src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.analysis.AlignmentUtils.MappingResult;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9
  10 import java.awt.BorderLayout;
  11 import java.awt.GridLayout;
  12 import java.awt.Panel;
  13
  14 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  15 {
  16   private static final long serialVersionUID = 1L;
  17
  18   private AlignFrame topFrame;
  19
  20   private AlignFrame bottomFrame;
  21
  22   private Panel outermost;
  23
  24   /**
  25    * Constructor
  26    */
  27   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  28   {
  29     topFrame = af1;
  30     bottomFrame = af2;
  31     init();
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  36    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  37    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  38    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  39    */
  40   public void init()
  41   {
  42     setMenuBar(null);
  43     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  44
  45     Panel topPanel = new Panel();
  46     Panel bottomPanel = new Panel();
  47     outermost.add(topPanel);
  48     outermost.add(bottomPanel);
  49
  50     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  51     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  52
  53     /*
  54      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  55      */
  56     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  57     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  58     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  59     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  60     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  61             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  62     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  63             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  64
  65     MappingResult mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  66             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  67     if (mapped != MappingResult.NotMapped)
  68     {
  69       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  70               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  71       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  72       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  73       ssm.addCommandListener(cdna);
  74       ssm.addCommandListener(protein);
  75     }
  76
  77     /*
  78      * Expand protein to 3 times character width of dna
  79      */
  80     if (protein != null && cdna != null)
  81     {
  82       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
  83       vs.setCharWidth(3 * vs.getCharWidth());
  84       protein.setViewStyle(vs);
  85     }
  86
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
  91    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
  92    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
  93    *
  94    * @param af
  95    * @param panel
  96    */
  97   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
  98   {
  99     panel.setLayout(new BorderLayout());
 100     Panel menuPanel = af
 101             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 102     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 103     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 104     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 109    *
 110    * @param embedded
 111    * @param applet
 112    */
 113   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 114   {
 115     createAlignFrameWindow(embedded, applet);
 116     validate();
 117     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 118     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 119     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 120     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 125    * embed=true) add it to the applet container instead.
 126    *
 127    * @param embed
 128    * @param applet
 129    */
 130   public void createAlignFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 131   {
 132     if (embed)
 133     {
 134       applet.add(outermost);
 135       applet.validate();
 136     }
 137     else
 138     {
 139       this.add(outermost);
 140       int width = Math.max(topFrame.DEFAULT_WIDTH,
 141               bottomFrame.DEFAULT_WIDTH);
 142       int height = topFrame.DEFAULT_HEIGHT + bottomFrame.DEFAULT_HEIGHT;
 143       jalview.bin.JalviewLite
 144               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 145     }
 146   }
 147 }