src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 142      {\r
 143        int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 144        int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 145 \r
 146        while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 147              && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 148              && seqCanvas.cursorX>0)\r
 149        {\r
 150          seqCanvas.cursorX += dx;\r
 151        }\r
 152 \r
 153        if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 154           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 155        {\r
 156          seqCanvas.cursorX = original;\r
 157        }\r
 158       }\r
 159      scrollToVisible();\r
 160    }\r
 161 \r
 162    void scrollToVisible()\r
 163    {\r
 164      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 165        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 166      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 167        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 168 \r
 169      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 170        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 171      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 172        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 173 \r
 174 \r
 175      endEditing();\r
 176      if (av.wrapAlignment)\r
 177      {\r
 178        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 179      }\r
 180      else\r
 181      {\r
 182        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 183        {\r
 184          ap.scrollUp(true);\r
 185        }\r
 186        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 187        {\r
 188          ap.scrollUp(false);\r
 189        }\r
 190        while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 191        {\r
 192 \r
 193          if (!ap.scrollRight(false))\r
 194            break;\r
 195        }\r
 196        while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 197        {\r
 198          if (!ap.scrollRight(true))\r
 199            break;\r
 200        }\r
 201      }\r
 202      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 203                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 204 \r
 205      seqCanvas.repaint();\r
 206    }\r
 207 \r
 208    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 209    {\r
 210      SequenceI sequence =\r
 211          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 212 \r
 213      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 214      {\r
 215        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 216        //Find the top and bottom of this group\r
 217        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 218        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 219        {\r
 220          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 221          if(index > max)\r
 222            max = index;\r
 223          if(index < min)\r
 224            min = index;\r
 225        }\r
 226 \r
 227        max ++;\r
 228 \r
 229        if(topLeft)\r
 230        {\r
 231          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 233            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 234 \r
 235          min = seqCanvas.cursorY;\r
 236        }\r
 237        else\r
 238        {\r
 239          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 241            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 242 \r
 243          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 244        }\r
 245 \r
 246        if(min>max)\r
 247        {\r
 248          // Only the user can do this\r
 249          av.setSelectionGroup(null);\r
 250        }\r
 251        else\r
 252        {\r
 253          // Now add any sequences between min and max\r
 254          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 255          for (int i = min; i < max; i++)\r
 256          {\r
 257            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 258          }\r
 259        }\r
 260      }\r
 261 \r
 262      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 263      {\r
 264        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 265        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 266        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267        sg.addSequence(sequence, false);\r
 268        av.setSelectionGroup(sg);\r
 269      }\r
 270 \r
 271 \r
 272      ap.repaint();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 276    {\r
 277      groupEditing = group;\r
 278      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 281      endEditing();\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285    {\r
 286      groupEditing = group;\r
 287      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 288      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 289      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 290      endEditing();\r
 291    }\r
 292 \r
 293    void numberPressed(char value)\r
 294    {\r
 295      if(keyboardNo1==null)\r
 296        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 297 \r
 298      if(keyboardNo2!=null)\r
 299        keyboardNo2.append(value);\r
 300      else\r
 301        keyboardNo1.append(value);\r
 302    }\r
 303 \r
 304    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 305    {\r
 306      if(kb==null)\r
 307        return 1;\r
 308      else\r
 309        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 310    }\r
 311 \r
 312    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 313    {\r
 314      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 315                                           sequence.getName());\r
 316 \r
 317      Object obj = null;\r
 318      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 319      {\r
 320        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 321                                                   "");\r
 322        if (obj != null)\r
 323          text.append(" Nucleotide: ");\r
 324      }\r
 325      else\r
 326      {\r
 327        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 328        if (obj != null)\r
