src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends Panel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18 \r
  19   protected AlignViewport av;\r
  20 \r
  21   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  22   int seqEditOccurred = -1;\r
  23 \r
  24   ScrollThread scrollThread = null;\r
  25   boolean mouseDragging = false;\r
  26 \r
  27 \r
  28   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  29     this.av         = avp;\r
  30 \r
  31     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  32     setLayout(new BorderLayout());\r
  33     add(seqCanvas);\r
  34 \r
  35     ap = p;\r
  36 \r
  37     seqCanvas.addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  38     {\r
  39       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  40       {\r
  41        if(av.getWrapAlignment())\r
  42          return;\r
  43         doMouseMoved(evt);    }\r
  44 \r
  45       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47         if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  50           doMouseDragged(evt);\r
  51         else\r
  52           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  53       }\r
  54     });\r
  55 \r
  56     seqCanvas.addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  59       {\r
  60         if(av.getWrapAlignment())\r
  61          return;\r
  62         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  63           doMouseReleased(evt);\r
  64         else\r
  65           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  66       }\r
  67       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  68       {\r
  69         if(av.getWrapAlignment())\r
  70          return;\r
  71         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  72           doMousePressed(evt);\r
  73         else\r
  74           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  75       }\r
  76       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  77       {\r
  78         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  79                   evt.isControlDown())\r
  80                 return;\r
  81               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  82 \r
  83       }\r
  84       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  85       {\r
  86         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  87             evt.isControlDown())\r
  88           return;\r
  89         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  90       }\r
  91 \r
  92     });\r
  93     seqCanvas.repaint();\r
  94   }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  98 \r
  99     startseq = -1;\r
 100     lastres  = -1;\r
 101     if(seqEditOccurred>-1)\r
 102       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 103 \r
 104     seqEditOccurred = -1;\r
 105 \r
 106     ap.repaint();\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 110     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 111     int seq;\r
 112     int res;\r
 113 \r
 114     int x = evt.getX();\r
 115     int y = evt.getY();\r
 116 \r
 117     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 118     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 119 \r
 120     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 121         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 122     {\r
 123       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 124       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 125       // in the alignment\r
 126 \r
 127       startseq = seq;\r
 128       lastres = res;\r
 129     }\r
 130     else\r
 131     {\r
 132       startseq = -1;\r
 133       lastres = -1;\r
 134     }\r
 135 \r
 136     return;\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 140   {\r
 141     int res=0, seq=0;\r
 142     int x = evt.getX();\r
 143     int y = evt.getY();\r
 144     if(av.wrapAlignment)\r
 145     {\r
 146       y -= 2*av.charHeight;\r
 147       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 148 \r
 149 \r
 150       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getSize().width/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 151 \r
 152       y %= chunkHeight;\r
 153       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 154 \r
 155     }\r
 156     else\r
 157     {\r
 158       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 159       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 160     }\r
 161 \r
 162 \r
 163     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 164       return;\r
 165 \r
 166     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 167     if(res>sequence.getLength())\r
 168       return;\r
 169 \r
 170     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 171     String aa = "";\r
 172     if(obj!=null)\r
 173          aa = obj.toString();\r
 174 \r
 175     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 176     if(aa!="")\r
 177       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 178 \r
 179     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 180 \r
 181     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 182     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 183     {\r
 184       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 185       Enumeration e = features.elements();\r
 186       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 187 \r
 188 \r
 189       while (e.hasMoreElements())\r
 190       {\r
 191         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 192         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 193             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 194         {\r
 195           if(sbuffer.length()>0)\r
 196             sbuffer.append("; ");\r
 197           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 198           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 199             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 200         }\r
 201 \r
 202       }\r
 203     }\r
 204 \r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 209 \r
 210       // If we're dragging we're editing\r
 211       int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 212       if (res < 0)\r
 213         res = 0;\r
 214 \r
 215       if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 216         return;\r
 217 \r
 218       boolean dragRight = true;\r
 219       if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 220         dragRight = false;\r
 221 \r
 222 \r
 223       if (res != lastres)\r
 224       {\r
 225           // Group editing\r
 226           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 227           {\r
