src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.analysis.AlignmentUtils.MappingResult;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9
  10 import java.awt.BorderLayout;
  11 import java.awt.Component;
  12 import java.awt.GridLayout;
  13 import java.awt.MouseInfo;
  14 import java.awt.Panel;
  15 import java.awt.Point;
  16 import java.awt.Rectangle;
  17
  18 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  19 {
  20   private static final long serialVersionUID = 1L;
  21
  22   private AlignFrame topFrame;
  23
  24   private AlignFrame bottomFrame;
  25
  26   private Panel outermost;
  27
  28   /**
  29    * Constructor
  30    */
  31   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  32   {
  33     topFrame = af1;
  34     bottomFrame = af2;
  35     init();
  36   }
  37
  38   /**
  39    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  40    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  41    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  42    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  43    */
  44   public void init()
  45   {
  46     constructSplit();
  47
  48     /*
  49      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  50      */
  51     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  52     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  53     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  54     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  55     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  56             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  57     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  58             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  59
  60     MappingResult mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  61             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  62     if (mapped != MappingResult.NotMapped)
  63     {
  64       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  65               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  66       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  67       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  68       ssm.addCommandListener(cdna);
  69       ssm.addCommandListener(protein);
  70     }
  71
  72     setCharacterWidth(protein, cdna);
  73   }
  74
  75   /**
  76    *
  77    */
  78   protected void constructSplit()
  79   {
  80     setMenuBar(null);
  81     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  82
  83     Panel topPanel = new Panel();
  84     Panel bottomPanel = new Panel();
  85     outermost.add(topPanel);
  86     outermost.add(bottomPanel);
  87
  88     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  89     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Expand protein to 3 times character width of dna
  94    *
  95    * @param protein
  96    * @param cdna
  97    */
  98   protected void setCharacterWidth(AlignViewport protein, AlignViewport cdna)
  99   {
 100     if (protein != null && cdna != null)
 101     {
 102       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 103       vs.setCharWidth(3 * vs.getCharWidth());
 104       protein.setViewStyle(vs);
 105     }
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 110    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 111    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 112    *
 113    * @param af
 114    * @param panel
 115    */
 116   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 117   {
 118     panel.setLayout(new BorderLayout());
 119     Panel menuPanel = af
 120             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 121     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 122     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 123     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 128    *
 129    * @param embedded
 130    * @param applet
 131    */
 132   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 133   {
 134     createAlignFrameWindow(embedded, applet);
 135     validate();
 136     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 137     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 138     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 139     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 144    * embed=true) add it to the applet container instead.
 145    *
 146    * @param embed
 147    * @param applet
 148    */
 149   public void createAlignFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 150   {
 151     if (embed)
 152     {
 153       applet.add(outermost);
 154       applet.validate();
 155     }
 156     else
 157     {
 158       this.add(outermost);
 159       int width = Math.max(topFrame.DEFAULT_WIDTH,
 160               bottomFrame.DEFAULT_WIDTH);
 161       int height = topFrame.DEFAULT_HEIGHT + bottomFrame.DEFAULT_HEIGHT;
 162       jalview.bin.JalviewLite
 163               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 164     }
 165   }
 166 }