(value);\r
328     }\r
329     else\r
330     {\r
331       keyboardNo1.append(value);\r
332     }\r
333   }\r
334 \r
335   int getKeyboardNo1()\r
336   {\r
337     if (keyboardNo1 == null)\r
338       return 1;\r
339     else\r
340     {\r
341       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
342       keyboardNo1 = null;\r
343       return value;\r
344     }\r
345   }\r
346 \r
347   int getKeyboardNo2()\r
348   {\r
349     if (keyboardNo2 == null)\r
350       return 1;\r
351     else\r
352     {\r
353       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
354       keyboardNo2 = null;\r
355       return value;\r
356     }\r
357   }\r
358 \r
359 \r
360   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
361   {\r
362     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
363                                          sequence.getName());\r
364 \r
365     Object obj = null;\r
366     if (av.alignment.isNucleotide())\r
367     {\r
368       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
369                                                  "");\r
370       if (obj != null)\r
371       {\r
372         text.append(" Nucleotide: ");\r
373       }\r
374     }\r
375     else\r
376     {\r
377       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
378       if (obj != null)\r
379       {\r
380         text.append("  Residue: ");\r
381       }\r
382     }\r
383 \r
384     if (obj != null)\r
385     {\r
386 \r
387       if (obj != "")\r
388       {\r
389         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
390                     ")");\r
391       }\r
392     }\r
393 \r
394     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
395 \r
396   }\r
397 \r
398   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
399   {\r
400     lastMousePress = evt.getPoint();\r
401 \r
402     //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
403     //As the Button2_mask always seems to be true\r
404     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
405         InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
406     {\r
407       mouseWheelPressed = true;\r
408       return;\r
409     }\r
410 \r
411     if (evt.isShiftDown()\r
412         || evt.isControlDown()\r
413         || evt.isAltDown())\r
414     {\r
415       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
416       {\r
417         groupEditing = true;\r
418       }\r
419       editingSeqs = true;\r
420     }\r
421     else\r
422     {\r
423       doMousePressedDefineMode(evt);\r
424       return;\r
425     }\r
426 \r
427     int seq = findSeq(evt);\r
428     int res = findRes(evt);\r
429 \r
430     if (seq < 0 || res < 0)\r
431     {\r
432       return;\r
433     }\r
434 \r
435     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
436         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
437     {\r
438       startseq = seq;\r
439       lastres = res;\r
440     }\r
441     else\r
442     {\r
443       startseq = -1;\r
444       lastres = -1;\r
445     }\r
446 \r
447     return;\r
448   }\r
449 \r
450   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
451   {}\r
452 \r
453   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
454   {\r
455     mouseDragging = false;\r
456     mouseWheelPressed = false;\r
457     ap.paintAlignment(true);\r
458 \r
459     if (!editingSeqs)\r
460     {\r
461       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
462       return;\r
463     }\r
464 \r
465     endEditing();\r
466 \r
467   }\r
468 \r
469   int startWrapBlock = -1;\r
470   int wrappedBlock = -1;\r
471   int findRes(MouseEvent evt)\r
472   {\r
473     int res = 0;\r
474     int x = evt.getX();\r
475 \r
476     if (av.wrapAlignment)\r
477     {\r
478 \r
479       int hgap = av.charHeight;\r
480       if (av.scaleAboveWrapped)\r
481       {\r
482         hgap += av.charHeight;\r
483       }\r
484 \r
485       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
486           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
487 \r
488       int y = evt.getY();\r
489       y -= hgap;\r
490       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
491 \r
492       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
493       if (cwidth < 1)\r
494       {\r
495         return 0;\r
496       }\r
497 \r
498       wrappedBlock = y / cHeight;\r
499       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
500 \r
501       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
502 \r
503     }\r
504     else\r
505     {\r
506       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
507     }\r
508 \r
509     if (av.hasHiddenColumns)\r
510     {\r
511       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
512     }\r
513 \r
514     return res;\r
515 \r
516   }\r
517 \r
518   int findSeq(MouseEvent evt)\r
519   {\r
520 \r
521     int seq = 0;\r
522     int y = evt.getY();\r
523 \r
524     if (av.wrapAlignment)\r
525     {\r
526       int hgap = av.charHeight;\r
527       if (av.scaleAboveWrapped)\r
528       {\r
529         hgap += av.charHeight;\r
530       }\r
531 \r
532       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
533           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
534 \r
535       y -= hgap;\r
536 \r
537       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
538                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
539       if (seq < 0)\r
540       {\r
541         seq = 0;\r
542       }\r
543     }\r
544     else\r
545     {\r
546       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
547                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
548       if (seq < 0)\r
