src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  64     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  65 \r
  66     seqCanvas.repaint();\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  71      {\r
  72        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  73        {\r
  74          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  75          {\r
  76            groupEditing = true;\r
  77          }\r
  78 \r
  79          editingSeqs = true;\r
  80          doMousePressed(evt);\r
  81        }\r
  82        else\r
  83        {\r
  84          doMousePressedDefineMode(evt);\r
  85        }\r
  86      }\r
  87 \r
  88      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
  89 \r
  90 \r
  91   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  92   {\r
  93     if (!editingSeqs)\r
  94     {\r
  95       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99 \r
 100     if (seqEditOccurred > -1)\r
 101     {\r
 102       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 103     }\r
 104 \r
 105     startseq = -1;\r
 106     lastres = -1;\r
 107     seqEditOccurred = -1;\r
 108     editingSeqs = false;\r
 109     groupEditing = false;\r
 110     ap.repaint();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   int startWrapBlock=-1;\r
 114   int wrappedBlock=-1;\r
 115   int findRes(MouseEvent evt)\r
 116  {\r
 117    int res = 0;\r
 118    int x = evt.getX();\r
 119 \r
 120   if (av.wrapAlignment)\r
 121   {\r
 122 \r
 123     int hgap = av.charHeight;\r
 124     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 125       hgap += av.charHeight;\r
 126 \r
 127     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 128         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 129 \r
 130       int y = evt.getY();\r
 131       y -= hgap;\r
 132       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 133 \r
 134 \r
 135       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 136 \r
 137       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 138       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 139 \r
 140       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 141 \r
 142   }\r
 143   else\r
 144   {\r
 145       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   return res;\r
 149 \r
 150  }\r
 151 \r
 152  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 153  {\r
 154 \r
 155    int seq = 0;\r
 156    int y = evt.getY();\r
 157 \r
 158    if (av.wrapAlignment)\r
 159    {\r
 160      int hgap = av.charHeight;\r
 161      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 162        hgap += av.charHeight;\r
 163 \r
 164      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 165          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 166 \r
 167        y -= hgap;\r
 168 \r
 169      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 170    }\r
 171    else\r
 172    {\r
 173      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 174    }\r
 175 \r
 176    return seq;\r
 177  }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 181   {\r
 182     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 183         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 184 \r
 185     int seq = findSeq(evt);\r
 186     int res = findRes(evt);\r
 187 \r
 188     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 189         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 190     {\r
 191       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 192       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 193       // in the alignment\r
 194 \r
 195       startseq = seq;\r
 196       lastres = res;\r
 197     }\r
 198     else\r
 199     {\r
 200       startseq = -1;\r
 201       lastres = -1;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return;\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 208   {\r
 209     int res = findRes(evt);\r
 210     int seq = findSeq(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 213     {\r
 214       return;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 218     if (res > sequence.getLength())\r
 219     {\r
 220       return;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 224             sequence.getName());\r
 225 \r
 226     Object obj = null;\r
 227     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 228     {\r
 229       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 230           "");\r
 231       if(obj!=null)\r
 232         text.append(" Nucleotide: ");\r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 237       if(obj!=null)\r
 238         text.append("  Residue: ");\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (obj != null)\r
 242     {\r
 243 \r
 244       if (obj != "")\r
 245       {\r
 246         text.append(obj + " (" +\r
 247                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 248       }\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 252     {\r
 253       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 254     }\r
 255 \r
 256 \r
 257     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 258     if (av.showSequenceFeatures\r
 259         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 260         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 261     {\r
 262       int index = 0;\r
 263       sequence.getSequenceFeatures();\r
 264       boolean first = true;\r
 265       while (index < sequence.getSequenceFeatures().length)\r
 266       {\r
 267         SequenceFeature sf = sequence.getSequenceFeatures()[index];\r
 268         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 269             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 270         {\r