 228             SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 229             if(sg==null)\r
 230             {\r
 231               lastres=-1;\r
 232               return;\r
 233             }\r
 234 \r
 235               // drag to right\r
 236               if(dragRight)\r
 237                   sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 238 \r
 239               // drag to left\r
 240               else\r
 241               {\r
 242                  /// Are we able to delete?\r
 243                  // ie are all columns blank?\r
 244                  boolean deleteAllowed = false;\r
 245                 for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 246                 {\r
 247                   SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 248                   for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 249                   {\r
 250                     if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 251                       continue;\r
 252 \r
 253                     if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 254                     {\r
 255                       // Not a gap, block edit not valid\r
 256                       res=j+1;\r
 257                       deleteAllowed = false;\r
 258                       continue;\r
 259                     }\r
 260                     deleteAllowed = true;\r
 261                   }\r
 262                 }\r
 263 \r
 264                 if(!deleteAllowed)\r
 265                 {\r
 266                   lastres = -1;\r
 267                   return;\r
 268                 }\r
 269 \r
 270                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 271               }\r
 272 \r
 273 \r
 274               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 275               {\r
 276                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 277                 int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 278 \r
 279                 // drag to right\r
 280                 if (dragRight)\r
 281                   for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 282                     insertChar(j, k);\r
 283 \r
 284                 // drag to left\r
 285                 else\r
 286                 {\r
 287                   for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 288                   {\r
 289                     if(s.getLength()>j)\r
 290                       deleteChar(res, k);\r
 291                   }\r
 292                 }\r
 293               }\r
 294           }\r
 295           else /////Editing a single sequence///////////\r
 296           {\r
 297             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 298             {\r
 299               // dragging to the right\r
 300               for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 301                 insertChar(j, startseq);\r
 302             }\r
 303             else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 304             {\r
 305               // dragging to the left\r
 306               for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 307               {\r
 308                 deleteChar(res, startseq);\r
 309               }\r
 310             }\r
 311 \r
 312           }\r
 313       }\r
 314 \r
 315       lastres = res;\r
 316       seqCanvas.repaint();\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 320     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 321     seqCanvas.repaint();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void insertChar(int j, int seq)\r
 325   {\r
 326     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 327     seqEditOccurred=seq;\r
 328   }\r
 329 \r
 330   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 331   {\r
 332 \r
 333     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 334       av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 335 \r
 336     av.alignment.getWidth();\r
 337     repaint();\r
 338     seqEditOccurred=seq;\r
 339   }\r
 340 \r
 341 \r
 342   void updateConservation(int i)\r
 343   {\r
 344     av.updateConservation();\r
 345     av.updateConsensus();\r
 346 \r
 347     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 348     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 349       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 350 \r
 351     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 352       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 353 \r
 354     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 355   }\r
 356 \r
 357 //////////////////////////////////////////\r
 358 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 359 //////////////////////////////////////////\r
 360   int oldSeq = -1;\r
 361   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 362   {\r
 363     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 364     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 365     oldSeq = seq;\r
 366 \r
 367     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 368 \r
 369     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 370       return;\r
 371 \r
 372     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 373 \r
 374     if(stretchGroup == null)\r
 375      {\r
 376        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 377        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 378          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 379        else\r
 380          stretchGroup = null;\r
 381      }\r
 382 \r
 383     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 384             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 385             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 386      {\r
 387        stretchGroup = null;\r
 388 \r
 389        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 390 \r
 391        if (allGroups != null)\r
 392          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 393            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 394                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 395            {\r
 396              stretchGroup = allGroups[i];\r
 397              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 398              break;\r
 399            }\r
 400      }\r
 401 \r
 402     if(stretchGroup==null)\r
 403     {\r
 404       // define a new group here\r
 405       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 406       sg.setStartRes(res);\r
 407       sg.setEndRes(res);\r
 408       sg.addSequence( sequence );\r
 409       av.setSelectionGroup( sg );\r
 410       stretchGroup = sg;\r
 411 \r
