src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class SequenceRenderer\r
   8 {\r
   9   AlignViewport av;\r
  10   FontMetrics fm;\r
  11   boolean renderGaps = true;\r
  12   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  13   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  14   Color resBoxColour;\r
  15   Graphics graphics;\r
  16 \r
  17   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  18   {\r
  19     this.av = av;\r
  20   }\r
  21 \r
  22 \r
  23   public void renderGaps(boolean b)\r
  24   {\r
  25     renderGaps = b;\r
  26   }\r
  27 \r
  28   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  29   {\r
  30     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  31     return resBoxColour;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  35   {\r
  36    if (cs != null)\r
  37        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  38    else\r
  39        resBoxColour = Color.white;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  43   {\r
  44     allGroups = sg;\r
  45 \r
  46     graphics = g;\r
  47 \r
  48     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  49 \r
  50     fm = g.getFontMetrics();\r
  51     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  56     int i      = start;\r
  57     int length = seq.getLength();\r
  58 \r
  59     int curStart = -1;\r
  60     int curWidth = width;\r
  61 \r
  62     Color tempColour = null;\r
  63     while (i <= end && i < length)\r
  64     {\r
  65       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  66       {\r
  67         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  68              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  69         else\r
  70              resBoxColour = Color.white;\r
  71       }\r
  72       else if(av.getShowBoxes())\r
  73             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  74       else\r
  75         resBoxColour = Color.white;\r
  76 \r
  77 \r
  78       if (resBoxColour != tempColour)\r
  79       {\r
  80         if(tempColour!=null)\r
  81           graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  82         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  83 \r
  84         curStart = i;\r
  85         curWidth = width;\r
  86         tempColour = resBoxColour;\r
  87 \r
  88       }\r
  89       else\r
  90         curWidth += width;\r
  91 \r
  92       i++;\r
  93     }\r
  94 \r
  95 \r
  96      graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 100   {\r
 101     int pady = height/5;\r
 102     int charOffset=0;\r
 103     char s;\r
 104     // Need to find the sequence position here.\r
 105 \r
 106     String sequence  = seq.getSequence();\r
 107     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 108     {\r
 109         if(i<sequence.length())\r
 110           s = sequence.charAt(i);\r
 111         else\r
 112           s = ' ';\r
 113 \r
 114         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 115           continue;\r
 116 \r
 117 \r
 118         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 119         {\r
 120           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 121             continue;\r
 122 \r
 123             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 124             {\r
 125               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 126               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 127             }\r
 128         }\r
 129         else\r
 130         {\r
 131           if(!av.getShowText())\r
 132             continue;\r
 133 \r
 134           if(av.getColourText())\r
 135            {\r
 136              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 137              if(av.getShowBoxes())\r
 138               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 139             else\r
 140               graphics.setColor(resBoxColour);\r
 141            }\r
 142            else\r
 143              graphics.setColor(Color.black);\r
 144         }\r
 145 \r
 146           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 147           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 148                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 149                               y1 + height - pady);\r
 150         }\r
 151 \r
 152 \r
 153   }\r
 154 \r
 155   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 156   {\r
 157     if(allGroups ==null)\r
 158       return false;\r
 159 \r
 160     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 161       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 162       {\r
 163          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 164          return true;\r
 165       }\r
 166 \r
 167     return false;\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 171   {\r
 172     int pady = height/5;\r
 173     int charOffset=0;\r
 174     graphics.setColor(Color.black);\r
 175     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 176     graphics.setColor(Color.white);\r
 177 \r
 178     char s='~';\r
 179     // Need to find the sequence position here.\r
 180     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 181     {\r
 182        if(i<seq.getLength())\r
 183           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 184 \r
 185      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 186       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 187     }\r
 188   }\r
 189 \r
 190 \r
 191 }\r