 329          text.append("  Residue: ");\r
 330      }\r
 331 \r
 332      if (obj != null)\r
 333      {\r
 334 \r
 335        if (obj != "")\r
 336        {\r
 337          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 338                      ")");\r
 339        }\r
 340      }\r
 341 \r
 342      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 343 \r
 344     }\r
 345      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 346      {\r
 347        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 348 \r
 349        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 350        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 351        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 352          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 353        {\r
 354          mouseWheelPressed = true;\r
 355          return;\r
 356        }\r
 357 \r
 358        if (evt.isShiftDown()\r
 359            || evt.isControlDown()\r
 360            || evt.isAltDown())\r
 361        {\r
 362          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 363          {\r
 364            groupEditing = true;\r
 365          }\r
 366          editingSeqs = true;\r
 367        }\r
 368        else\r
 369        {\r
 370          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 371          return;\r
 372        }\r
 373 \r
 374 \r
 375        int seq = findSeq(evt);\r
 376        int res = findRes(evt);\r
 377 \r
 378        if(seq<0 || res<0)\r
 379          return;\r
 380 \r
 381 \r
 382          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 383                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 384          {\r
 385              startseq = seq;\r
 386              lastres = res;\r
 387          }\r
 388          else\r
 389          {\r
 390              startseq = -1;\r
 391              lastres = -1;\r
 392          }\r
 393 \r
 394         return;\r
 395      }\r
 396 \r
 397      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 398 \r
 399 \r
 400   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 401   {\r
 402     mouseDragging = false;\r
 403     mouseWheelPressed = false;\r
 404 \r
 405     if (!editingSeqs)\r
 406     {\r
 407        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 408        return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411      endEditing();\r
 412      ap.repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   int startWrapBlock=-1;\r
 416   int wrappedBlock=-1;\r
 417   int findRes(MouseEvent evt)\r
 418  {\r
 419    int res = 0;\r
 420    int x = evt.getX();\r
 421 \r
 422   if (av.wrapAlignment)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int hgap = av.charHeight;\r
 426     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 427       hgap += av.charHeight;\r
 428 \r
 429     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 430         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 431 \r
 432       int y = evt.getY();\r
 433       y -= hgap;\r
 434       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 435 \r
 436 \r
 437       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 438       if(cwidth<1)\r
 439         return 0;\r
 440 \r
 441       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 442       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 443 \r
 444       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 445 \r
 446   }\r
 447   else\r
 448   {\r
 449       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   if(av.hasHiddenColumns)\r
 453           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 454 \r
 455   return res;\r
 456 \r
 457  }\r
 458 \r
 459  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 460  {\r
 461 \r
 462    int seq = 0;\r
 463    int y = evt.getY();\r
 464 \r
 465    if (av.wrapAlignment)\r
 466    {\r
 467      int hgap = av.charHeight;\r
 468      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 469        hgap += av.charHeight;\r
 470 \r
 471      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 472          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 473 \r
 474        y -= hgap;\r
 475 \r
 476      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 477                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 478      if(seq<0)\r
 479        seq = 0;\r
 480    }\r
 481    else\r
 482    {\r
 483      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 484                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 485      if(seq<0)\r
 486        seq = 0;\r
 487    }\r
 488 \r
 489    return seq;\r
 490  }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int seq = findSeq(evt);\r
 497     int res = findRes(evt);\r
 498 \r
 499     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 500         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 501     {\r
 502       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 503       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 504       // in the alignment\r
 505 \r
 506       startseq = seq;\r
 507       lastres = res;\r
 508     }\r
 509     else\r
 510     {\r
 511       startseq = -1;\r
 512       lastres = -1;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     return;\r
 516   }\r
 517 \r
 518   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 519   {\r
 520     int res = findRes(evt);\r
 521     int seq = findSeq(evt);\r
 522 \r
 523     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 524     {\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 529     if (res > sequence.getLength())\r
 530     {\r
 531       return;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 535             sequence.getName());\r
 536 \r
 537     Object obj = null;\r
 538     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 539     {\r
 540       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 541           "");\r
 542       if(obj!=null)\r
 543         text.append(" Nucleotide: ");\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 548       if(obj!=null)\r
 549         text.append("  Residue: ");\r
 550     }\r
 551 \r
 552     if (obj != null)\r
