src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.structure.SelectionListener;
  37 import jalview.structure.SelectionSource;
  38 import jalview.structure.SequenceListener;
  39 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  40 import jalview.structure.VamsasSource;
  41 import jalview.util.MappingUtils;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  44 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Font;
  48 import java.awt.FontMetrics;
  49 import java.awt.Panel;
  50 import java.awt.Point;
  51 import java.awt.event.InputEvent;
  52 import java.awt.event.MouseEvent;
  53 import java.awt.event.MouseListener;
  54 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  55 import java.util.Vector;
  56
  57 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  58         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  59 {
  60
  61   public SeqCanvas seqCanvas;
  62
  63   public AlignmentPanel ap;
  64
  65   protected int lastres;
  66
  67   protected int startseq;
  68
  69   protected AlignViewport av;
  70
  71   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  72   // conservation
  73   boolean seqEditOccurred = false;
  74
  75   ScrollThread scrollThread = null;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   boolean editingSeqs = false;
  80
  81   boolean groupEditing = false;
  82
  83   int oldSeq = -1;
  84
  85   boolean changeEndSeq = false;
  86
  87   boolean changeStartSeq = false;
  88
  89   boolean changeEndRes = false;
  90
  91   boolean changeStartRes = false;
  92
  93   SequenceGroup stretchGroup = null;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo1;
  96
  97   StringBuffer keyboardNo2;
  98
  99   boolean mouseWheelPressed = false;
 100
 101   Point lastMousePress;
 102
 103   EditCommand editCommand;
 104
 105   StructureSelectionManager ssm;
 106
 107   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 108   {
 109     this.av = avp;
 110
 111     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 112     setLayout(new BorderLayout());
 113     add(seqCanvas);
 114
 115     ap = p;
 116
 117     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 118     seqCanvas.addMouseListener(this);
 119     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 120     ssm.addStructureViewerListener(this);
 121     ssm.addSelectionListener(this);
 122
 123     seqCanvas.repaint();
 124   }
 125
 126   void endEditing()
 127   {
 128     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 129     {
 130       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 131       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 132               .getSequences());
 133     }
 134
 135     startseq = -1;
 136     lastres = -1;
 137     editingSeqs = false;
 138     groupEditing = false;
 139     keyboardNo1 = null;
 140     keyboardNo2 = null;
 141     editCommand = null;
 142   }
 143
 144   void setCursorRow()
 145   {
 146     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 147     scrollToVisible();
 148   }
 149
 150   void setCursorColumn()
 151   {
 152     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 153     scrollToVisible();
 154   }
 155
 156   void setCursorRowAndColumn()
 157   {
 158     if (keyboardNo2 == null)
 159     {
 160       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 161     }
 162     else
 163     {
 164       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 165       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 166       scrollToVisible();
 167     }
 168   }
 169
 170   void setCursorPosition()
 171   {
 172     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 173
 174     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 175     scrollToVisible();
 176   }
 177
 178   void moveCursor(int dx, int dy)
 179   {
 180     seqCanvas.cursorX += dx;
 181     seqCanvas.cursorY += dy;
 182     if (av.hasHiddenColumns()
 183             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 184     {
 185       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 186       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 187
 188       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 189               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 190       {
 191         seqCanvas.cursorX += dx;
 192       }
 193
 194       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 195               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 196       {
 197         seqCanvas.cursorX = original;
 198       }
 199     }
 200     scrollToVisible();
 201   }
 202
 203   void scrollToVisible()
 204   {
 205     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 206     {
 207       seqCanvas.cursorX = 0;
 208     }
 209     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 210     {
 211       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 212     }
 213
 214     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 215     {
 216       seqCanvas.cursorY = 0;
 217     }
 218     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 219     {
 220       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 221     }
 222
 223     endEditing();
 224     if (av.getWrapAlignment())
 225     {
 226       av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 227     }
 228     else
 229     {
 230       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 231       while (seqCanvas.cursorY < ranges.getStartSeq())
 232       {
 233         ranges.scrollUp(true);
 234       }
 235       while (seqCanvas.cursorY + 1 > ranges.getEndSeq())
 236       {
 237         ranges.scrollUp(false);
 238       }
 239       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 240               .adjustForHiddenColumns(ranges.getStartRes()))
 241       {
 242
 243         if (!ranges.scrollRight(false))
 244         {
 245           break;
 246         }
 247       }
