src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.Vector;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  33 {\r
  34 \r
  35   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  36   public AlignmentPanel ap;\r
  37 \r
  38   protected int lastres;\r
  39   protected int startseq;\r
  40 \r
  41   protected AlignViewport av;\r
  42 \r
  43   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  44   boolean seqEditOccurred = false;\r
  45 \r
  46   ScrollThread scrollThread = null;\r
  47   boolean mouseDragging = false;\r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51   int oldSeq = -1;\r
  52   boolean changeEndSeq = false;\r
  53   boolean changeStartSeq = false;\r
  54   boolean changeEndRes = false;\r
  55   boolean changeStartRes = false;\r
  56   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  57 \r
  58   StringBuffer keyboardNo1;\r
  59   StringBuffer keyboardNo2;\r
  60 \r
  61   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  62   Point lastMousePress;\r
  63 \r
  64   EditCommand editCommand;\r
  65 \r
  66   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  67   {\r
  68     this.av = avp;\r
  69 \r
  70     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  71     setLayout(new BorderLayout());\r
  72     add(seqCanvas);\r
  73 \r
  74     ap = p;\r
  75 \r
  76     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  77     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  78 \r
  79     seqCanvas.repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   void endEditing()\r
  83   {\r
  84     if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
  85     {\r
  86       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  87       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  88                             av.getAlignment().getSequences());\r
  89     }\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     lastres = -1;\r
  93     editingSeqs = false;\r
  94     groupEditing = false;\r
  95     keyboardNo1 = null;\r
  96     keyboardNo2 = null;\r
  97      editCommand = null;\r
  98    }\r
  99 \r
 100    void setCursorRow()\r
 101    {\r
 102      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 103      scrollToVisible();\r
 104    }\r
 105 \r
 106    void setCursorColumn()\r
 107    {\r
 108      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 109      scrollToVisible();\r
 110    }\r
 111 \r
 112    void setCursorRowAndColumn()\r
 113    {\r
 114      if(keyboardNo2==null)\r
 115      {\r
 116        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 117      }\r
 118      else\r
 119      {\r
 120        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 121        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 122        scrollToVisible();\r
 123      }\r
 124    }\r
 125 \r
 126    void setCursorPosition()\r
 127    {\r
 128      SequenceI sequence =\r
 129          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 130 \r
 131      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 132          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 133          );\r
 134      scrollToVisible();\r
 135    }\r
 136 \r
 137    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 138    {\r
 139      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 140      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 141      scrollToVisible();\r
 142    }\r
 143 \r
 144    void scrollToVisible()\r
 145    {\r
 146      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 147        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 148      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 149        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 150 \r
 151      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 152        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 153      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 154        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 155 \r
 156 \r
 157      endEditing();\r
 158      if (av.wrapAlignment)\r
 159      {\r
 160        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 161      }\r
 162      else\r
 163      {\r
 164        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 165        {\r
 166          ap.scrollUp(true);\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 169        {\r
 170          ap.scrollUp(false);\r
 171        }\r
 172        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 173        {\r
 174 \r
 175          if (!ap.scrollRight(false))\r
 176            break;\r
 177        }\r
 178        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 179        {\r
 180          if (!ap.scrollRight(true))\r
 181            break;\r
 182        }\r
 183      }\r
 184      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 185                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 186 \r
 187      seqCanvas.repaint();\r
 188    }\r
 189 \r
 190    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 191    {\r
 192      SequenceI sequence =\r
 193          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 194 \r
 195      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 196      {\r
 197        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 198        //Find the top and bottom of this group\r
 199        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 200        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 201        {\r
 202          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 203          if(index > max)\r
 204            max = index;\r
 205          if(index < min)\r
 206            min = index;\r
 207        }\r
 208 \r
 209        max ++;\r
 210 \r
 211        if(topLeft)\r
 212        {\r
 213          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 215            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 216 \r
 217          min = seqCanvas.cursorY;\r
 218        }\r
 219        else\r
 220        {\r
 221          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 222          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 223            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 224 \r
 225          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 226        }\r
 227 \r
 228        if(min>max)\r
 229        {\r
 230          // Only the user can do this\r
 231          av.setSelectionGroup(null);\r
 232        }\r
 233        else\r
 234        {\r
 235          // Now add any sequences between min and max\r
 236          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 237          for (int i = min; i < max; i++)\r
