src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 326        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 327        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 328          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 329        {\r
 330          mouseWheelPressed = true;\r
 331          return;\r
 332        }\r
 333 \r
 334        if (evt.isShiftDown()\r
 335            || evt.isControlDown()\r
 336            || evt.isAltDown())\r
 337        {\r
 338          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 339          {\r
 340            groupEditing = true;\r
 341          }\r
 342          editingSeqs = true;\r
 343        }\r
 344        else\r
 345        {\r
 346          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 347          return;\r
 348        }\r
 349 \r
 350 \r
 351        int seq = findSeq(evt);\r
 352        int res = findRes(evt);\r
 353 \r
 354        if(seq<0 || res<0)\r
 355          return;\r
 356 \r
 357        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 358                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 359 \r
 360          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 361                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 362          {\r
 363              startseq = seq;\r
 364              lastres = res;\r
 365          }\r
 366          else\r
 367          {\r
 368              startseq = -1;\r
 369              lastres = -1;\r
 370          }\r
 371 \r
 372         return;\r
 373      }\r
 374 \r
 375      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 376 \r
 377 \r
 378   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 379   {\r
 380     mouseDragging = false;\r
 381     mouseWheelPressed = false;\r
 382 \r
 383     if (!editingSeqs)\r
 384     {\r
 385        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 386        return;\r
 387     }\r
 388 \r
 389      editOccurred();\r
 390 \r
 391      endEditing();\r
 392      ap.repaint();\r
 393   }\r
 394 \r
 395   int startWrapBlock=-1;\r
 396   int wrappedBlock=-1;\r
 397   int findRes(MouseEvent evt)\r
 398  {\r
 399    int res = 0;\r
 400    int x = evt.getX();\r
 401 \r
 402   if (av.wrapAlignment)\r
 403   {\r
 404 \r
 405     int hgap = av.charHeight;\r
 406     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 407       hgap += av.charHeight;\r
 408 \r
 409     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 410         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 411 \r
 412       int y = evt.getY();\r
 413       y -= hgap;\r
 414       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 415 \r
 416 \r
 417       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 418       if(cwidth<1)\r
 419         return 0;\r
 420 \r
 421       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 422       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 423 \r
 424       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 425 \r
 426   }\r
 427   else\r
 428   {\r
 429       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 430   }\r
 431 \r
 432   if(av.hasHiddenColumns)\r
 433           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 434 \r
 435   return res;\r
 436 \r
 437  }\r
 438 \r
 439  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 440  {\r
 441 \r
 442    int seq = 0;\r
 443    int y = evt.getY();\r
 444 \r
 445    if (av.wrapAlignment)\r
 446    {\r
 447      int hgap = av.charHeight;\r
 448      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 449        hgap += av.charHeight;\r
 450 \r
 451      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 452          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 453 \r
 454        y -= hgap;\r
 455 \r
 456      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 457                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 458      if(seq<0)\r
 459        seq = 0;\r
 460    }\r
 461    else\r
 462    {\r
 463      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 464                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 465      if(seq<0)\r
 466        seq = 0;\r
 467    }\r
 468 \r
 469    return seq;\r
 470  }\r
 471 \r
 472 \r
 473   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 474   {\r
 475     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 476         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 477 \r
 478     int seq = findSeq(evt);\r
 479     int res = findRes(evt);\r
 480 \r
 481     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 482         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 483     {\r
 484       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 485       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 486       // in the alignment\r
 487 \r
 488       startseq = seq;\r
 489       lastres = res;\r
 490     }\r
 491     else\r
 492     {\r
 493       startseq = -1;\r
 494       lastres = -1;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     return;\r
 498   }\r
 499 \r
 500   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 501   {\r
 502     int res = findRes(evt);\r
 503     int seq = findSeq(evt);\r
 504 \r
 505     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 506     {\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 511     if (res > sequence.getLength())\r
 512     {\r
 513       return;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 517             sequence.getName());\r
 518 \r
 519     Object obj = null;\r
 520     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 521     {\r
 522       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 523           "");\r
 524       if(obj!=null)\r
 525         text.append(" Nucleotide: ");\r
 526     }\r
 527     else\r
 528     {\r
 529       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 530       if(obj!=null)\r
 531         text.append("  Residue: ");\r
 532     }\r
 533 \r
