src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 254      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 259    {\r
 260      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 261                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 262      groupEditing = group;\r
 263      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 264      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 265      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 266      editOccurred();\r
 267    }\r
 268 \r
 269    void numberPressed(char value)\r
 270    {\r
 271      if(keyboardNo1==null)\r
 272        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 273 \r
 274      if(keyboardNo2!=null)\r
 275        keyboardNo2.append(value);\r
 276      else\r
 277        keyboardNo1.append(value);\r
 278    }\r
 279 \r
 280    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 281    {\r
 282      if(kb==null)\r
 283        return 1;\r
 284      else\r
 285        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 286    }\r
 287 \r
 288    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 289    {\r
 290      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 291                                           sequence.getName());\r
 292 \r
 293      Object obj = null;\r
 294      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 295      {\r
 296        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 297                                                   "");\r
 298        if (obj != null)\r
 299          text.append(" Nucleotide: ");\r
 300      }\r
 301      else\r
 302      {\r
 303        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 304        if (obj != null)\r
 305          text.append("  Residue: ");\r
 306      }\r
 307 \r
 308      if (obj != null)\r
 309      {\r
 310 \r
 311        if (obj != "")\r
 312        {\r
 313          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 314                      ")");\r
 315        }\r
 316      }\r
 317 \r
 318      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 319 \r
 320     }\r
 321      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 322      {\r
 323        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 324 \r
 325        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 326          InputEvent.BUTTON2_MASK)\r
 327        {\r
 328          mouseWheelPressed = true;\r
 329          return;\r
 330        }\r
 331 \r
 332        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 333            evt.isControlDown())\r
 334        {\r
 335          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 336          {\r
 337            groupEditing = true;\r
 338          }\r
 339          editingSeqs = true;\r
 340        }\r
 341        else\r
 342        {\r
 343          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 344          return;\r
 345        }\r
 346 \r
 347 \r
 348        int seq = findSeq(evt);\r
 349        int res = findRes(evt);\r
 350 \r
 351        if(seq<0 || res<0)\r
 352          return;\r
 353 \r
 354        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 355                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 356 \r
 357          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 358                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 359          {\r
 360              startseq = seq;\r
 361              lastres = res;\r
 362          }\r
 363          else\r
 364          {\r
 365              startseq = -1;\r
 366              lastres = -1;\r
 367          }\r
 368 \r
 369         return;\r
 370      }\r
 371 \r
 372      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 373 \r
 374 \r
 375   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 376   {\r
 377     mouseDragging = false;\r
 378     mouseWheelPressed = false;\r
 379 \r
 380     if (!editingSeqs)\r
 381     {\r
 382        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 383        return;\r
 384     }\r
 385 \r
 386      editOccurred();\r
 387 \r
 388      endEditing();\r
 389      ap.repaint();\r
 390   }\r
 391 \r
 392   int startWrapBlock=-1;\r
 393   int wrappedBlock=-1;\r
 394   int findRes(MouseEvent evt)\r
 395  {\r
 396    int res = 0;\r
 397    int x = evt.getX();\r
 398 \r
 399   if (av.wrapAlignment)\r
 400   {\r
 401 \r
 402     int hgap = av.charHeight;\r
 403     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 404       hgap += av.charHeight;\r
 405 \r
 406     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 407         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 408 \r
 409       int y = evt.getY();\r
 410       y -= hgap;\r
 411       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 412 \r
 413 \r
 414       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 415 \r
 416       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 417       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 418 \r
 419       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 420 \r
 421   }\r
 422   else\r
 423   {\r
 424       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 425   }\r
 426 \r
 427   return res;\r
 428 \r
 429  }\r
 430 \r
 431  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 432  {\r
 433 \r
 434    int seq = 0;\r
 435    int y = evt.getY();\r
 436 \r
 437    if (av.wrapAlignment)\r
 438    {\r
 439      int hgap = av.charHeight;\r
 440      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 441        hgap += av.charHeight;\r
 442 \r
 443      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 444          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 445 \r
 446        y -= hgap;\r
 447 \r
 448      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 449    }\r
 450    else\r
 451    {\r
 452      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 453    }\r
 454 \r
 455    return seq;\r
 456  }\r
 457 \r
 458 \r