 248       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 249               .adjustForHiddenColumns(ranges.getEndRes()))
 250       {
 251         if (!ranges.scrollRight(true))
 252         {
 253           break;
 254         }
 255       }
 256     }
 257     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 258             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 259
 260     seqCanvas.repaint();
 261   }
 262
 263   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 264   {
 265     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 266
 267     if (av.getSelectionGroup() != null)
 268     {
 269       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 270       // Find the top and bottom of this group
 271       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 272       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 273       {
 274         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 275         if (index > max)
 276         {
 277           max = index;
 278         }
 279         if (index < min)
 280         {
 281           min = index;
 282         }
 283       }
 284
 285       max++;
 286
 287       if (topLeft)
 288       {
 289         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 290         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 291         {
 292           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 293         }
 294
 295         min = seqCanvas.cursorY;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 300         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 301         {
 302           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 303         }
 304
 305         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 306       }
 307
 308       if (min > max)
 309       {
 310         // Only the user can do this
 311         av.setSelectionGroup(null);
 312       }
 313       else
 314       {
 315         // Now add any sequences between min and max
 316         sg.clear();
 317         for (int i = min; i < max; i++)
 318         {
 319           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 320         }
 321       }
 322     }
 323
 324     if (av.getSelectionGroup() == null)
 325     {
 326       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 327       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 328       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 329       sg.addSequence(sequence, false);
 330       av.setSelectionGroup(sg);
 331     }
 332     ap.paintAlignment(false);
 333     av.sendSelection();
 334   }
 335
 336   void insertGapAtCursor(boolean group)
 337   {
 338     groupEditing = group;
 339     startseq = seqCanvas.cursorY;
 340     lastres = seqCanvas.cursorX;
 341     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 342     endEditing();
 343   }
 344
 345   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 346   {
 347     groupEditing = group;
 348     startseq = seqCanvas.cursorY;
 349     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 350     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 351     endEditing();
 352   }
 353
 354   void numberPressed(char value)
 355   {
 356     if (keyboardNo1 == null)
 357     {
 358       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 359     }
 360
 361     if (keyboardNo2 != null)
 362     {
 363       keyboardNo2.append(value);
 364     }
 365     else
 366     {
 367       keyboardNo1.append(value);
 368     }
 369   }
 370
 371   int getKeyboardNo1()
 372   {
 373     try
 374     {
 375       if (keyboardNo1 != null)
 376       {
 377         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 378         keyboardNo1 = null;
 379         return value;
 380       }
 381     } catch (Exception x)
 382     {
 383     }
 384     keyboardNo1 = null;
 385     return 1;
 386   }
 387
 388   int getKeyboardNo2()
 389   {
 390     try
 391     {
 392       if (keyboardNo2 != null)
 393       {
 394         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 395         keyboardNo2 = null;
 396         return value;
 397       }
 398     } catch (Exception x)
 399     {
 400     }
 401     keyboardNo2 = null;
 402     return 1;
 403   }
 404
 405   /**
 406    * Set status message in alignment panel
 407    *
 408    * @param sequence
 409    *          aligned sequence object
 410    * @param res
 411    *          alignment column
 412    * @param seq
 413    *          index of sequence in alignment
 414    * @return position of res in sequence
 415    */
 416   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 417   {
 418     // TODO remove duplication of identical gui method
 419     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 420     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 421     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 422
 423     String residue = null;
 424     /*
 425      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 426      */
 427     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 428     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 429     {
 430       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 431       if (residue != null)
 432       {
 433         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 434       }
 435     }
 436     else
 437     {
 438       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 439               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 440               .get(displayChar));
 441       if (residue != null)
 442       {
 443         text.append(" Residue: ").append(residue);
 444       }
 445     }
 446
 447     int pos = -1;
 448     if (residue != null)
 449     {
 450       pos = sequence.findPosition(res);
 451       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 452     }
 453
 454     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 459    * search results.