 238          {\r
 239            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 240          }\r
 241        }\r
 242      }\r
 243 \r
 244      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 245      {\r
 246        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 247        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 248        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 249        sg.addSequence(sequence, false);\r
 250        av.setSelectionGroup(sg);\r
 251      }\r
 252 \r
 253 \r
 254      ap.repaint();\r
 255    }\r
 256 \r
 257    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 258    {\r
 259      groupEditing = group;\r
 260      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 261      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 262      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 263      endEditing();\r
 264    }\r
 265 \r
 266    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 267    {\r
 268      groupEditing = group;\r
 269      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 270      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 271      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 272      endEditing();\r
 273    }\r
 274 \r
 275    void numberPressed(char value)\r
 276    {\r
 277      if(keyboardNo1==null)\r
 278        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 279 \r
 280      if(keyboardNo2!=null)\r
 281        keyboardNo2.append(value);\r
 282      else\r
 283        keyboardNo1.append(value);\r
 284    }\r
 285 \r
 286    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 287    {\r
 288      if(kb==null)\r
 289        return 1;\r
 290      else\r
 291        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 292    }\r
 293 \r
 294    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 295    {\r
 296      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 297                                           sequence.getName());\r
 298 \r
 299      Object obj = null;\r
 300      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 301      {\r
 302        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 303                                                   "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append(" Nucleotide: ");\r
 306      }\r
 307      else\r
 308      {\r
 309        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 310        if (obj != null)\r
 311          text.append("  Residue: ");\r
 312      }\r
 313 \r
 314      if (obj != null)\r
 315      {\r
 316 \r
 317        if (obj != "")\r
 318        {\r
 319          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 320                      ")");\r
 321        }\r
 322      }\r
 323 \r
 324      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 325 \r
 326     }\r
 327      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 328      {\r
 329        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 330 \r
 331        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 332        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 333        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 334          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 335        {\r
 336          mouseWheelPressed = true;\r
 337          return;\r
 338        }\r
 339 \r
 340        if (evt.isShiftDown()\r
 341            || evt.isControlDown()\r
 342            || evt.isAltDown())\r
 343        {\r
 344          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 345          {\r
 346            groupEditing = true;\r
 347          }\r
 348          editingSeqs = true;\r
 349        }\r
 350        else\r
 351        {\r
 352          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 353          return;\r
 354        }\r
 355 \r
 356 \r
 357        int seq = findSeq(evt);\r
 358        int res = findRes(evt);\r
 359 \r
 360        if(seq<0 || res<0)\r
 361          return;\r
 362 \r
 363 \r
 364          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 365                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 366          {\r
 367              startseq = seq;\r
 368              lastres = res;\r
 369          }\r
 370          else\r
 371          {\r
 372              startseq = -1;\r
 373              lastres = -1;\r
 374          }\r
 375 \r
 376         return;\r
 377      }\r
 378 \r
 379      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 380 \r
 381 \r
 382   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 383   {\r
 384     mouseDragging = false;\r
 385     mouseWheelPressed = false;\r
 386 \r
 387     if (!editingSeqs)\r
 388     {\r
 389        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 390        return;\r
 391     }\r
 392 \r
 393      endEditing();\r
 394      ap.repaint();\r
 395   }\r
 396 \r
 397   int startWrapBlock=-1;\r
 398   int wrappedBlock=-1;\r
 399   int findRes(MouseEvent evt)\r
 400  {\r
 401    int res = 0;\r
 402    int x = evt.getX();\r
 403 \r
 404   if (av.wrapAlignment)\r
 405   {\r
 406 \r
 407     int hgap = av.charHeight;\r
 408     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 409       hgap += av.charHeight;\r
 410 \r
 411     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 412         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 413 \r
 414       int y = evt.getY();\r
 415       y -= hgap;\r
 416       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 417 \r
 418 \r
 419       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 420       if(cwidth<1)\r
 421         return 0;\r
 422 \r
 423       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 424       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 425 \r
 426       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 427 \r
 428   }\r
 429   else\r
 430   {\r
 431       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 432   }\r
 433 \r
 434   if(av.hasHiddenColumns)\r
 435           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 436 \r
 437   return res;\r
 438 \r
 439  }\r
 440 \r
 441  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 442  {\r
 443 \r
 444    int seq = 0;\r
 445    int y = evt.getY();\r
 446 \r
 447    if (av.wrapAlignment)\r
 448    {\r
 449      int hgap = av.charHeight;\r
 450      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 451        hgap += av.charHeight;\r
 452 \r
 453      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 454          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 455 \r
 456        y -= hgap;\r
 457 \r