 459   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 460   {\r
 461     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 462         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 463 \r
 464     int seq = findSeq(evt);\r
 465     int res = findRes(evt);\r
 466 \r
 467     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 468         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 469     {\r
 470       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 471       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 472       // in the alignment\r
 473 \r
 474       startseq = seq;\r
 475       lastres = res;\r
 476     }\r
 477     else\r
 478     {\r
 479       startseq = -1;\r
 480       lastres = -1;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     return;\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 487   {\r
 488     int res = findRes(evt);\r
 489     int seq = findSeq(evt);\r
 490 \r
 491     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 492     {\r
 493       return;\r
 494     }\r
 495 \r
 496     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 497     if (res > sequence.getLength())\r
 498     {\r
 499       return;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 503             sequence.getName());\r
 504 \r
 505     Object obj = null;\r
 506     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 507     {\r
 508       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 509           "");\r
 510       if(obj!=null)\r
 511         text.append(" Nucleotide: ");\r
 512     }\r
 513     else\r
 514     {\r
 515       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 516       if(obj!=null)\r
 517         text.append("  Residue: ");\r
 518     }\r
 519 \r
 520     if (obj != null)\r
 521     {\r
 522       if (obj != "")\r
 523       {\r
 524         text.append(obj + " (" +\r
 525                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 526       }\r
 527     }\r
 528 \r
 529     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 530     {\r
 531       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 532     }\r
 533 \r
 534     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 535 \r
 536 \r
 537     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 538     if (av.showSequenceFeatures\r
 539         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 540         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 541     {\r
 542       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 543       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 544 \r
 545       int index = 0;\r
 546       while (index < allFeatures.size())\r
 547       {\r
 548         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 549 \r
 550         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 551 \r
 552         if (sf.getDescription() != null)\r
 553           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 554 \r
 555         if (sf.getValue("status") != null )\r
 556         {\r
 557           featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 558         }\r
 559         featureText.append("\n");\r
 560 \r
 561         index++;\r
 562       }\r
 563 \r
 564 \r
 565         if (tooltip == null)\r
 566           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 567         else\r
 568           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 569 \r
 570         tooltip.repaint();\r
 571 \r
 572     }\r
 573   }\r
 574 \r
 575   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 576   {\r
 577     Vector allFeatures = new Vector();\r
 578     int index = 0;\r
 579     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 580     {\r
 581       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 582       {\r
 583         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 584         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 585             sf.getEnd() >= res)\r
 586         {\r
 587           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 588           {\r
 589             allFeatures.addElement(sf);\r
 590           }\r
 591         }\r
 592         index++;\r
 593       }\r
 594     }\r
 595     return allFeatures;\r
 596   }\r
 597 \r
 598   Tooltip tooltip;\r
 599 \r
 600   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 601   {\r
 602     if (mouseWheelPressed)\r
 603     {\r
 604       int oldWidth = av.charWidth;\r
 605 \r
 606       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 607       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 608           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 609       {\r
 610         int fontSize = av.font.getSize();\r
 611 \r
 612         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 613         {\r
 614           fontSize--;\r
 615         }\r
 616         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 617         {\r
 618           fontSize++;\r
 619         }\r
 620 \r
 621 \r
 622         if(fontSize<1)\r
 623           fontSize = 1;\r
 624 \r
 625         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 626         av.charWidth = oldWidth;\r
 627       }\r
 628       else\r
 629       {\r
 630         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 631         {\r
 632           av.charWidth--;\r
 633         }\r
 634         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 635         {\r
 636           av.charWidth++;\r
 637         }\r
 638 \r
 639         if(av.charWidth<1)\r
 640         {\r
 641           av.charWidth = 1;\r
 642         }\r
 643       }\r
 644 \r
 645       ap.fontChanged();\r
 646 \r
 647       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 648       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 649 \r
 650       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 651 \r
 652       ap.repaint();\r
 653       ap.annotationPanel.image = null;\r
 654       return;\r
