src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.schemes.*;
  27
  28 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  29         AdjustmentListener, MouseListener
  30 {
  31   AlignmentPanel ap;
  32
  33   boolean forConservation = true;
  34
  35   ColourSchemeI cs;
  36
  37   static Frame conservationSlider;
  38
  39   static Frame PIDSlider;
  40
  41   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  42           ColourSchemeI cs, String source)
  43   {
  44     SliderPanel sp = null;
  45
  46     if (conservationSlider == null)
  47     {
  48       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  49       conservationSlider = new Frame();
  50       conservationSlider.add(sp);
  51     }
  52     else
  53     {
  54       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  55       sp.cs = cs;
  56     }
  57
  58     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  59             + ")");
  60     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  61     {
  62       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  63     }
  64     else
  65     {
  66       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  67     }
  68
  69     return sp.getValue();
  70   }
  71
  72   public static void showConservationSlider()
  73   {
  74     try
  75     {
  76       PIDSlider.setVisible(false);
  77       PIDSlider = null;
  78     } catch (Exception ex)
  79     {
  80     }
  81
  82     if (!conservationSlider.isVisible())
  83     {
  84       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  85               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  86       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  87       {
  88         public void windowClosing(WindowEvent e)
  89         {
  90           conservationSlider = null;
  91         }
  92       });
  93
  94     }
  95
  96   }
  97
  98   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
  99           String source)
 100   {
 101     SliderPanel pid = null;
 102     if (PIDSlider == null)
 103     {
 104       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 105       PIDSlider = new Frame();
 106       PIDSlider.add(pid);
 107     }
 108     else
 109     {
 110       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 111       pid.cs = cs;
 112     }
 113     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 114
 115     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 116     {
 117       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 118     }
 119     else
 120     {
 121       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 122     }
 123
 124     return pid.getValue();
 125
 126   }
 127
 128   public static void showPIDSlider()
 129   {
 130     try
 131     {
 132       conservationSlider.setVisible(false);
 133       conservationSlider = null;
 134     } catch (Exception ex)
 135     {
 136     }
 137
 138     if (!PIDSlider.isVisible())
 139     {
 140       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 141               420, 100);
 142       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 143       {
 144         public void windowClosing(WindowEvent e)
 145         {
 146           PIDSlider = null;
 147         }
 148       });
 149     }
 150
 151   }
 152
 153   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 154           ColourSchemeI cs)
 155   {
 156     try
 157     {
 158       jbInit();
 159     } catch (Exception e)
 160     {
 161       e.printStackTrace();
 162     }
 163     this.ap = ap;
 164     this.cs = cs;
 165     forConservation = forConserve;
 166     undoButton.setVisible(false);
 167     applyButton.setVisible(false);
 168     if (forConservation)
 169     {
 170       label.setText("Modify conservation visibility");
 171       slider.setMinimum(0);
 172       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 173       slider.setUnitIncrement(1);
 174     }
 175     else
 176     {
 177       label.setText("Colour residues above % occurence");
 178       slider.setMinimum(0);
 179       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 180       slider.setBlockIncrement(1);
 181     }
 182
 183     slider.addAdjustmentListener(this);
 184     slider.addMouseListener(this);
 185
 186     slider.setValue(value);
 187     valueField.setText(value + "");
 188   }
 189
 190   public void valueChanged(int i)
 191   {
 192     if (cs == null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     ColourSchemeI toChange = null;
 198     Vector allGroups = null;
 199     int groupIndex = 0;
 200
 201     if (allGroupsCheck.getState())
 202     {
 203       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups();
 204       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 205     }
 206     else
 207     {
 208       toChange = cs;
 209     }
 210
 211     while (groupIndex > -1)
 212     {
 213       if (allGroups != null)
 214       {
 215         toChange = ((SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;
 216       }
 217
 218       if (forConservation)
 219       {
 220         toChange.setConservationInc(i);
 221       }
 222       else
 223       {
 224         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 225       }
 226
 227       groupIndex--;
 228     }
 229
 230     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 231
 232   }
 233
 234   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 235   {
 236     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 237   }
 238
 239   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 240   {
 241     if (evt.getSource() == applyButton)
 242     {
 243       applyButton_actionPerformed();
 244     }
 245     else if (evt.getSource() == undoButton)
 246     {
 247       undoButton_actionPerformed();
 248     }
 249     else if (evt.getSource() == valueField)
 250     {
 251       valueField_actionPerformed();
 252     }
 253   }
 254
 255   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 256   {
 257     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 258     valueChanged(slider.getValue());
 259   }
 260
 261   public void valueField_actionPerformed()
 262   {
 263     try
 264     {
 265       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 266       slider.setValue(i);
 267     } catch (Exception ex)
 268     {
 269       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 270     }
 271   }
 272
 273   public void setValue(int value)
 274   {
 275     slider.setValue(value);
 276   }
 277
 278   public int getValue()
 279   {
 280     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 281   }
 282
 283   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 284   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 285
 286   protected TextField valueField = new TextField();
 287
 288   protected Label label = new Label();
 289
 290   Panel jPanel1 = new Panel();
 291
 292   Panel jPanel2 = new Panel();
 293
 294   protected Button applyButton = new Button();
 295
 296   protected Button undoButton = new Button();
 297
 298   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 299
 300   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 301
 302   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 303
 304   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 305
 306   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 307
 308   private void jbInit() throws Exception
 309   {
 310     this.setLayout(borderLayout2);
 311
 312     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 313     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 314     // slider.setPaintTicks(true);
 315     slider.setBackground(Color.white);
 316     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 317     slider.setOrientation(0);
 318     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 319     valueField.setText("      ");
 320     valueField.addActionListener(this);
 321     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 322     label.setText("set this label text");
 323     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 324     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 325     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 326     applyButton.setLabel("Apply");
 327     applyButton.addActionListener(this);
 328     undoButton.setEnabled(false);
 329     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 330     undoButton.setLabel("Undo");
 331     undoButton.addActionListener(this);
 332     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 333     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 334     allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");
 335     allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");
 336     this.setBackground(Color.white);
 337     this.setForeground(Color.black);
 338     jPanel2.add(label, null);
 339     jPanel2.add(applyButton, null);
 340     jPanel2.add(undoButton, null);
 341     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 342     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 343     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 344     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 345     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 346   }
 347
 348   protected void applyButton_actionPerformed()
 349   {
 350   }
 351
 352   protected void undoButton_actionPerformed()
 353   {
 354   }
 355
 356   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 357   {
 358   }
 359
 360   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 361   {
 362     ap.paintAlignment(true);
 363   }
 364
 365   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 366   {
 367   }
 368
 369   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 370   {
 371   }
 372
 373   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 374   {
 375   }
 376 }