src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import java.awt.BorderLayout;
   4 import java.awt.Dimension;
   5 import java.awt.GridLayout;
   6 import java.awt.Panel;
   7
   8 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.api.ViewStyleI;
  11 import jalview.bin.JalviewLite;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  14 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  15
  16 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  17 {
  18   private static final long serialVersionUID = 1L;
  19
  20   private AlignFrame topFrame;
  21
  22   private AlignFrame bottomFrame;
  23
  24   private Panel outermost;
  25
  26   /**
  27    * Constructor
  28    */
  29   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  30   {
  31     topFrame = af1;
  32     bottomFrame = af2;
  33     init();
  34   }
  35
  36   /**
  37    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  38    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  39    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  40    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  41    */
  42   public void init()
  43   {
  44     constructSplit();
  45
  46     /*
  47      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  48      */
  49     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  50     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  51     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  52     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  53     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  54             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  55     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  56             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  57
  58     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  59             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  60     if (mapped)
  61     {
  62       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  63               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  64       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  65       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  66       ssm.addCommandListener(cdna);
  67       ssm.addCommandListener(protein);
  68     }
  69
  70     /*
  71      * Now mappings exist, can compute cDNA consensus on protein alignment
  72      */
  73     protein.initComplementConsensus();
  74     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel
  75             : topFrame.alignPanel;
  76     protein.updateConsensus(ap);
  77
  78     adjustLayout();
  79   }
  80
  81   /**
  82    *
  83    */
  84   protected void constructSplit()
  85   {
  86     setMenuBar(null);
  87     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  88
  89     Panel topPanel = new Panel();
  90     Panel bottomPanel = new Panel();
  91     outermost.add(topPanel);
  92     outermost.add(bottomPanel);
  93
  94     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  95     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  96   }
  97
  98   /**
  99    * Make any adjustments to the layout
 100    */
 101   protected void adjustLayout()
 102   {
 103     AlignmentViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
 104             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
 105     AlignmentViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
 106             : topFrame.viewport;
 107
 108     /*
 109      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 110      */
 111     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 112     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 113     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 114     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 115     int w3 = Math.max(w1, w2);
 116     if (w1 != w3)
 117     {
 118       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 119       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 120               d.height));
 121     }
 122     if (w2 != w3)
 123     {
 124       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 125       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 126               d.height));
 127     }
 128
 129     /*
 130      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 131      */
 132     if (protein != null && cdna != null)
 133     {
 134       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 135       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 136       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 137       protein.setViewStyle(vs);
 138     }
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 143    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 144    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 145    *
 146    * @param af
 147    * @param panel
 148    */
 149   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 150   {
 151     panel.setLayout(new BorderLayout());
 152     Panel menuPanel = af
 153             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 154     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 155     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 156     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 157
 158     af.setSplitFrame(this);
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 163    *
 164    * @param embedded
 165    * @param applet
 166    */
 167   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 168   {
 169     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 170     validate();
 171     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 172     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 173     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 174     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 179    * embed=true) add it to the applet container instead.
 180    *
 181    * @param embed
 182    * @param applet
 183    */
 184   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 185   {
 186     if (embed)
 187     {
 188       applet.add(outermost);
 189       applet.validate();
 190     }
 191     else
 192     {
 193       this.add(outermost);
 194       int width = Math.max(topFrame.frameWidth, bottomFrame.frameWidth);
 195       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;
 196       jalview.bin.JalviewLite
 197               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 198     }
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Returns the contained AlignFrame complementary to the one given (or null if
 203    * no match to top or bottom component).
 204    *
 205    * @param af
 206    * @return
 207    */
 208   public AlignFrame getComplement(AlignFrame af)
 209   {
 210     if (topFrame == af)
 211     {
 212       return bottomFrame;
 213     }
 214     else if (bottomFrame == af)
 215     {
 216       return topFrame;
 217     }
 218     return null;
 219   }
 220 }