 458      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 459                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 460      if(seq<0)\r
 461        seq = 0;\r
 462    }\r
 463    else\r
 464    {\r
 465      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 466                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 467      if(seq<0)\r
 468        seq = 0;\r
 469    }\r
 470 \r
 471    return seq;\r
 472  }\r
 473 \r
 474 \r
 475   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 476   {\r
 477 \r
 478     int seq = findSeq(evt);\r
 479     int res = findRes(evt);\r
 480 \r
 481     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 482         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 483     {\r
 484       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 485       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 486       // in the alignment\r
 487 \r
 488       startseq = seq;\r
 489       lastres = res;\r
 490     }\r
 491     else\r
 492     {\r
 493       startseq = -1;\r
 494       lastres = -1;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     return;\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 501   {\r
 502     int res = findRes(evt);\r
 503     int seq = findSeq(evt);\r
 504 \r
 505     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 506     {\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 511     if (res > sequence.getLength())\r
 512     {\r
 513       return;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 517             sequence.getName());\r
 518 \r
 519     Object obj = null;\r
 520     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 521     {\r
 522       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 523           "");\r
 524       if(obj!=null)\r
 525         text.append(" Nucleotide: ");\r
 526     }\r
 527     else\r
 528     {\r
 529       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 530       if(obj!=null)\r
 531         text.append("  Residue: ");\r
 532     }\r
 533 \r
 534     if (obj != null)\r
 535     {\r
 536       if (obj != "")\r
 537       {\r
 538         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 539       }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 543     {\r
 544       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 545     }\r
 546 \r
 547     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 548 \r
 549 \r
 550     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 551     if (av.showSequenceFeatures\r
 552         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 553         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 554     {\r
 555       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 556       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 557 \r
 558       int index = 0;\r
 559       while (index < allFeatures.size())\r
 560       {\r
 561         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 562 \r
 563         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 564 \r
 565         if (sf.getDescription() != null)\r
 566           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 567 \r
 568         if (sf.getValue("status") != null )\r
 569         {\r
 570           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 571           if(status.length()>0)\r
 572             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 573         }\r
 574         featureText.append("\n");\r
 575 \r
 576         index++;\r
 577       }\r
 578 \r
 579 \r
 580         if (tooltip == null)\r
 581           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 582         else\r
 583           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 584 \r
 585         tooltip.repaint();\r
 586 \r
 587     }\r
 588     else if (tooltip != null)\r
 589      {\r
 590        tooltip.setTip("");\r
 591      }\r
 592   }\r
 593 \r
 594   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 595   {\r
 596     Vector allFeatures = new Vector();\r
 597     int index = 0;\r
 598     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 599     {\r
 600       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 601       {\r
 602         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 603         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 604             sf.getEnd() >= res)\r
 605         {\r
 606           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 607           {\r
 608             allFeatures.addElement(sf);\r
 609           }\r
 610         }\r
 611         index++;\r
 612       }\r
 613     }\r
 614     return allFeatures;\r
 615   }\r
 616 \r
 617   Tooltip tooltip;\r
 618 \r
 619   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 620   {\r
 621     if (mouseWheelPressed)\r
 622     {\r
 623       int oldWidth = av.charWidth;\r
 624 \r
 625       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 626       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 627           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 628       {\r
 629         int fontSize = av.font.getSize();\r
 630 \r
 631         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 632         {\r
 633           fontSize--;\r
 634         }\r
 635         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 636         {\r
 637           fontSize++;\r
 638         }\r
 639 \r
 640 \r
 641         if(fontSize<1)\r
 642           fontSize = 1;\r
 643 \r
 644         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 645         av.charWidth = oldWidth;\r
 646       }\r
 647       else\r
 648       {\r
 649         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 650         {\r
 651           av.charWidth--;\r
 652         }\r
 653         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 654         {\r
 655           av.charWidth++;\r
 656         }\r
 657 \r
 658         if(av.charWidth<1)\r
 659         {\r
 660           av.charWidth = 1;\r
 661         }\r
 662       }\r
 663 \r
 664       ap.fontChanged();\r
 665 \r
 666       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 667       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 668 \r
 669       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 670 \r
 671       ap.repaint();\r
 672       ap.annotationPanel.image = null;\r
 673       return;\r
 674       }\r
 675 \r
 676       if (!editingSeqs)\r
 677       {\r
 678         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 679         return;\r
 680       }\r
 681 \r
 682   int res = findRes(evt);\r
 683 \r
 684   if (res < 0)\r
 685   {\r
 686       res = 0;\r