 534     if (obj != null)\r
 535     {\r
 536       if (obj != "")\r
 537       {\r
 538         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 539       }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 543     {\r
 544       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 545     }\r
 546 \r
 547     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 548 \r
 549 \r
 550     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 551     if (av.showSequenceFeatures\r
 552         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 553         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 554     {\r
 555       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 556       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 557 \r
 558       int index = 0;\r
 559       while (index < allFeatures.size())\r
 560       {\r
 561         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 562 \r
 563         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 564 \r
 565         if (sf.getDescription() != null)\r
 566           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 567 \r
 568         if (sf.getValue("status") != null )\r
 569         {\r
 570           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 571           if(status.length()>0)\r
 572             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 573         }\r
 574         featureText.append("\n");\r
 575 \r
 576         index++;\r
 577       }\r
 578 \r
 579 \r
 580         if (tooltip == null)\r
 581           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 582         else\r
 583           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 584 \r
 585         tooltip.repaint();\r
 586 \r
 587     }\r
 588     else if (tooltip != null)\r
 589      {\r
 590        tooltip.setTip("");\r
 591      }\r
 592   }\r
 593 \r
 594   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 595   {\r
 596     Vector allFeatures = new Vector();\r
 597     int index = 0;\r
 598     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 599     {\r
 600       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 601       {\r
 602         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 603         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 604             sf.getEnd() >= res)\r
 605         {\r
 606           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 607           {\r
 608             allFeatures.addElement(sf);\r
 609           }\r
 610         }\r
 611         index++;\r
 612       }\r
 613     }\r
 614     return allFeatures;\r
 615   }\r
 616 \r
 617   Tooltip tooltip;\r
 618 \r
 619   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 620   {\r
 621     if (mouseWheelPressed)\r
 622     {\r
 623       int oldWidth = av.charWidth;\r
 624 \r
 625       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 626       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 627           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 628       {\r
 629         int fontSize = av.font.getSize();\r
 630 \r
 631         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 632         {\r
 633           fontSize--;\r
 634         }\r
 635         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 636         {\r
 637           fontSize++;\r
 638         }\r
 639 \r
 640 \r
 641         if(fontSize<1)\r
 642           fontSize = 1;\r
 643 \r
 644         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 645         av.charWidth = oldWidth;\r
 646       }\r
 647       else\r
 648       {\r
 649         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 650         {\r
 651           av.charWidth--;\r
 652         }\r
 653         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 654         {\r
 655           av.charWidth++;\r
 656         }\r
 657 \r
 658         if(av.charWidth<1)\r
 659         {\r
 660           av.charWidth = 1;\r
 661         }\r
 662       }\r
 663 \r
 664       ap.fontChanged();\r
 665 \r
 666       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 667       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 668 \r
 669       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 670 \r
 671       ap.repaint();\r
 672       ap.annotationPanel.image = null;\r
 673       return;\r
 674       }\r
 675 \r
 676       if (!editingSeqs)\r
 677       {\r
 678         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 679         return;\r
 680       }\r
 681 \r
 682   int res = findRes(evt);\r
 683 \r
 684   if (res < 0)\r
 685   {\r
 686       res = 0;\r
 687   }\r
 688 \r
 689   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 690   {\r
 691       return;\r
 692   }\r
 693 \r
 694   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 695   {\r
 696     // dragLeft, delete gap\r
 697     editSequence(false, res);\r
 698   }\r
 699   else\r
 700     editSequence(true, res);\r
 701 \r
 702   mouseDragging = true;\r
 703   if(scrollThread!=null)\r
 704     scrollThread.setEvent(evt);\r
 705 \r
 706   }\r
 707 \r
 708   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 709   {\r
 710     int fixedLeft = -1;\r
 711     int fixedRight = -1;\r
 712     boolean fixedColumns = false;\r
 713     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 714 \r
 715 \r
 716       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 717       {\r
 718         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 719         {\r
 720           groupEditing = true;\r
 721         }\r
 722       }\r
 723 \r
 724       //No group, but the sequence may represent a group\r
 725       if (groupEditing\r
 726           && sg == null\r
 727           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 728       {\r
 729         groupEditing = false;\r
 730       }\r
 731 \r
 732       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 733       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 734       if (groupEditing)\r
