src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SliderPanel extends Panel\r
  31     implements ActionListener,\r
  32     AdjustmentListener,\r
  33     MouseListener\r
  34 {\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   boolean forConservation = true;\r
  37   ColourSchemeI cs;\r
  38 \r
  39   static Frame conservationSlider;\r
  40   static Frame PIDSlider;\r
  41 \r
  42   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
  43                                           String source)\r
  44   {\r
  45     SliderPanel sp = null;\r
  46 \r
  47     if (conservationSlider == null)\r
  48     {\r
  49       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
  50       conservationSlider = new Frame();\r
  51       conservationSlider.add(sp);\r
  52     }\r
  53     else\r
  54     {\r
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);\r
  56       sp.cs = cs;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +\r
  60                                 ")");\r
  61     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
  62     {\r
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
  64     }\r
  65     else\r
  66     {\r
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     return sp.getValue();\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public static void showConservationSlider()\r
  74   {\r
  75     try\r
  76     {\r
  77       PIDSlider.setVisible(false);\r
  78       PIDSlider = null;\r
  79     }\r
  80     catch (Exception ex)\r
  81     {}\r
  82 \r
  83     if (!conservationSlider.isVisible())\r
  84     {\r
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,\r
  86                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  88       {\r
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  90         {\r
  91           conservationSlider = null;\r
  92         }\r
  93       });\r
  94 \r
  95     }\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 100                                        String source)\r
 101   {\r
 102     SliderPanel pid = null;\r
 103     if (PIDSlider == null)\r
 104     {\r
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
 106       PIDSlider = new Frame();\r
 107       PIDSlider.add(pid);\r
 108     }\r
 109     else\r
 110     {\r
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);\r
 112       pid.cs = cs;\r
 113     }\r
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 115 \r
 116     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 117     {\r
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 119     }\r
 120     else\r
 121     {\r
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 123     }\r
 124 \r
 125     return pid.getValue();\r
 126 \r
 127   }\r
 128 \r
 129   public static void showPIDSlider()\r
 130   {\r
 131     try\r
 132     {\r
 133       conservationSlider.setVisible(false);\r
 134       conservationSlider = null;\r
 135     }\r
 136     catch (Exception ex)\r
 137     {}\r
 138 \r
 139     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 140     {\r
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,\r
 142                                        100);\r
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 144       {\r
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 146         {\r
 147           PIDSlider = null;\r
 148         }\r
 149       });\r
 150     }\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
 155                      ColourSchemeI cs)\r
 156   {\r
 157     try {\r
 158         jbInit();\r
 159     } catch (Exception e) {\r
 160         e.printStackTrace();\r
 161       }\r
 162     this.ap = ap;\r
 163     this.cs = cs;\r
 164     forConservation = forConserve;\r
 165     undoButton.setVisible(false);\r
 166     applyButton.setVisible(false);\r
 167     if (forConservation)\r
 168     {\r
 169       label.setText("Modify conservation visibility");\r
 170       slider.setMinimum(0);\r
 171       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());\r
 172       slider.setUnitIncrement(1);\r
 173     }\r
 174     else\r
 175     {\r
 176       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
 177       slider.setMinimum(0);\r
 178       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
 179       slider.setBlockIncrement(1);\r
 180     }\r
 181 \r
 182     slider.addAdjustmentListener(this);\r
 183     slider.addMouseListener(this);\r
 184 \r
 185     slider.setValue(value);\r
 186     valueField.setText(value + "");\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void valueChanged(int i)\r
 190   {\r
 191     if (cs == null)\r
 192     {\r
 193       return;\r
 194     }\r
 195 \r
 196     ColourSchemeI toChange = null;\r
 197     Vector allGroups = null;\r
 198     int groupIndex = 0;\r
 199 \r
 200     if (allGroupsCheck.getState())\r
 201     {\r
 202       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 203       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 204     }\r
 205     else\r
 206     {\r
 207       toChange = cs;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     while (groupIndex > -1)\r
 211     {\r
 212       if (allGroups != null)\r
 213       {\r
 214         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
 215       }\r
 216 \r
 217       if (forConservation)\r
 218       {\r
 219         toChange.setConservationInc(i);\r
 220       }\r
 221       else\r
 222       {\r
 223         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 224       }\r
 225 \r
 226       groupIndex--;\r
 227     }\r
 228 \r
 229     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 230 \r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 234   {\r
 235     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 239   {\r
 240     if(evt.getSource()==applyButton)\r
 241       applyButton_actionPerformed();\r
 242     else if(evt.getSource()==undoButton)\r
 243       undoButton_actionPerformed();\r
 244     else if(evt.getSource()==valueField)\r
 245       valueField_actionPerformed();\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 249   {\r
 250     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 251     valueChanged(slider.getValue());\r
 252   }\r
 253 \r
 254 \r
 255   public void valueField_actionPerformed()\r
 256   {\r
 257     try\r
 258     {\r
 259       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 260       slider.setValue(i);\r
 261     }\r
 262     catch (Exception ex)\r
 263     {\r
 264       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 265     }\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void setValue(int value)\r
 269   {\r
 270     slider.setValue(value);\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public int getValue()\r
 274   {\r
 275     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 276   }\r
 277 \r
 278   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold\r
 279   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();\r
 280   protected TextField valueField = new TextField();\r
 281   protected Label label = new Label();\r
 282   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 283   Panel jPanel2 = new Panel();\r
 284   protected Button applyButton = new Button();\r
 285   protected Button undoButton = new Button();\r
 286   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 287   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();\r
 288   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 289   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 290   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 291 \r
 292   private void jbInit() throws Exception {\r
 293       this.setLayout(borderLayout2);\r
 294 \r
 295       // slider.setMajorTickSpacing(10);\r
 296       //  slider.setMinorTickSpacing(1);\r
 297       //  slider.setPaintTicks(true);\r
 298       slider.setBackground(Color.white);\r
 299       slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 300       slider.setOrientation(0);\r
 301       valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 302       valueField.setText("      ");\r
 303       valueField.addActionListener(this);\r
 304       label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 305       label.setText("set this label text");\r
 306       jPanel1.setLayout(borderLayout1);\r
 307       jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 308       applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 309       applyButton.setLabel("Apply");\r
 310       applyButton.addActionListener(this);\r
 311       undoButton.setEnabled(false);\r
 312       undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 313       undoButton.setLabel("Undo");\r
 314       undoButton.addActionListener(this);\r
 315       allGroupsCheck.setEnabled(false);\r
 316       allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 317       allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");\r
 318       allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");\r
 319       this.setBackground(Color.white);\r
 320       this.setForeground(Color.black);\r
 321       jPanel2.add(label, null);\r
 322       jPanel2.add(applyButton, null);\r
 323       jPanel2.add(undoButton, null);\r
 324       jPanel2.add(allGroupsCheck);\r
 325       jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);\r
 326       jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 327       this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 328       this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 329   }\r
 330 \r
 331   protected void applyButton_actionPerformed()\r
 332   { }\r
 333 \r
 334   protected void undoButton_actionPerformed()\r
 335   { }\r
 336 \r
 337   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 338   { }\r
 339 \r
 340   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 341   {\r
 342     if (ap.overviewPanel != null)\r
 343       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 344   }\r
 345   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 346   {}\r
 347   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 348   {}\r
 349   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 350   {}\r
 351 }\r