 687   }\r
 688 \r
 689   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 690   {\r
 691       return;\r
 692   }\r
 693 \r
 694   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 695   {\r
 696     // dragLeft, delete gap\r
 697     editSequence(false, res);\r
 698   }\r
 699   else\r
 700     editSequence(true, res);\r
 701 \r
 702   mouseDragging = true;\r
 703   if(scrollThread!=null)\r
 704     scrollThread.setEvent(evt);\r
 705 \r
 706   }\r
 707 \r
 708   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 709   {\r
 710     int fixedLeft = -1;\r
 711     int fixedRight = -1;\r
 712     boolean fixedColumns = false;\r
 713     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 714 \r
 715 \r
 716       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 717       {\r
 718         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 719         {\r
 720           groupEditing = true;\r
 721         }\r
 722       }\r
 723 \r
 724       //No group, but the sequence may represent a group\r
 725       if (groupEditing\r
 726           && sg == null\r
 727           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 728       {\r
 729         groupEditing = false;\r
 730       }\r
 731 \r
 732       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 733       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 734       if (groupEditing)\r
 735       {\r
 736         message.append("Edit group:");\r
 737         if (editCommand == null)\r
 738           editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 739       }\r
 740       else\r
 741        {\r
 742          message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 743          String label = seq.getName();\r
 744          if(label.length()>10)\r
 745            label = label.substring(0,10);\r
 746          if(editCommand==null)\r
 747            editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 748        }\r
 749 \r
 750      if(insertGap)\r
 751        message.append(" insert ");\r
 752      else\r
 753        message.append(" delete ");\r
 754 \r
 755      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 756      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 757 \r
 758 \r
 759       //Are we editing within a selection group?\r
 760       if (groupEditing\r
 761           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 762       {\r
 763         fixedColumns = true;\r
 764 \r
 765         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 766         //but the sequence represents a group\r
 767         if (sg == null)\r
 768         {\r
 769           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 770                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 771           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 772         }\r
 773 \r
 774         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 775         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 776 \r
 777         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 778             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 779             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 780             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 781         {\r
 782           endEditing();\r
 783           return;\r
 784         }\r
 785 \r
 786         if (fixedLeft > startres)\r
 787         {\r
 788           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 789           fixedLeft = 0;\r
 790         }\r
 791         else if (fixedRight < startres)\r
 792         {\r
 793           fixedLeft = fixedRight;\r
 794           fixedRight = -1;\r
 795         }\r
 796       }\r
 797 \r
 798 \r
 799       if(av.hasHiddenColumns )\r
 800       {\r
 801           fixedColumns = true;\r
 802           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 803           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 804 \r
 805           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 806               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 807           {\r
 808             endEditing();\r
 809             return;\r
 810           }\r
 811 \r
 812           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 813           //Selection spans a hidden region\r
 814           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 815           {\r
 816             if(startres>=y2)\r
 817             {\r
 818               fixedLeft = y2;\r
 819             }\r
 820             else\r
 821             {\r
 822              fixedRight = y2 - 1;\r
 823            }\r
 824           }\r
 825       }\r
 826 \r
 827 \r
 828       if (groupEditing)\r
 829       {\r
 830         Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 831         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 832         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 833         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 834           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 835 \r
 836         // drag to right\r
 837         if (insertGap)\r
 838         {\r
 839             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 840             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 841             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 842                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 843                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 844                )\r
 845             {\r
 846               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 847               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 848             }\r
 849 \r
 850           // Is it valid with fixed columns??\r
 851           // Find the next gap before the end\r
 852           // of the visible region boundary\r
 853           boolean blank = false;\r
 854           for (fixedRight = fixedRight;\r
 855                fixedRight > lastres;\r
 856                fixedRight--)\r
 857           {\r
 858             blank = true;\r
 859 \r
 860             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 861             {\r
 862               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 863               {\r
 864                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 865                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 866                 {\r
 867                   blank = false;\r
 868                   break;\r
 869                 }\r
 870               }\r
 871             }\r
 872             if (blank)\r
 873               break;\r
