src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureRenderer;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32
  33 public class SequenceRenderer implements jalview.api.SequenceRenderer
  34 {
  35   AlignViewport av;
  36
  37   FontMetrics fm;
  38
  39   boolean renderGaps = true;
  40
  41   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;
  42
  43   SequenceGroup[] allGroups = null;
  44
  45   Color resBoxColour;
  46
  47   Graphics graphics;
  48
  49   boolean forOverview = false;
  50
  51   public SequenceRenderer(AlignViewport av)
  52   {
  53     this.av = av;
  54   }
  55
  56   /**
  57    * DOCUMENT ME!
  58    *
  59    * @param b
  60    *          DOCUMENT ME!
  61    */
  62   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)
  63   {
  64     graphics = g;
  65     fm = g.getFontMetrics();
  66
  67     this.renderGaps = renderGaps;
  68   }
  69
  70   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)
  71   {
  72     allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
  73
  74     if (inCurrentSequenceGroup(i))
  75     {
  76       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
  77       {
  78         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
  79       }
  80     }
  81     else if (av.getShowBoxes())
  82     {
  83       getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
  84     }
  85
  86     return resBoxColour;
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Get the residue colour at the given sequence position - as determined by
  91    * the sequence group colour (if any), else the colour scheme, possibly
  92    * overridden by a feature colour.
  93    *
  94    * @param seq
  95    * @param position
  96    * @param fr
  97    * @return
  98    */
  99   @Override
 100   public Color getResidueColour(final SequenceI seq, int position,
 101           FeatureRenderer fr)
 102   {
 103     // TODO replace 8 or so code duplications with calls to this method
 104     // (refactored as needed)
 105     Color col = getResidueBoxColour(seq, position);
 106
 107     if (fr != null)
 108     {
 109       col = fr.findFeatureColour(col, seq, position);
 110     }
 111     return col;
 112   }
 113
 114   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)
 115   {
 116     if (cs != null)
 117     {
 118       resBoxColour = cs.findColour(seq.getCharAt(i), i, seq);
 119     }
 120     else if (forOverview
 121             && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))
 122     {
 123       resBoxColour = Color.lightGray;
 124     }
 125     else
 126     {
 127       resBoxColour = Color.white;
 128     }
 129
 130   }
 131
 132   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)
 133   {
 134     allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
 135     drawBoxes(seq, i, i, 0);
 136     return resBoxColour;
 137   }
 138
 139   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg, int start,
 140           int end, int y1)
 141   {
 142     if (seq == null)
 143     {
 144       return;
 145     }
 146
 147     allGroups = sg;
 148
 149     drawBoxes(seq, start, end, y1);
 150
 151     if (av.validCharWidth)
 152     {
 153       drawText(seq, start, end, y1);
 154     }
 155   }
 156
 157   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 158   {
 159     int i = start;
 160     int length = seq.getLength();
 161
 162     int curStart = -1;
 163     int curWidth = av.getCharWidth(), avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av
 164             .getCharHeight();
 165
 166     Color tempColour = null;
 167     while (i <= end)
 168     {
 169       resBoxColour = Color.white;
 170       if (i < length)
 171       {
 172         if (inCurrentSequenceGroup(i))
 173         {
 174           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
 175           {
 176             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 177           }
 178         }
 179         else if (av.getShowBoxes())
 180         {
 181           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 182         }
 183       }
 184
 185       if (resBoxColour != tempColour)
 186       {
 187         if (tempColour != null)
 188         {
 189           graphics.fillRect(avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 190                   avCharHeight);
 191         }
 192         graphics.setColor(resBoxColour);
 193
 194         curStart = i;
 195         curWidth = avCharWidth;
 196         tempColour = resBoxColour;
 197
 198       }
 199       else
 200       {
 201         curWidth += avCharWidth;
 202       }
 203
 204       i++;
 205     }
 206
 207     graphics.fillRect(avCharWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 208             avCharHeight);
 209   }
 210
 211   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 212   {
 213     int avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av.getCharHeight();
 214     Font boldFont = null;
 215     boolean bold = false;
 216     if (av.isUpperCasebold())
 217     {
 218       boldFont = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, avCharHeight);
 219
 220       graphics.setFont(av.getFont());
 221     }
 222
 223     y1 += avCharHeight - avCharHeight / 5; // height/5 replaces pady
 224
 225     int charOffset = 0;
 226
 227     // Need to find the sequence position here.
