src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SliderPanel\r
  31     extends Panel implements ActionListener,\r
  32     AdjustmentListener,\r
  33     MouseListener\r
  34 {\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   boolean forConservation = true;\r
  37   ColourSchemeI cs;\r
  38 \r
  39   static Frame conservationSlider;\r
  40   static Frame PIDSlider;\r
  41 \r
  42   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
  43                                           String source)\r
  44   {\r
  45     SliderPanel sp = null;\r
  46 \r
  47     if (conservationSlider == null)\r
  48     {\r
  49       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
  50       conservationSlider = new Frame();\r
  51       conservationSlider.add(sp);\r
  52     }\r
  53     else\r
  54     {\r
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);\r
  56       sp.cs = cs;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +\r
  60                                 ")");\r
  61     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
  62     {\r
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
  64     }\r
  65     else\r
  66     {\r
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     return sp.getValue();\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public static void showConservationSlider()\r
  74   {\r
  75     try\r
  76     {\r
  77       PIDSlider.setVisible(false);\r
  78       PIDSlider = null;\r
  79     }\r
  80     catch (Exception ex)\r
  81     {}\r
  82 \r
  83     if (!conservationSlider.isVisible())\r
  84     {\r
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,\r
  86                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  88       {\r
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  90         {\r
  91           conservationSlider = null;\r
  92         }\r
  93       });\r
  94 \r
  95     }\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 100                                        String source)\r
 101   {\r
 102     SliderPanel pid = null;\r
 103     if (PIDSlider == null)\r
 104     {\r
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
 106       PIDSlider = new Frame();\r
 107       PIDSlider.add(pid);\r
 108     }\r
 109     else\r
 110     {\r
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);\r
 112       pid.cs = cs;\r
 113     }\r
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 115 \r
 116     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 117     {\r
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 119     }\r
 120     else\r
 121     {\r
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 123     }\r
 124 \r
 125     return pid.getValue();\r
 126 \r
 127   }\r
 128 \r
 129   public static void showPIDSlider()\r
 130   {\r
 131     try\r
 132     {\r
 133       conservationSlider.setVisible(false);\r
 134       conservationSlider = null;\r
 135     }\r
 136     catch (Exception ex)\r
 137     {}\r
 138 \r
 139     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 140     {\r
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,\r
 142                                        100);\r
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 144       {\r
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 146         {\r
 147           PIDSlider = null;\r
 148         }\r
 149       });\r
 150     }\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
 155                      ColourSchemeI cs)\r
 156   {\r
 157     try\r
 158     {\r
 159       jbInit();\r
 160     }\r
 161     catch (Exception e)\r
 162     {\r
 163       e.printStackTrace();\r
 164     }\r
 165     this.ap = ap;\r
 166     this.cs = cs;\r
 167     forConservation = forConserve;\r
 168     undoButton.setVisible(false);\r
 169     applyButton.setVisible(false);\r
 170     if (forConservation)\r
 171     {\r
 172       label.setText("Modify conservation visibility");\r
 173       slider.setMinimum(0);\r
 174       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());\r
 175       slider.setUnitIncrement(1);\r
 176     }\r
 177     else\r
 178     {\r
 179       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
 180       slider.setMinimum(0);\r
 181       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
 182       slider.setBlockIncrement(1);\r
 183     }\r
 184 \r
 185     slider.addAdjustmentListener(this);\r
 186     slider.addMouseListener(this);\r
 187 \r
 188     slider.setValue(value);\r
 189     valueField.setText(value + "");\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void valueChanged(int i)\r
 193   {\r
 194     if (cs == null)\r
 195     {\r
 196       return;\r
 197     }\r
 198 \r
 199     ColourSchemeI toChange = null;\r
 200     Vector allGroups = null;\r
 201     int groupIndex = 0;\r
 202 \r
 203     if (allGroupsCheck.getState())\r
 204     {\r
 205       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 206       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 207     }\r
 208     else\r
 209     {\r
 210       toChange = cs;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     while (groupIndex > -1)\r
 214     {\r
 215       if (allGroups != null)\r
 216       {\r
 217         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
 218       }\r
 219 \r
 220       if (forConservation)\r
 221       {\r
 222         toChange.setConservationInc(i);\r
 223       }\r
 224       else\r
 225       {\r
 226         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 227       }\r
 228 \r
 229       groupIndex--;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 237   {\r
 238     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 242   {\r
 243     if (evt.getSource() == applyButton)\r
 244     {\r
 245       applyButton_actionPerformed();\r
 246     }\r
 247     else if (evt.getSource() == undoButton)\r
 248     {\r
 249       undoButton_actionPerformed();\r
 250     }\r
 251     else if (evt.getSource() == valueField)\r
 252     {\r
 253       valueField_actionPerformed();\r
 254     }\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 258   {\r
 259     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 260     valueChanged(slider.getValue());\r
 261   }\r
 262 \r
 263   public void valueField_actionPerformed()\r
 264   {\r
 265     try\r
 266     {\r
 267       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 268       slider.setValue(i);\r
 269     }\r
 270     catch (Exception ex)\r
 271     {\r
 272       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 273     }\r
 274   }\r
 275 \r
 276   public void setValue(int value)\r
 277   {\r
 278     slider.setValue(value);\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public int getValue()\r
 282   {\r
 283     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 284   }\r
 285 \r
 286   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold\r
 287   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();\r
 288   protected TextField valueField = new TextField();\r
 289   protected Label label = new Label();\r
 290   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 291   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 292   protected Button applyButton = new Button();\r
 293   protected Button undoButton = new Button();\r
 294   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 295   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();\r
 296   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 297   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 298   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 299 \r
 300   private void jbInit()\r
 301       throws Exception\r
 302   {\r
 303     this.setLayout(borderLayout2);\r
 304 \r
 305     // slider.setMajorTickSpacing(10);\r
 306     //  slider.setMinorTickSpacing(1);\r
 307     //  slider.setPaintTicks(true);\r
 308     slider.setBackground(Color.white);\r
 309     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 310     slider.setOrientation(0);\r
 311     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 312     valueField.setText("      ");\r
 313     valueField.addActionListener(this);\r
 314     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 315     label.setText("set this label text");\r
 316     jPanel1.setLayout(borderLayout1);\r
 317     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 318     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 319     applyButton.setLabel("Apply");\r
 320     applyButton.addActionListener(this);\r
 321     undoButton.setEnabled(false);\r
 322     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 323     undoButton.setLabel("Undo");\r
 324     undoButton.addActionListener(this);\r
 325     allGroupsCheck.setEnabled(false);\r
 326     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 327     allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");\r
 328     allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");\r
 329     this.setBackground(Color.white);\r
 330     this.setForeground(Color.black);\r
 331     jPanel2.add(label, null);\r
 332     jPanel2.add(applyButton, null);\r
 333     jPanel2.add(undoButton, null);\r
 334     jPanel2.add(allGroupsCheck);\r
 335     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);\r
 336     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 337     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 338     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 339   }\r
 340 \r
 341   protected void applyButton_actionPerformed()\r
 342   {}\r
 343 \r
 344   protected void undoButton_actionPerformed()\r
 345   {}\r
 346 \r
 347   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 348   {}\r
 349 \r
 350   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 351   {\r
 352       ap.paintAlignment(true);\r
 353   }\r
 354 \r
 355   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 356   {}\r
 357 \r
 358   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 359   {}\r
 360 \r
 361   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 362   {}\r
 363 }\r