549       {\r
550         seq = 0;\r
551       }\r
552     }\r
553 \r
554     return seq;\r
555   }\r
556 \r
557   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
558   {\r
559 \r
560     int seq = findSeq(evt);\r
561     int res = findRes(evt);\r
562 \r
563     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
564         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
565     {\r
566       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
567       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
568       // in the alignment\r
569 \r
570       startseq = seq;\r
571       lastres = res;\r
572     }\r
573     else\r
574     {\r
575       startseq = -1;\r
576       lastres = -1;\r
577     }\r
578 \r
579     return;\r
580   }\r
581 \r
582 \r
583   String lastMessage;\r
584   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
585   {\r
586     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
587     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
588       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
589 \r
590     lastMessage = tmp;\r
591   }\r
592 \r
593 \r
594   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
595   {\r
596     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
597     {\r
598       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
599       highlight.addResult(seq,index,index);\r
600       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
601     }\r
602   }\r
603 \r
604   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
605   {\r
606     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
607     //repaint();\r
608   }\r
609 \r
610   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
611   {\r
612     int res = findRes(evt);\r
613     int seq = findSeq(evt);\r
614 \r
615     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)\r
616     {\r
617       if (tooltip != null)\r
618       {\r
619         tooltip.setTip("");\r
620       }\r
621       return;\r
622     }\r
623 \r
624     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
625     if (res > sequence.getLength())\r
626     {\r
627       if (tooltip != null)\r
628       {\r
629         tooltip.setTip("");\r
630       }\r
631       return;\r
632     }\r
633 \r
634 \r
635     if (ssm != null)\r
636       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
637 \r
638 \r
639     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
640                                          sequence.getName());\r
641 \r
642     Object obj = null;\r
643     if (av.alignment.isNucleotide())\r
644     {\r
645       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
646                                                  "");\r
647       if (obj != null)\r
648       {\r
649         text.append(" Nucleotide: ");\r
650       }\r
651     }\r
652     else\r
653     {\r
654       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
655       if (obj != null)\r
656       {\r
657         text.append("  Residue: ");\r
658       }\r
659     }\r
660 \r
661     if (obj != null)\r
662     {\r
663       if (obj != "")\r
664       {\r
665         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
666       }\r
667     }\r
668 \r
669     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
670 \r
671     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
672     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
673     if (groups != null)\r
674     {\r
675       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
676       {\r
677         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
678         {\r
679           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
680               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
681           {\r
682             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
683           }\r
684           if (groups[g].getDescription() != null)\r
685           {\r
686             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
687           }\r
688           tooltipText.append("\n");\r
689         }\r
690       }\r
691     }\r
692 \r
693     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
694     if (av.showSequenceFeatures\r
695         && sequence.getSequenceFeatures() != null\r
696         && av.featuresDisplayed != null)\r
697     {\r
698 \r
699       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
700                                                sequence.findPosition(res));\r
701 \r
702       int index = 0;\r
703       while (index < allFeatures.size())\r
704       {\r
705         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
706 \r
707         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);\r
708 \r
709         if (sf.getDescription() != null)\r
710         {\r
711           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
712         }\r
713 \r
714         if (sf.getValue("status") != null)\r
715         {\r
716           String status = sf.getValue("status").toString();\r
717           if (status.length() > 0)\r
718           {\r
719             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
720           }\r
721         }\r
722         tooltipText.append("\n");\r
723 \r
724         index++;\r
725       }\r
726     }\r
727 \r
728     if (tooltip == null)\r
729     {\r
730       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
731     }\r
732     else\r
733     {\r
734       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
735     }\r
736   }\r
737 \r
738   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
739   {\r
740     Vector allFeatures = new Vector();\r
741     int index = 0;\r
