src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class SequenceRenderer\r
   8 {\r
   9   AlignViewport av;\r
  10   FontMetrics fm;\r
  11   boolean renderGaps = true;\r
  12   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  13   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  14   Color resBoxColour;\r
  15   Graphics graphics;\r
  16 \r
  17   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  18   {\r
  19     this.av = av;\r
  20   }\r
  21 \r
  22 \r
  23   public void renderGaps(boolean b)\r
  24   {\r
  25     renderGaps = b;\r
  26   }\r
  27 \r
  28   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  29   {\r
  30     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  31     return resBoxColour;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  35   {\r
  36    if (cs != null)\r
  37        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  38    else\r
  39        resBoxColour = Color.white;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  43   {\r
  44     allGroups = sg;\r
  45 \r
  46     graphics = g;\r
  47 \r
  48     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  49 \r
  50     fm = g.getFontMetrics();\r
  51     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  56     int i      = start;\r
  57     int length = seq.getLength();\r
  58 \r
  59     int curStart = -1;\r
  60     int curWidth = width;\r
  61 \r
  62     Color tempColour = null;\r
  63     while (i <= end && i < length)\r
  64     {\r
  65       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  66       {\r
  67         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  68              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  69       }\r
  70       else if(av.getShowBoxes())\r
  71             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  72       else\r
  73         resBoxColour = Color.white;\r
  74 \r
  75 \r
  76       if (resBoxColour != tempColour)\r
  77       {\r
  78         if(tempColour!=null)\r
  79           graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  80         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  81 \r
  82         curStart = i;\r
  83         curWidth = width;\r
  84         tempColour = resBoxColour;\r
  85 \r
  86       }\r
  87       else\r
  88         curWidth += width;\r
  89 \r
  90       i++;\r
  91     }\r
  92 \r
  93 \r
  94      graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  98   {\r
  99     int pady = height/5;\r
 100     int charOffset=0;\r
 101     char s;\r
 102     // Need to find the sequence position here.\r
 103 \r
 104     graphics.setColor(Color.black);\r
 105     String sequence  = seq.getSequence();\r
 106     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 107     {\r
 108         if(i<sequence.length())\r
 109           s = sequence.charAt(i);\r
 110         else\r
 111           s = ' ';\r
 112 \r
 113         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 114           continue;\r
 115 \r
 116 \r
 117         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 118         {\r
 119           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 120             continue;\r
 121 \r
 122             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 123             {\r
 124               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 125               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 126             }\r
 127         }\r
 128         else\r
 129         {\r
 130           if(!av.getShowText())\r
 131             continue;\r
 132 \r
 133           if(av.getColourText())\r
 134            {\r
 135              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 136              if(av.getShowBoxes())\r
 137               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 138             else\r
 139               graphics.setColor(resBoxColour);\r
 140            }\r
 141         }\r
 142 \r
 143           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 144           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 145                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 146                               y1 + height - pady);\r
 147         }\r
 148 \r
 149 \r
 150   }\r
 151 \r
 152   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 153   {\r
 154     if(allGroups ==null)\r
 155       return false;\r
 156 \r
 157     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 158       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 159       {\r
 160          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 161          return true;\r
 162       }\r
 163 \r
 164     return false;\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 168   {\r
 169     int pady = height/5;\r
 170     int charOffset=0;\r
 171     graphics.setColor(Color.black);\r
 172     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 173     graphics.setColor(Color.white);\r
 174 \r
 175     char s='~';\r
 176     // Need to find the sequence position here.\r
 177     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 178     {\r
 179        if(i<seq.getLength())\r
 180           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 181 \r
 182      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 183       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 184     }\r
 185   }\r
 186 \r
 187 \r
 188 }\r