 735          message.append("Edit group:");\r
 736       else\r
 737          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 738 \r
 739      if(insertGap)\r
 740        message.append(" insert ");\r
 741      else\r
 742        message.append(" delete ");\r
 743 \r
 744      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 745      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 746 \r
 747 \r
 748       //Are we editing within a selection group?\r
 749       if (groupEditing\r
 750           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 751       {\r
 752         fixedColumns = true;\r
 753 \r
 754         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 755         //but the sequence represents a group\r
 756         if (sg == null)\r
 757         {\r
 758           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 759                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 760           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 761         }\r
 762 \r
 763         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 764         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 765 \r
 766         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 767             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 768             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 769             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 770         {\r
 771           endEditing();\r
 772           return;\r
 773         }\r
 774 \r
 775         if (fixedLeft > startres)\r
 776         {\r
 777           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 778           fixedLeft = 0;\r
 779         }\r
 780         else if (fixedRight < startres)\r
 781         {\r
 782           fixedLeft = fixedRight;\r
 783           fixedRight = -1;\r
 784         }\r
 785       }\r
 786 \r
 787 \r
 788       if(av.hasHiddenColumns )\r
 789       {\r
 790           fixedColumns = true;\r
 791           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 792           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 793 \r
 794           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 795               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 796           {\r
 797             endEditing();\r
 798             return;\r
 799           }\r
 800 \r
 801           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 802           //Selection spans a hidden region\r
 803           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 804           {\r
 805             if(startres>=y2)\r
 806             {\r
 807               fixedLeft = y2;\r
 808             }\r
 809             else\r
 810             {\r
 811              fixedRight = y2 - 1;\r
 812            }\r
 813           }\r
 814       }\r
 815 \r
 816 \r
 817       if (groupEditing)\r
 818       {\r
 819         // drag to right\r
 820         if (insertGap)\r
 821         {\r
 822             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 823             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 824             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 825                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 826                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 827                )\r
 828             {\r
 829               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 830               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 831             }\r
 832 \r
 833           // Is it valid with fixed columns??\r
 834           // Find the next gap before the end\r
 835           // of the visible region boundary\r
 836           boolean blank = false;\r
 837           for (fixedRight = fixedRight;\r
 838                fixedRight > lastres;\r
 839                fixedRight--)\r
 840           {\r
 841             blank = true;\r
 842             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 843             {\r
 844               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 845               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 846               {\r
 847                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 848                     seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 849                 {\r
 850                   blank = false;\r
 851                   break;\r
 852                 }\r
 853               }\r
 854             }\r
 855             if (blank)\r
 856               break;\r
 857           }\r
 858 \r
 859           if (!blank)\r
 860           {\r
 861             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 862             {\r
 863               if((av.hasHiddenColumns\r
 864                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 865               {\r
 866                 endEditing();\r
 867                 return;\r
 868               }\r
 869 \r
 870               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 871               if(av.hasHiddenRows)\r
 872               {\r
 873                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 874                 if(hwidth>alWidth)\r
 875                   alWidth = hwidth;\r
 876               }\r
 877               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 878               //contains all the sequences\r
 879               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 880               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 881             }\r
 882             else\r
 883             {\r
 884               endEditing();\r
 885               return;\r
 886             }\r
 887           }\r
 888         }\r
 889 \r
 890 \r
 891         // drag to left\r
 892         else if(!insertGap)\r
 893         {\r
 894           /// Are we able to delete?\r
 895           // ie are all columns blank?\r
 896 \r
 897           for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 898           {\r