 655       }\r
 656 \r
 657       if (!editingSeqs)\r
 658       {\r
 659         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 660         return;\r
 661       }\r
 662 \r
 663   int res = findRes(evt);\r
 664 \r
 665   if (res < 0)\r
 666   {\r
 667       res = 0;\r
 668   }\r
 669 \r
 670   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 671   {\r
 672       return;\r
 673   }\r
 674 \r
 675   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 676   {\r
 677     // dragLeft, delete gap\r
 678     editSequence(false, res);\r
 679   }\r
 680   else\r
 681     editSequence(true, res);\r
 682 \r
 683   mouseDragging = true;\r
 684   if(scrollThread!=null)\r
 685     scrollThread.setEvent(evt);\r
 686 \r
 687   }\r
 688 \r
 689   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 690     {\r
 691       int fixedLeft = -1;\r
 692       int fixedRight = -1;\r
 693       boolean fixedColumns = false;\r
 694       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 695 \r
 696       if(groupEditing && sg==null)\r
 697         return;\r
 698 \r
 699         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 700         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 701         if (groupEditing)\r
 702            message.append("Edit group:");\r
 703         else\r
 704             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 705 \r
 706        if(insertGap)\r
 707          message.append(" insert ");\r
 708        else\r
 709          message.append(" delete ");\r
 710 \r
 711        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 712        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 713 \r
 714 \r
 715         //Are we editing within a selection group?\r
 716         if (groupEditing\r
 717             || (sg != null && sg.getSequences(false).contains(seq)))\r
 718         {\r
 719           fixedColumns = true;\r
 720 \r
 721           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 722           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 723 \r
 724           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 725               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 726               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 727               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 728           {\r
 729             endEditing();\r
 730             return;\r
 731           }\r
 732 \r
 733           if (fixedLeft > startres)\r
 734           {\r
 735             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 736             fixedLeft = 0;\r
 737           }\r
 738           else if (fixedRight < startres)\r
 739           {\r
 740             fixedLeft = fixedRight;\r
 741             fixedRight = -1;\r
 742           }\r
 743         }\r
 744 \r
 745 \r
 746         if (groupEditing)\r
 747         {\r
 748           // drag to right\r
 749           if (insertGap)\r
 750           {\r
 751               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 752               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 753               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 754               {\r
 755                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 756                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 757               }\r
 758 \r
 759             // Is it valid with fixed columns??\r
 760             // Find the next gap before the end\r
 761             // of the visible region boundary\r
 762             boolean blank = false;\r
 763             for (fixedRight = fixedRight;\r
 764                  fixedRight > lastres;\r
 765                  fixedRight--)\r
 766             {\r
 767               blank = true;\r
 768               for (int s = 0; s < sg.getSize(false); s++)\r
 769               {\r
 770                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 771                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 772                 {\r
 773                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 774                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 775                   {\r
 776                     blank = false;\r
 777                     break;\r
 778                   }\r
 779                 }\r
 780               }\r
 781               if (blank)\r
 782                 break;\r
 783             }\r
 784 \r
 785             if (!blank)\r
 786             {\r
 787               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight())\r
 788               {\r
 789                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 790                 //contains all the sequences\r
 791                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 792                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 793               }\r
 794               else\r
 795               {\r
 796                 endEditing();\r
 797                 return;\r
 798               }\r
 799             }\r
 800           }\r
 801 \r
 802 \r
 803           // drag to left\r
 804           else if(!insertGap)\r
 805           {\r
 806             /// Are we able to delete?\r
 807             // ie are all columns blank?\r
 808 \r
 809             for (int s = 0; s < sg.getSize(false); s++)\r
 810             {\r
 811               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 812 \r
 813               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 814               {\r
 815                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 816                 {\r
 817                   continue;\r
 818                 }\r
 819 \r
 820                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 821                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 822                 {\r
 823                   // Not a gap, block edit not valid\r
 824                   endEditing();\r