 874           }\r
 875 \r
 876           if (!blank)\r
 877           {\r
 878             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 879             {\r
 880               if((av.hasHiddenColumns\r
 881                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 882               {\r
 883                 endEditing();\r
 884                 return;\r
 885               }\r
 886 \r
 887               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 888               if(av.hasHiddenRows)\r
 889               {\r
 890                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 891                 if(hwidth>alWidth)\r
 892                   alWidth = hwidth;\r
 893               }\r
 894               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 895               //contains all the sequences\r
 896               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 897               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 898             }\r
 899             else\r
 900             {\r
 901               endEditing();\r
 902               return;\r
 903             }\r
 904           }\r
 905         }\r
 906 \r
 907 \r
 908         // drag to left\r
 909         else if(!insertGap)\r
 910         {\r
 911           /// Are we able to delete?\r
 912           // ie are all columns blank?\r
 913 \r
 914           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 915           {\r
 916             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 917             {\r
 918               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 919               {\r
 920                 continue;\r
 921               }\r
 922 \r
 923               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 924                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 925               {\r
 926                 // Not a gap, block edit not valid\r
 927                 endEditing();\r
 928                 return;\r
 929               }\r
 930             }\r
 931           }\r
 932         }\r
 933 \r
 934           if (insertGap)\r
 935           {\r
 936             // dragging to the right\r
 937             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 938             {\r
 939               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 940               {\r
 941                   insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
 942               }\r
 943             }\r
 944             else\r
 945             {\r
 946               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 947                                      groupSeqs,\r
 948                                      startres, startres-lastres,\r
 949                                      av.getGapCharacter(),\r
 950                                      true);\r
 951             }\r
 952           }\r
 953           else\r
 954           {\r
 955             // dragging to the left\r
 956             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 957             {\r
 958               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 959               {\r
 960                 deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 961               }\r
 962             }\r
 963             else\r
 964               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
 965                                      groupSeqs,\r
 966                                      startres, lastres - startres,\r
 967                                      av.getGapCharacter(),\r
 968                                      true);\r
 969 \r
 970           }\r
 971       }\r
 972       else /////Editing a single sequence///////////\r
 973       {\r
 974         if (insertGap)\r
 975         {\r
 976           // dragging to the right\r
 977           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 978           {\r
 979             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 980             {\r
 981               insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
 982             }\r
 983           }\r
 984           else\r
 985           {\r
 986             editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
 987                                    new SequenceI[]\r
 988                                    {seq},\r
 989                                    lastres, startres-lastres,\r
 990                                    av.getGapCharacter(),\r
 991                                    true);\r
 992           }\r
 993         }\r
 994         else\r
 995         {\r
 996           // dragging to the left\r
 997           if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 998           {\r
 999             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1000             {\r
1001               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1002               {\r
1003                 endEditing();\r
1004                 break;\r
1005               }\r
1006               deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1007             }\r
1008           }\r
1009           else\r
1010           {\r
1011             //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1012             int max=0;\r
1013             for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1014             {\r
1015               if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1016                 break;\r
1017               max++;\r
1018             }\r
1019 \r
1020             if (max>0)\r
1021             {\r
1022               editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1023                                      new SequenceI[]\r
1024                                      {seq},\r
1025                                      startres, max,\r
1026                                      av.getGapCharacter(),\r
1027                                      true);\r
1028             }\r
1029           }\r
1030         }\r
1031       }\r
1032 \r
1033       lastres = startres;\r
1034       seqCanvas.repaint();\r
1035   }\r
1036 \r
1037 \r
1038 \r
1039   void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1040   {\r
1041     int blankColumn = fixedColumn;\r
1042     for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1043     {\r
1044       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1045       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1046 \r
1047       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1048       {\r
1049         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1050         {\r
1051           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1052           break;\r