 271           if(!av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 272            {\r
 273              index++;\r
 274              continue;\r
 275            }\r
 276 \r
 277           if(first)\r
 278           {\r
 279             text.append(" Sequence Feature:");\r
 280             first = false;\r
 281           }\r
 282 \r
 283           text.append(" "+sf.getType());\r
 284 \r
 285           if(sf.getDescription()!=null)\r
 286             text.append(" "+sf.getDescription());\r
 287 \r
 288           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 289           {\r
 290             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 291           }\r
 292           text.append("; ");\r
 293         }\r
 294 \r
 295         index++;\r
 296 \r
 297       }\r
 298     }\r
 299 \r
 300      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 301 \r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 305   {\r
 306     if (!editingSeqs)\r
 307     {\r
 308       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 309       return;\r
 310     }\r
 311 \r
 312     // If we're dragging we're editing\r
 313     int res = findRes(evt);\r
 314     if (res < 0)\r
 315     {\r
 316       res = 0;\r
 317     }\r
 318 \r
 319     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 320     {\r
 321       return;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     boolean dragRight = true;\r
 325     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 326     {\r
 327       dragRight = false;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     if (res != lastres)\r
 331     {\r
 332       // Group editing\r
 333       if (groupEditing)\r
 334       {\r
 335         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 336         if (sg == null)\r
 337         {\r
 338           lastres = -1;\r
 339           return;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         // drag to right\r
 343         if (dragRight)\r
 344         {\r
 345           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 346         }\r
 347 \r
 348         // drag to left\r
 349         else\r
 350         {\r
 351           /// Are we able to delete?\r
 352           // ie are all columns blank?\r
 353           boolean deleteAllowed = false;\r
 354           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 355           {\r
 356             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 357             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 358             {\r
 359               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 360               {\r
 361                 continue;\r
 362               }\r
 363 \r
 364               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 365               {\r
 366                 // Not a gap, block edit not valid\r
 367                 res = j + 1;\r
 368                 deleteAllowed = false;\r
 369                 continue;\r
 370               }\r
 371               deleteAllowed = true;\r
 372             }\r
 373           }\r
 374 \r
 375           if (!deleteAllowed)\r
 376           {\r
 377             lastres = -1;\r
 378             return;\r
 379           }\r
 380 \r
 381           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 382         }\r
 383 \r
 384         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 385         {\r
 386           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 387           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 388 \r
 389           // drag to right\r
 390           if (dragRight)\r
 391           {\r
 392             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 393             {\r
 394               insertChar(j, k);\r
 395             }\r
 396           }\r
 397 \r
 398           // drag to left\r
 399           else\r
 400           {\r
 401             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 402             {\r
 403               if (s.getLength() > j)\r
 404               {\r
 405                 deleteChar(res, k);\r
 406               }\r
 407             }\r
 408           }\r
 409         }\r
 410       }\r
 411       else /////Editing a single sequence///////////\r
 412       {\r
 413         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 414         {\r
 415           // dragging to the right\r
 416           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 417           {\r
 418             insertChar(j, startseq);\r
 419           }\r
 420         }\r
 421         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 422         {\r
 423           // dragging to the left\r
 424           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 425           {\r
 426             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 427                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 428             {\r
 429 \r
 430               deleteChar(res, startseq);\r
 431             }\r
 432             else\r
 433             {\r
 434               if(scrollThread!=null)\r
 435               {\r
 436                 scrollThread.running = false;\r
 437                 scrollThread = null;\r
 438               }\r
 439               break;\r
 440             }\r
 441           }\r
 442         }\r
 443 \r
 444       }\r
 445     }\r
 446 \r
 447     mouseDragging = true;\r
 448     if (res > av.endRes || res < av.startRes)\r
 449     {\r
 450       mouseExited(evt);\r
 451     }\r
 452 \r
 453     if (scrollThread != null)\r
 454       scrollThread.setEvent(evt);\r
 455 \r
 456 \r
 457     endEdit = res;\r
 458     lastres = res;\r