 825                   return;\r
 826                 }\r
 827               }\r
 828             }\r
 829           }\r
 830 \r
 831 \r
 832           for (int i = 0; i < sg.getSize(false); i++)\r
 833           {\r
 834             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 835 \r
 836             if (insertGap)\r
 837             {\r
 838               // dragging to the right\r
 839               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 840               {\r
 841                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 842                 {\r
 843                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 844                 }\r
 845                 else\r
 846                   insertChar(j, seq);\r
 847               }\r
 848             }\r
 849             else\r
 850             {\r
 851               // dragging to the left\r
 852               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 853               {\r
 854                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 855                 {\r
 856                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 857                 }\r
 858                 else\r
 859                 {\r
 860                   deleteChar(startres, seq);\r
 861                 }\r
 862               }\r
 863             }\r
 864           }\r
 865         }\r
 866         else /////Editing a single sequence///////////\r
 867         {\r
 868           if (insertGap)\r
 869           {\r
 870             // dragging to the right\r
 871             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 872             {\r
 873               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 874               {\r
 875                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 876                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 877                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 878                 {\r
 879                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 880                   //extend the selection group\r
 881                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 882                   fixedColumns = false;\r
 883                   insertChar(j, seq);\r
 884                 }\r
 885                 else\r
 886                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 887               }\r
 888               else\r
 889                 insertChar(j, seq);\r
 890             }\r
 891           }\r
 892           else\r
 893           {\r
 894             // dragging to the left\r
 895             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 896             {\r
 897               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 898               {\r
 899                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 900               }\r
 901               else\r
 902               {\r
 903                 deleteChar(startres, seq);\r
 904               }\r
 905             }\r
 906           }\r
 907         }\r
 908 \r
 909         lastres = startres;\r
 910         seqCanvas.repaint();\r
 911     }\r
 912 \r
 913 \r
 914     /**\r
 915      * DOCUMENT ME!\r
 916      *\r
 917      * @param j DOCUMENT ME!\r
 918      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 919      */\r
 920     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 921     {\r
 922         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 923         seqEditOccurred = true;\r
 924     }\r
 925 \r
 926     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 927     {\r
 928       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 929       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 930       int blankColumn = fixedColumn;\r
 931       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 932       {\r
 933         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 934         {\r
 935           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 936           break;\r
 937         }\r
 938       }\r
 939 \r
 940       if (blankColumn <= j)\r
 941       {\r
 942         endEditing();\r
 943         return;\r
 944       }\r
 945 \r
 946       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 947       {\r
 948         //Just Checking\r
 949         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 950         return;\r
 951       }\r
 952 \r
 953       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 954       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 955       seqEditOccurred = true;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 959     {\r
 960       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 961       {\r
 962         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 963             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 964         return;\r
 965       }\r
 966 \r
 967       seq.deleteCharAt(j);\r
 968       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 969       seqEditOccurred = true;\r
 970     }\r
 971 \r
 972     /**\r
 973      * DOCUMENT ME!\r
 974      *\r
 975      * @param j DOCUMENT ME!\r
 976      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 977      */\r
 978     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 979     {\r
 980       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 981       {\r
 982         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 983             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 984         return;\r
 985       }\r
 986 \r
 987         seq.deleteCharAt(j);\r
 988         seqEditOccurred = true;\r
 989         seqCanvas.repaint();\r
 990     }\r
 991 \r
 992     /**\r
 993      * DOCUMENT ME!\r
 994      *\r
 995      * @param i DOCUMENT ME!\r
 996      */\r
 997     void editOccurred()\r
 998     {\r
 999       if (!seqEditOccurred)\r
1000       {\r
