src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  66   {\r
  67     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  68     drawBoxes(seq, i,i, 0, 0, 1,1);\r
  69     return resBoxColour;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  73                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  74                            int height)\r
  75   {\r
  76     allGroups = sg;\r
  77 \r
  78     graphics = g;\r
  79 \r
  80     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  81 \r
  82     fm = g.getFontMetrics();\r
  83     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  84 \r
  85   }\r
  86 \r
  87   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  88                         int width, int height)\r
  89   {\r
  90     int i = start;\r
  91     int length = seq.getLength();\r
  92 \r
  93     int curStart = -1;\r
  94     int curWidth = width;\r
  95 \r
  96     Color tempColour = null;\r
  97     while (i <= end)\r
  98     {\r
  99       resBoxColour = Color.white;\r
 100       if(i < length)\r
 101       {\r
 102         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 103         {\r
 104           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 105           {\r
 106             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 107           }\r
 108         }\r
 109         else if (av.getShowBoxes())\r
 110         {\r
 111           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 112         }\r
 113       }\r
 114 \r
 115 \r
 116       if (resBoxColour != tempColour)\r
 117       {\r
 118         if (tempColour != null)\r
 119         {\r
 120           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 121                             height);\r
 122         }\r
 123         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 124 \r
 125         curStart = i;\r
 126         curWidth = width;\r
 127         tempColour = resBoxColour;\r
 128 \r
 129       }\r
 130       else\r
 131       {\r
 132         curWidth += width;\r
 133       }\r
 134 \r
 135       i++;\r
 136     }\r
 137 \r
 138     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 142                        int width, int height)\r
 143   {\r
 144     int pady = height / 5;\r
 145     int charOffset = 0;\r
 146     char s=' ';\r
 147     // Need to find the sequence position here.\r
 148 \r
 149     String sequence = seq.getSequence();\r
 150 \r
 151     if(end+1>=seq.getLength())\r
 152           end = seq.getLength()-1;\r
 153 \r
 154     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 155     {\r
 156       graphics.setColor(Color.black);\r
 157 \r
 158       s = sequence.charAt(i);\r
 159 \r
 160       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 161       {\r
 162         continue;\r
 163       }\r
 164 \r
 165       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 166       {\r
 167         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 168         {\r
 169           continue;\r
 170         }\r
 171 \r
 172         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 173         {\r
 174           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 175           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 176         }\r
 177       }\r
 178       else\r
 179       {\r
 180         if (!av.getShowText())\r
 181         {\r
 182           continue;\r
 183         }\r
 184 \r
 185         if (av.getColourText())\r
 186         {\r
 187           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 188           if (av.getShowBoxes())\r
 189           {\r
 190             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 191           }\r
 192           else\r
 193           {\r
 194             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 195           }\r
 196         }\r
 197       }\r
 198 \r
 199       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 200       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 201                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 202                           y1 + height - pady);\r
 203     }\r
 204 \r
 205   }\r
 206 \r
 207   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 208   {\r
 209     if (allGroups == null)\r
 210     {\r
 211       return false;\r
 212     }\r
 213 \r
 214     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 215     {\r
 216       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 217       {\r
 218         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 219         return true;\r
 220       }\r
 221     }\r
 222 \r
 223     return false;\r
 224   }\r
 225 \r
 226   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 227                                   int y1, int width, int height)\r
 228   {\r
 229     int pady = height / 5;\r
 230     int charOffset = 0;\r
 231     graphics.setColor(Color.black);\r
 232     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 233     graphics.setColor(Color.white);\r
 234 \r
 235     char s = '~';\r
 236     // Need to find the sequence position here.\r
 237     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 238     {\r
 239       if (i < seq.getLength())\r
 240       {\r
 241         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 242       }\r
 243 \r
 244       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 245       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 246                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 247                           y1 + height - pady);\r
 248     }\r
 249   }\r
 250 \r
 251 }\r