 553     {\r
 554       if (obj != "")\r
 555       {\r
 556         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 557       }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 561     {\r
 562       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 563     }\r
 564 \r
 565     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 566 \r
 567 \r
 568     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 569     if (av.showSequenceFeatures\r
 570         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 571         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 572     {\r
 573       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 574       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 575 \r
 576       int index = 0;\r
 577       while (index < allFeatures.size())\r
 578       {\r
 579         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 580 \r
 581         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 582 \r
 583         if (sf.getDescription() != null)\r
 584           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 585 \r
 586         if (sf.getValue("status") != null )\r
 587         {\r
 588           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 589           if(status.length()>0)\r
 590             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 591         }\r
 592         featureText.append("\n");\r
 593 \r
 594         index++;\r
 595       }\r
 596 \r
 597 \r
 598         if (tooltip == null)\r
 599           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 600         else\r
 601           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 602 \r
 603         tooltip.repaint();\r
 604 \r
 605     }\r
 606     else if (tooltip != null)\r
 607      {\r
 608        tooltip.setTip("");\r
 609      }\r
 610   }\r
 611 \r
 612   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 613   {\r
 614     Vector allFeatures = new Vector();\r
 615     int index = 0;\r
 616     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 617     {\r
 618       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 619       {\r
 620         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 621         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 622             sf.getEnd() >= res)\r
 623         {\r
 624           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 625           {\r
 626             allFeatures.addElement(sf);\r
 627           }\r
 628         }\r
 629         index++;\r
 630       }\r
 631     }\r
 632     return allFeatures;\r
 633   }\r
 634 \r
 635   Tooltip tooltip;\r
 636 \r
 637   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 638   {\r
 639     if (mouseWheelPressed)\r
 640     {\r
 641       int oldWidth = av.charWidth;\r
 642 \r
 643       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 644       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 645           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 646       {\r
 647         int fontSize = av.font.getSize();\r
 648 \r
 649         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 650         {\r
 651           fontSize--;\r
 652         }\r
 653         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 654         {\r
 655           fontSize++;\r
 656         }\r
 657 \r
 658 \r
 659         if(fontSize<1)\r
 660           fontSize = 1;\r
 661 \r
 662         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 663         av.charWidth = oldWidth;\r
 664       }\r
 665       else\r
 666       {\r
 667         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 668         {\r
 669           av.charWidth--;\r
 670         }\r
 671         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 672         {\r
 673           av.charWidth++;\r
 674         }\r
 675 \r
 676         if(av.charWidth<1)\r
 677         {\r
 678           av.charWidth = 1;\r
 679         }\r
 680       }\r
 681 \r
 682       ap.fontChanged();\r
 683 \r
 684       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 685       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 686 \r
 687       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 688 \r
 689       ap.repaint();\r
 690       ap.annotationPanel.image = null;\r
 691       return;\r
 692       }\r
 693 \r
 694       if (!editingSeqs)\r
 695       {\r
 696         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 697         return;\r
 698       }\r
 699 \r
 700   int res = findRes(evt);\r
 701 \r
 702   if (res < 0)\r
 703   {\r
 704       res = 0;\r
 705   }\r
 706 \r
 707   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 708   {\r
 709       return;\r
 710   }\r
 711 \r
 712   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 713   {\r
 714     // dragLeft, delete gap\r
 715     editSequence(false, res);\r
 716   }\r
 717   else\r
 718     editSequence(true, res);\r
 719 \r
 720   mouseDragging = true;\r
 721   if(scrollThread!=null)\r
 722     scrollThread.setEvent(evt);\r
 723 \r
 724   }\r
 725 \r
 726   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 727   {\r
 728     int fixedLeft = -1;\r
 729     int fixedRight = -1;\r
 730     boolean fixedColumns = false;\r
 731     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 732 \r
 733 \r
 734       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 735       {\r
 736         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 737         {\r
 738           groupEditing = true;\r
 739         }\r
 740       }\r
 741 \r
 742       //No group, but the sequence may represent a group\r
 743       if (groupEditing\r
 744           && sg == null\r
 745           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 746       {\r
 747         groupEditing = false;\r
 748       }\r
 749 \r
 750       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 751       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 752       if (groupEditing)\r
 753       {\r
 754         message.append("Edit group:");\r
 755         if (editCommand == null)\r
 756           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 757       }\r
 758       else\r
 759        {\r