1001         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1002         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1003       }\r
1004 \r
1005       endEditing();\r
1006 \r
1007       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1008 \r
1009     }\r
1010 \r
1011 //////////////////////////////////////////\r
1012 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1013 //////////////////////////////////////////\r
1014   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1015   {\r
1016 \r
1017 \r
1018     if (scrollThread != null)\r
1019     {\r
1020       scrollThread.running = false;\r
1021       scrollThread = null;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     int res = findRes(evt);\r
1025     int seq = findSeq(evt);\r
1026     oldSeq = seq;\r
1027     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1028 \r
1029     if(seq==-1)\r
1030       return;\r
1031 \r
1032     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1033 \r
1034     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1035     {\r
1036       return;\r
1037     }\r
1038 \r
1039     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1040 \r
1041     if (stretchGroup == null)\r
1042     {\r
1043       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1044       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1045           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1046       {\r
1047         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1048       }\r
1049       else\r
1050       {\r
1051         stretchGroup = null;\r
1052       }\r
1053     }\r
1054 \r
1055     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1056              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1057              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1058     {\r
1059       stretchGroup = null;\r
1060 \r
1061       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1062 \r
1063       if (allGroups != null)\r
1064       {\r
1065         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1066         {\r
1067           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1068               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1069           {\r
1070             stretchGroup = allGroups[i];\r
1071             break;\r
1072           }\r
1073         }\r
1074       }\r
1075       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1076     }\r
1077 \r
1078     if (av.cursorMode)\r
1079     {\r
1080       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1081       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1082       seqCanvas.repaint();\r
1083       return;\r
1084     }\r
1085 \r
1086 \r
1087 \r
1088     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1089     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1090              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1091     {\r
1092       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1093                                                sequence.findPosition(res));\r
1094 \r
1095       Vector links = null;\r
1096       if(allFeatures!=null)\r
1097       {\r
1098         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1099         {\r
1100           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1101           if (sf.links != null)\r
1102           {\r
1103             links = new Vector();\r
1104             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1105             {\r
1106               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1107             }\r
1108           }\r
1109         }\r
1110       }\r
1111       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1112       this.add(popup);\r
1113       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1114       ap.repaint();\r
1115     }\r
1116     else\r
1117     {\r
1118       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1119 \r
1120       if (stretchGroup == null)\r
1121       {\r
1122         // define a new group here\r
1123         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1124         sg.setStartRes(res);\r
1125         sg.setEndRes(res);\r
1126         sg.addSequence(sequence, false);\r
1127         av.setSelectionGroup(sg);\r
1128         stretchGroup = sg;\r
1129 \r
1130         if (av.getConservationSelected())\r
1131         {\r
1132           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1133                                             "Background");\r
1134         }\r
1135         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1136         {\r
1137           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1138                                          "Background");\r
1139         }\r
1140 \r
1141       }\r
1142 \r
1143       if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1144       {\r
1145         // Edit end res position of selected group\r
1146         changeEndRes = true;\r
1147       }\r
1148 \r
1149       else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1150       {\r
1151         // Edit end res position of selected group\r
1152         changeStartRes = true;\r
1153       }\r
1154     }\r
1155   }\r
1156 \r
1157   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1158   {\r
1159     if (stretchGroup == null)\r
1160     {\r
1161         return;\r
1162     }\r
1163 \r
1164     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1165     {\r
1166       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1167       {\r
1168         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1169             stretchGroup.getSequences(true),\r
1170             stretchGroup.getWidth());\r
1171       }\r
1172 \r
1173       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1174       {\r
1175         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1176                                           stretchGroup.getName());\r
1177         stretchGroup.recalcConservation();\r
1178       }\r
