src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  50 \r
  51     if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  52     {\r
  53       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  54       {\r
  55         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     else if (av.getShowBoxes())\r
  59     {\r
  60         getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
  61     }\r
  62 \r
  63     return resBoxColour;\r
  64     }\r
  65 \r
  66   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  67   {\r
  68     if (cs != null)\r
  69     {\r
  70       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  71     }\r
  72     else\r
  73     {\r
  74       resBoxColour = Color.white;\r
  75     }\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  79   {\r
  80     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  81     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  82     return resBoxColour;\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  86                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  87                            int height)\r
  88   {\r
  89     allGroups = sg;\r
  90 \r
  91     graphics = g;\r
  92 \r
  93     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  94 \r
  95     fm = g.getFontMetrics();\r
  96     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  97 \r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 101                         int width, int height)\r
 102   {\r
 103     int i = start;\r
 104     int length = seq.getLength();\r
 105 \r
 106     int curStart = -1;\r
 107     int curWidth = width;\r
 108 \r
 109     Color tempColour = null;\r
 110     while (i <= end)\r
 111     {\r
 112       resBoxColour = Color.white;\r
 113       if(i < length)\r
 114       {\r
 115         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 116         {\r
 117           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 118           {\r
 119             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 120           }\r
 121         }\r
 122         else if (av.getShowBoxes())\r
 123         {\r
 124           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 125         }\r
 126       }\r
 127 \r
 128 \r
 129       if (resBoxColour != tempColour)\r
 130       {\r
 131         if (tempColour != null)\r
 132         {\r
 133           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 134                             height);\r
 135         }\r
 136         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 137 \r
 138         curStart = i;\r
 139         curWidth = width;\r
 140         tempColour = resBoxColour;\r
 141 \r
 142       }\r
 143       else\r
 144       {\r
 145         curWidth += width;\r
 146       }\r
 147 \r
 148       i++;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 155                        int width, int height)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     y1 += height - height / 5;  // height/5 replaces pady\r
 159 \r
 160     int charOffset = 0;\r
 161 \r
 162     // Need to find the sequence position here.\r
 163     if(end+1>=seq.getLength())\r
 164           end = seq.getLength()-1;\r
 165 \r
 166     char s = ' ';\r
 167 \r
 168     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 169     {\r
 170       graphics.setColor(Color.black);\r
 171 \r
 172       s = seq.getCharAt(i);\r
 173       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 174       {\r
 175         continue;\r
 176       }\r
 177 \r
 178       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 179       {\r
 180         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 181         {\r
 182           continue;\r
 183         }\r
 184 \r
 185         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 186         {\r
 187           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 188           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 189         }\r
 190       }\r
 191       else\r
 192       {\r
 193         if (!av.getShowText())\r
 194         {\r
 195           continue;\r
 196         }\r
 197 \r
 198         if (av.getColourText())\r
 199         {\r
 200           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 201           if (av.getShowBoxes())\r
 202           {\r
 203             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 204           }\r
 205           else\r
 206           {\r
 207             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 208           }\r
 209         }\r
 210       }\r
 211 \r
 212       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 213       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 214                          charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 215                         y1 );\r
 216     }\r
 217 \r
 218   }\r
 219 \r
 220   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 221   {\r
 222     if (allGroups == null)\r
 223     {\r
 224       return false;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 228     {\r
 229       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 230       {\r
 231         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 232         return true;\r
 233       }\r
 234     }\r
 235 \r
 236     return false;\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 240                                   int y1, int width, int height)\r
 241   {\r
 242     int pady = height / 5;\r
 243     int charOffset = 0;\r
 244     graphics.setColor(Color.black);\r
 245     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 246     graphics.setColor(Color.white);\r
 247 \r
 248     char s = '~';\r
 249     // Need to find the sequence position here.\r
 250     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 251     {\r
 252       if (i < seq.getLength())\r
 253       {\r
 254         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 255       }\r
 256 \r
 257       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 258       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 259                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 260                           y1 + height - pady);\r
 261     }\r
 262   }\r
 263 \r
 264 }\r