1053         }\r
1054       }\r
1055 \r
1056       if (blankColumn <= j)\r
1057       {\r
1058         blankColumn = fixedColumn;\r
1059         endEditing();\r
1060         return;\r
1061       }\r
1062     }\r
1063 \r
1064     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1065                            seq,\r
1066                            blankColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1067 \r
1068     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1069                            seq,\r
1070                            j, 1, av.getGapCharacter(),\r
1071                            true);\r
1072 \r
1073   }\r
1074 \r
1075   void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1076   {\r
1077 \r
1078     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1079                            seq,\r
1080                            j, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1081 \r
1082     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1083                            seq,\r
1084                            fixedColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1085   }\r
1086 \r
1087 \r
1088 //////////////////////////////////////////\r
1089 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1090 //////////////////////////////////////////\r
1091   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1092   {\r
1093     if (scrollThread != null)\r
1094     {\r
1095       scrollThread.running = false;\r
1096       scrollThread = null;\r
1097     }\r
1098 \r
1099     int res = findRes(evt);\r
1100     int seq = findSeq(evt);\r
1101     oldSeq = seq;\r
1102     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1103 \r
1104     if(seq==-1)\r
1105       return;\r
1106 \r
1107     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1108 \r
1109     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1110     {\r
1111       return;\r
1112     }\r
1113 \r
1114     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1115 \r
1116     if (stretchGroup == null)\r
1117     {\r
1118       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1119       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1120           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1121       {\r
1122         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1123       }\r
1124       else\r
1125       {\r
1126         stretchGroup = null;\r
1127       }\r
1128     }\r
1129 \r
1130     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1131              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1132              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1133     {\r
1134       stretchGroup = null;\r
1135 \r
1136       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1137 \r
1138       if (allGroups != null)\r
1139       {\r
1140         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1141         {\r
1142           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1143               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1144           {\r
1145             stretchGroup = allGroups[i];\r
1146             break;\r
1147           }\r
1148         }\r
1149       }\r
1150       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1151     }\r
1152 \r
1153 \r
1154     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1155     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1156              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1157     {\r
1158       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1159                                                sequence.findPosition(res));\r
1160 \r
1161       Vector links = null;\r
1162       if(allFeatures!=null)\r
1163       {\r
1164         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1165         {\r
1166           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1167           if (sf.links != null)\r
1168           {\r
1169             links = new Vector();\r
1170             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1171             {\r
1172               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1173             }\r
1174           }\r
1175         }\r
1176       }\r
1177       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1178       this.add(popup);\r
1179       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1180       ap.repaint();\r
1181       return;\r
1182     }\r
1183 \r
1184     if (av.cursorMode)\r
1185     {\r
1186       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1187       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1188       seqCanvas.repaint();\r
1189       return;\r
1190     }\r
1191 \r
1192       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1193 \r
1194       if (stretchGroup == null)\r
1195       {\r
1196         // define a new group here\r
1197         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1198         sg.setStartRes(res);\r
1199         sg.setEndRes(res);\r
1200         sg.addSequence(sequence, false);\r
1201         av.setSelectionGroup(sg);\r
1202         stretchGroup = sg;\r
1203 \r
1204         if (av.getConservationSelected())\r
1205         {\r
1206           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1207                                             "Background");\r
1208         }\r
1209         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1210         {\r
1211           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1212                                          "Background");\r
1213         }\r
1214 \r
1215       }\r
1216   }\r
1217 \r
1218   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1219   {\r
1220     if (stretchGroup == null)\r
1221     {\r
1222         return;\r
1223     }\r
1224 \r
1225     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1226     {\r
1227       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1228       {\r
1229         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1230             stretchGroup.getSequences(true),\r
1231             stretchGroup.getWidth());\r
1232       }\r
1233 \r
1234       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1235           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1236           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1237           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1238         stretchGroup.recalcConservation();\r
1239 \r
1240 \r
1241       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1242       {\r
1243         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1244                                           stretchGroup.getName());\r