 228     if (end + 1 >= seq.getLength())
 229     {
 230       end = seq.getLength() - 1;
 231     }
 232
 233     char s = ' ';
 234     boolean srep = av.isDisplayReferenceSeq();
 235     for (int i = start; i <= end; i++)
 236     {
 237       graphics.setColor(Color.black);
 238
 239       s = seq.getCharAt(i);
 240       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))
 241       {
 242         continue;
 243       }
 244
 245       if (inCurrentSequenceGroup(i))
 246       {
 247         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())
 248         {
 249           continue;
 250         }
 251
 252         if (currentSequenceGroup.getColourText())
 253         {
 254           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);
 255           graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 256         }
 257         if (currentSequenceGroup.getShowNonconserved())
 258         {
 259           s = getDisplayChar(srep, i, s,
 260                   '.');
 261         }
 262       }
 263       else
 264       {
 265         if (!av.getShowText())
 266         {
 267           continue;
 268         }
 269
 270         if (av.getColourText())
 271         {
 272           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);
 273           if (av.getShowBoxes())
 274           {
 275             graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 276           }
 277           else
 278           {
 279             graphics.setColor(resBoxColour);
 280           }
 281         }
 282         if (av.getShowUnconserved())
 283         {
 284           s = getDisplayChar(srep, i, s,
 285                   '.');
 286
 287         }
 288       }
 289
 290       if (av.isUpperCasebold())
 291       {
 292         fm = graphics.getFontMetrics();
 293         if ('A' <= s && s <= 'Z')
 294         {
 295           if (!bold)
 296           {
 297
 298             graphics.setFont(boldFont);
 299           }
 300           bold = true;
 301         }
 302         else if (bold)
 303         {
 304           graphics.setFont(av.font);
 305           bold = false;
 306         }
 307
 308       }
 309
 310       charOffset = (avCharWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 311       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + avCharWidth
 312               * (i - start), y1);
 313     }
 314
 315   }
 316
 317   private char getDisplayChar(final boolean usesrep, int position,
 318           char s, char c)
 319   {
 320     // TODO - use currentSequenceGroup rather than alignemnt
 321     // currentSequenceGroup.getConsensus()
 322     char conschar = (usesrep) ? av.getAlignment().getSeqrep().getCharAt(position) : av.getAlignmentConsensusAnnotation().annotations[position].displayCharacter
 323             .charAt(0);
 324     if (conschar != '-' && s == conschar)
 325     {
 326       s = c;
 327     }
 328     return s;
 329   }
 330
 331   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)
 332   {
 333     if (allGroups == null)
 334     {
 335       return false;
 336     }
 337
 338     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
 339     {
 340       if (allGroups[i].getStartRes() <= res
 341               && allGroups[i].getEndRes() >= res)
 342       {
 343         currentSequenceGroup = allGroups[i];
 344         return true;
 345       }
 346     }
 347
 348     return false;
 349   }
 350
 351   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end,
 352           int x1, int y1)
 353   {
 354     int avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av.getCharHeight();
 355     int pady = avCharHeight / 5;
 356     int charOffset = 0;
 357     graphics.setColor(Color.black);
 358     graphics.fillRect(x1, y1, avCharWidth * (end - start + 1), avCharHeight);
 359     graphics.setColor(Color.white);
 360
 361     char s = '~';
 362     // Need to find the sequence position here.
 363     if (av.validCharWidth)
 364     {
 365       for (int i = start; i <= end; i++)
 366       {
 367         if (i < seq.getLength())
 368         {
 369           s = seq.getCharAt(i);
 370         }
 371
 372         charOffset = (avCharWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 373         graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1
 374                 + avCharWidth * (i - start), y1 + avCharHeight - pady);
 375       }
 376     }
 377   }
 378
 379   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)
 380   {
 381     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 382     int charOffset = 0;
 383     graphics.setColor(Color.black);
 384     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 385     graphics.setColor(Color.white);
 386
 387     graphics.setColor(Color.white);
 388
 389     char s = seq.getCharAt(res);
 390     if (av.validCharWidth)
 391     {
 392
 393       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 394       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 395               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 396     }
 397   }
 398
 399 }