 460    *
 461    * @param results
 462    * @return true if results were matched, false if not
 463    */
 464   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 465   {
 466     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 467     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 468     if (sequenceIndex == -1)
 469     {
 470       return false;
 471     }
 472     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 473     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 474     {
 475       SequenceI seq = m.getSequence();
 476       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 477       {
 478         seq = seq.getDatasetSequence();
 479       }
 480
 481       if (seq == ds)
 482       {
 483         /*
 484          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 485          * index (base 0)
 486          */
 487         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 488         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 489         return true;
 490       }
 491     }
 492     return false;
 493   }
 494
 495   @Override
 496   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 497   {
 498     lastMousePress = evt.getPoint();
 499
 500     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 501     // As the Button2_mask always seems to be true
 502     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 503             && !av.MAC)
 504     {
 505       mouseWheelPressed = true;
 506       return;
 507     }
 508
 509     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 510     {
 511       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 512       {
 513         groupEditing = true;
 514       }
 515       editingSeqs = true;
 516     }
 517     else
 518     {
 519       doMousePressedDefineMode(evt);
 520       return;
 521     }
 522
 523     int seq = findSeq(evt);
 524     int res = findRes(evt);
 525
 526     if (seq < 0 || res < 0)
 527     {
 528       return;
 529     }
 530
 531     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 532             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 533     {
 534       startseq = seq;
 535       lastres = res;
 536     }
 537     else
 538     {
 539       startseq = -1;
 540       lastres = -1;
 541     }
 542
 543     return;
 544   }
 545
 546   @Override
 547   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 548   {
 549     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 550     if (evt.getClickCount() > 1)
 551     {
 552       if (av.getSelectionGroup() != null
 553               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 554               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 555                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 556       {
 557         av.setSelectionGroup(null);
 558       }
 559
 560       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 561               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 562
 563       if (features != null && features.length > 0)
 564       {
 565         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 566         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 567                 features[0].getEnd());
 568         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 569       }
 570       if (features != null && features.length > 0)
 571       {
 572         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 573                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 574
 575         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 576       }
 577     }
 578   }
 579
 580   @Override
 581   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 582   {
 583     mouseDragging = false;
 584     mouseWheelPressed = false;
 585     ap.paintAlignment(true);
 586
 587     if (!editingSeqs)
 588     {
 589       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 590       return;
 591     }
 592
 593     endEditing();
 594
 595   }
 596
 597   int startWrapBlock = -1;
 598
 599   int wrappedBlock = -1;
 600
 601   int findRes(MouseEvent evt)
 602   {
 603     int res = 0;
 604     int x = evt.getX();
 605
 606     if (av.getWrapAlignment())
 607     {
 608
 609       int hgap = av.getCharHeight();
 610       if (av.getScaleAboveWrapped())
 611       {
 612         hgap += av.getCharHeight();
 613       }
 614
 615       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 616               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 617
 618       int y = evt.getY();
 619       y -= hgap;
 620       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 621
 622       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 623       if (cwidth < 1)
 624       {
 625         return 0;
 626       }
 627
 628       wrappedBlock = y / cHeight;
 629       wrappedBlock += av.getRanges().getStartRes() / cwidth;
 630
 631       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 632
 633     }
 634     else
 635     {
 636       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 637     }
 638
 639     if (av.hasHiddenColumns())
 640     {
 641       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 642     }
 643
 644     return res;
 645
 646   }
 647
 648   int findSeq(MouseEvent evt)
 649   {
 650     final int sqnum = findAlRow(evt);
 651     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 652   }
 653
 654   /**
 655    *
 656    * @param evt
 657    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 658    */
 659   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 660   {
 661     int seq = 0;
 662     int y = evt.getY();
 663
 664     if (av.getWrapAlignment())
 665     {
 666       int hgap = av.getCharHeight();
 667       if (av.getScaleAboveWrapped())
 668       {
 669         hgap += av.getCharHeight();
 670       }
 671
 672       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 673               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 674
 675       y -= hgap;
 676
 677       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 678               .getHeight() - 1);
 679       if (seq < 0)
 680       {
 681         seq = -1;
 682       }
 683     }
 684     else
 685     {
 686       seq = Math.min((y / av.getCharHeight())
 687               + av.getRanges().getStartSeq(),
 688               av
 689               .getAlignment().getHeight() - 1);
 690       if (seq < 0)
 691       {
 692         seq = -1;
 693       }
 694     }
 695
 696     return seq;
 697   }
 698
 699   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 700   {
 701
 702     int seq = findSeq(evt);
 703     int res = findRes(evt);
 704
 705     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 706             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 707     {
 708       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 709       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 710       // in the alignment
 711
