src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  66   {\r
  67     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  68     return resBoxColour;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  72                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  73                            int height)\r
  74   {\r
  75     allGroups = sg;\r
  76 \r
  77     graphics = g;\r
  78 \r
  79     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  80 \r
  81     fm = g.getFontMetrics();\r
  82     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  83 \r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  87                         int width, int height)\r
  88   {\r
  89     int i = start;\r
  90     int length = seq.getLength();\r
  91 \r
  92     int curStart = -1;\r
  93     int curWidth = width;\r
  94 \r
  95     Color tempColour = null;\r
  96     while (i <= end)\r
  97     {\r
  98       resBoxColour = Color.white;\r
  99       if(i < length)\r
 100       {\r
 101         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 102         {\r
 103           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 104           {\r
 105             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 106           }\r
 107         }\r
 108         else if (av.getShowBoxes())\r
 109         {\r
 110           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 111         }\r
 112       }\r
 113 \r
 114 \r
 115       if (resBoxColour != tempColour)\r
 116       {\r
 117         if (tempColour != null)\r
 118         {\r
 119           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 120                             height);\r
 121         }\r
 122         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 123 \r
 124         curStart = i;\r
 125         curWidth = width;\r
 126         tempColour = resBoxColour;\r
 127 \r
 128       }\r
 129       else\r
 130       {\r
 131         curWidth += width;\r
 132       }\r
 133 \r
 134       i++;\r
 135     }\r
 136 \r
 137     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 141                        int width, int height)\r
 142   {\r
 143     int pady = height / 5;\r
 144     int charOffset = 0;\r
 145     char s=' ';\r
 146     // Need to find the sequence position here.\r
 147 \r
 148     String sequence = seq.getSequence();\r
 149 \r
 150     if(end+1>=seq.getLength())\r
 151           end = seq.getLength()-1;\r
 152 \r
 153     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 154     {\r
 155       graphics.setColor(Color.black);\r
 156 \r
 157       s = sequence.charAt(i);\r
 158 \r
 159       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 160       {\r
 161         continue;\r
 162       }\r
 163 \r
 164       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 165       {\r
 166         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 167         {\r
 168           continue;\r
 169         }\r
 170 \r
 171         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 172         {\r
 173           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 174           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 175         }\r
 176       }\r
 177       else\r
 178       {\r
 179         if (!av.getShowText())\r
 180         {\r
 181           continue;\r
 182         }\r
 183 \r
 184         if (av.getColourText())\r
 185         {\r
 186           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 187           if (av.getShowBoxes())\r
 188           {\r
 189             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 190           }\r
 191           else\r
 192           {\r
 193             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 194           }\r
 195         }\r
 196       }\r
 197 \r
 198       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 199       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 200                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 201                           y1 + height - pady);\r
 202     }\r
 203 \r
 204   }\r
 205 \r
 206   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 207   {\r
 208     if (allGroups == null)\r
 209     {\r
 210       return false;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 214     {\r
 215       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 216       {\r
 217         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 218         return true;\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     return false;\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 226                                   int y1, int width, int height)\r
 227   {\r
 228     int pady = height / 5;\r
 229     int charOffset = 0;\r
 230     graphics.setColor(Color.black);\r
 231     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 232     graphics.setColor(Color.white);\r
 233 \r
 234     char s = '~';\r
 235     // Need to find the sequence position here.\r
 236     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 237     {\r
 238       if (i < seq.getLength())\r
 239       {\r
 240         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 241       }\r
 242 \r
 243       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 244       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 245                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 246                           y1 + height - pady);\r
 247     }\r
 248   }\r
 249 \r
 250 }\r