 459     seqCanvas.repaint();\r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void insertChar(int j, int seq)\r
 463   {\r
 464     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 465     seqEditOccurred = seq;\r
 466   }\r
 467 \r
 468   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 469   {\r
 470 \r
 471     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 472     seqEditOccurred = seq;\r
 473     av.alignment.getWidth();\r
 474     repaint();\r
 475   }\r
 476 \r
 477   void editOccurred(int i)\r
 478   {\r
 479     if (endEdit == startEdit)\r
 480     {\r
 481         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 482         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 483     }\r
 484 \r
 485     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 486   }\r
 487 \r
 488 //////////////////////////////////////////\r
 489 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 490 //////////////////////////////////////////\r
 491   int oldSeq = -1;\r
 492   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 493   {\r
 494     if (scrollThread != null)\r
 495     {\r
 496       scrollThread.running = false;\r
 497       scrollThread = null;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     int res = findRes(evt);\r
 501     int seq = findSeq(evt);\r
 502     oldSeq = seq;\r
 503     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 504 \r
 505     if(seq==-1)\r
 506       return;\r
 507 \r
 508     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 509 \r
 510     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 511     {\r
 512       return;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 516 \r
 517     if (stretchGroup == null)\r
 518     {\r
 519       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 520       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 521           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 522       {\r
 523         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 524       }\r
 525       else\r
 526       {\r
 527         stretchGroup = null;\r
 528       }\r
 529     }\r
 530 \r
 531     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 532              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 533              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 534     {\r
 535       stretchGroup = null;\r
 536 \r
 537       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 538 \r
 539       if (allGroups != null)\r
 540       {\r
 541         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 542         {\r
 543           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 544               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 545           {\r
 546             stretchGroup = allGroups[i];\r
 547             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 548             break;\r
 549           }\r
 550         }\r
 551       }\r
 552     }\r
 553 \r
 554     if (stretchGroup == null)\r
 555     {\r
 556       // define a new group here\r
 557       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 558       sg.setStartRes(res);\r
 559       sg.setEndRes(res);\r
 560       sg.addSequence(sequence, false);\r
 561       av.setSelectionGroup(sg);\r
 562       stretchGroup = sg;\r
 563 \r
 564       if (av.getConservationSelected())\r
 565       {\r
 566         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 567                                           "Background");\r
 568       }\r
 569       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 570       {\r
 571         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 572                                        "Background");\r
 573       }\r
 574 \r
 575     }\r
 576 \r
 577     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 578     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 579              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 580     {\r
 581       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 582       this.add(popup);\r
 583       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 584     }\r
 585 \r
 586     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 587     {\r
 588       // Edit end res position of selected group\r
 589       changeEndRes = true;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 593     {\r
 594       // Edit end res position of selected group\r
 595       changeStartRes = true;\r
 596     }\r
 597 \r
 598   }\r
 599 \r
 600   boolean changeEndSeq = false;\r
 601   boolean changeStartSeq = false;\r
 602   boolean changeEndRes = false;\r
 603   boolean changeStartRes = false;\r
 604   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 605 \r
 606   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 607   {\r
 608     if (stretchGroup == null)\r
 609     {\r
 610         return;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 614     {\r
 615       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 616       {\r
 617         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 618             sequences,\r
 619             stretchGroup.getWidth());\r
 620       }\r
 621 \r
 622       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 623       {\r
 624         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 625                                           stretchGroup.getName());\r
 626         stretchGroup.recalcConservation();\r
 627       }\r
 628       else\r
 629       {\r
 630         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 631                                        stretchGroup.getName());\r
 632       }\r
 633     }\r
