src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  50 \r
  51     if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  52     {\r
  53       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  54       {\r
  55         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     else if (av.getShowBoxes())\r
  59     {\r
  60         getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
  61     }\r
  62 \r
  63     return resBoxColour;\r
  64     }\r
  65 \r
  66   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  67   {\r
  68     if (cs != null)\r
  69     {\r
  70       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  71     }\r
  72     else\r
  73     {\r
  74       resBoxColour = Color.white;\r
  75     }\r
  76   }\r
  77 \r
  78   Image offscreen;\r
  79   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  80   {\r
  81     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  82     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  83     return resBoxColour;\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  87                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  88                            int height)\r
  89   {\r
  90     allGroups = sg;\r
  91 \r
  92     graphics = g;\r
  93 \r
  94     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  95 \r
  96     fm = g.getFontMetrics();\r
  97     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  98 \r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 102                         int width, int height)\r
 103   {\r
 104     int i = start;\r
 105     int length = seq.getLength();\r
 106 \r
 107     int curStart = -1;\r
 108     int curWidth = width;\r
 109 \r
 110     Color tempColour = null;\r
 111     while (i <= end)\r
 112     {\r
 113       resBoxColour = Color.white;\r
 114       if(i < length)\r
 115       {\r
 116         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 117         {\r
 118           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 119           {\r
 120             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 121           }\r
 122         }\r
 123         else if (av.getShowBoxes())\r
 124         {\r
 125           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 126         }\r
 127       }\r
 128 \r
 129 \r
 130       if (resBoxColour != tempColour)\r
 131       {\r
 132         if (tempColour != null)\r
 133         {\r
 134           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 135                             height);\r
 136         }\r
 137         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 138 \r
 139         curStart = i;\r
 140         curWidth = width;\r
 141         tempColour = resBoxColour;\r
 142 \r
 143       }\r
 144       else\r
 145       {\r
 146         curWidth += width;\r
 147       }\r
 148 \r
 149       i++;\r
 150     }\r
 151 \r
 152     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 156                        int width, int height)\r
 157   {\r
 158     int pady = height / 5;\r
 159     int charOffset = 0;\r
 160     char s=' ';\r
 161     // Need to find the sequence position here.\r
 162 \r
 163     String sequence = seq.getSequence();\r
 164 \r
 165     if(end+1>=seq.getLength())\r
 166           end = seq.getLength()-1;\r
 167 \r
 168     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 169     {\r
 170       graphics.setColor(Color.black);\r
 171 \r
 172       s = sequence.charAt(i);\r
 173 \r
 174       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 175       {\r
 176         continue;\r
 177       }\r
 178 \r
 179       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 180       {\r
 181         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 182         {\r
 183           continue;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 187         {\r
 188           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 189           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 190         }\r
 191       }\r
 192       else\r
 193       {\r
 194         if (!av.getShowText())\r
 195         {\r
 196           continue;\r
 197         }\r
 198 \r
 199         if (av.getColourText())\r
 200         {\r
 201           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 202           if (av.getShowBoxes())\r
 203           {\r
 204             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 205           }\r
 206           else\r
 207           {\r
 208             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 209           }\r
 210         }\r
 211       }\r
 212 \r
 213       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 214       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 215                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 216                           y1 + height - pady);\r
 217     }\r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 222   {\r
 223     if (allGroups == null)\r
 224     {\r
 225       return false;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 229     {\r
 230       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 231       {\r
 232         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 233         return true;\r
 234       }\r
 235     }\r
 236 \r
 237     return false;\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 241                                   int y1, int width, int height)\r
 242   {\r
 243     int pady = height / 5;\r
 244     int charOffset = 0;\r
 245     graphics.setColor(Color.black);\r
 246     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 247     graphics.setColor(Color.white);\r
 248 \r
 249     char s = '~';\r
 250     // Need to find the sequence position here.\r
 251     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 252     {\r
 253       if (i < seq.getLength())\r
 254       {\r
 255         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 256       }\r
 257 \r
 258       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 259       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 260                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 261                           y1 + height - pady);\r
 262     }\r
 263   }\r
 264 \r
 265 }\r