 899             seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 900 \r
 901             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 902             {\r
 903               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 904               {\r
 905                 continue;\r
 906               }\r
 907 \r
 908               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 909                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 910               {\r
 911                 // Not a gap, block edit not valid\r
 912                 endEditing();\r
 913                 return;\r
 914               }\r
 915             }\r
 916           }\r
 917         }\r
 918 \r
 919 \r
 920         for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 921         {\r
 922           seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 923 \r
 924           if (insertGap)\r
 925           {\r
 926             // dragging to the right\r
 927             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 928             {\r
 929               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 930               {\r
 931                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 932               }\r
 933               else\r
 934                 insertChar(j, seq);\r
 935             }\r
 936           }\r
 937           else\r
 938           {\r
 939             // dragging to the left\r
 940             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 941             {\r
 942               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 943               {\r
 944                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 945               }\r
 946               else\r
 947               {\r
 948                 deleteChar(startres, seq);\r
 949               }\r
 950             }\r
 951           }\r
 952         }\r
 953       }\r
 954       else /////Editing a single sequence///////////\r
 955       {\r
 956         if (insertGap)\r
 957         {\r
 958           // dragging to the right\r
 959           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 960           {\r
 961             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 962             {\r
 963                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 964             }\r
 965             else\r
 966               insertChar(j, seq);\r
 967           }\r
 968         }\r
 969         else\r
 970         {\r
 971           // dragging to the left\r
 972           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 973           {\r
 974             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 975             {\r
 976               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 977             }\r
 978             else\r
 979             {\r
 980               deleteChar(startres, seq);\r
 981             }\r
 982           }\r
 983         }\r
 984       }\r
 985 \r
 986       lastres = startres;\r
 987       seqCanvas.repaint();\r
 988   }\r
 989 \r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * DOCUMENT ME!\r
 993      *\r
 994      * @param j DOCUMENT ME!\r
 995      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 996      */\r
 997     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 998     {\r
 999         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1000         seqEditOccurred = true;\r
1001    }\r
1002 \r
1003     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1004     {\r
1005       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1006       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1007       int blankColumn = fixedColumn;\r
1008       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1009       {\r
1010         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1011         {\r
1012           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1013           break;\r
1014         }\r
1015       }\r
1016 \r
1017       if (blankColumn <= j)\r
1018       {\r
1019         endEditing();\r
1020         return;\r
1021       }\r
1022 \r
1023       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1024       {\r
1025         //Just Checking\r
1026         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1027         return;\r
1028       }\r
1029 \r
1030       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1031       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1032       seqEditOccurred = true;\r
1033     }\r
1034 \r
1035     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1036     {\r
1037       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1038       {\r
1039         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1040             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1041         return;\r
1042       }\r
1043       seq.deleteCharAt(j);\r
1044       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1045       seqEditOccurred = true;\r
1046     }\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * DOCUMENT ME!\r
1050      *\r
1051      * @param j DOCUMENT ME!\r
1052      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1053      */\r
1054     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1055     {\r
1056       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1057       {\r
1058         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1059             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1060         return;\r
1061       }\r
1062 \r
1063         seq.deleteCharAt(j);\r
1064         seqEditOccurred = true;\r
1065         seqCanvas.repaint();\r
1066     }\r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * DOCUMENT ME!\r
1070      *\r
1071      * @param i DOCUMENT ME!\r
1072      */\r
1073     void editOccurred()\r
1074     {\r
1075       if (!seqEditOccurred)\r
1076       {\r
1077         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1078         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1079       }\r