1179       else\r
1180       {\r
1181         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1182                                        stretchGroup.getName());\r
1183       }\r
1184     }\r
1185     changeEndRes = false;\r
1186     changeStartRes = false;\r
1187     stretchGroup = null;\r
1188     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1189     ap.repaint();\r
1190   }\r
1191 \r
1192   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1193   {\r
1194     int res = findRes(evt);\r
1195     int y = findSeq(evt);\r
1196 \r
1197     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1198       return;\r
1199 \r
1200      if (stretchGroup == null)\r
1201      {\r
1202           return;\r
1203      }\r
1204 \r
1205      mouseDragging = true;\r
1206 \r
1207 \r
1208       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1209       {\r
1210         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1211       }\r
1212 \r
1213       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1214         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1215 \r
1216       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1217       {\r
1218           // Edit end res position of selected group\r
1219           changeEndRes = true;\r
1220       }\r
1221       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1222       {\r
1223           // Edit start res position of selected group\r
1224           changeStartRes = true;\r
1225       }\r
1226 \r
1227       if (res < 0)\r
1228       {\r
1229           res = 0;\r
1230       }\r
1231 \r
1232       if (changeEndRes)\r
1233       {\r
1234           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1235           {\r
1236               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1237           }\r
1238       }\r
1239       else if (changeStartRes)\r
1240       {\r
1241           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1242           {\r
1243               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1244           }\r
1245       }\r
1246 \r
1247       int dragDirection = 0;\r
1248 \r
1249       if (y > oldSeq)\r
1250       {\r
1251           dragDirection = 1;\r
1252       }\r
1253       else if (y < oldSeq)\r
1254       {\r
1255           dragDirection = -1;\r
1256       }\r
1257 \r
1258 \r
1259       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1260       {\r
1261           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1262           // selection is quite slow.\r
1263           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1264 \r
1265           oldSeq += dragDirection;\r
1266 \r
1267           if(oldSeq<0)\r
1268             break;\r
1269 \r
1270           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1271 \r
1272           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1273           {\r
1274               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1275           }\r
1276           else\r
1277           {\r
1278               if (seq != null)\r
1279               {\r
1280                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1281               }\r
1282 \r
1283               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1284           }\r
1285       }\r
1286 \r
1287       if(oldSeq < 0)\r
1288         oldSeq = -1;\r
1289 \r
1290 \r
1291       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1292           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1293       {\r
1294         mouseExited(evt);\r
1295       }\r
1296 \r
1297       if (scrollThread != null)\r
1298       {\r
1299         scrollThread.setEvent(evt);\r
1300       }\r
1301 \r
1302       seqCanvas.repaint();\r
1303     }\r
1304 \r
1305     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1306     {\r
1307       if (oldSeq < 0)\r
1308         oldSeq = 0;\r
1309 \r
1310       if (scrollThread != null)\r
1311       {\r
1312         scrollThread.running = false;\r
1313         scrollThread = null;\r
1314       }\r
1315     }\r
1316 \r
1317   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1318   {\r
1319     if (av.getWrapAlignment())\r
1320     {\r
1321       return;\r
1322     }\r
1323 \r
1324     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1325     {\r
1326       scrollThread = new ScrollThread();\r
1327     }\r
1328   }\r
1329 \r
1330   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1331   class ScrollThread\r
1332       extends Thread\r
1333   {\r
1334     MouseEvent evt;\r
1335     boolean running = false;\r
1336     public ScrollThread()\r
1337     {\r
1338       start();\r
1339     }\r
1340 \r
1341     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1342     {\r
1343       evt = e;\r
1344     }\r
1345 \r
1346     public void stopScrolling()\r
1347     {\r
1348       running = false;\r
1349     }\r
1350 \r
1351     public void run()\r
1352     {\r
1353       running = true;\r
1354       while (running)\r
1355       {\r
1356 \r
1357         if (evt != null)\r
1358         {\r
1359 \r
1360           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1361           {\r
1362             running = ap.scrollUp(true);\r
1363           }\r
1364 \r
1365           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1366               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1367           {\r
1368             running = ap.scrollUp(false);\r
1369           }\r
1370 \r
1371           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1372           {\r
1373             running = ap.scrollRight(true);\r
1374           }\r
1375 \r
1376           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1377           {\r
1378             running = ap.scrollRight(false);\r
1379           }\r
1380         }\r
1381 \r
1382         try\r
1383         {\r
1384           Thread.sleep(75);\r
1385         }\r
1386         catch (Exception ex)\r
1387         {}\r
1388       }\r
1389     }\r
1390   }\r
1391 \r
1392 }\r