 712       startseq = seq;
 713       lastres = res;
 714     }
 715     else
 716     {
 717       startseq = -1;
 718       lastres = -1;
 719     }
 720
 721     return;
 722   }
 723
 724   String lastMessage;
 725
 726   @Override
 727   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 728   {
 729     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 730     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 731     {
 732       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 733     }
 734
 735     lastMessage = tmp;
 736   }
 737
 738   @Override
 739   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 740   {
 741     if (av.isFollowHighlight())
 742     {
 743       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 744       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 745       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 746       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 747       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 748       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 749       {
 750         ap.alignFrame.repaint();
 751       }
 752       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 753     }
 754     setStatusMessage(results);
 755     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 756
 757   }
 758
 759   @Override
 760   public VamsasSource getVamsasSource()
 761   {
 762     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 763   }
 764
 765   @Override
 766   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 767   {
 768     System.out.println("update the seqPanel colours");
 769     // repaint();
 770   }
 771
 772   @Override
 773   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 774   {
 775     int res = findRes(evt);
 776     int seq = findSeq(evt);
 777
 778     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 779     {
 780       if (tooltip != null)
 781       {
 782         tooltip.setTip("");
 783       }
 784       return;
 785     }
 786
 787     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 788     if (res > sequence.getLength())
 789     {
 790       if (tooltip != null)
 791       {
 792         tooltip.setTip("");
 793       }
 794       return;
 795     }
 796
 797     int respos = sequence.findPosition(res);
 798     if (ssm != null)
 799     {
 800       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 801     }
 802
 803     StringBuilder text = new StringBuilder();
 804     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 805             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 806
 807     String obj = null;
 808     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 809     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 810     {
 811       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 812       if (obj != null)
 813       {
 814         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 815       }
 816     }
 817     else
 818     {
 819       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 820               .get(ch);
 821       if (obj != null)
 822       {
 823         text.append(" Residue: ").append(obj);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (obj != null)
 828     {
 829       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 830     }
 831
 832     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 833
 834     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 835     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 836     if (groups != null)
 837     {
 838       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 839       {
 840         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 841         {
 842           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 843                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 844           {
 845             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 846           }
 847           if (groups[g].getDescription() != null)
 848           {
 849             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 850           }
 851           tooltipText.append("\n");
 852         }
 853       }
 854     }
 855
 856     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 857     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 858             sequence.findPosition(res));
 859
 860     int index = 0;
 861     while (index < allFeatures.length)
 862     {
 863       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 864
 865       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 866
 867       if (sf.getDescription() != null)
 868       {
 869         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 870       }
 871
 872       if (sf.getValue("status") != null)
 873       {
 874         String status = sf.getValue("status").toString();
 875         if (status.length() > 0)
 876         {
 877           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 878         }
 879       }
 880       tooltipText.append("\n");
 881
 882       index++;
 883     }
 884
 885     if (tooltip == null)
 886     {
 887       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 888     }
 889     else
 890     {
 891       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 892     }
 893   }
 894
 895   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 896   {
 897     Vector tmp = new Vector();
 898     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 899     if (features != null)
 900     {
 901       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 902       {
 903         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 904                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 905                         features[i].getType()))
 906         {
 907           continue;
 908         }
 909
 910         if (features[i].featureGroup != null
 911                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 912                         features[i].featureGroup, false))
 913         {
 914           continue;
 915         }
 916
 917         if ((features[i].getBegin() <= res)
 918                 && (features[i].getEnd() >= res))
 919         {
 920           tmp.addElement(features[i]);
 921         }
 922       }
 923     }
 924
 925     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 926     tmp.copyInto(features);
 927
 928     return features;
 929   }
 930
 931   Tooltip tooltip;
 932
 933   /**
 934    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 935    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 936    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 937    * redraws can be applied
 938    */
 939   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 940
 941   @Override
 942   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 943   {
 944     if (mouseWheelPressed)
 945     {
 946       int oldWidth = av.getCharWidth();
 947
 948       // Which is bigger, left-right or up-down?
