src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36   boolean forOverview = false;\r
  37 \r
  38   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  39   {\r
  40     this.av = av;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   /**\r
  44    * DOCUMENT ME!\r
  45    *\r
  46    * @param b DOCUMENT ME!\r
  47    */\r
  48   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)\r
  49   {\r
  50       graphics = g;\r
  51       fm = g.getFontMetrics();\r
  52 \r
  53       this.renderGaps = renderGaps;\r
  54     }\r
  55 \r
  56   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
  57   {\r
  58     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  59 \r
  60     if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  61     {\r
  62       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  63       {\r
  64         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  65       }\r
  66     }\r
  67     else if (av.getShowBoxes())\r
  68     {\r
  69         getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
  70     }\r
  71 \r
  72     return resBoxColour;\r
  73     }\r
  74 \r
  75   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  76   {\r
  77     if (cs != null)\r
  78     {\r
  79       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  80     }\r
  81     else if(forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))\r
  82     {\r
  83         resBoxColour = Color.lightGray;\r
  84     }\r
  85     else\r
  86     {\r
  87       resBoxColour = Color.white;\r
  88     }\r
  89 \r
  90   }\r
  91 \r
  92   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  93   {\r
  94     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  95     drawBoxes(seq, i,i, 0);\r
  96     return resBoxColour;\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
 100                            int start, int end,  int y1)\r
 101   {\r
 102     allGroups = sg;\r
 103 \r
 104     drawBoxes(seq, start, end,  y1);\r
 105 \r
 106     if(av.validCharWidth)\r
 107     {\r
 108       drawText(seq, start, end, y1);\r
 109     }\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end,  int y1)\r
 113   {\r
 114     int i = start;\r
 115     int length = seq.getLength();\r
 116 \r
 117     int curStart = -1;\r
 118     int curWidth = av.charWidth;\r
 119 \r
 120     Color tempColour = null;\r
 121     while (i <= end)\r
 122     {\r
 123       resBoxColour = Color.white;\r
 124       if(i < length)\r
 125       {\r
 126         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 127         {\r
 128           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 129           {\r
 130             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 131           }\r
 132         }\r
 133         else if (av.getShowBoxes())\r
 134         {\r
 135           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 136         }\r
 137       }\r
 138 \r
 139 \r
 140       if (resBoxColour != tempColour)\r
 141       {\r
 142         if (tempColour != null)\r
 143         {\r
 144           graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 145                             av.charHeight);\r
 146         }\r
 147         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 148 \r
 149         curStart = i;\r
 150         curWidth = av.charWidth;\r
 151         tempColour = resBoxColour;\r
 152 \r
 153       }\r
 154       else\r
 155       {\r
 156         curWidth += av.charWidth;\r
 157       }\r
 158 \r
 159       i++;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth, av.charHeight);\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)\r
 166   {\r
 167 \r
 168     y1 += av.charHeight - av.charHeight / 5;  // height/5 replaces pady\r
 169 \r
 170     int charOffset = 0;\r
 171 \r
 172     // Need to find the sequence position here.\r
 173     if(end+1>=seq.getLength())\r
 174           end = seq.getLength()-1;\r
 175 \r
 176     char s = ' ';\r
 177 \r
 178     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 179     {\r
 180       graphics.setColor(Color.black);\r
 181 \r
 182       s = seq.getCharAt(i);\r
 183       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 184       {\r
 185         continue;\r
 186       }\r
 187 \r
 188       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 189       {\r
 190         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 191         {\r
 192           continue;\r
 193         }\r
 194 \r
 195         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 196         {\r
 197           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 198           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 199         }\r
 200       }\r
 201       else\r
 202       {\r
 203         if (!av.getShowText())\r
 204         {\r
 205           continue;\r
 206         }\r
 207 \r
 208         if (av.getColourText())\r
 209         {\r
 210           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 211           if (av.getShowBoxes())\r
 212           {\r
 213             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 214           }\r
 215           else\r
 216           {\r
 217             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 218           }\r
 219         }\r
 220       }\r
 221 \r
 222       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 223       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 224                          charOffset + av.charWidth * (i - start),\r
 225                         y1 );\r
 226     }\r
 227 \r
 228   }\r
 229 \r
 230   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 231   {\r
 232     if (allGroups == null)\r
 233     {\r
 234       return false;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 238     {\r
 239       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 240       {\r
 241         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 242         return true;\r
 243       }\r
 244     }\r
 245 \r
 246     return false;\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1)\r
 250   {\r
 251     int pady = av.charHeight / 5;\r
 252     int charOffset = 0;\r
 253     graphics.setColor(Color.black);\r
 254     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth * (end - start + 1), av.charHeight);\r
 255     graphics.setColor(Color.white);\r
 256 \r
 257     char s = '~';\r
 258     // Need to find the sequence position here.\r
 259     if(av.validCharWidth)\r
 260     {\r
 261       for (int i = start; i <= end; i++)\r
 262       {\r
 263         if (i < seq.getLength())\r
 264         {\r
 265           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 266         }\r
 267 \r
 268         charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 269         graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 270                             charOffset + x1 + av.charWidth * (i - start),\r
 271                             y1 + av.charHeight - pady);\r
 272       }\r
 273     }\r
 274   }\r
 275 \r
 276   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)\r
 277   {\r
 278     int pady = av.charHeight / 5;\r
 279     int charOffset = 0;\r
 280     graphics.setColor(Color.black);\r
 281     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);\r
 282     graphics.setColor(Color.white);\r
 283 \r
 284     graphics.setColor(Color.white);\r
 285 \r
 286     char s = seq.getCharAt(res);\r
 287     if (av.validCharWidth)\r
 288     {\r
 289 \r
 290       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 291       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 292                           charOffset + x1,\r
 293                           (y1 + av.charHeight) - pady);\r
 294     }\r
 295     }\r
 296 \r
 297 }\r