 634     changeEndRes = false;\r
 635     changeStartRes = false;\r
 636     stretchGroup = null;\r
 637     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 638     ap.repaint();\r
 639   }\r
 640 \r
 641   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 642   {\r
 643     int res = findRes(evt);\r
 644     int y = findSeq(evt);\r
 645 \r
 646     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 647       return;\r
 648 \r
 649      if (stretchGroup == null)\r
 650      {\r
 651           return;\r
 652      }\r
 653 \r
 654      mouseDragging = true;\r
 655 \r
 656 \r
 657       if(y > av.alignment.getHeight())\r
 658       {\r
 659         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
 660       }\r
 661 \r
 662       if(res>av.alignment.getWidth())\r
 663         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 664 \r
 665       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 666       {\r
 667           // Edit end res position of selected group\r
 668           changeEndRes = true;\r
 669       }\r
 670       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 671       {\r
 672           // Edit start res position of selected group\r
 673           changeStartRes = true;\r
 674       }\r
 675 \r
 676       if (res < 0)\r
 677       {\r
 678           res = 0;\r
 679       }\r
 680 \r
 681       if (changeEndRes)\r
 682       {\r
 683           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 684           {\r
 685               stretchGroup.setEndRes(res);\r
 686           }\r
 687       }\r
 688       else if (changeStartRes)\r
 689       {\r
 690           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 691           {\r
 692               stretchGroup.setStartRes(res);\r
 693           }\r
 694       }\r
 695 \r
 696       int dragDirection = 0;\r
 697 \r
 698       if (y > oldSeq)\r
 699       {\r
 700           dragDirection = 1;\r
 701       }\r
 702       else if (y < oldSeq)\r
 703       {\r
 704           dragDirection = -1;\r
 705       }\r
 706 \r
 707 \r
 708       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 709       {\r
 710           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 711           // selection is quite slow.\r
 712           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 713 \r
 714           oldSeq += dragDirection;\r
 715 \r
 716           if(oldSeq<0)\r
 717             break;\r
 718 \r
 719           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 720 \r
 721           if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 722           {\r
 723               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 724           }\r
 725           else\r
 726           {\r
 727               if (seq != null)\r
 728               {\r
 729                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 730               }\r
 731 \r
 732               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 733           }\r
 734       }\r
 735 \r
 736       if(oldSeq < 0)\r
 737         oldSeq = -1;\r
 738 \r
 739 \r
 740       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
 741           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
 742       {\r
 743         mouseExited(evt);\r
 744       }\r
 745 \r
 746       if (scrollThread != null)\r
 747       {\r
 748         scrollThread.setEvent(evt);\r
 749       }\r
 750 \r
 751       seqCanvas.repaint();\r
 752     }\r
 753 \r
 754     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 755     {\r
 756       if (oldSeq < 0)\r
 757         oldSeq = 0;\r
 758 \r
 759       if (scrollThread != null)\r
 760       {\r
 761         scrollThread.running = false;\r
 762         scrollThread = null;\r
 763       }\r
 764     }\r
 765 \r
 766   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 767   {\r
 768     if (av.getWrapAlignment())\r
 769     {\r
 770       return;\r
 771     }\r
 772 \r
 773     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
 774     {\r
 775       scrollThread = new ScrollThread();\r
 776     }\r
 777   }\r
 778 \r
 779   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 780   class ScrollThread\r
 781       extends Thread\r
 782   {\r
 783     MouseEvent evt;\r
 784     boolean running = false;\r
 785     public ScrollThread()\r
 786     {\r
 787       start();\r
 788     }\r
 789 \r
 790     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 791     {\r
 792       evt = e;\r
 793     }\r
 794 \r
 795     public void stopScrolling()\r
 796     {\r
 797       running = false;\r
 798     }\r
 799 \r
 800     public void run()\r
 801     {\r
 802       running = true;\r
 803       while (running)\r
 804       {\r
 805 \r
 806         if (evt != null)\r
 807         {\r
 808 \r
 809           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 810           {\r
 811             running = ap.scrollUp(true);\r
 812           }\r
 813 \r
 814           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 815               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 816           {\r
 817             running = ap.scrollUp(false);\r
 818           }\r
 819 \r
 820           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 821           {\r
 822             running = ap.scrollRight(true);\r
 823           }\r
 824 \r
 825           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 826           {\r
 827             running = ap.scrollRight(false);\r
 828           }\r
 829         }\r
 830 \r
 831         try\r
 832         {\r
 833           Thread.sleep(75);\r
 834         }\r
 835         catch (Exception ex)\r
 836         {}\r
 837       }\r
 838     }\r
 839   }\r
 840 \r
 841 }\r