Dont add pdb format here
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / SliderPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.util.*;\r
23 \r
24 import java.awt.*;\r
25 import java.awt.event.*;\r
26 \r
27 import jalview.datamodel.*;\r
28 import jalview.schemes.*;\r
29 \r
30 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener, AdjustmentListener\r
31 {\r
32   AlignmentPanel ap;\r
33   boolean forConservation = true;\r
34   ColourSchemeI cs;\r
35 \r
36   static Frame conservationSlider;\r
37   static Frame PIDSlider;\r
38 \r
39   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
40                                           String source)\r
41   {\r
42     SliderPanel sp = null;\r
43 \r
44     if (conservationSlider == null)\r
45     {\r
46       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
47       conservationSlider = new Frame();\r
48       conservationSlider.add(sp);\r
49     }\r
50     else\r
51     {\r
52       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);\r
53       sp.cs = cs;\r
54     }\r
55 \r
56     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +\r
57                                 ")");\r
58     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
59     {\r
60       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
61     }\r
62     else\r
63     {\r
64       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
65     }\r
66 \r
67     return sp.getValue();\r
68   }\r
69 \r
70   public static void showConservationSlider()\r
71   {\r
72     try\r
73     {\r
74       PIDSlider.setVisible(false);\r
75       PIDSlider = null;\r
76     }\r
77     catch (Exception ex)\r
78     {}\r
79 \r
80     if (!conservationSlider.isVisible())\r
81     {\r
82       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,\r
83                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
84       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
85       {\r
86         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
87         {\r
88           conservationSlider = null;\r
89         }\r
90       });\r
91 \r
92     }\r
93 \r
94   }\r
95 \r
96   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
97                                        String source)\r
98   {\r
99     SliderPanel pid = null;\r
100     if (PIDSlider == null)\r
101     {\r
102       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
103       PIDSlider = new Frame();\r
104       PIDSlider.add(pid);\r
105     }\r
106     else\r
107     {\r
108       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);\r
109       pid.cs = cs;\r
110     }\r
111     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
112 \r
113     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
114     {\r
115       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
116     }\r
117     else\r
118     {\r
119       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
120     }\r
121 \r
122     return pid.getValue();\r
123 \r
124   }\r
125 \r
126   public static void showPIDSlider()\r
127   {\r
128     try\r
129     {\r
130       conservationSlider.setVisible(false);\r
131       conservationSlider = null;\r
132     }\r
133     catch (Exception ex)\r
134     {}\r
135 \r
136     if (!PIDSlider.isVisible())\r
137     {\r
138       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,\r
139                                        100);\r
140       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
141       {\r
142         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
143         {\r
144           PIDSlider = null;\r
145         }\r
146       });\r
147     }\r
148 \r
149   }\r
150 \r
151   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
152                      ColourSchemeI cs)\r
153   {\r
154     try {\r
155         jbInit();\r
156     } catch (Exception e) {\r
157         e.printStackTrace();\r
158       }\r
159     this.ap = ap;\r
160     this.cs = cs;\r
161     forConservation = forConserve;\r
162     undoButton.setVisible(false);\r
163     applyButton.setVisible(false);\r
164     if (forConservation)\r
165     {\r
166       label.setText("Modify conservation visibility");\r
167       slider.setMinimum(0);\r
168       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());\r
169       slider.setUnitIncrement(1);\r
170     }\r
171     else\r
172     {\r
173       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
174       slider.setMinimum(0);\r
175       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
176       slider.setBlockIncrement(1);\r
177     }\r
178 \r
179     slider.addAdjustmentListener(this);\r
180 \r
181     slider.setValue(value);\r
182     valueField.setText(value + "");\r
183   }\r
184 \r
185   public void valueChanged(int i)\r
186   {\r
187     if (cs == null)\r
188     {\r
189       return;\r
190     }\r
191 \r
192     ColourSchemeI toChange = null;\r
193     Vector allGroups = null;\r
194     int groupIndex = 0;\r
195 \r
196     if (allGroupsCheck.getState())\r
197     {\r
198       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
199       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
200     }\r
201     else\r
202     {\r
203       toChange = cs;\r
204     }\r
205 \r
206     while (groupIndex > -1)\r
207     {\r
208       if (allGroups != null)\r
209       {\r
210         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
211       }\r
212 \r
213       if (forConservation)\r
214       {\r
215         toChange.setConservationInc(i);\r
216       }\r
217       else\r
218       {\r
219         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
220       }\r
221 \r
222       groupIndex--;\r
223     }\r
224 \r
225     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
226 \r
227   }\r
228 \r
229   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
230   {\r
231     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
232   }\r
233 \r
234   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
235   {\r
236     if(evt.getSource()==applyButton)\r
237       applyButton_actionPerformed();\r
238     else if(evt.getSource()==undoButton)\r
239       undoButton_actionPerformed();\r
240     else if(evt.getSource()==valueField)\r
241       valueField_actionPerformed();\r
242   }\r
243 \r
244   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
245   {\r
246     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
247     valueChanged(slider.getValue());\r
248   }\r
249 \r
250 \r
251   public void valueField_actionPerformed()\r
252   {\r
253     try\r
254     {\r
255       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
256       slider.setValue(i);\r
257     }\r
258     catch (Exception ex)\r
259     {\r
260       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
261     }\r
262   }\r
263 \r
264   public void setValue(int value)\r
265   {\r
266     slider.setValue(value);\r
267   }\r
268 \r
269   public int getValue()\r
270   {\r
271     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
272   }\r
273 \r
274   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold\r
275   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();\r
276   protected TextField valueField = new TextField();\r
277   protected Label label = new Label();\r
278   Panel jPanel1 = new Panel();\r
279   Panel jPanel2 = new Panel();\r
280   protected Button applyButton = new Button();\r
281   protected Button undoButton = new Button();\r
282   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
283   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();\r
284   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
285   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
286   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
287 \r
288   private void jbInit() throws Exception {\r
289       this.setLayout(borderLayout2);\r
290 \r
291       // slider.setMajorTickSpacing(10);\r
292       //  slider.setMinorTickSpacing(1);\r
293       //  slider.setPaintTicks(true);\r
294       slider.setBackground(Color.white);\r
295       slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
296       slider.setOrientation(0);\r
297       valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
298       valueField.setText("      ");\r
299       valueField.addActionListener(this);\r
300       label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
301       label.setText("set this label text");\r
302       jPanel1.setLayout(borderLayout1);\r
303       jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
304       applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
305       applyButton.setLabel("Apply");\r
306       applyButton.addActionListener(this);\r
307       undoButton.setEnabled(false);\r
308       undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
309       undoButton.setLabel("Undo");\r
310       undoButton.addActionListener(this);\r
311       allGroupsCheck.setEnabled(false);\r
312       allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
313       allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");\r
314       allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");\r
315       this.setBackground(Color.white);\r
316       this.setForeground(Color.black);\r
317       jPanel2.add(label, null);\r
318       jPanel2.add(applyButton, null);\r
319       jPanel2.add(undoButton, null);\r
320       jPanel2.add(allGroupsCheck);\r
321       jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);\r
322       jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
323       this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
324       this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
325   }\r
326 \r
327   protected void applyButton_actionPerformed()\r
328   {\r
329   }\r
330 \r
331   protected void undoButton_actionPerformed()\r
332   {\r
333   }\r
334 }\r