1245         stretchGroup.recalcConservation();\r
1246       }\r
1247       else\r
1248       {\r
1249         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1250                                        stretchGroup.getName());\r
1251       }\r
1252     }\r
1253     changeEndRes = false;\r
1254     changeStartRes = false;\r
1255     stretchGroup = null;\r
1256     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1257     ap.repaint();\r
1258   }\r
1259 \r
1260   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1261   {\r
1262     int res = findRes(evt);\r
1263     int y = findSeq(evt);\r
1264 \r
1265     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1266       return;\r
1267 \r
1268      if (stretchGroup == null)\r
1269      {\r
1270           return;\r
1271      }\r
1272 \r
1273      mouseDragging = true;\r
1274 \r
1275 \r
1276       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1277       {\r
1278         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1279       }\r
1280 \r
1281       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1282         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1283 \r
1284       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1285       {\r
1286           // Edit end res position of selected group\r
1287           changeEndRes = true;\r
1288       }\r
1289       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1290       {\r
1291           // Edit start res position of selected group\r
1292           changeStartRes = true;\r
1293       }\r
1294 \r
1295       if (res < 0)\r
1296       {\r
1297           res = 0;\r
1298       }\r
1299 \r
1300       if (changeEndRes)\r
1301       {\r
1302           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1303           {\r
1304               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1305           }\r
1306       }\r
1307       else if (changeStartRes)\r
1308       {\r
1309           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1310           {\r
1311               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1312           }\r
1313       }\r
1314 \r
1315       int dragDirection = 0;\r
1316 \r
1317       if (y > oldSeq)\r
1318       {\r
1319           dragDirection = 1;\r
1320       }\r
1321       else if (y < oldSeq)\r
1322       {\r
1323           dragDirection = -1;\r
1324       }\r
1325 \r
1326 \r
1327       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1328       {\r
1329           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1330           // selection is quite slow.\r
1331           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1332 \r
1333           oldSeq += dragDirection;\r
1334 \r
1335           if(oldSeq<0)\r
1336             break;\r
1337 \r
1338           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1339 \r
1340           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1341           {\r
1342               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1343           }\r
1344           else\r
1345           {\r
1346               if (seq != null)\r
1347               {\r
1348                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1349               }\r
1350 \r
1351               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1352           }\r
1353       }\r
1354 \r
1355       if(oldSeq < 0)\r
1356         oldSeq = -1;\r
1357 \r
1358 \r
1359       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1360           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1361       {\r
1362         mouseExited(evt);\r
1363       }\r
1364 \r
1365       if (scrollThread != null)\r
1366       {\r
1367         scrollThread.setEvent(evt);\r
1368       }\r
1369 \r
1370       seqCanvas.repaint();\r
1371     }\r
1372 \r
1373     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1374     {\r
1375       if (oldSeq < 0)\r
1376         oldSeq = 0;\r
1377 \r
1378       if (scrollThread != null)\r
1379       {\r
1380         scrollThread.running = false;\r
1381         scrollThread = null;\r
1382       }\r
1383     }\r
1384 \r
1385   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1386   {\r
1387     if (av.getWrapAlignment())\r
1388     {\r
1389       return;\r
1390     }\r
1391 \r
1392     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1393     {\r
1394       scrollThread = new ScrollThread();\r
1395     }\r
1396   }\r
1397 \r
1398   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1399   {\r
1400     if(evt==null)\r
1401     {\r
1402       if(scrollThread!=null)\r
1403       {\r
1404         scrollThread.running = false;\r
1405         scrollThread = null;\r
1406       }\r
1407       mouseDragging = false;\r
1408     }\r
1409     else\r
1410     {\r
1411       if (scrollThread == null)\r
1412         scrollThread = new ScrollThread();\r
1413 \r
1414       mouseDragging = true;\r
1415       scrollThread.setEvent(evt);\r
1416     }\r
1417 \r
1418     }\r
1419 \r
1420   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1421   class ScrollThread\r
1422       extends Thread\r
1423   {\r
1424     MouseEvent evt;\r
1425     boolean running = false;\r
1426     public ScrollThread()\r
1427     {\r
1428       start();\r
1429     }\r
1430 \r
1431     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1432     {\r
1433       evt = e;\r
1434     }\r
1435 \r
1436     public void stopScrolling()\r
1437     {\r
1438       running = false;\r
1439     }\r
1440 \r
1441     public void run()\r
1442     {\r
1443       running = true;\r
1444       while (running)\r
1445       {\r
1446 \r
1447         if (evt != null)\r
1448         {\r
1449 \r
1450           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1451           {\r
1452             running = ap.scrollUp(true);\r
1453           }\r
1454 \r
1455           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1456               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1457           {\r
1458             running = ap.scrollUp(false);\r
1459           }\r
1460 \r
1461           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1462           {\r
1463             running = ap.scrollRight(false);\r
1464           }\r
1465 \r
1466           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1467           {\r
1468             running = ap.scrollRight(true);\r
1469           }\r
1470         }\r
1471 \r
1472         try\r
1473         {\r
1474           Thread.sleep(75);\r
1475         }\r
1476         catch (Exception ex)\r
1477         {}\r
1478       }\r
1479     }\r
1480   }\r
1481 \r
1482 }\r