src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.analysis.AlignmentUtils.MappingResult;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9
  10 import java.awt.BorderLayout;
  11 import java.awt.GridLayout;
  12 import java.awt.Panel;
  13
  14 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  15 {
  16   private static final long serialVersionUID = 1L;
  17
  18   private AlignFrame topFrame;
  19
  20   private AlignFrame bottomFrame;
  21
  22   private Panel outermost;
  23
  24   /**
  25    * Constructor
  26    */
  27   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  28   {
  29     topFrame = af1;
  30     bottomFrame = af2;
  31     init();
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  36    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  37    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  38    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  39    */
  40   public void init()
  41   {
  42     setMenuBar(null);
  43     outermost = new Panel();
  44     outermost.setLayout(new GridLayout(2, 1));
  45
  46     Panel topPanel = new Panel();
  47     Panel bottomPanel = new Panel();
  48     outermost.add(topPanel);
  49     outermost.add(bottomPanel);
  50
  51     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  52     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  53
  54     /*
  55      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  56      */
  57     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  58     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  59     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  60     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  61     // topAlignment.setDataset(null);
  62     // bottomAlignment.setDataset(null);
  63     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  64             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  65     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  66             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  67     MappingResult mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  68             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  69     if (mapped != MappingResult.NotMapped)
  70     {
  71       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  72               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  73       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  74       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  75       ssm.addCommandListener(cdna);
  76       ssm.addCommandListener(protein);
  77     }
  78
  79     /*
  80      * Expand protein to 3 times character width of dna
  81      */
  82     if (protein != null && cdna != null)
  83     {
  84       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
  85       vs.setCharWidth(3 * vs.getCharWidth());
  86       protein.setViewStyle(vs);
  87     }
  88
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
  93    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
  94    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
  95    *
  96    * @param af
  97    * @param panel
  98    */
  99   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 100   {
 101     panel.setLayout(new BorderLayout());
 102     Panel menuPanel = af
 103             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 104     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 105     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 106     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 111    *
 112    * @param embedded
 113    * @param applet
 114    */
 115   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 116   {
 117     createAlignFrameWindow(embedded, applet);
 118     validate();
 119     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 120     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 121     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 122     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 127    * embed=true) add it to the applet container instead.
 128    *
 129    * @param embed
 130    * @param applet
 131    */
 132   public void createAlignFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 133   {
 134     if (embed)
 135     {
 136       applet.add(outermost);
 137       applet.validate();
 138     }
 139     else
 140     {
 141       this.add(outermost);
 142       int width = Math.max(topFrame.DEFAULT_WIDTH,
 143               bottomFrame.DEFAULT_WIDTH);
 144       int height = topFrame.DEFAULT_HEIGHT + bottomFrame.DEFAULT_HEIGHT;
 145       jalview.bin.JalviewLite
 146               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 147     }
 148   }
 149 }