 412       if(av.getConservationSelected())\r
 413         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 414       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 415         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 416 \r
 417     }\r
 418 \r
 419     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 420     else if( ( evt.getModifiers() & InputEvent .BUTTON3_MASK ) == InputEvent.BUTTON3_MASK )\r
 421     {\r
 422       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 423       this.add(popup);\r
 424       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 425     }\r
 426 \r
 427 \r
 428     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 429       // Edit end res position of selected group\r
 430       changeEndRes = true;\r
 431 \r
 432    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 433       // Edit end res position of selected group\r
 434       changeStartRes = true;\r
 435 \r
 436   }\r
 437 \r
 438   boolean changeEndSeq = false;\r
 439   boolean changeStartSeq = false;\r
 440   boolean changeEndRes = false;\r
 441   boolean changeStartRes = false;\r
 442   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 443 \r
 444   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 445   {\r
 446     mouseDragging = false;\r
 447 \r
 448     if(stretchGroup==null)\r
 449       return;\r
 450 \r
 451     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 452     {\r
 453       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 454       seqCanvas.repaint();\r
 455     }\r
 456 \r
 457     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 458     {\r
 459        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 460        stretchGroup.cs = ccs;\r
 461        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 462 \r
 463        seqCanvas.repaint();\r
 464     }\r
 465     else\r
 466     {\r
 467       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 468       {\r
 469         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 470         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 471       }\r
 472 \r
 473     }\r
 474 \r
 475 \r
 476     changeEndRes = false;\r
 477     changeStartRes = false;\r
 478     stretchGroup = null;\r
 479     ap.repaint();\r
 480   }\r
 481 \r
 482 \r
 483   boolean remove = false;\r
 484   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 485   {\r
 486     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 487     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 488 \r
 489     if(stretchGroup==null)\r
 490       return;\r
 491 \r
 492     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 493       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 494 \r
 495 \r
 496     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 497       // Edit end res position of selected group\r
 498       changeEndRes = true;\r
 499 \r
 500     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 501       // Edit start res position of selected group\r
 502       changeStartRes = true;\r
 503 \r
 504 \r
 505     if(res<av.getStartRes())\r
 506       res = av.getStartRes();\r
 507     else if(res>av.getEndRes())\r
 508       res = av.getEndRes();\r
 509 \r
 510     if(changeEndRes)\r
 511     {\r
 512       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 513         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 514     }\r
 515     else if(changeStartRes)\r
 516     {\r
 517       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 518         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 519     }\r
 520 \r
 521     int dragDirection = 0;\r
 522     if (y > oldSeq)\r
 523       dragDirection = 1;\r
 524     else if (y < oldSeq)\r
 525       dragDirection = -1;\r
 526 \r
 527     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 528     {\r
 529       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 530       // selection is quite slow.\r
 531       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 532 \r
 533       oldSeq += dragDirection;\r
 534       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 535 \r
 536       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 537       {\r
 538         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 539         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 540       }\r
 541       else\r
 542       {\r
 543        if(seq!=null)\r
 544         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 545         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 546       }\r
 547     }\r
 548     oldSeq = y;\r
 549     mouseDragging = true;\r
 550     if(scrollThread!=null)\r
 551       scrollThread.setEvent(evt);\r
 552 \r
 553     seqCanvas.repaint();\r
 554   }\r
 555 \r
 556   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 557   {\r
 558     if (scrollThread != null)\r
 559       scrollThread.running = false;\r
 560   }\r
 561 \r
 562   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 563   {\r
 564     if (av.getWrapAlignment())\r
 565       return;\r
 566 \r
 567     if(mouseDragging)\r
 568       scrollThread = new ScrollThread();\r
 569 \r
 570   }\r
 571   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 572   class ScrollThread extends Thread\r
 573   {\r
 574     MouseEvent evt;\r
 575     boolean running = false;\r
 576     public ScrollThread()\r
 577     {\r
 578       start();\r
 579     }\r
 580 \r
 581     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 582     {\r
 583       evt = e;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     public void stopScrolling()\r
 587     {\r
 588       running = false;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     public void run()\r
 592     {\r
 593       running = true;\r
 594       while (running)\r
 595       {\r
 596         if(evt!=null)\r
 597         {\r
 598 \r
 599           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 600             running = ap.scrollUp(true);\r
 601 \r
 602           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 603               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 604             running = ap.scrollUp(false);\r
 605 \r
 606           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 607             running = ap.scrollRight(true);\r
 608 \r
 609           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 610             running = ap.scrollRight(false);\r
 611         }\r
 612 \r
 613         try\r
 614         {\r
 615           Thread.sleep(75);\r
 616         }\r
 617         catch (Exception ex)\r
 618         {}\r
 619       }\r
 620     }\r
 621 }\r
 622 \r
 623 \r
 624 \r
 625 }\r
 626 \r
 627 \r
 628 \r
 629 \r