src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbappletgui.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SliderPanel\r
  32     extends GSliderPanel\r
  33 {\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   boolean forConservation = true;\r
  36   ColourSchemeI cs;\r
  37 \r
  38   static Frame conservationSlider;\r
  39   static Frame PIDSlider;\r
  40 \r
  41   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
  42                                           String source)\r
  43   {\r
  44     SliderPanel sp = null;\r
  45     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
  46 \r
  47     if (conservationSlider == null)\r
  48     {\r
  49       sp = new SliderPanel(ap, ccs.inc, true, cs);\r
  50       conservationSlider = new Frame();\r
  51       conservationSlider.add(sp);\r
  52     }\r
  53     else\r
  54     {\r
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);\r
  56       sp.cs = cs;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source +\r
  60                                 ")");\r
  61     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
  62     {\r
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
  64     }\r
  65     else\r
  66     {\r
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     return sp.getValue();\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public static void showConservationSlider()\r
  74   {\r
  75     try\r
  76     {\r
  77       PIDSlider.setVisible(false);\r
  78       PIDSlider = null;\r
  79     }\r
  80     catch (Exception ex)\r
  81     {}\r
  82 \r
  83     if (!conservationSlider.isVisible())\r
  84     {\r
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,\r
  86                                        conservationSlider.getTitle(), 420, 100);\r
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  88       {\r
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
  90         {\r
  91           conservationSlider = null;\r
  92         }\r
  93       });\r
  94 \r
  95     }\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 100                                        String source)\r
 101   {\r
 102     SliderPanel pid = null;\r
 103     if (PIDSlider == null)\r
 104     {\r
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);\r
 106       PIDSlider = new Frame();\r
 107       PIDSlider.add(pid);\r
 108     }\r
 109     else\r
 110     {\r
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);\r
 112       pid.cs = cs;\r
 113     }\r
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 115 \r
 116     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 117     {\r
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 119     }\r
 120     else\r
 121     {\r
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 123     }\r
 124 \r
 125     return pid.getValue();\r
 126 \r
 127   }\r
 128 \r
 129   public static void showPIDSlider()\r
 130   {\r
 131     try\r
 132     {\r
 133       conservationSlider.setVisible(false);\r
 134       conservationSlider = null;\r
 135     }\r
 136     catch (Exception ex)\r
 137     {}\r
 138 \r
 139     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 140     {\r
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420,\r
 142                                        100);\r
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 144       {\r
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)\r
 146         {\r
 147           PIDSlider = null;\r
 148         }\r
 149       });\r
 150     }\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
 155                      ColourSchemeI cs)\r
 156   {\r
 157     this.ap = ap;\r
 158     this.cs = cs;\r
 159     forConservation = forConserve;\r
 160     undoButton.setVisible(false);\r
 161     applyButton.setVisible(false);\r
 162     if (forConservation)\r
 163     {\r
 164       label.setText("Modify conservation visibility");\r
 165       slider.setMinimum(0);\r
 166       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());\r
 167       slider.setUnitIncrement(1);\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       label.setText("Colour residues above % occurence");\r
 172       slider.setMinimum(0);\r
 173       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
 174       slider.setBlockIncrement(1);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
 178     {\r
 179       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 180       {\r
 181         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 182         valueChanged(slider.getValue());\r
 183       }\r
 184     });\r
 185 \r
 186     slider.setValue(value);\r
 187     valueField.setText(value + "");\r
 188   }\r
 189 \r
 190   public void valueChanged(int i)\r
 191   {\r
 192     if (cs == null)\r
 193     {\r
 194       return;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     ColourSchemeI toChange = null;\r
 198     Vector allGroups = null;\r
 199     int groupIndex = 0;\r
 200 \r
 201     if (allGroupsCheck.getState())\r
 202     {\r
 203       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 204       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 205     }\r
 206     else\r
 207     {\r
 208       toChange = cs;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     while (groupIndex > -1)\r
 212     {\r
 213       if (allGroups != null)\r
 214       {\r
 215         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;\r
 216       }\r
 217 \r
 218       if (forConservation)\r
 219       {\r
 220         if (toChange instanceof ConservationColourScheme)\r
 221         {\r
 222           ( (ConservationColourScheme) toChange).inc = i;\r
 223         }\r
 224       }\r
 225       else\r
 226       {\r
 227         ( (ResidueColourScheme) toChange).setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 228       }\r
 229 \r
 230       groupIndex--;\r
 231     }\r
 232 \r
 233     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 234 \r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 238   {\r
 239     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243   {\r
 244     try\r
 245     {\r
 246       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 247       slider.setValue(i);\r
 248     }\r
 249     catch (Exception ex)\r
 250     {\r
 251       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 252     }\r
 253   }\r
 254 \r
 255   public void setValue(int value)\r
 256   {\r
 257     slider.setValue(value);\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public int getValue()\r
 261   {\r
 262     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 263   }\r
 264 \r
 265 }\r