src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   Image offscreen;\r
  66   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  67   {\r
  68     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  69     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  70     return resBoxColour;\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  74                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  75                            int height)\r
  76   {\r
  77     allGroups = sg;\r
  78 \r
  79     graphics = g;\r
  80 \r
  81     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  82 \r
  83     fm = g.getFontMetrics();\r
  84     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  85 \r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  89                         int width, int height)\r
  90   {\r
  91     int i = start;\r
  92     int length = seq.getLength();\r
  93 \r
  94     int curStart = -1;\r
  95     int curWidth = width;\r
  96 \r
  97     Color tempColour = null;\r
  98     while (i <= end)\r
  99     {\r
 100       resBoxColour = Color.white;\r
 101       if(i < length)\r
 102       {\r
 103         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 104         {\r
 105           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 106           {\r
 107             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 108           }\r
 109         }\r
 110         else if (av.getShowBoxes())\r
 111         {\r
 112           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115 \r
 116 \r
 117       if (resBoxColour != tempColour)\r
 118       {\r
 119         if (tempColour != null)\r
 120         {\r
 121           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 122                             height);\r
 123         }\r
 124         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 125 \r
 126         curStart = i;\r
 127         curWidth = width;\r
 128         tempColour = resBoxColour;\r
 129 \r
 130       }\r
 131       else\r
 132       {\r
 133         curWidth += width;\r
 134       }\r
 135 \r
 136       i++;\r
 137     }\r
 138 \r
 139     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 143                        int width, int height)\r
 144   {\r
 145     int pady = height / 5;\r
 146     int charOffset = 0;\r
 147     char s=' ';\r
 148     // Need to find the sequence position here.\r
 149 \r
 150     String sequence = seq.getSequence();\r
 151 \r
 152     if(end+1>=seq.getLength())\r
 153           end = seq.getLength()-1;\r
 154 \r
 155     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 156     {\r
 157       graphics.setColor(Color.black);\r
 158 \r
 159       s = sequence.charAt(i);\r
 160 \r
 161       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 162       {\r
 163         continue;\r
 164       }\r
 165 \r
 166       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 167       {\r
 168         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 169         {\r
 170           continue;\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 174         {\r
 175           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 176           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 177         }\r
 178       }\r
 179       else\r
 180       {\r
 181         if (!av.getShowText())\r
 182         {\r
 183           continue;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         if (av.getColourText())\r
 187         {\r
 188           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 189           if (av.getShowBoxes())\r
 190           {\r
 191             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 192           }\r
 193           else\r
 194           {\r
 195             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 196           }\r
 197         }\r
 198       }\r
 199 \r
 200       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 201       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 202                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 203                           y1 + height - pady);\r
 204     }\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 209   {\r
 210     if (allGroups == null)\r
 211     {\r
 212       return false;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 216     {\r
 217       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 218       {\r
 219         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 220         return true;\r
 221       }\r
 222     }\r
 223 \r
 224     return false;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 228                                   int y1, int width, int height)\r
 229   {\r
 230     int pady = height / 5;\r
 231     int charOffset = 0;\r
 232     graphics.setColor(Color.black);\r
 233     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 234     graphics.setColor(Color.white);\r
 235 \r
 236     char s = '~';\r
 237     // Need to find the sequence position here.\r
 238     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 239     {\r
 240       if (i < seq.getLength())\r
 241       {\r
 242         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 243       }\r
 244 \r
 245       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 246       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 247                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 248                           y1 + height - pady);\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252 }\r