 949       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 950               - lastMousePress.x))
 951       {
 952         int fontSize = av.font.getSize();
 953
 954         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 955         {
 956           fontSize--;
 957         }
 958         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 959         {
 960           fontSize++;
 961         }
 962
 963         if (fontSize < 1)
 964         {
 965           fontSize = 1;
 966         }
 967
 968         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 969         av.setCharWidth(oldWidth);
 970       }
 971       else
 972       {
 973         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 974         {
 975           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 976         }
 977         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 978         {
 979           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 980         }
 981
 982         if (av.getCharWidth() < 1)
 983         {
 984           av.setCharWidth(1);
 985         }
 986       }
 987
 988       ap.fontChanged();
 989
 990       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 991       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 992
 993       lastMousePress = evt.getPoint();
 994
 995       ap.paintAlignment(false);
 996       ap.annotationPanel.image = null;
 997       return;
 998     }
 999
1000     if (!editingSeqs)
1001     {
1002       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1003       return;
1004     }
1005
1006     int res = findRes(evt);
1007
1008     if (res < 0)
1009     {
1010       res = 0;
1011     }
1012
1013     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1014     {
1015       return;
1016     }
1017
1018     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1019     {
1020       // dragLeft, delete gap
1021       editSequence(false, res);
1022     }
1023     else
1024     {
1025       editSequence(true, res);
1026     }
1027
1028     mouseDragging = true;
1029     if (scrollThread != null)
1030     {
1031       scrollThread.setEvent(evt);
1032     }
1033
1034   }
1035
1036   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1037   {
1038     int fixedLeft = -1;
1039     int fixedRight = -1;
1040     boolean fixedColumns = false;
1041     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1042
1043     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1044
1045     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1046     {
1047       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1048       {
1049         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1050         groupEditing = true;
1051       }
1052     }
1053
1054     StringBuffer message = new StringBuffer();
1055     if (groupEditing)
1056     {
1057       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1058               ":");
1059       if (editCommand == null)
1060       {
1061         editCommand = new EditCommand(
1062                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1063       }
1064     }
1065     else
1066     {
1067       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1068               .append(" " + seq.getName());
1069       String label = seq.getName();
1070       if (label.length() > 10)
1071       {
1072         label = label.substring(0, 10);
1073       }
1074       if (editCommand == null)
1075       {
1076         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1077                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1078       }
1079     }
1080
1081     if (insertGap)
1082     {
1083       message.append(" insert ");
1084     }
1085     else
1086     {
1087       message.append(" delete ");
1088     }
1089
1090     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1091     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1092
1093     // Are we editing within a selection group?
1094     if (groupEditing
1095             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1096                     .contains(seq)))
1097     {
1098       fixedColumns = true;
1099
1100       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1101       // but the sequence represents a group
1102       if (sg == null)
1103       {
1104         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1105         {
1106           endEditing();
1107           return;
1108         }
1109
1110         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1111       }
1112
1113       fixedLeft = sg.getStartRes();
1114       fixedRight = sg.getEndRes();
1115
1116       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1117               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1118               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1119               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1120       {
1121         endEditing();
1122         return;
1123       }
1124
1125       if (fixedLeft > startres)
1126       {
1127         fixedRight = fixedLeft - 1;
1128         fixedLeft = 0;
1129       }
1130       else if (fixedRight < startres)
1131       {
1132         fixedLeft = fixedRight;
1133         fixedRight = -1;
1134       }
1135     }
1136
1137     if (av.hasHiddenColumns())
1138     {
1139       fixedColumns = true;
1140       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1141       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1142
1143       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1144               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1145       {
1146         endEditing();
1147         return;
1148       }
1149
1150       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1151       // Selection spans a hidden region
1152       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1153       {
1154         if (startres >= y2)
1155         {
1156           fixedLeft = y2;
1157         }
1158         else
1159         {
1160           fixedRight = y2 - 1;
1161         }
1162       }
1163     }
1164
1165     if (groupEditing)
1166     {
1167       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1168               .toArray(new SequenceI[0]);
1169
1170       // drag to right
1171       if (insertGap)
1172       {
1173         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1174         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1175         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1176                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1177         {
1178           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1179           fixedRight = sg.getEndRes();
1180         }
1181
1182         // Is it valid with fixed columns??
1183         // Find the next gap before the end
1184         // of the visible region boundary
1185         boolean blank = false;
1186         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1187         {
1188           blank = true;
1189
1190           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1191           {
1192             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1193             {
1194               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1195                       - j)))
1196               {
1197                 blank = false;
1198                 break;
1199               }
1200             }
1201           }
1202           if (blank)
1203           {
1204             break;
1205           }
1206         }
1207
1208         if (!blank)
1209         {
1210           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1211           {
1212             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1213                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1214             {
1215               endEditing();
1216               return;
1217             }
1218
1219             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1220             if (av.hasHiddenRows())
1221             {
1222               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1223                       .getWidth();
1224               if (hwidth > alWidth)
1225               {
1226                 alWidth = hwidth;
1227               }
1228             }
1229             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1230             // contains all the sequences
1231             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1232             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1233           }
1234           else
1235           {
1236             endEditing();
1237             return;
1238           }
1239         }
1240       }
1241
1242       // drag to left
1243       else if (!insertGap)
1244       {
1245         // / Are we able to delete?
