src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29
  30 public class SliderPanel extends Panel
  31     implements ActionListener,
  32     AdjustmentListener,
  33     MouseListener
  34 {
  35   AlignmentPanel ap;
  36   boolean forConservation = true;
  37   ColourSchemeI cs;
  38
  39   static Frame conservationSlider;
  40   static Frame PIDSlider;
  41
  42   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
  43                                           String source)
  44   {
  45     SliderPanel sp = null;
  46
  47     if (conservationSlider == null)
  48     {
  49       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  50       conservationSlider = new Frame();
  51       conservationSlider.add(sp);
  52     }
  53     else
  54     {
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  56       sp.cs = cs;
  57     }
  58
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +
  60                                 ")");
  61     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
  62     {
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  64     }
  65     else
  66     {
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  68     }
  69
  70     return sp.getValue();
  71   }
  72
  73   public static void showConservationSlider()
  74   {
  75     try
  76     {
  77       PIDSlider.setVisible(false);
  78       PIDSlider = null;
  79     }
  80     catch (Exception ex)
  81     {}
  82
  83     if (!conservationSlider.isVisible())
  84     {
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  86                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  88       {
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)
  90         {
  91           conservationSlider = null;
  92         }
  93       });
  94
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 100                                        String source)
 101   {
 102     SliderPanel pid = null;
 103     if (PIDSlider == null)
 104     {
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 106       PIDSlider = new Frame();
 107       PIDSlider.add(pid);
 108     }
 109     else
 110     {
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 112       pid.cs = cs;
 113     }
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 115
 116     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 117     {
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 119     }
 120     else
 121     {
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 123     }
 124
 125     return pid.getValue();
 126
 127   }
 128
 129   public static void showPIDSlider()
 130   {
 131     try
 132     {
 133       conservationSlider.setVisible(false);
 134       conservationSlider = null;
 135     }
 136     catch (Exception ex)
 137     {}
 138
 139     if (!PIDSlider.isVisible())
 140     {
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,
 142                                        100);
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 144       {
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)
 146         {
 147           PIDSlider = null;
 148         }
 149       });
 150     }
 151
 152   }
 153
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 155                      ColourSchemeI cs)
 156   {
 157     try {
 158         jbInit();
 159     } catch (Exception e) {
 160         e.printStackTrace();
 161       }
 162     this.ap = ap;
 163     this.cs = cs;
 164     forConservation = forConserve;
 165     undoButton.setVisible(false);
 166     applyButton.setVisible(false);
 167     if (forConservation)
 168     {
 169       label.setText("Modify conservation visibility");
 170       slider.setMinimum(0);
 171       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 172       slider.setUnitIncrement(1);
 173     }
 174     else
 175     {
 176       label.setText("Colour residues above % occurence");
 177       slider.setMinimum(0);
 178       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 179       slider.setBlockIncrement(1);
 180     }
 181
 182     slider.addAdjustmentListener(this);
 183     slider.addMouseListener(this);
 184
 185     slider.setValue(value);
 186     valueField.setText(value + "");
 187   }
 188
 189   public void valueChanged(int i)
 190   {
 191     if (cs == null)
 192     {
 193       return;
 194     }
 195
 196     ColourSchemeI toChange = null;
 197     Vector allGroups = null;
 198     int groupIndex = 0;
 199
 200     if (allGroupsCheck.getState())
 201     {
 202       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 203       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 204     }
 205     else
 206     {
 207       toChange = cs;
 208     }
 209
 210     while (groupIndex > -1)
 211     {
 212       if (allGroups != null)
 213       {
 214         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;
 215       }
 216
 217       if (forConservation)
 218       {
 219         toChange.setConservationInc(i);
 220       }
 221       else
 222       {
 223         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 224       }
 225
 226       groupIndex--;
 227     }
 228
 229     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 230
 231   }
 232
 233   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 234   {
 235     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 236   }
 237
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 239   {
 240     if(evt.getSource()==applyButton)
 241       applyButton_actionPerformed();
 242     else if(evt.getSource()==undoButton)
 243       undoButton_actionPerformed();
 244     else if(evt.getSource()==valueField)
 245       valueField_actionPerformed();
 246   }
 247
 248   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 249   {
 250     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 251     valueChanged(slider.getValue());
 252   }
 253
 254
 255   public void valueField_actionPerformed()
 256   {
 257     try
 258     {
 259       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 260       slider.setValue(i);
 261     }
 262     catch (Exception ex)
 263     {
 264       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 265     }
 266   }
 267
 268   public void setValue(int value)
 269   {
 270     slider.setValue(value);
 271   }
 272
 273   public int getValue()
 274   {
 275     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 276   }
 277
 278   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 279   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 280   protected TextField valueField = new TextField();
 281   protected Label label = new Label();
 282   Panel jPanel1 = new Panel();
 283   Panel jPanel2 = new Panel();
 284   protected Button applyButton = new Button();
 285   protected Button undoButton = new Button();
 286   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 287   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 288   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 289   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 290   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 291
 292   private void jbInit() throws Exception {
 293       this.setLayout(borderLayout2);
 294
 295       // slider.setMajorTickSpacing(10);
 296       //  slider.setMinorTickSpacing(1);
 297       //  slider.setPaintTicks(true);
 298       slider.setBackground(Color.white);
 299       slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 300       slider.setOrientation(0);
 301       valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 302       valueField.setText("      ");
 303       valueField.addActionListener(this);
 304       label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 305       label.setText("set this label text");
 306       jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 307       jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 308       applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 309       applyButton.setLabel("Apply");
 310       applyButton.addActionListener(this);
 311       undoButton.setEnabled(false);
 312       undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 313       undoButton.setLabel("Undo");
 314       undoButton.addActionListener(this);
 315       allGroupsCheck.setEnabled(false);
 316       allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 317       allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");
 318       allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");
 319       this.setBackground(Color.white);
 320       this.setForeground(Color.black);
 321       jPanel2.add(label, null);
 322       jPanel2.add(applyButton, null);
 323       jPanel2.add(undoButton, null);
 324       jPanel2.add(allGroupsCheck);
 325       jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 326       jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 327       this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 328       this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 329   }
 330
 331   protected void applyButton_actionPerformed()
 332   { }
 333
 334   protected void undoButton_actionPerformed()
 335   { }
 336
 337   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 338   { }
 339
 340   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 341   {
 342     if (ap.overviewPanel != null)
 343       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 344   }
 345   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 346   {}
 347   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 348   {}
 349   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 350   {}
 351 }