src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbappletgui.*;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 public class SliderPanel extends GSliderPanel\r
  30 {\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   boolean forConservation = true;\r
  33   ColourSchemeI cs;\r
  34 \r
  35   static Frame conservationSlider;\r
  36   static Frame PIDSlider;\r
  37 \r
  38   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs, String source)\r
  39   {\r
  40     SliderPanel sp = null;\r
  41     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)cs;\r
  42 \r
  43     if(conservationSlider == null)\r
  44     {\r
  45       sp = new SliderPanel(ap, ccs.inc, true, cs);\r
  46       conservationSlider = new Frame();\r
  47       conservationSlider.add(sp);\r
  48     }\r
  49     else\r
  50     {\r
  51         sp = (SliderPanel)conservationSlider.getComponent(0);\r
  52         sp.cs = cs;\r
  53     }\r
  54 \r
  55     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  ("+source+")");\r
  56     if(ap.av.alignment.getGroups()!=null)\r
  57       sp.setAllGroupsCheckEnabled( true );\r
  58     else\r
  59       sp.setAllGroupsCheckEnabled( false);\r
  60 \r
  61     return sp.getValue();\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public static void showConservationSlider()\r
  65   {\r
  66     try{\r
  67       PIDSlider.setVisible(false);\r
  68       PIDSlider = null;\r
  69     }catch(Exception ex){}\r
  70 \r
  71 \r
  72     if(!conservationSlider.isVisible())\r
  73     {\r
  74       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider, conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
  75       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  76       {\r
  77         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  78         {\r
  79           conservationSlider = null;\r
  80         }\r
  81       });\r
  82 \r
  83     }\r
  84 \r
  85   }\r
  86 \r
  87   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs, String source)\r
  88    {\r
  89      SliderPanel pid = null;\r
  90      if(PIDSlider == null)\r
  91      {\r
  92        pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
  93        PIDSlider = new Frame();\r
  94        PIDSlider.add(pid);\r
  95      }\r
  96      else\r
  97      {\r
  98          pid = (SliderPanel)PIDSlider.getComponent(0);\r
  99          pid.cs = cs;\r
 100      }\r
 101      PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold ("+source+")");\r
 102 \r
 103      if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 104        pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 105      else\r
 106        pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 107 \r
 108      return pid.getValue();\r
 109 \r
 110    }\r
 111 \r
 112    public static void showPIDSlider()\r
 113    {\r
 114      try{\r
 115        conservationSlider.setVisible(false);\r
 116        conservationSlider = null;\r
 117      }catch(Exception ex){}\r
 118 \r
 119      if(!PIDSlider.isVisible())\r
 120     {\r
 121       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 100);\r
 122       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 123       {\r
 124         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 125         {\r
 126           PIDSlider = null;\r
 127         }\r
 128       });\r
 129     }\r
 130 \r
 131    }\r
 132 \r
 133 \r
 134   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve, ColourSchemeI cs)\r
 135   {\r
 136     this.ap = ap;\r
 137     this.cs = cs;\r
 138     forConservation = forConserve;\r
 139     undoButton.setVisible(false);\r
 140     applyButton.setVisible(false);\r
 141     if(forConservation)\r
 142     {\r
 143       label.setText("Modify conservation visibility");\r
 144       slider.setMinimum(0);\r
 145       slider.setMaximum(50+slider.getVisibleAmount());\r
 146       slider.setUnitIncrement(1);\r
 147     }\r
 148     else\r
 149     {\r
 150       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
 151       slider.setMinimum(0);\r
 152       slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());\r
 153       slider.setBlockIncrement(1);\r
 154     }\r
 155 \r
 156 \r
 157     slider.addAdjustmentListener( new AdjustmentListener()\r
 158     {\r
 159       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 160       {\r
 161         valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 162         valueChanged( slider.getValue() );\r
 163       }\r
 164     });\r
 165 \r
 166     slider.setValue(value);\r
 167     valueField.setText(value+"");\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void valueChanged(int i)\r
 171   {\r
 172     if(cs == null)\r
 173       return;\r
 174 \r
 175     ColourSchemeI toChange = null;\r
 176     Vector allGroups = null;\r
 177     int groupIndex = 0;\r
 178 \r
 179     if(allGroupsCheck.getState())\r
 180     {\r
 181       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 182       groupIndex = allGroups.size()-1;\r
 183     }\r
 184     else\r
 185       toChange = cs;\r
 186 \r
 187 \r
 188     while( groupIndex > -1 )\r
 189     {\r
 190       if(allGroups!=null)\r
 191         toChange = ((SequenceGroup)allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
 192 \r
 193       if (forConservation)\r
 194       {\r
 195         if (toChange instanceof ConservationColourScheme)\r
 196           ( (ConservationColourScheme) toChange).inc = i;\r
 197       }\r
 198       else\r
 199       {\r
 200           ( (ResidueColourScheme) toChange).setThreshold(i);\r
 201       }\r
 202 \r
 203       groupIndex--;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 207 \r
 208   }\r
 209 \r
 210   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 211   {\r
 212     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 213   }\r
 214 \r
 215 \r
 216   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 217   {\r
 218     try{\r
 219       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 220       slider.setValue(i);\r
 221     }\r
 222     catch(Exception ex)\r
 223     {\r
 224       valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 225     }\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public void setValue(int value)\r
 229   {\r
 230     slider.setValue(value);\r
 231   }\r
 232   public int getValue()\r
 233   {\r
 234     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 235   }\r
 236 \r
 237 \r
 238 }\r