src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Button;
  29 import java.awt.Checkbox;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FlowLayout;
  32 import java.awt.Frame;
  33 import java.awt.Label;
  34 import java.awt.Panel;
  35 import java.awt.Scrollbar;
  36 import java.awt.TextField;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  40 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.awt.event.MouseListener;
  43 import java.awt.event.WindowAdapter;
  44 import java.awt.event.WindowEvent;
  45 import java.util.Iterator;
  46
  47 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  48         AdjustmentListener, MouseListener
  49 {
  50   AlignmentPanel ap;
  51
  52   boolean forConservation = true;
  53
  54   ColourSchemeI cs;
  55
  56   static Frame conservationSlider;
  57
  58   static Frame PIDSlider;
  59
  60   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  61           ColourSchemeI cs, String source)
  62   {
  63     SliderPanel sp = null;
  64
  65     if (conservationSlider == null)
  66     {
  67       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  68       conservationSlider = new Frame();
  69       conservationSlider.add(sp);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  74       sp.cs = cs;
  75     }
  76
  77     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.conservation_colour_increment", new String[]{source}));
  78     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  79     {
  80       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  81     }
  82     else
  83     {
  84       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  85     }
  86
  87     return sp.getValue();
  88   }
  89
  90   public static void showConservationSlider()
  91   {
  92     try
  93     {
  94       PIDSlider.setVisible(false);
  95       PIDSlider = null;
  96     } catch (Exception ex)
  97     {
  98     }
  99
 100     if (!conservationSlider.isVisible())
 101     {
 102       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
 103               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
 104       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 105       {
 106         public void windowClosing(WindowEvent e)
 107         {
 108           conservationSlider = null;
 109         }
 110       });
 111
 112     }
 113
 114   }
 115
 116   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 117           String source)
 118   {
 119     SliderPanel pid = null;
 120     if (PIDSlider == null)
 121     {
 122       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 123       PIDSlider = new Frame();
 124       PIDSlider.add(pid);
 125     }
 126     else
 127     {
 128       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 129       pid.cs = cs;
 130     }
 131     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.percentage_identity_thereshold", new String[]{source}));
 132
 133     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 134     {
 135       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 136     }
 137     else
 138     {
 139       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 140     }
 141
 142     return pid.getValue();
 143
 144   }
 145
 146   public static void showPIDSlider()
 147   {
 148     try
 149     {
 150       conservationSlider.setVisible(false);
 151       conservationSlider = null;
 152     } catch (Exception ex)
 153     {
 154     }
 155
 156     if (!PIDSlider.isVisible())
 157     {
 158       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 159               420, 100);
 160       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 161       {
 162         public void windowClosing(WindowEvent e)
 163         {
 164           PIDSlider = null;
 165         }
 166       });
 167     }
 168
 169   }
 170
 171   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 172           ColourSchemeI cs)
 173   {
 174     try
 175     {
 176       jbInit();
 177     } catch (Exception e)
 178     {
 179       e.printStackTrace();
 180     }
 181     this.ap = ap;
 182     this.cs = cs;
 183     forConservation = forConserve;
 184     undoButton.setVisible(false);
 185     applyButton.setVisible(false);
 186     if (forConservation)
 187     {
 188       label.setText(MessageManager
 189               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 190       slider.setMinimum(0);
 191       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 192       slider.setUnitIncrement(1);
 193     }
 194     else
 195     {
 196       label.setText(MessageManager
 197               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 198       slider.setMinimum(0);
 199       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 200       slider.setBlockIncrement(1);
 201     }
 202
 203     slider.addAdjustmentListener(this);
 204     slider.addMouseListener(this);
 205
 206     slider.setValue(value);
 207     valueField.setText(value + "");
 208   }
 209
 210   public void valueChanged(int i)
 211   {
 212     if (cs == null)
 213     {
 214       return;
 215     }
 216
 217     ColourSchemeI toChange = cs;
 218     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 219
 220     if (allGroupsCheck.getState())
 221     {
 222       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 223     }
 224
 225     while (toChange != null)
 226     {
 227       if (forConservation)
 228       {
 229         toChange.setConservationInc(i);
 230       }
 231       else
 232       {
 233         toChange.setThreshold(i, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 234       }
 235       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 236       {
 237         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 238                 && allGroups.hasNext())
 239         {
 240           ;
 241         }
 242       }
 243       else
 244       {
 245         toChange = null;
 246       }
 247     }
 248
 249     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 250
 251   }
 252
 253   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 254   {
 255     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 256   }
 257
 258   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 259   {
 260     if (evt.getSource() == applyButton)
 261     {
 262       applyButton_actionPerformed();
 263     }
 264     else if (evt.getSource() == undoButton)
 265     {
 266       undoButton_actionPerformed();
 267     }
 268     else if (evt.getSource() == valueField)
 269     {
 270       valueField_actionPerformed();
 271     }
 272   }
 273
 274   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 275   {
 276     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 277     valueChanged(slider.getValue());
 278   }
 279
 280   public void valueField_actionPerformed()
 281   {
 282     try
 283     {
 284       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 285       slider.setValue(i);
 286     } catch (Exception ex)
 287     {
 288       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 289     }
 290   }
 291
 292   public void setValue(int value)
 293   {
 294     slider.setValue(value);
 295   }
 296
 297   public int getValue()
 298   {
 299     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 300   }
 301
 302   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 303   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 304
 305   protected TextField valueField = new TextField();
 306
 307   protected Label label = new Label();
 308
 309   Panel jPanel1 = new Panel();
 310
 311   Panel jPanel2 = new Panel();
 312
 313   protected Button applyButton = new Button();
 314
 315   protected Button undoButton = new Button();
 316
 317   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 318
 319   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 320
 321   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 322
 323   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 324
 325   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 326
 327   private void jbInit() throws Exception
 328   {
 329     this.setLayout(borderLayout2);
 330
 331     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 332     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 333     // slider.setPaintTicks(true);
 334     slider.setBackground(Color.white);
 335     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 336     slider.setOrientation(0);
 337     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 338     valueField.setText("   ");
 339     valueField.addActionListener(this);
 340     valueField.setColumns(3);
 341     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 342     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 343     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 344     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 345     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 346     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 347     applyButton.addActionListener(this);
 348     undoButton.setEnabled(false);
 349     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 350     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 351     undoButton.addActionListener(this);
 352     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 353     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 354     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 355             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 356     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 357             .getString("action.apply_all_groups"));
 358     this.setBackground(Color.white);
 359     this.setForeground(Color.black);
 360     jPanel2.add(label, null);
 361     jPanel2.add(applyButton, null);
 362     jPanel2.add(undoButton, null);
 363     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 364     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 365     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 366     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 367     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 368   }
 369
 370   protected void applyButton_actionPerformed()
 371   {
 372   }
 373
 374   protected void undoButton_actionPerformed()
 375   {
 376   }
 377
 378   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 379   {
 380   }
 381
 382   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 383   {
 384     ap.paintAlignment(true);
 385   }
 386
 387   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 388   {
 389   }
 390
 391   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 392   {
 393   }
 394
 395   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 396   {
 397   }
 398 }