742     if (seq.getSequenceFeatures() != null)\r
743     {\r
744       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
745       {\r
746         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
747         if (sf.getBegin() <= res &&\r
748             sf.getEnd() >= res)\r
749         {\r
750           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
751           {\r
752             allFeatures.addElement(sf);\r
753           }\r
754         }\r
755         index++;\r
756       }\r
757     }\r
758     return allFeatures;\r
759   }\r
760 \r
761   Tooltip tooltip;\r
762 \r
763   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
764   {\r
765     if (mouseWheelPressed)\r
766     {\r
767       int oldWidth = av.charWidth;\r
768 \r
769       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
770       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
771           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
772       {\r
773         int fontSize = av.font.getSize();\r
774 \r
775         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
776         {\r
777           fontSize--;\r
778         }\r
779         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
780         {\r
781           fontSize++;\r
782         }\r
783 \r
784         if (fontSize < 1)\r
785         {\r
786           fontSize = 1;\r
787         }\r
788 \r
789         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
790         av.charWidth = oldWidth;\r
791       }\r
792       else\r
793       {\r
794         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
795         {\r
796           av.charWidth--;\r
797         }\r
798         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
799         {\r
800           av.charWidth++;\r
801         }\r
802 \r
803         if (av.charWidth < 1)\r
804         {\r
805           av.charWidth = 1;\r
806         }\r
807       }\r
808 \r
809       ap.fontChanged();\r
810 \r
811       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
812       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
813 \r
814       lastMousePress = evt.getPoint();\r
815 \r
816       ap.paintAlignment(false);\r
817       ap.annotationPanel.image = null;\r
818       return;\r
819     }\r
820 \r
821     if (!editingSeqs)\r
822     {\r
823       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
824       return;\r
825     }\r
826 \r
827     int res = findRes(evt);\r
828 \r
829     if (res < 0)\r
830     {\r
831       res = 0;\r
832     }\r
833 \r
834     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
835     {\r
836       return;\r
837     }\r
838 \r
839     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
840     {\r
841       // dragLeft, delete gap\r
842       editSequence(false, res);\r
843     }\r
844     else\r
845     {\r
846       editSequence(true, res);\r
847     }\r
848 \r
849     mouseDragging = true;\r
850     if (scrollThread != null)\r
851     {\r
852       scrollThread.setEvent(evt);\r
853     }\r
854 \r
855   }\r
856 \r
857   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
858   {\r
859     int fixedLeft = -1;\r
860     int fixedRight = -1;\r
861     boolean fixedColumns = false;\r
862     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
863 \r
864     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
865 \r
866     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
867     {\r
868       if (av.hiddenRepSequences != null\r
869           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
870       {\r
871         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
872         groupEditing = true;\r
873       }\r
874     }\r
875 \r
876     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
877     if (groupEditing)\r
878     {\r
879       message.append("Edit group:");\r
880       if (editCommand == null)\r
881       {\r
882         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
883       }\r
884     }\r
885     else\r
886     {\r
887       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
888       String label = seq.getName();\r
889       if (label.length() > 10)\r
890       {\r
891         label = label.substring(0, 10);\r
892       }\r
893       if (editCommand == null)\r
894       {\r
895         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
896       }\r
897     }\r
898 \r
899     if (insertGap)\r
900     {\r
901       message.append(" insert ");\r
902     }\r
903     else\r
904     {\r
905       message.append(" delete ");\r
906     }\r
907 \r
908     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
909     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
910 \r
911     //Are we editing within a selection group?\r
912     if (groupEditing\r
913         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
914     {\r
915       fixedColumns = true;\r
916 \r
917       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
918       //but the sequence represents a group\r
919       if (sg == null)\r
920       {\r
921         if (av.hiddenRepSequences == null\r
922             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
923         {\r
924           endEditing();\r
925           return;\r
926         }\r
927 \r
928         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
929       }\r
930 \r
931       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
932       fixedRight = sg.getEndRes();\r
933 \r
934       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
935           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
936           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
937           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
