src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36   boolean forOverview = false;\r
  37 \r
  38   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  39   {\r
  40     this.av = av;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void renderGaps(boolean b)\r
  44   {\r
  45     renderGaps = b;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
  49   {\r
  50     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  51 \r
  52     if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  53     {\r
  54       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  55       {\r
  56         getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  57       }\r
  58     }\r
  59     else if (av.getShowBoxes())\r
  60     {\r
  61         getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     return resBoxColour;\r
  65     }\r
  66 \r
  67   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  68   {\r
  69     if (cs != null)\r
  70     {\r
  71       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  72     }\r
  73     else if(forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))\r
  74     {\r
  75         resBoxColour = Color.lightGray;\r
  76     }\r
  77     else\r
  78     {\r
  79       resBoxColour = Color.white;\r
  80     }\r
  81 \r
  82   }\r
  83 \r
  84   public Color findSequenceColour(SequenceI seq, int i)\r
  85   {\r
  86     allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
  87     drawBoxes(seq, i,i, 0);\r
  88     return resBoxColour;\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  92                            int start, int end,  int y1)\r
  93   {\r
  94     allGroups = sg;\r
  95 \r
  96     graphics = g;\r
  97 \r
  98     drawBoxes(seq, start, end,  y1);\r
  99 \r
 100     fm = g.getFontMetrics();\r
 101     drawText(seq, start, end, y1);\r
 102 \r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end,  int y1)\r
 106   {\r
 107     int i = start;\r
 108     int length = seq.getLength();\r
 109 \r
 110     int curStart = -1;\r
 111     int curWidth = av.charWidth;\r
 112 \r
 113     Color tempColour = null;\r
 114     while (i <= end)\r
 115     {\r
 116       resBoxColour = Color.white;\r
 117       if(i < length)\r
 118       {\r
 119         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 120         {\r
 121           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
 122           {\r
 123             getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 124           }\r
 125         }\r
 126         else if (av.getShowBoxes())\r
 127         {\r
 128           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132 \r
 133       if (resBoxColour != tempColour)\r
 134       {\r
 135         if (tempColour != null)\r
 136         {\r
 137           graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 138                             av.charHeight);\r
 139         }\r
 140         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 141 \r
 142         curStart = i;\r
 143         curWidth = av.charWidth;\r
 144         tempColour = resBoxColour;\r
 145 \r
 146       }\r
 147       else\r
 148       {\r
 149         curWidth += av.charWidth;\r
 150       }\r
 151 \r
 152       i++;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     graphics.fillRect(av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth, av.charHeight);\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)\r
 159   {\r
 160 \r
 161     y1 += av.charHeight - av.charHeight / 5;  // height/5 replaces pady\r
 162 \r
 163     int charOffset = 0;\r
 164 \r
 165     // Need to find the sequence position here.\r
 166     if(end+1>=seq.getLength())\r
 167           end = seq.getLength()-1;\r
 168 \r
 169     char s = ' ';\r
 170 \r
 171     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 172     {\r
 173       graphics.setColor(Color.black);\r
 174 \r
 175       s = seq.getCharAt(i);\r
 176       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 177       {\r
 178         continue;\r
 179       }\r
 180 \r
 181       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 182       {\r
 183         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 184         {\r
 185           continue;\r
 186         }\r
 187 \r
 188         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 189         {\r
 190           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 191           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 192         }\r
 193       }\r
 194       else\r
 195       {\r
 196         if (!av.getShowText())\r
 197         {\r
 198           continue;\r
 199         }\r
 200 \r
 201         if (av.getColourText())\r
 202         {\r
 203           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 204           if (av.getShowBoxes())\r
 205           {\r
 206             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 207           }\r
 208           else\r
 209           {\r
 210             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 211           }\r
 212         }\r
 213       }\r
 214 \r
 215       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 216       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 217                          charOffset + av.charWidth * (i - start),\r
 218                         y1 );\r
 219     }\r
 220 \r
 221   }\r
 222 \r
 223   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 224   {\r
 225     if (allGroups == null)\r
 226     {\r
 227       return false;\r
 228     }\r
 229 \r
 230     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 231     {\r
 232       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 233       {\r
 234         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 235         return true;\r
 236       }\r
 237     }\r
 238 \r
 239     return false;\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 243                                   int y1, int width, int height)\r
 244   {\r
 245     int pady = height / 5;\r
 246     int charOffset = 0;\r
 247     graphics.setColor(Color.black);\r
 248     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 249     graphics.setColor(Color.white);\r
 250 \r
 251     char s = '~';\r
 252     // Need to find the sequence position here.\r
 253     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 254     {\r
 255       if (i < seq.getLength())\r
 256       {\r
 257         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 258       }\r
 259 \r
 260       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 261       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 262                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 263                           y1 + height - pady);\r
 264     }\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)\r
 268   {\r
 269     int pady = av.charHeight / 5;\r
 270     int charOffset = 0;\r
 271     graphics.setColor(Color.black);\r
 272     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);\r
 273     graphics.setColor(Color.white);\r
 274 \r
 275     graphics.setColor(Color.white);\r
 276 \r
 277     char s = seq.getCharAt(res);\r
 278 \r
 279     charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 280     graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 281               charOffset + x1,\r
 282               (y1 + av.charHeight) - pady);\r
 283     }\r
 284 \r
 285 }\r