 760          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 761          String label = seq.getName();\r
 762          if(label.length()>10)\r
 763            label = label.substring(0,10);\r
 764          if(editCommand==null)\r
 765            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 766        }\r
 767 \r
 768      if(insertGap)\r
 769        message.append(" insert ");\r
 770      else\r
 771        message.append(" delete ");\r
 772 \r
 773      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 774      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 775 \r
 776 \r
 777       //Are we editing within a selection group?\r
 778       if (groupEditing\r
 779           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 780       {\r
 781         fixedColumns = true;\r
 782 \r
 783         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 784         //but the sequence represents a group\r
 785         if (sg == null)\r
 786         {\r
 787           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 788                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 789           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 790         }\r
 791 \r
 792         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 793         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 794 \r
 795         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 796             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 797             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 798             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 799         {\r
 800           endEditing();\r
 801           return;\r
 802         }\r
 803 \r
 804         if (fixedLeft > startres)\r
 805         {\r
 806           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 807           fixedLeft = 0;\r
 808         }\r
 809         else if (fixedRight < startres)\r
 810         {\r
 811           fixedLeft = fixedRight;\r
 812           fixedRight = -1;\r
 813         }\r
 814       }\r
 815 \r
 816 \r
 817       if(av.hasHiddenColumns )\r
 818       {\r
 819           fixedColumns = true;\r
 820           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 821           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 822 \r
 823           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 824               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 825           {\r
 826             endEditing();\r
 827             return;\r
 828           }\r
 829 \r
 830           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 831           //Selection spans a hidden region\r
 832           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 833           {\r
 834             if(startres>=y2)\r
 835             {\r
 836               fixedLeft = y2;\r
 837             }\r
 838             else\r
 839             {\r
 840              fixedRight = y2 - 1;\r
 841            }\r
 842           }\r
 843       }\r
 844 \r
 845 \r
 846       if (groupEditing)\r
 847       {\r
 848         Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 849         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 850         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 851         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 852           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 853 \r
 854         // drag to right\r
 855         if (insertGap)\r
 856         {\r
 857             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 858             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 859             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 860                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 861                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 862                )\r
 863             {\r
 864               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 865               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 866             }\r
 867 \r
 868           // Is it valid with fixed columns??\r
 869           // Find the next gap before the end\r
 870           // of the visible region boundary\r
 871           boolean blank = false;\r
 872           for (fixedRight = fixedRight;\r
 873                fixedRight > lastres;\r
 874                fixedRight--)\r
 875           {\r
 876             blank = true;\r
 877 \r
 878             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 879             {\r
 880               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 881               {\r
 882                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 883                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 884                 {\r
 885                   blank = false;\r
 886                   break;\r
 887                 }\r
 888               }\r
 889             }\r
 890             if (blank)\r
 891               break;\r
 892           }\r
 893 \r
 894           if (!blank)\r
 895           {\r
 896             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 897             {\r
 898               if((av.hasHiddenColumns\r
 899                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 900               {\r
 901                 endEditing();\r
 902                 return;\r
 903               }\r
 904 \r
 905               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 906               if(av.hasHiddenRows)\r
 907               {\r
 908                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 909                 if(hwidth>alWidth)\r
 910                   alWidth = hwidth;\r
 911               }\r
 912               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 913               //contains all the sequences\r
 914               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 915               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 916             }\r
 917             else\r
 918             {\r
 919               endEditing();\r
 920               return;\r
 921             }\r
 922           }\r
 923         }\r
 924 \r
 925 \r
 926         // drag to left\r