938       {\r
939         endEditing();\r
940         return;\r
941       }\r
942 \r
943       if (fixedLeft > startres)\r
944       {\r
945         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
946         fixedLeft = 0;\r
947       }\r
948       else if (fixedRight < startres)\r
949       {\r
950         fixedLeft = fixedRight;\r
951         fixedRight = -1;\r
952       }\r
953     }\r
954 \r
955     if (av.hasHiddenColumns)\r
956     {\r
957       fixedColumns = true;\r
958       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
959       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
960 \r
961       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
962           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
963       {\r
964         endEditing();\r
965         return;\r
966       }\r
967 \r
968       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
969       //Selection spans a hidden region\r
970       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
971       {\r
972         if (startres >= y2)\r
973         {\r
974           fixedLeft = y2;\r
975         }\r
976         else\r
977         {\r
978           fixedRight = y2 - 1;\r
979         }\r
980       }\r
981     }\r
982 \r
983     if (groupEditing)\r
984     {\r
985       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
986       int g, groupSize = vseqs.size();\r
987       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
988       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
989       {\r
990         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
991       }\r
992 \r
993       // drag to right\r
994       if (insertGap)\r
995       {\r
996         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
997         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
998         if (sg.getStartRes() == 0\r
999             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1000             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1001             )\r
1002         {\r
1003           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1004           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1005         }\r
1006 \r
1007         // Is it valid with fixed columns??\r
1008         // Find the next gap before the end\r
1009         // of the visible region boundary\r
1010         boolean blank = false;\r
1011         for (fixedRight = fixedRight;\r
1012              fixedRight > lastres;\r
1013              fixedRight--)\r
1014         {\r
1015           blank = true;\r
1016 \r
1017           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1018           {\r
1019             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1020             {\r
1021               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1022                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1023               {\r
1024                 blank = false;\r
1025                 break;\r
1026               }\r
1027             }\r
1028           }\r
1029           if (blank)\r
1030           {\r
1031             break;\r
1032           }\r
1033         }\r
1034 \r
1035         if (!blank)\r
1036         {\r
1037           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1038           {\r
1039             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1040                   &&\r
1041                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1042             {\r
1043               endEditing();\r
1044               return;\r
1045             }\r
1046 \r
1047             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1048             if (av.hasHiddenRows)\r
1049             {\r
1050               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1051               if (hwidth > alWidth)\r
1052               {\r
1053                 alWidth = hwidth;\r
1054               }\r
1055             }\r
1056             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1057             //contains all the sequences\r
1058             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1059             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1060           }\r
1061           else\r
1062           {\r
1063             endEditing();\r
1064             return;\r
1065           }\r
1066         }\r
1067       }\r
1068 \r
1069       // drag to left\r
1070       else if (!insertGap)\r
1071       {\r
1072         /// Are we able to delete?\r
1073         // ie are all columns blank?\r
1074 \r
1075         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1076         {\r
1077           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1078           {\r
1079             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1080             {\r
1081               continue;\r
1082             }\r
1083 \r
1084             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1085                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1086             {\r
1087               // Not a gap, block edit not valid\r
1088               endEditing();\r
1089               return;\r
1090             }\r
1091           }\r
1092         }\r
1093       }\r
1094 \r
1095       if (insertGap)\r
1096       {\r
1097         // dragging to the right\r
1098         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1099         {\r
1100           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1101           {\r
1102             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1103           }\r
1104         }\r
1105         else\r
1106         {\r