1080 \r
1081       endEditing();\r
1082 \r
1083       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1084 \r
1085     }\r
1086 \r
1087 //////////////////////////////////////////\r
1088 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1089 //////////////////////////////////////////\r
1090   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1091   {\r
1092 \r
1093 \r
1094     if (scrollThread != null)\r
1095     {\r
1096       scrollThread.running = false;\r
1097       scrollThread = null;\r
1098     }\r
1099 \r
1100     int res = findRes(evt);\r
1101     int seq = findSeq(evt);\r
1102     oldSeq = seq;\r
1103     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1104 \r
1105     if(seq==-1)\r
1106       return;\r
1107 \r
1108     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1109 \r
1110     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1111     {\r
1112       return;\r
1113     }\r
1114 \r
1115     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1116 \r
1117     if (stretchGroup == null)\r
1118     {\r
1119       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1120       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1121           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1122       {\r
1123         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1124       }\r
1125       else\r
1126       {\r
1127         stretchGroup = null;\r
1128       }\r
1129     }\r
1130 \r
1131     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1132              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1133              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1134     {\r
1135       stretchGroup = null;\r
1136 \r
1137       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1138 \r
1139       if (allGroups != null)\r
1140       {\r
1141         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1142         {\r
1143           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1144               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1145           {\r
1146             stretchGroup = allGroups[i];\r
1147             break;\r
1148           }\r
1149         }\r
1150       }\r
1151       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1152     }\r
1153 \r
1154 \r
1155     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1156     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1157              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1158     {\r
1159       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1160                                                sequence.findPosition(res));\r
1161 \r
1162       Vector links = null;\r
1163       if(allFeatures!=null)\r
1164       {\r
1165         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1166         {\r
1167           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1168           if (sf.links != null)\r
1169           {\r
1170             links = new Vector();\r
1171             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1172             {\r
1173               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1174             }\r
1175           }\r
1176         }\r
1177       }\r
1178       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1179       this.add(popup);\r
1180       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1181       ap.repaint();\r
1182       return;\r
1183     }\r
1184 \r
1185     if (av.cursorMode)\r
1186     {\r
1187       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1188       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1189       seqCanvas.repaint();\r
1190       return;\r
1191     }\r
1192 \r
1193       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1194 \r
1195       if (stretchGroup == null)\r
1196       {\r
1197         // define a new group here\r
1198         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1199         sg.setStartRes(res);\r
1200         sg.setEndRes(res);\r
1201         sg.addSequence(sequence, false);\r
1202         av.setSelectionGroup(sg);\r
1203         stretchGroup = sg;\r
1204 \r
1205         if (av.getConservationSelected())\r
1206         {\r
1207           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1208                                             "Background");\r
1209         }\r
1210         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1211         {\r
1212           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1213                                          "Background");\r
1214         }\r
1215 \r
1216       }\r
1217   }\r
1218 \r
1219   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1220   {\r
1221     if (stretchGroup == null)\r
1222     {\r
1223         return;\r
1224     }\r
1225 \r
1226     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1227     {\r
1228       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1229       {\r
1230         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1231             stretchGroup.getSequences(true),\r
1232             stretchGroup.getWidth());\r
1233       }\r
1234 \r
1235       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1236       {\r
1237         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1238                                           stretchGroup.getName());\r
1239         stretchGroup.recalcConservation();\r
1240       }\r
1241       else\r
1242       {\r
1243         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1244                                        stretchGroup.getName());\r
1245       }\r
1246     }\r
1247     changeEndRes = false;\r
1248     changeStartRes = false;\r
1249     stretchGroup = null;\r
1250     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1251     ap.repaint();\r
1252   }\r
1253 \r
1254   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1255   {\r
1256     int res = findRes(evt);\r
1257     int y = findSeq(evt);\r