1246         // ie are all columns blank?
1247
1248         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1249         {
1250           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1251           {
1252             if (gs.getLength() <= j)
1253             {
1254               continue;
1255             }
1256
1257             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1258             {
1259               // Not a gap, block edit not valid
1260               endEditing();
1261               return;
1262             }
1263           }
1264         }
1265       }
1266
1267       if (insertGap)
1268       {
1269         // dragging to the right
1270         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1271         {
1272           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1273           {
1274             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1275           }
1276         }
1277         else
1278         {
1279           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1280                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1281         }
1282       }
1283       else
1284       {
1285         // dragging to the left
1286         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1287         {
1288           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1289           {
1290             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1291           }
1292         }
1293         else
1294         {
1295           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1296                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1297         }
1298
1299       }
1300     }
1301     else
1302     // ///Editing a single sequence///////////
1303     {
1304       if (insertGap)
1305       {
1306         // dragging to the right
1307         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1308         {
1309           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1310           {
1311             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1312           }
1313         }
1314         else
1315         {
1316           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1317                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1318                   av.getAlignment(), true);
1319         }
1320       }
1321       else
1322       {
1323         // dragging to the left
1324         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1325         {
1326           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1327           {
1328             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1329             {
1330               endEditing();
1331               break;
1332             }
1333             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1334           }
1335         }
1336         else
1337         {
1338           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1339           int max = 0;
1340           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1341           {
1342             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1343             {
1344               break;
1345             }
1346             max++;
1347           }
1348
1349           if (max > 0)
1350           {
1351             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1352                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1353                     av.getAlignment(), true);
1354           }
1355         }
1356       }
1357     }
1358
1359     lastres = startres;
1360     seqCanvas.repaint();
1361   }
1362
1363   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1364   {
1365     int blankColumn = fixedColumn;
1366     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1367     {
1368       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1369       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1370
1371       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1372       {
1373         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1374         {
1375           // Theres a space, so break and insert the gap
1376           break;
1377         }
1378       }
1379
1380       if (blankColumn <= j)
1381       {
1382         blankColumn = fixedColumn;
1383         endEditing();
1384         return;
1385       }
1386     }
1387
1388     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1389             av.getAlignment(), true);
1390
1391     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1392             true);
1393
1394   }
1395
1396   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1397   {
1398
1399     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1400             true);
1401
1402     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1403             av.getAlignment(), true);
1404   }
1405
1406   // ////////////////////////////////////////
1407   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1408   // ////////////////////////////////////////
1409   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1410   {
1411     if (scrollThread != null)
1412     {
1413       scrollThread.running = false;
1414       scrollThread = null;
1415     }
1416
1417     int res = findRes(evt);
1418     int seq = findSeq(evt);
1419     oldSeq = seq;
1420     startWrapBlock = wrappedBlock;
1421
1422     if (seq == -1)
1423     {
1424       return;
1425     }
1426
1427     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1428
1429     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1430     {
1431       return;
1432     }
1433
1434     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1435
1436     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1437     {
1438       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1439       if (stretchGroup != null)
1440       {
1441         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1442         // focus on
1443         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1444       }
1445     }
1446
1447     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1448     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1449     {
1450       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1451               sequence.findPosition(res));
1452
1453       Vector<String> links = null;
1454       if (allFeatures != null)
1455       {
1456         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1457         {
1458           if (allFeatures[i].links != null)
1459           {
1460             if (links == null)
1461             {
1462               links = new Vector<String>();
1463             }
1464             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1465             {
1466               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1467             }
1468           }
1469         }
1470       }
1471       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1472       this.add(popup);
1473       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1474       return;
1475     }
1476
1477     if (av.cursorMode)
1478     {
1479       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1480       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1481       seqCanvas.repaint();
1482       return;
1483     }
1484
1485     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1486
1487     if (stretchGroup == null)
1488     {
1489       // define a new group here
1490       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1491       sg.setStartRes(res);
1492       sg.setEndRes(res);
1493       sg.addSequence(sequence, false);
1494       av.setSelectionGroup(sg);
1495       stretchGroup = sg;
1496
1497       if (av.getConservationSelected())
1498       {
1499         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1500                 ap.getViewName());