1107           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1108                                  groupSeqs,\r
1109                                  startres, startres - lastres,\r
1110                                  av.alignment,\r
1111                                  true);\r
1112         }\r
1113       }\r
1114       else\r
1115       {\r
1116         // dragging to the left\r
1117         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1118         {\r
1119           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1120           {\r
1121             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1122           }\r
1123         }\r
1124         else\r
1125         {\r
1126           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1127                                  groupSeqs,\r
1128                                  startres, lastres - startres,\r
1129                                  av.alignment,\r
1130                                  true);\r
1131         }\r
1132 \r
1133       }\r
1134     }\r
1135     else /////Editing a single sequence///////////\r
1136     {\r
1137       if (insertGap)\r
1138       {\r
1139         // dragging to the right\r
1140         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1141         {\r
1142           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1143           {\r
1144             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1145                        {seq}, fixedRight);\r
1146           }\r
1147         }\r
1148         else\r
1149         {\r
1150           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1151                                  new SequenceI[]\r
1152                                  {seq},\r
1153                                  lastres, startres - lastres,\r
1154                                  av.alignment,\r
1155                                  true);\r
1156         }\r
1157       }\r
1158       else\r
1159       {\r
1160         // dragging to the left\r
1161         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1162         {\r
1163           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1164           {\r
1165             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1166             {\r
1167               endEditing();\r
1168               break;\r
1169             }\r
1170             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1171                        {seq}, fixedRight);\r
1172           }\r
1173         }\r
1174         else\r
1175         {\r
1176           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1177           int max = 0;\r
1178           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1179           {\r
1180             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1181             {\r
1182               break;\r
1183             }\r
1184             max++;\r
1185           }\r
1186 \r
1187           if (max > 0)\r
1188           {\r
1189             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1190                                    new SequenceI[]\r
1191                                    {seq},\r
1192                                    startres, max,\r
1193                                    av.alignment,\r
1194                                    true);\r
1195           }\r
1196         }\r
1197       }\r
1198     }\r
1199 \r
1200     lastres = startres;\r
1201     seqCanvas.repaint();\r
1202   }\r
1203 \r
1204   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1205   {\r
1206     int blankColumn = fixedColumn;\r
1207     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1208     {\r
1209       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1210       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1211 \r
1212       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1213       {\r
1214         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1215         {\r
1216           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1217           break;\r
1218         }\r
1219       }\r
1220 \r
1221       if (blankColumn <= j)\r
1222       {\r
1223         blankColumn = fixedColumn;\r
1224         endEditing();\r
1225         return;\r
1226       }\r
1227     }\r
1228 \r
1229     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1230                            seq,\r
1231                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1232 \r
1233     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1234                            seq,\r
1235                            j, 1, av.alignment,\r
1236                            true);\r
1237 \r
1238   }\r
1239 \r
1240   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1241   {\r
1242 \r
1243     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1244                            seq,\r
1245                            j, 1, av.alignment, true);\r
1246 \r
1247     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1248                            seq,\r
1249                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1250   }\r
1251 \r
1252 //////////////////////////////////////////\r
1253 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1254 //////////////////////////////////////////\r
1255   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1256   {\r
1257     if (scrollThread != null)\r
1258     {\r
1259       scrollThread.running = false;\r
1260       scrollThread = null;\r
1261     }\r
1262 \r
1263     int res = findRes(evt);\r
1264     int seq = findSeq(evt);\r
1265     oldSeq = seq;\r
1266     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1267 \r
1268     if (seq == -1)\r
1269     {\r