 927         else if(!insertGap)\r
 928         {\r
 929           /// Are we able to delete?\r
 930           // ie are all columns blank?\r
 931 \r
 932           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 933           {\r
 934             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 935             {\r
 936               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 937               {\r
 938                 continue;\r
 939               }\r
 940 \r
 941               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 942                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 943               {\r
 944                 // Not a gap, block edit not valid\r
 945                 endEditing();\r
 946                 return;\r
 947               }\r
 948             }\r
 949           }\r
 950         }\r
 951 \r
 952           if (insertGap)\r
 953           {\r
 954             // dragging to the right\r
 955             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 956             {\r
 957               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 958               {\r
 959                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 960               }\r
 961             }\r
 962             else\r
 963             {\r
 964               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 965                                      groupSeqs,\r
 966                                      startres, startres-lastres,\r
 967                                      av.getGapCharacter(),\r
 968                                      true);\r
 969             }\r
 970           }\r
 971           else\r
 972           {\r
 973             // dragging to the left\r
 974             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 975             {\r
 976               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 977               {\r
 978                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 979               }\r
 980             }\r
 981             else\r
 982               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 983                                      groupSeqs,\r
 984                                      startres, lastres - startres,\r
 985                                      av.getGapCharacter(),\r
 986                                      true);\r
 987 \r
 988           }\r
 989       }\r
 990       else /////Editing a single sequence///////////\r
 991       {\r
 992         if (insertGap)\r
 993         {\r
 994           // dragging to the right\r
 995           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 996           {\r
 997             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 998             {\r
 999               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1000             }\r
1001           }\r
1002           else\r
1003           {\r
1004             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1005                                    new SequenceI[]\r
1006                                    {seq},\r
1007                                    lastres, startres-lastres,\r
1008                                    av.getGapCharacter(),\r
1009                                    true);\r
1010           }\r
1011         }\r
1012         else\r
1013         {\r
1014           // dragging to the left\r
1015           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1016           {\r
1017             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1018             {\r
1019               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1020               {\r
1021                 endEditing();\r
1022                 break;\r
1023               }\r
1024               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1025             }\r
1026           }\r
1027           else\r
1028           {\r
1029             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1030             int max=0;\r
1031             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1032             {\r
1033               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1034                 break;\r
1035               max++;\r
1036             }\r
1037 \r
1038             if (max>0)\r
1039             {\r
1040               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1041                                      new SequenceI[]\r
1042                                      {seq},\r
1043                                      startres, max,\r
1044                                      av.getGapCharacter(),\r
1045                                      true);\r
1046             }\r
1047           }\r
1048         }\r
1049       }\r
1050 \r
1051       lastres = startres;\r
1052       seqCanvas.repaint();\r
1053   }\r
1054 \r
1055 \r
1056 \r
1057   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1058   {\r
1059     int blankColumn = fixedColumn;\r
1060     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1061     {\r
1062       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1063       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1064 \r
1065       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1066       {\r
1067         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1068         {\r
1069           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1070           break;\r
1071         }\r
1072       }\r
1073 \r
1074       if (blankColumn <= j)\r
1075       {\r
1076         blankColumn = fixedColumn;\r
1077         endEditing();\r
1078         return;\r
1079       }\r
1080     }\r
1081 \r
1082     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1083                            seq,\r
1084                            blankColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1085 \r
1086     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1087                            seq,\r
1088                            j, 1, av.getGapCharacter(),\r
1089                            true);\r
1090 \r
1091   }\r
1092 \r
1093   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1094   {\r
1095 \r
1096     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1097                            seq,\r
