src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  29         AdjustmentListener, MouseListener
  30 {
  31   AlignmentPanel ap;
  32
  33   boolean forConservation = true;
  34
  35   ColourSchemeI cs;
  36
  37   static Frame conservationSlider;
  38
  39   static Frame PIDSlider;
  40
  41   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  42           ColourSchemeI cs, String source)
  43   {
  44     SliderPanel sp = null;
  45
  46     if (conservationSlider == null)
  47     {
  48       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  49       conservationSlider = new Frame();
  50       conservationSlider.add(sp);
  51     }
  52     else
  53     {
  54       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  55       sp.cs = cs;
  56     }
  57
  58     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  59             + ")");
  60     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  61     {
  62       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  63     }
  64     else
  65     {
  66       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  67     }
  68
  69     return sp.getValue();
  70   }
  71
  72   public static void showConservationSlider()
  73   {
  74     try
  75     {
  76       PIDSlider.setVisible(false);
  77       PIDSlider = null;
  78     } catch (Exception ex)
  79     {
  80     }
  81
  82     if (!conservationSlider.isVisible())
  83     {
  84       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  85               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  86       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  87       {
  88         public void windowClosing(WindowEvent e)
  89         {
  90           conservationSlider = null;
  91         }
  92       });
  93
  94     }
  95
  96   }
  97
  98   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
  99           String source)
 100   {
 101     SliderPanel pid = null;
 102     if (PIDSlider == null)
 103     {
 104       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 105       PIDSlider = new Frame();
 106       PIDSlider.add(pid);
 107     }
 108     else
 109     {
 110       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 111       pid.cs = cs;
 112     }
 113     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 114
 115     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 116     {
 117       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 118     }
 119     else
 120     {
 121       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 122     }
 123
 124     return pid.getValue();
 125
 126   }
 127
 128   public static void showPIDSlider()
 129   {
 130     try
 131     {
 132       conservationSlider.setVisible(false);
 133       conservationSlider = null;
 134     } catch (Exception ex)
 135     {
 136     }
 137
 138     if (!PIDSlider.isVisible())
 139     {
 140       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 141               420, 100);
 142       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 143       {
 144         public void windowClosing(WindowEvent e)
 145         {
 146           PIDSlider = null;
 147         }
 148       });
 149     }
 150
 151   }
 152
 153   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 154           ColourSchemeI cs)
 155   {
 156     try
 157     {
 158       jbInit();
 159     } catch (Exception e)
 160     {
 161       e.printStackTrace();
 162     }
 163     this.ap = ap;
 164     this.cs = cs;
 165     forConservation = forConserve;
 166     undoButton.setVisible(false);
 167     applyButton.setVisible(false);
 168     if (forConservation)
 169     {
 170       label.setText("Modify conservation visibility");
 171       slider.setMinimum(0);
 172       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 173       slider.setUnitIncrement(1);
 174     }
 175     else
 176     {
 177       label.setText("Colour residues above % occurence");
 178       slider.setMinimum(0);
 179       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 180       slider.setBlockIncrement(1);
 181     }
 182
 183     slider.addAdjustmentListener(this);
 184     slider.addMouseListener(this);
 185
 186     slider.setValue(value);
 187     valueField.setText(value + "");
 188   }
 189
 190   public void valueChanged(int i)
 191   {
 192     if (cs == null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     ColourSchemeI toChange = null;
 198     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 199
 200     if (allGroupsCheck.getState())
 201     {
 202       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 203     }
 204     else
 205     {
 206       toChange = cs;
 207     }
 208
 209     do
 210     {
 211       if (allGroups != null)
 212       {
 213         toChange = allGroups.next().cs;
 214       }
 215
 216       if (forConservation)
 217       {
 218         toChange.setConservationInc(i);
 219       }
 220       else
 221       {
 222         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 223       }
 224
 225     } while (allGroups != null && allGroups.hasNext());
 226
 227     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 228
 229   }
 230
 231   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 232   {
 233     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 234   }
 235
 236   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 237   {
 238     if (evt.getSource() == applyButton)
 239     {
 240       applyButton_actionPerformed();
 241     }
 242     else if (evt.getSource() == undoButton)
 243     {
 244       undoButton_actionPerformed();
 245     }
 246     else if (evt.getSource() == valueField)
 247     {
 248       valueField_actionPerformed();
 249     }
 250   }
 251
 252   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 253   {
 254     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 255     valueChanged(slider.getValue());
 256   }
 257
 258   public void valueField_actionPerformed()
 259   {
 260     try
 261     {
 262       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 263       slider.setValue(i);
 264     } catch (Exception ex)
 265     {
 266       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 267     }
 268   }
 269
 270   public void setValue(int value)
 271   {
 272     slider.setValue(value);
 273   }
 274
 275   public int getValue()
 276   {
 277     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 278   }
 279
 280   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 281   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 282
 283   protected TextField valueField = new TextField();
 284
 285   protected Label label = new Label();
 286
 287   Panel jPanel1 = new Panel();
 288
 289   Panel jPanel2 = new Panel();
 290
 291   protected Button applyButton = new Button();
 292
 293   protected Button undoButton = new Button();
 294
 295   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 296
 297   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 298
 299   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 300
 301   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 302
 303   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 304
 305   private void jbInit() throws Exception
 306   {
 307     this.setLayout(borderLayout2);
 308
 309     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 310     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 311     // slider.setPaintTicks(true);
 312     slider.setBackground(Color.white);
 313     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 314     slider.setOrientation(0);
 315     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 316     valueField.setText("      ");
 317     valueField.addActionListener(this);
 318     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 319     label.setText("set this label text");
 320     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 321     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 322     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 323     applyButton.setLabel("Apply");
 324     applyButton.addActionListener(this);
 325     undoButton.setEnabled(false);
 326     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 327     undoButton.setLabel("Undo");
 328     undoButton.addActionListener(this);
 329     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 330     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 331     allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");
 332     allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");
 333     this.setBackground(Color.white);
 334     this.setForeground(Color.black);
 335     jPanel2.add(label, null);
 336     jPanel2.add(applyButton, null);
 337     jPanel2.add(undoButton, null);
 338     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 339     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 340     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 341     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 342     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 343   }
 344
 345   protected void applyButton_actionPerformed()
 346   {
 347   }
 348
 349   protected void undoButton_actionPerformed()
 350   {
 351   }
 352
 353   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 354   {
 355   }
 356
 357   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 358   {
 359     ap.paintAlignment(true);
 360   }
 361
 362   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 363   {
 364   }
 365
 366   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 367   {
 368   }
 369
 370   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 371   {
 372   }
 373 }