1270       return;\r
1271     }\r
1272 \r
1273     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1274 \r
1275     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1276     {\r
1277       return;\r
1278     }\r
1279 \r
1280     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1281 \r
1282     if (stretchGroup == null)\r
1283     {\r
1284       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1285       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1286           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1287       {\r
1288         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1289       }\r
1290       else\r
1291       {\r
1292         stretchGroup = null;\r
1293       }\r
1294     }\r
1295 \r
1296     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1297              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1298              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1299     {\r
1300       stretchGroup = null;\r
1301 \r
1302       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1303 \r
1304       if (allGroups != null)\r
1305       {\r
1306         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1307         {\r
1308           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1309               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1310           {\r
1311             stretchGroup = allGroups[i];\r
1312             break;\r
1313           }\r
1314         }\r
1315       }\r
1316       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1317     }\r
1318 \r
1319     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1320     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1321         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1322     {\r
1323       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1324                                                sequence.findPosition(res));\r
1325 \r
1326       Vector links = null;\r
1327       if (allFeatures != null)\r
1328       {\r
1329         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1330         {\r
1331           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1332           if (sf.links != null)\r
1333           {\r
1334             links = new Vector();\r
1335             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1336             {\r
1337               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1338             }\r
1339           }\r
1340         }\r
1341       }\r
1342       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1343       this.add(popup);\r
1344       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1345       return;\r
1346     }\r
1347 \r
1348     if (av.cursorMode)\r
1349     {\r
1350       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1351       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1352       seqCanvas.repaint();\r
1353       return;\r
1354     }\r
1355 \r
1356     //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1357 \r
1358     if (stretchGroup == null)\r
1359     {\r
1360       // define a new group here\r
1361       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1362       sg.setStartRes(res);\r
1363       sg.setEndRes(res);\r
1364       sg.addSequence(sequence, false);\r
1365       av.setSelectionGroup(sg);\r
1366       stretchGroup = sg;\r
1367 \r
1368       if (av.getConservationSelected())\r
1369       {\r
1370         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1371                                           "Background");\r
1372       }\r
1373       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1374       {\r
1375         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1376                                        "Background");\r
1377       }\r
1378 \r
1379     }\r
1380   }\r
1381 \r
1382   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1383   {\r
1384     if (stretchGroup == null)\r
1385     {\r
1386       return;\r
1387     }\r
1388 \r
1389     if (stretchGroup.cs != null)\r
1390     {\r
1391       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1392       {\r
1393         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1394             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1395             stretchGroup.getWidth());\r
1396       }\r
1397 \r
1398       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1399           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1400           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1401           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1402       {\r
1403         stretchGroup.recalcConservation();\r
1404       }\r
1405 \r
1406       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1407       {\r
1408         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1409                                           stretchGroup.getName());\r
1410         stretchGroup.recalcConservation();\r
1411       }\r
1412       else\r
1413       {\r
1414         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1415                                        stretchGroup.getName());\r
1416       }\r
1417     }\r
1418     changeEndRes = false;\r
1419     changeStartRes = false;\r
1420     stretchGroup = null;\r
1421     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1422     ap.paintAlignment(true);\r
1423   }\r
1424 \r
1425   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1426   {\r
1427     int res = findRes(evt);\r
1428     int y = findSeq(evt);\r
1429 \r
1430     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1431     {\r
1432       return;\r
1433     }\r
1434 \r
