src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36   boolean forOverview = false;\r
  37 \r
  38   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  39   {\r
  40     this.av = av;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void renderGaps(boolean b)\r
  44   {\r
  45     renderGaps = b;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
  49   {\r
  50     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  51 \r
  52     if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  53     {\r
  54       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  55       {\r
  56         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  57       }\r
  58     }\r
  59     else if (av.getShowBoxes())\r
  60     {\r
  61         getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     return resBoxColour;\r
  65     }\r
  66 \r
  67   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  68   {\r
  69     if (cs != null)\r
  70     {\r
  71       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  72     }\r
  73     else if(forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))\r
  74     {\r
  75         resBoxColour = Color.lightGray;\r
  76     }\r
  77     else\r
  78     {\r
  79       resBoxColour = Color.white;\r
  80     }\r
  81 \r
  82   }\r
  83 \r
  84   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  85   {\r
  86     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  87     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  88     return resBoxColour;\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  92                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  93                            int height)\r
  94   {\r
  95     allGroups = sg;\r
  96 \r
  97     graphics = g;\r
  98 \r
  99     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
 100 \r
 101     fm = g.getFontMetrics();\r
 102     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
 103 \r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 107                         int width, int height)\r
 108   {\r
 109     int i = start;\r
 110     int length = seq.getLength();\r
 111 \r
 112     int curStart = -1;\r
 113     int curWidth = width;\r
 114 \r
 115     Color tempColour = null;\r
 116     while (i <= end)\r
 117     {\r
 118       resBoxColour = Color.white;\r
 119       if(i < length)\r
 120       {\r
 121         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 122         {\r
 123           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 124           {\r
 125             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 126           }\r
 127         }\r
 128         else if (av.getShowBoxes())\r
 129         {\r
 130           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 131         }\r
 132       }\r
 133 \r
 134 \r
 135       if (resBoxColour != tempColour)\r
 136       {\r
 137         if (tempColour != null)\r
 138         {\r
 139           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 140                             height);\r
 141         }\r
 142         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 143 \r
 144         curStart = i;\r
 145         curWidth = width;\r
 146         tempColour = resBoxColour;\r
 147 \r
 148       }\r
 149       else\r
 150       {\r
 151         curWidth += width;\r
 152       }\r
 153 \r
 154       i++;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 161                        int width, int height)\r
 162   {\r
 163 \r
 164     y1 += height - height / 5;  // height/5 replaces pady\r
 165 \r
 166     int charOffset = 0;\r
 167 \r
 168     // Need to find the sequence position here.\r
 169     if(end+1>=seq.getLength())\r
 170           end = seq.getLength()-1;\r
 171 \r
 172     char s = ' ';\r
 173 \r
 174     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 175     {\r
 176       graphics.setColor(Color.black);\r
 177 \r
 178       s = seq.getCharAt(i);\r
 179       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 180       {\r
 181         continue;\r
 182       }\r
 183 \r
 184       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 185       {\r
 186         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 187         {\r
 188           continue;\r
 189         }\r
 190 \r
 191         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 192         {\r
 193           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 194           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 195         }\r
 196       }\r
 197       else\r
 198       {\r
 199         if (!av.getShowText())\r
 200         {\r
 201           continue;\r
 202         }\r
 203 \r
 204         if (av.getColourText())\r
 205         {\r
 206           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 207           if (av.getShowBoxes())\r
 208           {\r
 209             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 210           }\r
 211           else\r
 212           {\r
 213             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 214           }\r
 215         }\r
 216       }\r
 217 \r
 218       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 219       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 220                          charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 221                         y1 );\r
 222     }\r
 223 \r
 224   }\r
 225 \r
 226   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 227   {\r
 228     if (allGroups == null)\r
 229     {\r
 230       return false;\r
 231     }\r
 232 \r
 233     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 234     {\r
 235       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 236       {\r
 237         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 238         return true;\r
 239       }\r
 240     }\r
 241 \r
 242     return false;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 246                                   int y1, int width, int height)\r
 247   {\r
 248     int pady = height / 5;\r
 249     int charOffset = 0;\r
 250     graphics.setColor(Color.black);\r
 251     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 252     graphics.setColor(Color.white);\r
 253 \r
 254     char s = '~';\r
 255     // Need to find the sequence position here.\r
 256     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 257     {\r
 258       if (i < seq.getLength())\r
 259       {\r
 260         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 261       }\r
 262 \r
 263       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 264       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 265                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 266                           y1 + height - pady);\r
 267     }\r
 268   }\r
 269 \r
 270 }\r