1098                            j, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1099 \r
1100     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1101                            seq,\r
1102                            fixedColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1103   }\r
1104 \r
1105 \r
1106 //////////////////////////////////////////\r
1107 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1108 //////////////////////////////////////////\r
1109   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1110   {\r
1111     if (scrollThread != null)\r
1112     {\r
1113       scrollThread.running = false;\r
1114       scrollThread = null;\r
1115     }\r
1116 \r
1117     int res = findRes(evt);\r
1118     int seq = findSeq(evt);\r
1119     oldSeq = seq;\r
1120     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1121 \r
1122     if(seq==-1)\r
1123       return;\r
1124 \r
1125     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1126 \r
1127     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1128     {\r
1129       return;\r
1130     }\r
1131 \r
1132     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1133 \r
1134     if (stretchGroup == null)\r
1135     {\r
1136       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1137       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1138           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1139       {\r
1140         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1141       }\r
1142       else\r
1143       {\r
1144         stretchGroup = null;\r
1145       }\r
1146     }\r
1147 \r
1148     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1149              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1150              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1151     {\r
1152       stretchGroup = null;\r
1153 \r
1154       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1155 \r
1156       if (allGroups != null)\r
1157       {\r
1158         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1159         {\r
1160           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1161               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1162           {\r
1163             stretchGroup = allGroups[i];\r
1164             break;\r
1165           }\r
1166         }\r
1167       }\r
1168       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1169     }\r
1170 \r
1171 \r
1172     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1173     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1174              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1175     {\r
1176       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1177                                                sequence.findPosition(res));\r
1178 \r
1179       Vector links = null;\r
1180       if(allFeatures!=null)\r
1181       {\r
1182         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1183         {\r
1184           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1185           if (sf.links != null)\r
1186           {\r
1187             links = new Vector();\r
1188             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1189             {\r
1190               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1191             }\r
1192           }\r
1193         }\r
1194       }\r
1195       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1196       this.add(popup);\r
1197       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1198       ap.repaint();\r
1199       return;\r
1200     }\r
1201 \r
1202     if (av.cursorMode)\r
1203     {\r
1204       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1205       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1206       seqCanvas.repaint();\r
1207       return;\r
1208     }\r
1209 \r
1210       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1211 \r
1212       if (stretchGroup == null)\r
1213       {\r
1214         // define a new group here\r
1215         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1216         sg.setStartRes(res);\r
1217         sg.setEndRes(res);\r
1218         sg.addSequence(sequence, false);\r
1219         av.setSelectionGroup(sg);\r
1220         stretchGroup = sg;\r
1221 \r
1222         if (av.getConservationSelected())\r
1223         {\r
1224           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1225                                             "Background");\r
1226         }\r
1227         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1228         {\r
1229           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1230                                          "Background");\r
1231         }\r
1232 \r
1233       }\r
1234   }\r
1235 \r
1236   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1237   {\r
1238     if (stretchGroup == null)\r
1239     {\r
1240         return;\r
1241     }\r
1242 \r
1243     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1244     {\r
1245       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1246       {\r
1247         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1248             stretchGroup.getSequences(true),\r
1249             stretchGroup.getWidth());\r
1250       }\r
1251 \r
1252       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1253           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1254           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1255           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1256         stretchGroup.recalcConservation();\r
1257 \r
1258 \r
1259       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1260       {\r
1261         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1262                                           stretchGroup.getName());\r
1263         stretchGroup.recalcConservation();\r
1264       }\r
1265       else\r
1266       {\r
1267         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1268                                        stretchGroup.getName());\r
1269       }\r
1270     }\r
1271     changeEndRes = false;\r
1272     changeStartRes = false;\r
1273     stretchGroup = null;\r