1258 \r
1259     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1260       return;\r
1261 \r
1262      if (stretchGroup == null)\r
1263      {\r
1264           return;\r
1265      }\r
1266 \r
1267      mouseDragging = true;\r
1268 \r
1269 \r
1270       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1271       {\r
1272         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1273       }\r
1274 \r
1275       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1276         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1277 \r
1278       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1279       {\r
1280           // Edit end res position of selected group\r
1281           changeEndRes = true;\r
1282       }\r
1283       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1284       {\r
1285           // Edit start res position of selected group\r
1286           changeStartRes = true;\r
1287       }\r
1288 \r
1289       if (res < 0)\r
1290       {\r
1291           res = 0;\r
1292       }\r
1293 \r
1294       if (changeEndRes)\r
1295       {\r
1296           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1297           {\r
1298               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1299           }\r
1300       }\r
1301       else if (changeStartRes)\r
1302       {\r
1303           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1304           {\r
1305               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1306           }\r
1307       }\r
1308 \r
1309       int dragDirection = 0;\r
1310 \r
1311       if (y > oldSeq)\r
1312       {\r
1313           dragDirection = 1;\r
1314       }\r
1315       else if (y < oldSeq)\r
1316       {\r
1317           dragDirection = -1;\r
1318       }\r
1319 \r
1320 \r
1321       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1322       {\r
1323           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1324           // selection is quite slow.\r
1325           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1326 \r
1327           oldSeq += dragDirection;\r
1328 \r
1329           if(oldSeq<0)\r
1330             break;\r
1331 \r
1332           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1333 \r
1334           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1335           {\r
1336               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1337           }\r
1338           else\r
1339           {\r
1340               if (seq != null)\r
1341               {\r
1342                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1343               }\r
1344 \r
1345               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1346           }\r
1347       }\r
1348 \r
1349       if(oldSeq < 0)\r
1350         oldSeq = -1;\r
1351 \r
1352 \r
1353       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1354           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1355       {\r
1356         mouseExited(evt);\r
1357       }\r
1358 \r
1359       if (scrollThread != null)\r
1360       {\r
1361         scrollThread.setEvent(evt);\r
1362       }\r
1363 \r
1364       seqCanvas.repaint();\r
1365     }\r
1366 \r
1367     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1368     {\r
1369       if (oldSeq < 0)\r
1370         oldSeq = 0;\r
1371 \r
1372       if (scrollThread != null)\r
1373       {\r
1374         scrollThread.running = false;\r
1375         scrollThread = null;\r
1376       }\r
1377     }\r
1378 \r
1379   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1380   {\r
1381     if (av.getWrapAlignment())\r
1382     {\r
1383       return;\r
1384     }\r
1385 \r
1386     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1387     {\r
1388       scrollThread = new ScrollThread();\r
1389     }\r
1390   }\r
1391 \r
1392   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1393   {\r
1394     if(evt==null)\r
1395     {\r
1396       if(scrollThread!=null)\r
1397       {\r
1398         scrollThread.running = false;\r
1399         scrollThread = null;\r
1400       }\r
1401       mouseDragging = false;\r
1402     }\r
1403     else\r
1404     {\r
1405       if (scrollThread == null)\r
1406         scrollThread = new ScrollThread();\r
1407 \r
1408       mouseDragging = true;\r
1409       scrollThread.setEvent(evt);\r
1410     }\r
1411 \r
1412     }\r
1413 \r
1414   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1415   class ScrollThread\r
1416       extends Thread\r
1417   {\r
1418     MouseEvent evt;\r
1419     boolean running = false;\r
1420     public ScrollThread()\r
1421     {\r
1422       start();\r
1423     }\r
1424 \r
1425     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1426     {\r
1427       evt = e;\r
1428     }\r
1429 \r
1430     public void stopScrolling()\r
1431     {\r
1432       running = false;\r
1433     }\r
1434 \r
1435     public void run()\r
1436     {\r
1437       running = true;\r
1438       while (running)\r
1439       {\r
1440 \r
1441         if (evt != null)\r
1442         {\r
1443 \r
1444           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1445           {\r
1446             running = ap.scrollUp(true);\r
1447           }\r
1448 \r
1449           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1450               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1451           {\r
1452             running = ap.scrollUp(false);\r
1453           }\r
1454 \r
1455           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1456           {\r
1457             running = ap.scrollRight(false);\r
1458           }\r
1459 \r
1460           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1461           {\r
1462             running = ap.scrollRight(true);\r
1463           }\r
1464         }\r
1465 \r
1466         try\r
1467         {\r
1468           Thread.sleep(75);\r
1469         }\r
1470         catch (Exception ex)\r
1471         {}\r
1472       }\r
1473     }\r
1474   }\r
1475 \r
1476 }\r