1435     if (stretchGroup == null)\r
1436     {\r
1437       return;\r
1438     }\r
1439 \r
1440     mouseDragging = true;\r
1441 \r
1442     if (y > av.alignment.getHeight())\r
1443     {\r
1444       y = av.alignment.getHeight() - 1;\r
1445     }\r
1446 \r
1447     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1448     {\r
1449       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1450     }\r
1451 \r
1452     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1453     {\r
1454       // Edit end res position of selected group\r
1455       changeEndRes = true;\r
1456     }\r
1457     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1458     {\r
1459       // Edit start res position of selected group\r
1460       changeStartRes = true;\r
1461     }\r
1462 \r
1463     if (res < 0)\r
1464     {\r
1465       res = 0;\r
1466     }\r
1467 \r
1468     if (changeEndRes)\r
1469     {\r
1470       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1471       {\r
1472         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1473       }\r
1474     }\r
1475     else if (changeStartRes)\r
1476     {\r
1477       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1478       {\r
1479         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1480       }\r
1481     }\r
1482 \r
1483     int dragDirection = 0;\r
1484 \r
1485     if (y > oldSeq)\r
1486     {\r
1487       dragDirection = 1;\r
1488     }\r
1489     else if (y < oldSeq)\r
1490     {\r
1491       dragDirection = -1;\r
1492     }\r
1493 \r
1494     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1495     {\r
1496       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1497       // selection is quite slow.\r
1498       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1499 \r
1500       oldSeq += dragDirection;\r
1501 \r
1502       if (oldSeq < 0)\r
1503       {\r
1504         break;\r
1505       }\r
1506 \r
1507       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1508 \r
1509       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1510       {\r
1511         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1512       }\r
1513       else\r
1514       {\r
1515         if (seq != null)\r
1516         {\r
1517           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1518         }\r
1519 \r
1520         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1521       }\r
1522     }\r
1523 \r
1524     if (oldSeq < 0)\r
1525     {\r
1526       oldSeq = -1;\r
1527     }\r
1528 \r
1529     if (res > av.endRes || res < av.startRes\r
1530         || y < av.startSeq || y > av.endSeq)\r
1531     {\r
1532       mouseExited(evt);\r
1533     }\r
1534 \r
1535     if (scrollThread != null)\r
1536     {\r
1537       scrollThread.setEvent(evt);\r
1538     }\r
1539 \r
1540     seqCanvas.repaint();\r
1541   }\r
1542 \r
1543   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1544   {\r
1545     if (oldSeq < 0)\r
1546     {\r
1547       oldSeq = 0;\r
1548     }\r
1549 \r
1550     if (scrollThread != null)\r
1551     {\r
1552       scrollThread.running = false;\r
1553       scrollThread = null;\r
1554     }\r
1555   }\r
1556 \r
1557   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1558   {\r
1559     if (av.getWrapAlignment())\r
1560     {\r
1561       return;\r
1562     }\r
1563 \r
1564     if (mouseDragging && scrollThread == null)\r
1565     {\r
1566       scrollThread = new ScrollThread();\r
1567     }\r
1568   }\r
1569 \r
1570   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1571   {\r
1572     if (evt == null)\r
1573     {\r
1574       if (scrollThread != null)\r
1575       {\r
1576         scrollThread.running = false;\r
1577         scrollThread = null;\r
1578       }\r
1579       mouseDragging = false;\r
1580     }\r
1581     else\r
1582     {\r
1583       if (scrollThread == null)\r
1584       {\r
1585         scrollThread = new ScrollThread();\r
1586       }\r
1587 \r
1588       mouseDragging = true;\r
1589       scrollThread.setEvent(evt);\r
1590     }\r
1591 \r
1592   }\r
1593 \r
1594   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1595   class ScrollThread\r
1596       extends Thread\r
1597   {\r
1598     MouseEvent evt;\r
1599     boolean running = false;\r
1600     public ScrollThread()\r
1601     {\r
1602       start();\r
1603     }\r
1604 \r
1605     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1606     {\r
1607       evt = e;\r
1608     }\r
1609 \r
1610     public void stopScrolling()\r
1611     {\r
1612       running = false;\r
1613     }\r
1614 \r
1615     public void run()\r
1616     {\r
1617       running = true;\r
1618       while (running)\r
1619       {\r
1620 \r
1621         if (evt != null)\r
1622         {\r
1623 \r
1624           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1625           {\r
1626             running = ap.scrollUp(true);\r
1627           }\r
1628 \r
1629           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1630               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1631           {\r
1632             running = ap.scrollUp(false);\r
1633           }\r
1634 \r
1635           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1636           {\r
1637             running = ap.scrollRight(false);\r
1638           }\r
1639 \r
1640           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1641           {\r
1642             running = ap.scrollRight(true);\r
1643           }\r
1644         }\r
1645 \r
1646         try\r
1647         {\r
1648           Thread.sleep(75);\r
1649         }\r
1650         catch (Exception ex)\r
1651         {}\r
1652       }\r
1653     }\r
1654   }\r
1655 \r
1656 }\r