1501       }
1502       if (av.getAbovePIDThreshold())
1503       {
1504         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1505                 ap.getViewName());
1506       }
1507
1508     }
1509   }
1510
1511   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1512   {
1513     if (stretchGroup == null)
1514     {
1515       return;
1516     }
1517     // always do this - annotation has own state
1518     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1519     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1520     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1521     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1522     if (stretchGroup.cs != null)
1523     {
1524       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1525               av.getHiddenRepSequences());
1526
1527       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1528       {
1529         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1530                 stretchGroup.getName());
1531       }
1532       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1533       {
1534         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1535                 stretchGroup.getName());
1536       }
1537     }
1538     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1539     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1540     needOverviewUpdate = false;
1541     changeEndRes = false;
1542     changeStartRes = false;
1543     stretchGroup = null;
1544     av.sendSelection();
1545   }
1546
1547   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1548   {
1549     int res = findRes(evt);
1550     int y = findSeq(evt);
1551
1552     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1553     {
1554       return;
1555     }
1556
1557     if (stretchGroup == null)
1558     {
1559       return;
1560     }
1561
1562     mouseDragging = true;
1563
1564     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1565     {
1566       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1567     }
1568
1569     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1570     {
1571       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1572     }
1573
1574     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1575     {
1576       // Edit end res position of selected group
1577       changeEndRes = true;
1578     }
1579     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1580     {
1581       // Edit start res position of selected group
1582       changeStartRes = true;
1583     }
1584
1585     if (res < 0)
1586     {
1587       res = 0;
1588     }
1589
1590     if (changeEndRes)
1591     {
1592       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1593       {
1594         stretchGroup.setEndRes(res);
1595         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1596       }
1597     }
1598     else if (changeStartRes)
1599     {
1600       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1601       {
1602         stretchGroup.setStartRes(res);
1603         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1604       }
1605     }
1606
1607     int dragDirection = 0;
1608
1609     if (y > oldSeq)
1610     {
1611       dragDirection = 1;
1612     }
1613     else if (y < oldSeq)
1614     {
1615       dragDirection = -1;
1616     }
1617
1618     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1619             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1620     {
1621       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1622       // selection is quite slow.
1623       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1624
1625       oldSeq += dragDirection;
1626
1627       if (oldSeq < 0)
1628       {
1629         break;
1630       }
1631
1632       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1633
1634       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1635       {
1636         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1637         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1638       }
1639       else
1640       {
1641         if (seq != null)
1642         {
1643           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1644         }
1645
1646         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1647         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1648       }
1649     }
1650
1651     if (oldSeq < 0)
1652     {
1653       oldSeq = -1;
1654     }
1655
1656     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1657             || res < av.getRanges().getStartRes()
1658             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1659             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1660     {
1661       mouseExited(evt);
1662     }
1663
1664     if (scrollThread != null)
1665     {
1666       scrollThread.setEvent(evt);
1667     }
1668
1669     seqCanvas.repaint();
1670   }
1671
1672   @Override
1673   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1674   {
1675     if (oldSeq < 0)
1676     {
1677       oldSeq = 0;
1678     }
1679
1680     if (scrollThread != null)
1681     {
1682       scrollThread.running = false;
1683       scrollThread = null;
1684     }
1685   }
1686
1687   @Override
1688   public void mouseExited(MouseEvent e)
1689   {
1690     if (av.getWrapAlignment())
1691     {
1692       return;
1693     }
1694
1695     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1696     {
1697       scrollThread = new ScrollThread();
1698     }
1699   }
1700
1701   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1702   {
1703     if (evt == null)
1704     {
1705       if (scrollThread != null)
1706       {
1707         scrollThread.running = false;
1708         scrollThread = null;
1709       }
1710       mouseDragging = false;
1711     }
1712     else
1713     {
1714       if (scrollThread == null)
1715       {
1716         scrollThread = new ScrollThread();
1717       }
1718
1719       mouseDragging = true;
1720       scrollThread.setEvent(evt);
1721     }
1722
1723   }
1724
1725   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1726   class ScrollThread extends Thread
1727   {
1728     MouseEvent evt;
1729
1730     boolean running = false;
1731
1732     public ScrollThread()
1733     {
1734       start();
1735     }
1736
1737     public void setEvent(MouseEvent e)
1738     {
1739       evt = e;
1740     }
1741
1742     public void stopScrolling()
1743     {
1744       running = false;
1745     }
1746
1747     @Override
1748     public void run()
1749     {
1750       running = true;
1751       while (running)
1752       {
1753
1754         if (evt != null)
1755         {
1756
1757           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1758                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1759           {
1760             running = av.getRanges().scrollUp(true);
1761           }
1762
1763           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1764                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges()
1765                           .getEndSeq())
1766           {
1767             running = av.getRanges().scrollUp(false);
1768           }
1769
1770           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1771           {
1772             running = av.getRanges().scrollRight(false);
1773           }
1774
1775           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1776           {
1777             running = av.getRanges().scrollRight(true);
1778           }
1779         }
1780
1781         try
1782         {
1783           Thread.sleep(75);
1784         } catch (Exception ex)
1785         {
1786         }
1787       }
1788     }
1789   }
1790
1791   /**
1792    * modify current selection according to a received message.