1274     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1275     ap.repaint();\r
1276   }\r
1277 \r
1278   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1279   {\r
1280     int res = findRes(evt);\r
1281     int y = findSeq(evt);\r
1282 \r
1283     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1284       return;\r
1285 \r
1286      if (stretchGroup == null)\r
1287      {\r
1288           return;\r
1289      }\r
1290 \r
1291      mouseDragging = true;\r
1292 \r
1293 \r
1294       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1295       {\r
1296         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1297       }\r
1298 \r
1299       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1300         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1301 \r
1302       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1303       {\r
1304           // Edit end res position of selected group\r
1305           changeEndRes = true;\r
1306       }\r
1307       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1308       {\r
1309           // Edit start res position of selected group\r
1310           changeStartRes = true;\r
1311       }\r
1312 \r
1313       if (res < 0)\r
1314       {\r
1315           res = 0;\r
1316       }\r
1317 \r
1318       if (changeEndRes)\r
1319       {\r
1320           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1321           {\r
1322               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1323           }\r
1324       }\r
1325       else if (changeStartRes)\r
1326       {\r
1327           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1328           {\r
1329               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1330           }\r
1331       }\r
1332 \r
1333       int dragDirection = 0;\r
1334 \r
1335       if (y > oldSeq)\r
1336       {\r
1337           dragDirection = 1;\r
1338       }\r
1339       else if (y < oldSeq)\r
1340       {\r
1341           dragDirection = -1;\r
1342       }\r
1343 \r
1344 \r
1345       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1346       {\r
1347           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1348           // selection is quite slow.\r
1349           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1350 \r
1351           oldSeq += dragDirection;\r
1352 \r
1353           if(oldSeq<0)\r
1354             break;\r
1355 \r
1356           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1357 \r
1358           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1359           {\r
1360               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1361           }\r
1362           else\r
1363           {\r
1364               if (seq != null)\r
1365               {\r
1366                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1367               }\r
1368 \r
1369               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1370           }\r
1371       }\r
1372 \r
1373       if(oldSeq < 0)\r
1374         oldSeq = -1;\r
1375 \r
1376 \r
1377       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1378           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1379       {\r
1380         mouseExited(evt);\r
1381       }\r
1382 \r
1383       if (scrollThread != null)\r
1384       {\r
1385         scrollThread.setEvent(evt);\r
1386       }\r
1387 \r
1388       seqCanvas.repaint();\r
1389     }\r
1390 \r
1391     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1392     {\r
1393       if (oldSeq < 0)\r
1394         oldSeq = 0;\r
1395 \r
1396       if (scrollThread != null)\r
1397       {\r
1398         scrollThread.running = false;\r
1399         scrollThread = null;\r
1400       }\r
1401     }\r
1402 \r
1403   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1404   {\r
1405     if (av.getWrapAlignment())\r
1406     {\r
1407       return;\r
1408     }\r
1409 \r
1410     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1411     {\r
1412       scrollThread = new ScrollThread();\r
1413     }\r
1414   }\r
1415 \r
1416   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1417   {\r
1418     if(evt==null)\r
1419     {\r
1420       if(scrollThread!=null)\r
1421       {\r
1422         scrollThread.running = false;\r
1423         scrollThread = null;\r
1424       }\r
1425       mouseDragging = false;\r
1426     }\r
1427     else\r
1428     {\r
1429       if (scrollThread == null)\r
1430         scrollThread = new ScrollThread();\r
1431 \r
1432       mouseDragging = true;\r
1433       scrollThread.setEvent(evt);\r
1434     }\r
1435 \r
1436     }\r
1437 \r
1438   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1439   class ScrollThread\r
1440       extends Thread\r
1441   {\r
1442     MouseEvent evt;\r
1443     boolean running = false;\r
1444     public ScrollThread()\r
1445     {\r
1446       start();\r
1447     }\r
1448 \r
1449     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1450     {\r
1451       evt = e;\r
1452     }\r
1453 \r
1454     public void stopScrolling()\r
1455     {\r
1456       running = false;\r
1457     }\r
1458 \r
1459     public void run()\r
1460     {\r
1461       running = true;\r
1462       while (running)\r
1463       {\r
1464 \r
1465         if (evt != null)\r
1466         {\r
1467 \r
1468           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1469           {\r
1470             running = ap.scrollUp(true);\r
1471           }\r
1472 \r
1473           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1474               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1475           {\r
1476             running = ap.scrollUp(false);\r
1477           }\r
1478 \r
1479           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1480           {\r
1481             running = ap.scrollRight(false);\r
1482           }\r
1483 \r
1484           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1485           {\r
1486             running = ap.scrollRight(true);\r
1487           }\r
1488         }\r
1489 \r
1490         try\r
1491         {\r
1492           Thread.sleep(75);\r
1493         }\r
1494         catch (Exception ex)\r
1495         {}\r
1496       }\r
1497     }\r
1498   }\r
1499 \r
1500 }\r