1793    */
1794   @Override
1795   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1796           SelectionSource source)
1797   {
1798     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1799     // handles selection messages...
1800     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1801     // shared between viewports.
1802     if (av != null
1803             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1804                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1805     {
1806       return;
1807     }
1808
1809     /*
1810      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1811      * complement.
1812      */
1813     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1814     {
1815       return;
1816     }
1817
1818     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1819     // suspect)
1820     /*
1821      * only copy colsel if there is a real intersection between
1822      * sequence selection and this panel's alignment
1823      */
1824     boolean repaint = false;
1825     boolean copycolsel = false;
1826     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1827     {
1828       SequenceGroup sgroup = null;
1829       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1830       {
1831         if (av.getAlignment() == null)
1832         {
1833           System.out
1834                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1835                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1836                           + av.getViewId()
1837                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1838           return;
1839         }
1840         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1841                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1842         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1843         {
1844           copycolsel = true;
1845         }
1846       }
1847       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1848       {
1849         av.setSelectionGroup(sgroup);
1850       }
1851       else
1852       {
1853         av.setSelectionGroup(null);
1854       }
1855       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1856     }
1857     if (copycolsel
1858             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1859                     .isColSelChanged(true)))
1860     {
1861       // the current selection is unset or from a previous message
1862       // so import the new colsel.
1863       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1864       {
1865         if (av.getColumnSelection() != null)
1866         {
1867           av.getColumnSelection().clear();
1868         }
1869       }
1870       else
1871       {
1872         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1873         if (av.getColumnSelection() == null)
1874         {
1875           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1876         }
1877         else
1878         {
1879           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1880         }
1881       }
1882       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1883     }
1884     if (copycolsel
1885             && av.hasHiddenColumns()
1886             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1887                     .getHiddenColumns() == null))
1888     {
1889       System.err.println("Bad things");
1890     }
1891     if (repaint)
1892     {
1893       ap.scalePanelHolder.repaint();
1894       ap.repaint();
1895     }
1896   }
1897
1898   /**
1899    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1900    *
1901    * @param row
1902    * @param column
1903    */
1904   public void scrollTo(int row, int column)
1905   {
1906
1907     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1908     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1909     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1910   }
1911
1912   /**
1913    * scroll to the given row - or nearest visible location
1914    *
1915    * @param row
1916    */
1917   public void scrollToRow(int row)
1918   {
1919
1920     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1921     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(), ap.av.getRanges()
1922             .getStartRes(), row, true, true);
1923   }
1924
1925   /**
1926    * scroll to the given column - or nearest visible location
1927    *
1928    * @param column
1929    */
1930   public void scrollToColumn(int column)
1931   {
1932
1933     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1934     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true, true);
1935   }
1936
1937   /**
1938    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1939    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1940    * returns false.
1941    *
1942    * @param seqsel
1943    * @param colsel
1944    * @param source
1945    */
1946   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1947           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1948   {
1949     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1950     {
1951       return false;
1952     }
1953     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1954     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1955             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1956     {
1957       return false;
1958     }
1959
1960     /*
1961      * Map sequence selection
1962      */
1963     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1964     av.setSelectionGroup(sg);
1965     av.isSelectionGroupChanged(true);
1966
1967     /*
1968      * Map column selection
1969      */
1970     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1971             av);
1972     av.setColumnSelection(cs);
1973
1974     ap.scalePanelHolder.repaint();
1975     ap.repaint();
1976
1977     return true;
1978   }
1979
1980 }